# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.091 0.032 0.014 0.112 0.016 0.048 0.381 0.114 0.080 0.035 2 A 0.092 0.096 0.029 0.015 0.127 0.023 0.053 0.351 0.107 0.069 0.038 3 H 0.074 0.128 0.051 0.024 0.135 0.025 0.047 0.310 0.100 0.073 0.032 4 H 0.101 0.108 0.044 0.020 0.156 0.021 0.045 0.268 0.105 0.089 0.044 5 H 0.099 0.111 0.041 0.018 0.144 0.018 0.046 0.275 0.117 0.088 0.043 6 H 0.101 0.114 0.044 0.017 0.142 0.018 0.044 0.229 0.120 0.121 0.051 7 H 0.125 0.097 0.034 0.017 0.161 0.022 0.056 0.223 0.127 0.089 0.050 8 H 0.100 0.148 0.050 0.023 0.153 0.034 0.059 0.192 0.123 0.078 0.039 9 S 0.176 0.124 0.062 0.015 0.196 0.011 0.034 0.120 0.084 0.115 0.061 10 L 0.140 0.117 0.030 0.034 0.121 0.039 0.050 0.149 0.169 0.086 0.066 11 N 0.041 0.102 0.050 0.041 0.099 0.055 0.085 0.194 0.176 0.128 0.029 12 Q 0.204 0.103 0.023 0.005 0.298 0.007 0.024 0.068 0.075 0.145 0.048 13 I 0.184 0.223 0.018 0.001 0.547 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 14 N 0.353 0.040 0.005 0.001 0.554 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.036 15 I 0.333 0.073 0.004 0.001 0.578 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 16 E 0.154 0.076 0.003 0.003 0.751 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 17 I 0.385 0.032 0.003 0.001 0.553 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 18 A 0.252 0.058 0.004 0.004 0.576 0.008 0.007 0.005 0.001 0.010 0.073 19 Y 0.289 0.092 0.018 0.003 0.469 0.002 0.002 0.003 0.002 0.030 0.090 20 A 0.139 0.290 0.146 0.020 0.261 0.006 0.009 0.015 0.012 0.045 0.058 21 F 0.071 0.364 0.243 0.036 0.196 0.013 0.021 0.013 0.010 0.012 0.020 22 P 0.047 0.296 0.164 0.044 0.131 0.026 0.036 0.109 0.106 0.023 0.018 23 E 0.020 0.057 0.032 0.023 0.047 0.082 0.161 0.190 0.254 0.120 0.015 24 R 0.123 0.104 0.037 0.020 0.166 0.017 0.066 0.142 0.102 0.148 0.074 25 Y 0.283 0.103 0.017 0.005 0.372 0.009 0.018 0.040 0.033 0.050 0.070 26 Y 0.158 0.246 0.036 0.005 0.462 0.007 0.016 0.030 0.012 0.012 0.015 27 L 0.520 0.036 0.004 0.003 0.340 0.004 0.004 0.005 0.002 0.006 0.074 28 K 0.076 0.194 0.035 0.030 0.445 0.041 0.065 0.072 0.016 0.014 0.013 29 S 0.364 0.051 0.003 0.001 0.477 0.001 0.003 0.009 0.006 0.021 0.063 30 F 0.152 0.134 0.008 0.001 0.671 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.022 31 Q 0.379 0.048 0.008 0.001 0.435 0.001 0.002 0.004 0.004 0.029 0.090 32 V 0.048 0.474 0.217 0.026 0.169 0.005 0.012 0.016 0.008 0.009 0.015 33 D 0.029 0.283 0.401 0.088 0.102 0.015 0.008 0.016 0.016 0.027 0.016 34 E 0.002 0.014 0.008 0.020 0.005 0.107 0.325 0.351 0.160 0.007 0.002 35 G 0.018 0.006 0.009 0.005 0.008 0.004 0.007 0.019 0.040 0.694 0.191 36 I 0.014 0.648 0.146 0.003 0.172 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 0.002 37 T 0.010 0.768 0.151 0.001 0.052 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.001 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.152 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.029 0.004 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.002 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.924 0.055 0.004 0.001 44 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.882 0.063 0.018 0.001 45 S 0.003 0.711 0.110 0.010 0.055 0.004 0.007 0.075 0.018 0.005 0.001 46 G 0.034 0.007 0.009 0.007 0.007 0.006 0.016 0.421 0.130 0.243 0.121 47 I 0.009 0.017 0.006 0.006 0.017 0.013 0.061 0.628 0.173 0.062 0.007 48 L 0.023 0.037 0.008 0.009 0.042 0.012 0.030 0.419 0.355 0.049 0.015 49 S 0.015 0.047 0.020 0.008 0.032 0.019 0.118 0.490 0.210 0.035 0.006 50 Q 0.023 0.041 0.027 0.008 0.041 0.012 0.102 0.244 0.198 0.283 0.021 51 F 0.121 0.366 0.099 0.004 0.244 0.001 0.005 0.072 0.039 0.016 0.033 52 P 0.012 0.080 0.042 0.015 0.039 0.043 0.091 0.323 0.299 0.048 0.008 53 E 0.085 0.055 0.011 0.002 0.115 0.004 0.028 0.188 0.139 0.323 0.050 54 I 0.127 0.282 0.065 0.006 0.330 0.009 0.014 0.031 0.025 0.051 0.062 55 D 0.362 0.052 0.012 0.001 0.484 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.076 56 L 0.033 0.018 0.006 0.002 0.029 0.002 0.004 0.193 0.589 0.100 0.024 57 S 0.008 0.020 0.010 0.008 0.015 0.029 0.151 0.410 0.272 0.071 0.006 58 T 0.048 0.058 0.013 0.009 0.063 0.014 0.045 0.145 0.226 0.346 0.033 59 N 0.132 0.178 0.055 0.014 0.260 0.011 0.017 0.055 0.066 0.130 0.082 60 K 0.184 0.093 0.045 0.016 0.204 0.022 0.048 0.087 0.080 0.133 0.088 61 I 0.241 0.178 0.043 0.026 0.261 0.016 0.019 0.026 0.026 0.073 0.092 62 G 0.122 0.186 0.162 0.105 0.265 0.033 0.014 0.022 0.016 0.039 0.036 63 I 0.300 0.100 0.038 0.014 0.329 0.020 0.033 0.045 0.021 0.033 0.067 64 F 0.143 0.138 0.072 0.046 0.270 0.019 0.040 0.064 0.036 0.094 0.078 65 S 0.123 0.137 0.132 0.055 0.144 0.019 0.016 0.038 0.055 0.200 0.081 66 R 0.005 0.466 0.418 0.012 0.070 0.003 0.004 0.014 0.005 0.002 0.001 67 P 0.358 0.118 0.026 0.002 0.278 0.005 0.017 0.030 0.017 0.030 0.119 68 I 0.027 0.474 0.213 0.025 0.177 0.014 0.022 0.022 0.010 0.007 0.008 69 K 0.054 0.467 0.278 0.005 0.152 0.001 0.002 0.015 0.005 0.007 0.012 70 L 0.043 0.032 0.013 0.014 0.050 0.020 0.026 0.464 0.275 0.041 0.022 71 T 0.012 0.023 0.015 0.028 0.019 0.037 0.049 0.412 0.269 0.118 0.017 72 D 0.050 0.218 0.100 0.007 0.157 0.003 0.013 0.289 0.082 0.062 0.018 73 V 0.041 0.197 0.055 0.005 0.200 0.008 0.037 0.335 0.086 0.030 0.006 74 L 0.118 0.109 0.055 0.009 0.081 0.008 0.030 0.303 0.134 0.071 0.082 75 K 0.020 0.095 0.361 0.081 0.038 0.038 0.034 0.134 0.094 0.087 0.018 76 E 0.003 0.133 0.090 0.153 0.015 0.142 0.327 0.111 0.021 0.004 0.002 77 G 0.017 0.012 0.012 0.011 0.008 0.003 0.003 0.006 0.022 0.705 0.201 78 D 0.074 0.409 0.055 0.007 0.363 0.004 0.007 0.014 0.015 0.037 0.015 79 R 0.267 0.067 0.004 0.001 0.639 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 80 I 0.234 0.084 0.007 0.003 0.651 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 81 E 0.241 0.079 0.007 0.001 0.643 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 82 I 0.291 0.095 0.014 0.003 0.515 0.002 0.005 0.009 0.001 0.007 0.058 83 Y 0.214 0.155 0.063 0.030 0.295 0.019 0.024 0.021 0.014 0.074 0.091 84 R 0.021 0.347 0.397 0.056 0.102 0.010 0.011 0.036 0.010 0.005 0.007 85 P 0.105 0.267 0.092 0.014 0.213 0.013 0.042 0.130 0.065 0.026 0.034 86 L 0.156 0.101 0.032 0.026 0.255 0.065 0.073 0.080 0.067 0.071 0.074 87 L 0.200 0.128 0.034 0.009 0.300 0.010 0.030 0.086 0.048 0.088 0.066 88 A 0.036 0.227 0.247 0.067 0.100 0.060 0.057 0.040 0.036 0.100 0.030 89 D 0.233 0.176 0.051 0.001 0.491 0.001 0.003 0.004 0.002 0.008 0.030 90 P 0.007 0.038 0.012 0.001 0.018 0.001 0.004 0.405 0.476 0.034 0.004 91 K 0.003 0.011 0.004 0.001 0.009 0.005 0.028 0.668 0.246 0.023 0.002 92 E 0.024 0.017 0.005 0.001 0.032 0.003 0.022 0.672 0.145 0.068 0.010 93 I 0.019 0.025 0.007 0.003 0.041 0.006 0.022 0.651 0.158 0.059 0.009 94 R 0.058 0.072 0.023 0.006 0.079 0.009 0.039 0.490 0.129 0.067 0.027 95 R 0.051 0.090 0.074 0.038 0.082 0.035 0.071 0.291 0.107 0.132 0.031 96 E 0.014 0.161 0.163 0.138 0.050 0.087 0.202 0.119 0.035 0.024 0.008 97 G 0.038 0.091 0.143 0.156 0.042 0.047 0.042 0.069 0.062 0.231 0.080