# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.121 0.199 0.080 0.007 0.058 0.125 0.196 0.006 0.004 0.005 0.011 0.008 0.010 0.003 0.021 0.020 0.012 0.027 0.015 0.025 0.021 2 A 0.023 0.117 0.213 0.114 0.006 0.054 0.109 0.175 0.006 0.003 0.005 0.011 0.009 0.009 0.005 0.020 0.020 0.008 0.026 0.012 0.019 0.036 3 H 0.023 0.144 0.199 0.100 0.006 0.052 0.123 0.142 0.006 0.005 0.007 0.013 0.008 0.011 0.005 0.021 0.022 0.016 0.025 0.016 0.031 0.026 4 H 0.033 0.113 0.199 0.109 0.010 0.063 0.118 0.141 0.009 0.004 0.007 0.015 0.011 0.011 0.006 0.025 0.022 0.009 0.031 0.014 0.023 0.029 5 H 0.027 0.123 0.200 0.095 0.007 0.054 0.113 0.136 0.009 0.005 0.010 0.013 0.011 0.013 0.009 0.023 0.034 0.014 0.028 0.017 0.023 0.037 6 H 0.024 0.130 0.161 0.097 0.008 0.041 0.106 0.146 0.010 0.004 0.008 0.019 0.012 0.012 0.006 0.029 0.040 0.027 0.029 0.022 0.028 0.042 7 H 0.024 0.154 0.164 0.093 0.006 0.062 0.087 0.077 0.011 0.005 0.009 0.015 0.013 0.010 0.009 0.034 0.031 0.043 0.028 0.019 0.030 0.077 8 H 0.014 0.108 0.214 0.098 0.009 0.031 0.067 0.073 0.010 0.006 0.011 0.019 0.009 0.012 0.003 0.028 0.043 0.086 0.029 0.030 0.040 0.058 9 S 0.026 0.140 0.174 0.128 0.012 0.026 0.096 0.061 0.010 0.003 0.005 0.015 0.010 0.007 0.005 0.033 0.044 0.061 0.016 0.018 0.026 0.084 10 L 0.022 0.150 0.224 0.101 0.006 0.042 0.093 0.020 0.012 0.009 0.011 0.013 0.014 0.008 0.008 0.036 0.035 0.045 0.015 0.021 0.047 0.068 11 N 0.036 0.056 0.139 0.105 0.017 0.007 0.114 0.016 0.016 0.009 0.011 0.023 0.012 0.013 0.003 0.055 0.172 0.039 0.029 0.028 0.058 0.042 12 Q 0.059 0.078 0.032 0.029 0.005 0.008 0.100 0.006 0.033 0.009 0.010 0.021 0.043 0.015 0.025 0.139 0.062 0.003 0.042 0.021 0.049 0.212 13 I 0.002 0.129 0.012 0.039 0.001 0.002 0.003 0.001 0.022 0.085 0.021 0.011 0.023 0.033 0.025 0.119 0.143 0.024 0.052 0.027 0.161 0.065 14 N 0.002 0.009 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.065 0.028 0.021 0.057 0.088 0.035 0.005 0.229 0.105 0.001 0.022 0.099 0.150 0.068 15 I 0.001 0.034 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.243 0.036 0.004 0.026 0.047 0.203 0.122 0.054 0.004 0.008 0.016 0.111 0.048 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.116 0.041 0.091 0.106 0.057 0.003 0.090 0.026 0.001 0.001 0.201 0.183 0.004 17 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.113 0.217 0.012 0.049 0.100 0.106 0.103 0.045 0.002 0.001 0.061 0.072 0.035 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.209 0.070 0.103 0.121 0.072 0.008 0.060 0.019 0.005 0.001 0.090 0.128 0.010 19 Y 0.001 0.034 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.114 0.212 0.019 0.054 0.071 0.056 0.106 0.028 0.043 0.001 0.035 0.076 0.023 20 A 0.004 0.048 0.043 0.044 0.006 0.007 0.005 0.001 0.093 0.151 0.056 0.081 0.091 0.064 0.021 0.092 0.019 0.015 0.001 0.039 0.070 0.050 21 F 0.003 0.326 0.038 0.256 0.023 0.019 0.006 0.005 0.024 0.022 0.045 0.015 0.015 0.016 0.008 0.052 0.021 0.053 0.002 0.009 0.034 0.009 22 P 0.007 0.046 0.340 0.344 0.042 0.094 0.011 0.015 0.009 0.010 0.006 0.006 0.008 0.005 0.003 0.011 0.011 0.006 0.001 0.003 0.008 0.013 23 E 0.018 0.091 0.164 0.063 0.009 0.035 0.416 0.093 0.006 0.005 0.006 0.003 0.002 0.004 0.003 0.017 0.015 0.016 0.001 0.004 0.017 0.011 24 R 0.044 0.140 0.098 0.084 0.010 0.073 0.262 0.085 0.009 0.004 0.004 0.005 0.007 0.006 0.003 0.053 0.027 0.009 0.013 0.008 0.033 0.022 25 Y 0.022 0.135 0.101 0.084 0.005 0.023 0.110 0.077 0.015 0.009 0.013 0.009 0.007 0.011 0.008 0.072 0.076 0.024 0.033 0.020 0.066 0.081 26 Y 0.013 0.088 0.055 0.046 0.002 0.008 0.041 0.038 0.035 0.010 0.009 0.017 0.020 0.015 0.008 0.128 0.212 0.008 0.074 0.018 0.069 0.085 27 L 0.009 0.095 0.040 0.033 0.001 0.005 0.023 0.010 0.033 0.020 0.017 0.008 0.022 0.020 0.034 0.124 0.157 0.011 0.047 0.022 0.078 0.191 28 K 0.004 0.029 0.020 0.016 0.002 0.002 0.007 0.004 0.031 0.031 0.030 0.041 0.028 0.038 0.007 0.134 0.200 0.008 0.044 0.127 0.169 0.028 29 S 0.011 0.038 0.017 0.024 0.004 0.003 0.013 0.004 0.043 0.047 0.054 0.029 0.039 0.055 0.051 0.088 0.084 0.008 0.019 0.105 0.091 0.174 30 F 0.002 0.058 0.008 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.040 0.068 0.029 0.024 0.025 0.035 0.016 0.115 0.068 0.068 0.011 0.188 0.179 0.047 31 Q 0.006 0.069 0.015 0.047 0.006 0.005 0.005 0.003 0.042 0.038 0.044 0.022 0.042 0.040 0.034 0.076 0.036 0.098 0.006 0.111 0.106 0.149 32 V 0.003 0.147 0.030 0.076 0.003 0.008 0.005 0.003 0.039 0.066 0.042 0.039 0.030 0.045 0.035 0.088 0.027 0.035 0.006 0.086 0.125 0.061 33 D 0.011 0.173 0.117 0.232 0.025 0.027 0.015 0.016 0.027 0.026 0.043 0.034 0.033 0.021 0.022 0.033 0.027 0.037 0.003 0.018 0.033 0.028 34 E 0.020 0.100 0.170 0.410 0.011 0.067 0.061 0.018 0.011 0.008 0.017 0.009 0.008 0.011 0.008 0.022 0.005 0.002 0.002 0.012 0.020 0.008 35 G 0.256 0.049 0.027 0.063 0.211 0.052 0.236 0.039 0.002 0.003 0.004 0.005 0.003 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.004 0.014 0.005 36 I 0.006 0.121 0.092 0.128 0.003 0.360 0.023 0.151 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.011 0.003 0.001 0.051 0.010 0.017 0.006 37 T 0.004 0.155 0.034 0.142 0.003 0.082 0.029 0.521 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 38 V 0.002 0.005 0.047 0.008 0.001 0.322 0.010 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.003 0.041 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.003 0.002 0.498 0.001 0.001 0.005 0.159 0.328 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.123 0.011 0.285 0.018 0.001 0.017 0.347 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 46 G 0.751 0.014 0.021 0.004 0.043 0.017 0.058 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.001 47 I 0.004 0.049 0.266 0.065 0.001 0.075 0.032 0.234 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 0.243 0.001 0.002 0.005 48 L 0.003 0.026 0.279 0.013 0.001 0.007 0.199 0.405 0.003 0.001 0.001 0.018 0.008 0.005 0.001 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.006 0.009 49 S 0.024 0.069 0.169 0.028 0.002 0.023 0.329 0.273 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.005 0.009 0.005 0.004 0.031 0.001 0.004 0.006 50 Q 0.022 0.089 0.392 0.043 0.004 0.028 0.311 0.022 0.003 0.003 0.001 0.009 0.004 0.006 0.002 0.006 0.007 0.002 0.016 0.006 0.009 0.017 51 F 0.007 0.468 0.145 0.200 0.005 0.055 0.009 0.017 0.003 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.008 0.025 0.003 0.020 0.008 0.005 0.002 52 P 0.008 0.030 0.265 0.528 0.025 0.047 0.022 0.041 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 53 E 0.008 0.065 0.051 0.037 0.005 0.016 0.696 0.075 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 0.003 0.005 0.004 0.007 0.003 0.002 0.005 0.003 54 I 0.011 0.384 0.099 0.237 0.002 0.031 0.085 0.033 0.006 0.004 0.005 0.010 0.006 0.009 0.004 0.013 0.007 0.010 0.007 0.004 0.012 0.021 55 D 0.011 0.436 0.062 0.206 0.010 0.024 0.016 0.022 0.007 0.006 0.006 0.011 0.006 0.005 0.009 0.016 0.009 0.100 0.004 0.006 0.018 0.013 56 L 0.012 0.043 0.478 0.060 0.012 0.215 0.032 0.041 0.010 0.003 0.005 0.007 0.008 0.007 0.006 0.011 0.007 0.013 0.007 0.002 0.006 0.016 57 S 0.012 0.052 0.191 0.053 0.007 0.017 0.352 0.194 0.008 0.002 0.005 0.018 0.008 0.006 0.002 0.011 0.015 0.024 0.004 0.004 0.006 0.009 58 T 0.046 0.085 0.162 0.103 0.006 0.076 0.279 0.078 0.010 0.003 0.009 0.013 0.013 0.008 0.004 0.020 0.021 0.006 0.009 0.005 0.013 0.029 59 N 0.078 0.123 0.149 0.067 0.011 0.020 0.146 0.047 0.012 0.011 0.012 0.015 0.010 0.025 0.006 0.044 0.056 0.017 0.038 0.015 0.056 0.044 60 K 0.035 0.087 0.071 0.043 0.006 0.015 0.043 0.022 0.027 0.009 0.015 0.022 0.024 0.015 0.012 0.090 0.093 0.005 0.187 0.029 0.067 0.081 61 I 0.007 0.143 0.062 0.077 0.002 0.007 0.019 0.011 0.029 0.027 0.028 0.010 0.019 0.042 0.021 0.091 0.095 0.019 0.070 0.023 0.058 0.138 62 G 0.017 0.040 0.019 0.030 0.014 0.005 0.015 0.007 0.034 0.021 0.026 0.067 0.039 0.041 0.007 0.106 0.105 0.010 0.118 0.095 0.144 0.039 63 I 0.004 0.065 0.026 0.040 0.001 0.006 0.008 0.007 0.033 0.025 0.039 0.012 0.029 0.040 0.063 0.058 0.047 0.027 0.026 0.041 0.060 0.344 64 F 0.003 0.030 0.021 0.014 0.002 0.002 0.005 0.003 0.030 0.034 0.023 0.117 0.041 0.025 0.004 0.087 0.079 0.019 0.005 0.270 0.174 0.013 65 S 0.024 0.095 0.058 0.066 0.006 0.010 0.047 0.003 0.035 0.023 0.032 0.011 0.015 0.022 0.087 0.057 0.044 0.009 0.008 0.051 0.058 0.238 66 R 0.010 0.191 0.048 0.105 0.017 0.015 0.011 0.005 0.041 0.034 0.026 0.033 0.037 0.041 0.006 0.117 0.078 0.014 0.020 0.066 0.078 0.007 67 P 0.006 0.094 0.038 0.607 0.012 0.008 0.013 0.007 0.006 0.008 0.008 0.004 0.011 0.010 0.037 0.010 0.009 0.007 0.005 0.010 0.014 0.077 68 I 0.006 0.246 0.055 0.133 0.005 0.017 0.030 0.012 0.015 0.029 0.021 0.036 0.014 0.023 0.004 0.050 0.044 0.011 0.007 0.092 0.130 0.020 69 K 0.007 0.328 0.046 0.401 0.008 0.015 0.017 0.014 0.007 0.007 0.005 0.004 0.005 0.005 0.014 0.018 0.011 0.012 0.009 0.008 0.023 0.034 70 L 0.012 0.163 0.204 0.196 0.011 0.085 0.029 0.031 0.012 0.009 0.013 0.020 0.012 0.009 0.012 0.035 0.034 0.011 0.007 0.031 0.044 0.020 71 T 0.020 0.096 0.159 0.154 0.026 0.060 0.169 0.151 0.008 0.004 0.013 0.012 0.009 0.009 0.007 0.014 0.036 0.008 0.006 0.010 0.013 0.017 72 D 0.015 0.106 0.105 0.076 0.008 0.051 0.145 0.246 0.009 0.002 0.004 0.009 0.006 0.005 0.005 0.023 0.029 0.066 0.010 0.023 0.016 0.042 73 V 0.007 0.088 0.106 0.050 0.002 0.037 0.092 0.238 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.004 0.011 0.009 0.220 0.006 0.008 0.009 0.096 74 L 0.009 0.128 0.136 0.058 0.003 0.023 0.084 0.174 0.005 0.002 0.004 0.011 0.004 0.007 0.002 0.028 0.028 0.101 0.012 0.036 0.041 0.103 75 K 0.014 0.166 0.212 0.111 0.008 0.010 0.048 0.068 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.008 0.006 0.265 0.009 0.009 0.014 0.033 76 E 0.071 0.045 0.356 0.198 0.009 0.029 0.213 0.010 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.022 0.006 0.005 0.009 0.006 77 G 0.520 0.008 0.007 0.007 0.132 0.006 0.300 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.002 78 D 0.010 0.102 0.016 0.087 0.004 0.014 0.008 0.003 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.010 0.016 0.002 0.686 0.005 0.012 0.004 79 R 0.009 0.124 0.080 0.142 0.003 0.013 0.015 0.027 0.029 0.006 0.012 0.022 0.063 0.024 0.012 0.037 0.029 0.001 0.063 0.008 0.012 0.270 80 I 0.002 0.186 0.021 0.047 0.001 0.007 0.009 0.011 0.024 0.018 0.032 0.018 0.028 0.052 0.026 0.062 0.049 0.004 0.255 0.014 0.070 0.064 81 E 0.004 0.033 0.023 0.026 0.003 0.005 0.007 0.019 0.070 0.024 0.036 0.053 0.082 0.068 0.009 0.052 0.045 0.010 0.223 0.039 0.078 0.094 82 I 0.004 0.056 0.020 0.021 0.001 0.004 0.010 0.019 0.064 0.044 0.042 0.048 0.038 0.060 0.030 0.078 0.066 0.019 0.022 0.178 0.119 0.059 83 Y 0.008 0.052 0.114 0.020 0.003 0.018 0.029 0.011 0.080 0.036 0.021 0.045 0.065 0.044 0.031 0.083 0.034 0.006 0.005 0.091 0.087 0.118 84 R 0.005 0.099 0.066 0.059 0.005 0.029 0.006 0.024 0.050 0.019 0.054 0.018 0.024 0.044 0.006 0.139 0.055 0.006 0.011 0.165 0.102 0.012 85 P 0.018 0.031 0.120 0.382 0.026 0.013 0.021 0.085 0.014 0.013 0.019 0.013 0.020 0.017 0.014 0.019 0.071 0.002 0.003 0.022 0.023 0.054 86 L 0.013 0.153 0.124 0.062 0.002 0.023 0.178 0.076 0.020 0.015 0.017 0.018 0.011 0.024 0.008 0.057 0.012 0.003 0.007 0.050 0.100 0.028 87 L 0.028 0.221 0.091 0.110 0.016 0.026 0.127 0.080 0.010 0.009 0.014 0.014 0.012 0.024 0.008 0.062 0.007 0.018 0.013 0.028 0.064 0.017 88 A 0.007 0.129 0.371 0.153 0.005 0.024 0.098 0.026 0.006 0.004 0.004 0.011 0.003 0.009 0.004 0.041 0.004 0.001 0.007 0.025 0.047 0.022 89 D 0.008 0.602 0.024 0.221 0.023 0.020 0.021 0.032 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.007 0.002 0.003 0.010 0.002 90 P 0.003 0.004 0.227 0.017 0.004 0.711 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.006 0.033 0.004 0.001 0.011 0.118 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.002 0.021 0.014 0.015 0.001 0.033 0.077 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 93 I 0.001 0.031 0.046 0.087 0.001 0.018 0.030 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 94 R 0.005 0.129 0.174 0.063 0.002 0.013 0.094 0.388 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.007 0.008 0.048 0.014 0.008 0.017 0.016 95 R 0.011 0.095 0.384 0.078 0.004 0.009 0.153 0.171 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.031 0.004 0.003 0.009 0.026 96 E 0.050 0.079 0.343 0.196 0.005 0.014 0.251 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.005 0.003 0.006 0.004 97 G 0.564 0.034 0.045 0.040 0.147 0.011 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002