# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.723 0.166 0.063 0.031 0.012 0.004 0.001 2 A 0.642 0.188 0.096 0.049 0.019 0.006 0.001 3 H 0.634 0.209 0.093 0.044 0.015 0.004 0.001 4 H 0.584 0.219 0.106 0.057 0.024 0.008 0.001 5 H 0.492 0.231 0.140 0.082 0.038 0.015 0.002 6 H 0.407 0.245 0.165 0.108 0.051 0.020 0.003 7 H 0.361 0.267 0.176 0.119 0.054 0.020 0.003 8 H 0.412 0.253 0.159 0.110 0.048 0.016 0.002 9 S 0.429 0.320 0.145 0.074 0.024 0.006 0.001 10 L 0.330 0.272 0.199 0.139 0.050 0.010 0.001 11 N 0.383 0.381 0.155 0.062 0.016 0.003 0.001 12 Q 0.149 0.367 0.303 0.143 0.034 0.004 0.001 13 I 0.005 0.027 0.082 0.253 0.420 0.205 0.008 14 N 0.015 0.118 0.334 0.377 0.133 0.021 0.003 15 I 0.001 0.004 0.014 0.056 0.219 0.582 0.124 16 E 0.001 0.011 0.066 0.275 0.336 0.267 0.045 17 I 0.001 0.005 0.018 0.046 0.153 0.511 0.266 18 A 0.001 0.003 0.006 0.019 0.079 0.445 0.446 19 Y 0.001 0.007 0.026 0.089 0.228 0.435 0.212 20 A 0.003 0.010 0.033 0.111 0.287 0.434 0.122 21 F 0.021 0.120 0.221 0.327 0.231 0.074 0.005 22 P 0.076 0.219 0.283 0.260 0.124 0.034 0.004 23 E 0.350 0.374 0.172 0.073 0.023 0.006 0.001 24 R 0.228 0.355 0.240 0.130 0.038 0.009 0.001 25 Y 0.055 0.105 0.185 0.275 0.259 0.114 0.007 26 Y 0.046 0.166 0.248 0.288 0.181 0.067 0.004 27 L 0.026 0.080 0.162 0.288 0.288 0.146 0.011 28 K 0.097 0.238 0.256 0.246 0.122 0.038 0.003 29 S 0.115 0.341 0.297 0.168 0.061 0.017 0.001 30 F 0.010 0.026 0.087 0.265 0.397 0.205 0.010 31 Q 0.129 0.446 0.286 0.111 0.025 0.004 0.001 32 V 0.025 0.072 0.180 0.375 0.282 0.065 0.002 33 D 0.284 0.417 0.191 0.084 0.021 0.003 0.001 34 E 0.256 0.399 0.230 0.092 0.019 0.003 0.001 35 G 0.115 0.275 0.306 0.205 0.079 0.019 0.001 36 I 0.045 0.132 0.200 0.278 0.250 0.091 0.004 37 T 0.022 0.108 0.229 0.290 0.228 0.112 0.011 38 V 0.002 0.006 0.018 0.083 0.288 0.512 0.091 39 Q 0.011 0.077 0.204 0.317 0.255 0.121 0.015 40 T 0.021 0.167 0.295 0.273 0.158 0.075 0.011 41 A 0.007 0.014 0.032 0.119 0.300 0.435 0.093 42 I 0.011 0.031 0.065 0.174 0.335 0.328 0.056 43 T 0.055 0.195 0.256 0.250 0.153 0.077 0.014 44 Q 0.047 0.147 0.226 0.252 0.190 0.115 0.023 45 S 0.034 0.068 0.122 0.218 0.258 0.233 0.068 46 G 0.071 0.202 0.238 0.213 0.152 0.099 0.026 47 I 0.048 0.061 0.086 0.181 0.277 0.277 0.071 48 L 0.059 0.123 0.185 0.262 0.232 0.124 0.015 49 S 0.210 0.326 0.234 0.138 0.061 0.024 0.006 50 Q 0.114 0.236 0.267 0.224 0.112 0.041 0.006 51 F 0.050 0.097 0.156 0.254 0.271 0.156 0.017 52 P 0.193 0.230 0.205 0.179 0.118 0.061 0.014 53 E 0.349 0.322 0.163 0.093 0.043 0.024 0.005 54 I 0.054 0.098 0.194 0.305 0.237 0.102 0.009 55 D 0.223 0.331 0.228 0.140 0.058 0.017 0.002 56 L 0.136 0.150 0.187 0.251 0.197 0.072 0.007 57 S 0.609 0.263 0.084 0.032 0.009 0.002 0.001 58 T 0.290 0.307 0.207 0.130 0.050 0.014 0.002 59 N 0.065 0.113 0.169 0.250 0.238 0.149 0.016 60 K 0.034 0.079 0.149 0.259 0.280 0.167 0.033 61 I 0.010 0.017 0.036 0.083 0.180 0.411 0.262 62 G 0.011 0.023 0.045 0.088 0.157 0.375 0.300 63 I 0.009 0.012 0.020 0.042 0.112 0.348 0.457 64 F 0.008 0.018 0.034 0.096 0.207 0.391 0.244 65 S 0.015 0.038 0.070 0.142 0.245 0.355 0.135 66 R 0.029 0.078 0.142 0.252 0.264 0.193 0.041 67 P 0.057 0.181 0.229 0.254 0.186 0.085 0.008 68 I 0.055 0.108 0.198 0.302 0.238 0.090 0.008 69 K 0.274 0.374 0.210 0.098 0.033 0.009 0.001 70 L 0.147 0.159 0.208 0.257 0.172 0.054 0.003 71 T 0.516 0.304 0.114 0.048 0.015 0.003 0.001 72 D 0.341 0.333 0.201 0.095 0.025 0.004 0.001 73 V 0.210 0.323 0.253 0.154 0.050 0.010 0.001 74 L 0.057 0.098 0.182 0.328 0.262 0.071 0.002 75 K 0.431 0.311 0.163 0.071 0.020 0.004 0.001 76 E 0.551 0.306 0.099 0.035 0.008 0.001 0.001 77 G 0.250 0.328 0.226 0.139 0.047 0.010 0.001 78 D 0.133 0.247 0.256 0.225 0.107 0.030 0.003 79 R 0.033 0.099 0.195 0.272 0.250 0.137 0.014 80 I 0.018 0.034 0.059 0.122 0.258 0.401 0.109 81 E 0.012 0.030 0.086 0.189 0.260 0.284 0.139 82 I 0.012 0.025 0.036 0.074 0.172 0.394 0.287 83 Y 0.057 0.079 0.106 0.201 0.231 0.230 0.095 84 R 0.116 0.161 0.161 0.197 0.171 0.156 0.038 85 P 0.202 0.164 0.166 0.180 0.148 0.108 0.031 86 L 0.245 0.124 0.111 0.150 0.165 0.170 0.036 87 L 0.313 0.219 0.191 0.138 0.079 0.049 0.010 88 A 0.470 0.184 0.114 0.103 0.076 0.044 0.008 89 D 0.557 0.225 0.119 0.061 0.025 0.011 0.002 90 P 0.623 0.167 0.088 0.065 0.037 0.018 0.002 91 K 0.741 0.163 0.059 0.025 0.009 0.003 0.001 92 E 0.812 0.132 0.036 0.014 0.004 0.001 0.001 93 I 0.697 0.161 0.082 0.044 0.013 0.003 0.001 94 R 0.678 0.183 0.088 0.039 0.010 0.002 0.001 95 R 0.819 0.132 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 96 E 0.901 0.079 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 97 G 0.912 0.065 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001