# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.035 0.007 0.020 0.026 0.032 0.070 0.003 0.001 0.004 0.712 2 A 0.055 0.026 0.005 0.020 0.024 0.036 0.097 0.002 0.001 0.005 0.730 3 H 0.101 0.032 0.005 0.025 0.032 0.055 0.187 0.003 0.001 0.011 0.549 4 H 0.117 0.045 0.005 0.017 0.018 0.031 0.132 0.002 0.001 0.008 0.625 5 H 0.131 0.065 0.005 0.023 0.031 0.045 0.120 0.003 0.001 0.009 0.570 6 H 0.134 0.072 0.005 0.020 0.034 0.049 0.155 0.003 0.001 0.009 0.518 7 H 0.144 0.078 0.007 0.026 0.064 0.086 0.094 0.006 0.001 0.009 0.486 8 H 0.080 0.079 0.008 0.028 0.070 0.106 0.112 0.004 0.001 0.008 0.506 9 S 0.095 0.050 0.003 0.026 0.088 0.100 0.122 0.006 0.001 0.007 0.502 10 L 0.098 0.037 0.009 0.032 0.051 0.075 0.078 0.004 0.001 0.012 0.604 11 N 0.065 0.028 0.003 0.056 0.140 0.117 0.256 0.006 0.001 0.012 0.318 12 Q 0.207 0.021 0.010 0.055 0.043 0.077 0.116 0.006 0.001 0.025 0.439 13 I 0.064 0.012 0.012 0.235 0.285 0.209 0.079 0.003 0.001 0.007 0.094 14 N 0.015 0.002 0.009 0.230 0.139 0.161 0.105 0.001 0.001 0.005 0.333 15 I 0.002 0.001 0.007 0.375 0.230 0.270 0.015 0.001 0.001 0.001 0.099 16 E 0.001 0.001 0.001 0.548 0.179 0.238 0.018 0.001 0.001 0.001 0.017 17 I 0.001 0.001 0.001 0.528 0.174 0.201 0.015 0.001 0.001 0.001 0.081 18 A 0.001 0.001 0.001 0.746 0.088 0.149 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.519 0.122 0.219 0.028 0.001 0.001 0.001 0.109 20 A 0.003 0.001 0.001 0.577 0.107 0.178 0.028 0.001 0.001 0.003 0.102 21 F 0.004 0.001 0.001 0.142 0.165 0.283 0.119 0.001 0.001 0.003 0.282 22 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.946 23 E 0.008 0.001 0.001 0.022 0.047 0.120 0.232 0.001 0.001 0.008 0.561 24 R 0.452 0.008 0.001 0.010 0.015 0.027 0.056 0.001 0.001 0.021 0.409 25 Y 0.317 0.068 0.003 0.027 0.063 0.044 0.055 0.003 0.001 0.005 0.415 26 Y 0.125 0.040 0.007 0.072 0.129 0.176 0.086 0.002 0.001 0.008 0.355 27 L 0.033 0.022 0.009 0.070 0.130 0.290 0.050 0.001 0.001 0.003 0.392 28 K 0.011 0.009 0.002 0.137 0.308 0.362 0.035 0.001 0.001 0.001 0.134 29 S 0.017 0.005 0.003 0.060 0.120 0.227 0.045 0.001 0.001 0.003 0.517 30 F 0.012 0.002 0.004 0.177 0.313 0.315 0.034 0.001 0.001 0.002 0.141 31 Q 0.006 0.001 0.002 0.138 0.154 0.280 0.070 0.001 0.001 0.003 0.346 32 V 0.005 0.002 0.001 0.177 0.188 0.262 0.069 0.001 0.001 0.003 0.293 33 D 0.006 0.002 0.001 0.103 0.085 0.156 0.095 0.001 0.001 0.003 0.548 34 E 0.011 0.003 0.001 0.030 0.017 0.055 0.125 0.001 0.001 0.005 0.753 35 G 0.131 0.005 0.002 0.025 0.010 0.020 0.186 0.002 0.001 0.026 0.595 36 I 0.368 0.024 0.010 0.021 0.009 0.012 0.204 0.001 0.001 0.017 0.335 37 T 0.011 0.035 0.001 0.010 0.006 0.006 0.199 0.001 0.001 0.001 0.731 38 V 0.005 0.095 0.001 0.005 0.003 0.007 0.031 0.001 0.001 0.001 0.853 39 Q 0.014 0.501 0.001 0.003 0.006 0.032 0.168 0.001 0.001 0.007 0.267 40 T 0.014 0.680 0.001 0.001 0.002 0.014 0.166 0.002 0.001 0.002 0.119 41 A 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 42 I 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 T 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 44 Q 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 45 S 0.028 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.012 46 G 0.087 0.744 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.051 0.001 0.001 0.103 47 I 0.055 0.641 0.240 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.047 48 L 0.015 0.724 0.008 0.015 0.010 0.014 0.021 0.015 0.001 0.001 0.177 49 S 0.100 0.552 0.004 0.019 0.007 0.013 0.023 0.020 0.001 0.002 0.261 50 Q 0.264 0.394 0.018 0.006 0.004 0.004 0.011 0.024 0.001 0.002 0.273 51 F 0.293 0.268 0.081 0.030 0.018 0.031 0.034 0.019 0.001 0.004 0.223 52 P 0.003 0.004 0.004 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.975 53 E 0.041 0.012 0.002 0.045 0.030 0.054 0.059 0.008 0.001 0.003 0.748 54 I 0.586 0.026 0.010 0.026 0.012 0.022 0.041 0.005 0.001 0.009 0.263 55 D 0.160 0.051 0.004 0.052 0.042 0.034 0.143 0.010 0.001 0.003 0.502 56 L 0.028 0.006 0.007 0.044 0.016 0.020 0.033 0.001 0.001 0.003 0.843 57 S 0.021 0.006 0.001 0.037 0.033 0.040 0.531 0.001 0.001 0.007 0.321 58 T 0.184 0.009 0.003 0.021 0.012 0.020 0.203 0.003 0.001 0.047 0.500 59 N 0.227 0.033 0.009 0.095 0.050 0.067 0.269 0.004 0.001 0.037 0.207 60 K 0.143 0.008 0.013 0.095 0.083 0.077 0.265 0.003 0.001 0.034 0.280 61 I 0.022 0.005 0.018 0.241 0.146 0.178 0.057 0.001 0.001 0.004 0.327 62 G 0.004 0.001 0.001 0.297 0.253 0.292 0.045 0.001 0.001 0.001 0.104 63 I 0.008 0.002 0.002 0.238 0.165 0.241 0.035 0.001 0.001 0.002 0.306 64 F 0.001 0.001 0.001 0.294 0.174 0.388 0.029 0.001 0.001 0.001 0.110 65 S 0.008 0.002 0.001 0.263 0.124 0.284 0.060 0.001 0.001 0.005 0.253 66 R 0.014 0.002 0.001 0.194 0.112 0.168 0.057 0.001 0.001 0.005 0.446 67 P 0.004 0.001 0.001 0.034 0.023 0.043 0.032 0.001 0.001 0.002 0.860 68 I 0.031 0.002 0.001 0.100 0.087 0.198 0.108 0.001 0.001 0.010 0.461 69 K 0.059 0.008 0.002 0.044 0.053 0.099 0.102 0.001 0.001 0.007 0.625 70 L 0.026 0.012 0.002 0.027 0.035 0.065 0.045 0.001 0.001 0.003 0.784 71 T 0.036 0.017 0.001 0.027 0.035 0.087 0.161 0.001 0.001 0.007 0.626 72 D 0.128 0.025 0.002 0.010 0.035 0.034 0.142 0.001 0.001 0.009 0.613 73 V 0.133 0.109 0.005 0.012 0.036 0.051 0.155 0.002 0.001 0.009 0.487 74 L 0.082 0.166 0.003 0.029 0.141 0.202 0.152 0.004 0.001 0.011 0.210 75 K 0.088 0.347 0.004 0.019 0.061 0.102 0.096 0.004 0.001 0.007 0.272 76 E 0.102 0.317 0.002 0.005 0.032 0.037 0.054 0.013 0.001 0.004 0.434 77 G 0.463 0.165 0.008 0.008 0.017 0.027 0.060 0.034 0.001 0.026 0.192 78 D 0.377 0.051 0.102 0.009 0.030 0.020 0.133 0.012 0.001 0.024 0.242 79 R 0.034 0.023 0.125 0.044 0.049 0.061 0.171 0.002 0.001 0.007 0.484 80 I 0.024 0.015 0.010 0.120 0.154 0.208 0.092 0.001 0.001 0.003 0.372 81 E 0.015 0.016 0.001 0.252 0.208 0.303 0.085 0.001 0.001 0.003 0.116 82 I 0.009 0.025 0.002 0.108 0.140 0.309 0.046 0.001 0.001 0.002 0.359 83 Y 0.012 0.016 0.002 0.251 0.179 0.439 0.020 0.001 0.001 0.002 0.078 84 R 0.007 0.011 0.001 0.121 0.140 0.357 0.037 0.001 0.001 0.002 0.322 85 P 0.002 0.002 0.001 0.067 0.045 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 0.820 86 L 0.033 0.009 0.002 0.123 0.100 0.224 0.113 0.003 0.001 0.006 0.387 87 L 0.245 0.045 0.003 0.102 0.045 0.111 0.076 0.013 0.001 0.013 0.347 88 A 0.190 0.083 0.014 0.166 0.072 0.115 0.100 0.014 0.001 0.009 0.238 89 D 0.105 0.016 0.006 0.029 0.035 0.041 0.409 0.004 0.001 0.004 0.350 90 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 91 K 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.648 0.001 0.001 0.004 0.334 92 E 0.346 0.008 0.001 0.005 0.004 0.008 0.399 0.001 0.001 0.057 0.172 93 I 0.302 0.470 0.001 0.020 0.007 0.008 0.023 0.003 0.001 0.002 0.164 94 R 0.235 0.466 0.005 0.016 0.009 0.023 0.025 0.002 0.001 0.006 0.213 95 R 0.176 0.359 0.006 0.009 0.008 0.027 0.017 0.008 0.001 0.001 0.388 96 E 0.137 0.210 0.004 0.013 0.018 0.024 0.008 0.037 0.001 0.001 0.548 97 G 0.181 0.118 0.010 0.012 0.020 0.018 0.030 0.028 0.001 0.003 0.580