# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.020 0.028 0.029 0.046 0.074 0.006 0.756 2 A 0.046 0.031 0.035 0.033 0.062 0.077 0.006 0.709 3 H 0.076 0.046 0.036 0.043 0.080 0.109 0.011 0.597 4 H 0.067 0.048 0.029 0.024 0.038 0.081 0.012 0.701 5 H 0.111 0.067 0.037 0.029 0.046 0.089 0.013 0.607 6 H 0.133 0.067 0.035 0.036 0.051 0.108 0.017 0.553 7 H 0.103 0.069 0.041 0.038 0.074 0.074 0.012 0.588 8 H 0.102 0.080 0.041 0.055 0.100 0.128 0.015 0.480 9 S 0.127 0.084 0.022 0.040 0.070 0.170 0.021 0.466 10 L 0.143 0.082 0.029 0.031 0.068 0.082 0.019 0.545 11 N 0.094 0.080 0.021 0.059 0.051 0.150 0.032 0.513 12 Q 0.216 0.034 0.040 0.037 0.055 0.133 0.043 0.441 13 I 0.196 0.044 0.076 0.201 0.176 0.092 0.016 0.198 14 N 0.027 0.008 0.141 0.238 0.275 0.062 0.009 0.240 15 I 0.012 0.006 0.138 0.261 0.313 0.032 0.003 0.235 16 E 0.003 0.001 0.392 0.290 0.264 0.010 0.001 0.038 17 I 0.002 0.002 0.119 0.207 0.313 0.027 0.001 0.328 18 A 0.001 0.002 0.563 0.153 0.257 0.005 0.001 0.017 19 Y 0.007 0.006 0.247 0.245 0.284 0.037 0.003 0.170 20 A 0.013 0.008 0.263 0.130 0.348 0.024 0.013 0.201 21 F 0.028 0.004 0.097 0.120 0.216 0.124 0.006 0.404 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 E 0.006 0.001 0.007 0.026 0.088 0.261 0.004 0.607 24 R 0.539 0.005 0.005 0.008 0.010 0.115 0.016 0.302 25 Y 0.377 0.070 0.023 0.069 0.055 0.108 0.011 0.287 26 Y 0.148 0.062 0.065 0.150 0.210 0.097 0.011 0.256 27 L 0.050 0.056 0.092 0.210 0.337 0.054 0.007 0.194 28 K 0.016 0.036 0.057 0.377 0.434 0.020 0.006 0.053 29 S 0.011 0.019 0.049 0.179 0.276 0.024 0.005 0.436 30 F 0.013 0.009 0.119 0.369 0.397 0.015 0.005 0.073 31 Q 0.018 0.007 0.065 0.245 0.258 0.042 0.005 0.360 32 V 0.012 0.005 0.160 0.170 0.317 0.029 0.005 0.302 33 D 0.005 0.007 0.042 0.052 0.102 0.079 0.002 0.711 34 E 0.011 0.006 0.020 0.014 0.031 0.086 0.005 0.827 35 G 0.163 0.019 0.019 0.012 0.015 0.144 0.024 0.604 36 I 0.588 0.014 0.045 0.016 0.016 0.132 0.014 0.175 37 T 0.020 0.054 0.030 0.034 0.032 0.157 0.003 0.669 38 V 0.019 0.194 0.032 0.032 0.157 0.068 0.003 0.495 39 Q 0.015 0.301 0.018 0.014 0.046 0.205 0.004 0.397 40 T 0.027 0.444 0.003 0.003 0.007 0.244 0.005 0.268 41 A 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 42 I 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 T 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 Q 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 45 S 0.034 0.932 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.011 46 G 0.144 0.664 0.026 0.005 0.004 0.010 0.061 0.088 47 I 0.092 0.672 0.069 0.007 0.010 0.047 0.015 0.088 48 L 0.075 0.600 0.035 0.009 0.020 0.064 0.020 0.177 49 S 0.134 0.558 0.019 0.007 0.007 0.041 0.028 0.207 50 Q 0.182 0.354 0.055 0.006 0.008 0.046 0.104 0.245 51 F 0.279 0.271 0.055 0.028 0.029 0.031 0.027 0.281 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 53 E 0.016 0.014 0.018 0.032 0.072 0.090 0.006 0.752 54 I 0.514 0.031 0.067 0.021 0.030 0.047 0.012 0.276 55 D 0.091 0.081 0.043 0.077 0.072 0.120 0.009 0.506 56 L 0.095 0.047 0.090 0.042 0.080 0.054 0.007 0.585 57 S 0.052 0.029 0.028 0.026 0.050 0.502 0.010 0.303 58 T 0.294 0.033 0.021 0.019 0.029 0.233 0.036 0.336 59 N 0.228 0.150 0.080 0.058 0.041 0.153 0.038 0.253 60 K 0.092 0.031 0.215 0.066 0.087 0.129 0.032 0.348 61 I 0.025 0.022 0.223 0.149 0.170 0.048 0.006 0.357 62 G 0.019 0.008 0.281 0.199 0.310 0.044 0.009 0.129 63 I 0.016 0.005 0.245 0.134 0.165 0.037 0.003 0.395 64 F 0.007 0.003 0.417 0.151 0.282 0.037 0.005 0.098 65 S 0.023 0.004 0.119 0.066 0.150 0.099 0.009 0.529 66 R 0.026 0.002 0.434 0.169 0.140 0.043 0.007 0.180 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 I 0.010 0.001 0.237 0.103 0.287 0.075 0.004 0.284 69 K 0.020 0.002 0.035 0.048 0.046 0.098 0.002 0.749 70 L 0.043 0.006 0.059 0.039 0.182 0.080 0.005 0.587 71 T 0.052 0.007 0.041 0.026 0.050 0.283 0.004 0.536 72 D 0.134 0.019 0.033 0.044 0.044 0.209 0.016 0.501 73 V 0.103 0.044 0.032 0.036 0.057 0.103 0.010 0.615 74 L 0.099 0.084 0.100 0.121 0.236 0.093 0.016 0.251 75 K 0.050 0.125 0.044 0.125 0.182 0.174 0.018 0.282 76 E 0.051 0.100 0.036 0.056 0.108 0.058 0.033 0.559 77 G 0.123 0.055 0.034 0.055 0.042 0.058 0.158 0.475 78 D 0.674 0.003 0.021 0.021 0.016 0.077 0.066 0.123 79 R 0.065 0.002 0.138 0.122 0.123 0.158 0.008 0.384 80 I 0.021 0.002 0.036 0.283 0.530 0.055 0.002 0.072 81 E 0.016 0.001 0.110 0.341 0.443 0.022 0.001 0.067 82 I 0.002 0.001 0.051 0.382 0.432 0.014 0.001 0.118 83 Y 0.002 0.002 0.113 0.249 0.573 0.006 0.001 0.053 84 R 0.002 0.001 0.079 0.419 0.407 0.015 0.001 0.075 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 L 0.013 0.002 0.101 0.138 0.474 0.141 0.004 0.128 87 L 0.350 0.011 0.049 0.059 0.079 0.091 0.008 0.354 88 A 0.143 0.032 0.119 0.129 0.201 0.048 0.019 0.311 89 D 0.134 0.028 0.039 0.119 0.132 0.124 0.005 0.419 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 K 0.002 0.001 0.002 0.005 0.020 0.901 0.001 0.067 92 E 0.324 0.013 0.001 0.002 0.004 0.586 0.005 0.064 93 I 0.064 0.853 0.003 0.007 0.008 0.009 0.001 0.055 94 R 0.022 0.784 0.013 0.021 0.031 0.028 0.005 0.096 95 R 0.157 0.495 0.018 0.025 0.041 0.031 0.033 0.200 96 E 0.180 0.483 0.012 0.023 0.049 0.021 0.047 0.184 97 G 0.191 0.128 0.013 0.020 0.022 0.022 0.091 0.512