# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.009 0.048 0.052 0.070 0.011 0.096 0.211 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.042 0.022 0.160 0.063 0.085 0.104 0.001 2 A 0.007 0.008 0.034 0.038 0.087 0.012 0.116 0.207 0.009 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.036 0.024 0.185 0.063 0.076 0.086 0.001 3 H 0.006 0.006 0.044 0.048 0.060 0.012 0.131 0.189 0.009 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.022 0.165 0.047 0.099 0.107 0.001 4 H 0.005 0.006 0.029 0.040 0.081 0.012 0.138 0.160 0.009 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.035 0.023 0.189 0.074 0.083 0.103 0.001 5 H 0.004 0.006 0.043 0.043 0.069 0.011 0.145 0.147 0.006 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.038 0.025 0.174 0.069 0.100 0.106 0.001 6 H 0.005 0.007 0.046 0.054 0.109 0.014 0.114 0.148 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.034 0.023 0.137 0.080 0.103 0.107 0.001 7 H 0.007 0.008 0.046 0.064 0.117 0.010 0.097 0.114 0.007 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.044 0.025 0.165 0.068 0.121 0.094 0.001 8 H 0.007 0.008 0.058 0.063 0.100 0.016 0.110 0.121 0.006 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.049 0.020 0.171 0.046 0.085 0.128 0.001 9 S 0.006 0.007 0.039 0.052 0.137 0.010 0.126 0.079 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.029 0.104 0.093 0.125 0.144 0.002 10 L 0.007 0.005 0.063 0.039 0.119 0.003 0.084 0.032 0.011 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.038 0.030 0.239 0.053 0.132 0.130 0.002 11 N 0.012 0.014 0.102 0.078 0.091 0.022 0.254 0.033 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.005 0.039 0.019 0.106 0.054 0.058 0.093 0.003 12 Q 0.034 0.037 0.074 0.097 0.261 0.006 0.111 0.009 0.005 0.005 0.004 0.006 0.013 0.008 0.025 0.052 0.053 0.073 0.078 0.044 0.007 13 I 0.054 0.074 0.159 0.137 0.139 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.013 0.013 0.040 0.027 0.115 0.034 0.018 0.014 0.054 0.065 0.016 14 N 0.088 0.143 0.078 0.134 0.152 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.056 0.061 0.096 0.030 0.010 0.010 0.021 0.019 0.043 15 I 0.147 0.177 0.029 0.032 0.196 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.031 0.086 0.099 0.058 0.067 0.002 0.002 0.007 0.004 0.023 16 E 0.163 0.160 0.094 0.083 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.032 0.100 0.133 0.138 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 17 I 0.159 0.208 0.007 0.020 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.066 0.098 0.124 0.020 0.052 0.001 0.001 0.003 0.001 0.078 18 A 0.194 0.195 0.064 0.049 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.035 0.139 0.141 0.110 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 19 Y 0.182 0.218 0.030 0.104 0.113 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.035 0.061 0.086 0.025 0.049 0.002 0.004 0.006 0.006 0.039 20 A 0.155 0.176 0.048 0.060 0.176 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.061 0.044 0.141 0.043 0.010 0.009 0.015 0.013 0.011 21 F 0.061 0.054 0.135 0.220 0.053 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.016 0.025 0.108 0.029 0.016 0.017 0.083 0.142 0.006 22 P 0.010 0.008 0.029 0.027 0.303 0.002 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.045 0.280 0.033 0.041 0.170 0.001 23 E 0.006 0.013 0.036 0.033 0.065 0.015 0.416 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.016 0.176 0.057 0.030 0.067 0.001 24 R 0.034 0.044 0.118 0.113 0.102 0.009 0.206 0.029 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.022 0.010 0.103 0.082 0.046 0.065 0.002 25 Y 0.082 0.114 0.069 0.062 0.363 0.003 0.048 0.020 0.002 0.001 0.007 0.007 0.016 0.004 0.019 0.027 0.039 0.029 0.042 0.038 0.006 26 Y 0.170 0.251 0.122 0.193 0.099 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.005 0.009 0.025 0.005 0.041 0.005 0.016 0.006 0.014 0.014 0.006 27 L 0.190 0.198 0.021 0.038 0.407 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.018 0.012 0.025 0.008 0.014 0.015 0.008 0.004 0.009 0.005 0.012 28 K 0.192 0.234 0.147 0.224 0.027 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.012 0.038 0.009 0.070 0.002 0.005 0.002 0.005 0.006 0.011 29 S 0.158 0.177 0.009 0.025 0.485 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.016 0.012 0.034 0.008 0.010 0.020 0.005 0.004 0.007 0.004 0.018 30 F 0.201 0.174 0.226 0.201 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.027 0.006 0.072 0.002 0.002 0.003 0.008 0.010 0.014 31 Q 0.101 0.098 0.024 0.046 0.483 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.022 0.009 0.013 0.063 0.013 0.016 0.045 0.016 0.021 32 V 0.066 0.067 0.161 0.180 0.076 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.020 0.010 0.212 0.014 0.027 0.016 0.054 0.064 0.004 33 D 0.009 0.010 0.030 0.047 0.123 0.002 0.022 0.006 0.008 0.006 0.002 0.003 0.003 0.004 0.038 0.074 0.074 0.042 0.141 0.354 0.002 34 E 0.002 0.001 0.016 0.012 0.038 0.004 0.080 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.017 0.565 0.022 0.035 0.160 0.001 35 G 0.001 0.002 0.006 0.004 0.017 0.010 0.593 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.041 0.237 0.023 0.016 0.001 36 I 0.007 0.006 0.108 0.045 0.013 0.003 0.032 0.092 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.030 0.033 0.116 0.047 0.185 0.269 0.001 37 T 0.004 0.005 0.008 0.010 0.092 0.003 0.014 0.325 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.013 0.041 0.115 0.037 0.133 0.186 0.001 38 V 0.001 0.001 0.013 0.004 0.003 0.001 0.010 0.497 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.422 0.007 0.009 0.004 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.945 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.113 0.296 0.355 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.175 0.007 0.003 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.691 0.113 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.086 0.013 0.023 0.052 0.001 46 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.070 0.084 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.107 0.619 0.062 0.031 0.001 47 I 0.001 0.001 0.013 0.002 0.014 0.004 0.025 0.233 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.045 0.285 0.180 0.088 0.074 0.001 48 L 0.001 0.001 0.016 0.008 0.007 0.023 0.072 0.406 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.003 0.366 0.008 0.016 0.017 0.001 49 S 0.001 0.003 0.005 0.015 0.015 0.116 0.270 0.283 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.027 0.104 0.030 0.022 0.042 0.001 50 Q 0.002 0.002 0.007 0.010 0.029 0.003 0.293 0.059 0.007 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.030 0.019 0.320 0.091 0.043 0.069 0.001 51 F 0.002 0.001 0.022 0.011 0.017 0.001 0.027 0.027 0.014 0.002 0.003 0.003 0.001 0.007 0.020 0.030 0.067 0.065 0.408 0.271 0.001 52 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.007 0.023 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.833 0.018 0.007 0.045 0.001 53 E 0.001 0.001 0.006 0.008 0.011 0.064 0.643 0.051 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.009 0.056 0.066 0.034 0.022 0.001 54 I 0.002 0.003 0.025 0.032 0.033 0.003 0.086 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.029 0.023 0.053 0.050 0.291 0.342 0.002 55 D 0.003 0.003 0.042 0.024 0.113 0.002 0.019 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.022 0.029 0.070 0.086 0.197 0.350 0.003 56 L 0.003 0.002 0.067 0.013 0.071 0.002 0.017 0.022 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.048 0.037 0.588 0.038 0.031 0.048 0.001 57 S 0.006 0.009 0.075 0.059 0.034 0.040 0.339 0.084 0.007 0.006 0.002 0.002 0.007 0.020 0.080 0.015 0.083 0.021 0.048 0.063 0.002 58 T 0.011 0.018 0.020 0.052 0.146 0.008 0.254 0.023 0.005 0.006 0.005 0.007 0.012 0.027 0.037 0.085 0.104 0.047 0.075 0.054 0.004 59 N 0.027 0.028 0.129 0.066 0.099 0.004 0.090 0.017 0.003 0.002 0.015 0.013 0.034 0.066 0.145 0.050 0.046 0.050 0.051 0.054 0.011 60 K 0.051 0.060 0.081 0.085 0.165 0.002 0.027 0.006 0.002 0.001 0.014 0.021 0.032 0.077 0.112 0.095 0.045 0.028 0.031 0.045 0.018 61 I 0.055 0.085 0.043 0.040 0.197 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.023 0.021 0.070 0.134 0.148 0.076 0.010 0.009 0.023 0.021 0.025 62 G 0.109 0.130 0.099 0.105 0.060 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.046 0.038 0.082 0.117 0.108 0.029 0.006 0.007 0.015 0.011 0.032 63 I 0.116 0.101 0.041 0.038 0.130 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.054 0.042 0.103 0.154 0.064 0.075 0.008 0.004 0.013 0.007 0.044 64 F 0.077 0.100 0.054 0.124 0.038 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 0.045 0.099 0.153 0.193 0.027 0.007 0.004 0.012 0.010 0.019 65 S 0.057 0.088 0.029 0.047 0.276 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.022 0.020 0.048 0.063 0.076 0.135 0.015 0.019 0.034 0.037 0.013 66 R 0.031 0.030 0.229 0.163 0.042 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.014 0.019 0.188 0.023 0.038 0.019 0.037 0.123 0.006 67 P 0.012 0.016 0.010 0.015 0.420 0.003 0.052 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.008 0.035 0.167 0.064 0.061 0.064 0.056 0.002 68 I 0.008 0.008 0.159 0.141 0.011 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.274 0.009 0.026 0.028 0.075 0.220 0.001 69 K 0.002 0.002 0.010 0.012 0.107 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.042 0.018 0.030 0.257 0.490 0.001 70 L 0.001 0.001 0.041 0.029 0.025 0.002 0.022 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.015 0.552 0.056 0.091 0.097 0.001 71 T 0.003 0.004 0.021 0.011 0.067 0.018 0.522 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.016 0.101 0.046 0.049 0.047 0.001 72 D 0.011 0.014 0.127 0.162 0.068 0.017 0.100 0.054 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.030 0.018 0.061 0.049 0.163 0.111 0.002 73 V 0.012 0.017 0.016 0.040 0.411 0.005 0.067 0.041 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.015 0.047 0.103 0.096 0.082 0.032 0.002 74 L 0.015 0.016 0.154 0.176 0.053 0.006 0.064 0.068 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.112 0.011 0.075 0.032 0.100 0.101 0.002 75 K 0.005 0.004 0.033 0.041 0.191 0.005 0.026 0.033 0.028 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.043 0.100 0.051 0.110 0.289 0.001 76 E 0.001 0.001 0.015 0.006 0.024 0.001 0.074 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.700 0.011 0.024 0.091 0.001 77 G 0.001 0.001 0.006 0.004 0.027 0.001 0.844 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.008 0.051 0.019 0.021 0.001 78 D 0.018 0.021 0.325 0.054 0.079 0.002 0.043 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.008 0.040 0.088 0.028 0.152 0.059 0.052 0.008 79 R 0.044 0.059 0.180 0.071 0.230 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.040 0.032 0.159 0.047 0.042 0.006 0.024 0.019 0.023 80 I 0.061 0.126 0.016 0.032 0.309 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 0.048 0.085 0.113 0.085 0.061 0.003 0.003 0.006 0.004 0.014 81 E 0.071 0.083 0.152 0.187 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.023 0.086 0.102 0.202 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.015 82 I 0.073 0.047 0.010 0.023 0.417 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.035 0.051 0.073 0.034 0.126 0.008 0.003 0.010 0.004 0.023 83 Y 0.068 0.102 0.081 0.075 0.041 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.052 0.048 0.443 0.018 0.008 0.003 0.009 0.009 0.005 84 R 0.052 0.089 0.092 0.277 0.128 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.022 0.012 0.014 0.016 0.057 0.035 0.027 0.013 0.042 0.101 0.011 85 P 0.015 0.061 0.019 0.032 0.373 0.005 0.030 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.006 0.073 0.120 0.081 0.059 0.031 0.065 0.003 86 L 0.068 0.087 0.161 0.137 0.054 0.012 0.111 0.027 0.002 0.001 0.008 0.006 0.019 0.010 0.107 0.021 0.090 0.019 0.021 0.039 0.003 87 L 0.117 0.054 0.078 0.087 0.212 0.005 0.052 0.024 0.001 0.001 0.010 0.009 0.010 0.008 0.030 0.041 0.051 0.039 0.096 0.069 0.008 88 A 0.045 0.034 0.067 0.073 0.101 0.003 0.077 0.016 0.002 0.001 0.004 0.007 0.024 0.010 0.106 0.031 0.164 0.065 0.056 0.113 0.003 89 D 0.009 0.010 0.027 0.075 0.045 0.001 0.010 0.009 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.011 0.014 0.014 0.015 0.307 0.433 0.003 90 P 0.001 0.001 0.009 0.003 0.047 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.861 0.028 0.009 0.015 0.001 91 K 0.001 0.006 0.014 0.009 0.009 0.024 0.344 0.491 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.071 0.008 0.006 0.007 0.001 92 E 0.002 0.010 0.011 0.021 0.047 0.009 0.159 0.586 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.049 0.039 0.011 0.033 0.001 93 I 0.007 0.015 0.016 0.024 0.133 0.004 0.077 0.500 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.017 0.095 0.041 0.017 0.029 0.001 94 R 0.036 0.031 0.108 0.153 0.058 0.008 0.101 0.301 0.007 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.023 0.005 0.071 0.018 0.034 0.026 0.002 95 R 0.032 0.012 0.028 0.047 0.267 0.005 0.119 0.087 0.064 0.005 0.002 0.003 0.005 0.003 0.017 0.011 0.172 0.037 0.054 0.027 0.002 96 E 0.013 0.008 0.044 0.045 0.138 0.003 0.183 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 0.010 0.253 0.018 0.067 0.121 0.001 97 G 0.004 0.006 0.026 0.034 0.117 0.003 0.143 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 0.037 0.363 0.094 0.122 0.002