# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.026 0.460 0.007 0.027 0.188 0.004 0.001 0.009 0.080 0.058 0.046 0.079 2 A 0.016 0.034 0.408 0.009 0.044 0.209 0.005 0.001 0.008 0.065 0.083 0.033 0.085 3 H 0.014 0.021 0.363 0.012 0.051 0.177 0.003 0.001 0.007 0.138 0.107 0.058 0.049 4 H 0.008 0.013 0.362 0.009 0.060 0.167 0.002 0.001 0.007 0.151 0.133 0.031 0.057 5 H 0.009 0.013 0.357 0.008 0.063 0.114 0.002 0.001 0.006 0.167 0.167 0.046 0.048 6 H 0.015 0.026 0.394 0.008 0.055 0.087 0.003 0.001 0.007 0.135 0.128 0.056 0.085 7 H 0.017 0.026 0.396 0.011 0.065 0.066 0.003 0.001 0.008 0.124 0.122 0.052 0.110 8 H 0.013 0.018 0.374 0.017 0.062 0.048 0.002 0.001 0.004 0.155 0.167 0.067 0.072 9 S 0.009 0.018 0.422 0.010 0.077 0.036 0.001 0.001 0.004 0.126 0.165 0.040 0.092 10 L 0.007 0.009 0.256 0.021 0.171 0.066 0.001 0.001 0.004 0.140 0.234 0.020 0.073 11 N 0.012 0.005 0.178 0.055 0.127 0.040 0.002 0.001 0.006 0.246 0.230 0.066 0.033 12 Q 0.069 0.011 0.180 0.029 0.054 0.025 0.016 0.003 0.029 0.077 0.071 0.052 0.385 13 I 0.248 0.006 0.102 0.012 0.002 0.003 0.042 0.007 0.035 0.024 0.003 0.372 0.146 14 N 0.368 0.004 0.035 0.015 0.001 0.001 0.109 0.025 0.078 0.008 0.001 0.135 0.222 15 I 0.421 0.001 0.024 0.007 0.001 0.002 0.141 0.037 0.098 0.002 0.001 0.090 0.177 16 E 0.413 0.001 0.022 0.123 0.001 0.002 0.158 0.039 0.072 0.009 0.001 0.112 0.048 17 I 0.503 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.173 0.039 0.051 0.003 0.001 0.065 0.142 18 A 0.499 0.002 0.032 0.023 0.002 0.002 0.163 0.049 0.048 0.003 0.004 0.052 0.122 19 Y 0.411 0.005 0.071 0.015 0.003 0.002 0.119 0.024 0.073 0.012 0.009 0.145 0.111 20 A 0.116 0.009 0.303 0.024 0.006 0.004 0.030 0.018 0.066 0.088 0.038 0.083 0.214 21 F 0.012 0.011 0.577 0.007 0.008 0.003 0.002 0.001 0.013 0.177 0.028 0.085 0.076 22 P 0.004 0.006 0.312 0.021 0.091 0.029 0.001 0.001 0.003 0.180 0.280 0.010 0.064 23 E 0.005 0.004 0.135 0.030 0.158 0.040 0.001 0.001 0.002 0.227 0.350 0.022 0.026 24 R 0.026 0.012 0.123 0.013 0.281 0.099 0.003 0.001 0.006 0.109 0.152 0.077 0.100 25 Y 0.121 0.013 0.114 0.029 0.042 0.036 0.022 0.001 0.019 0.067 0.052 0.103 0.380 26 Y 0.255 0.012 0.066 0.029 0.006 0.010 0.051 0.003 0.040 0.017 0.018 0.339 0.154 27 L 0.261 0.006 0.027 0.008 0.001 0.002 0.043 0.001 0.021 0.006 0.003 0.044 0.577 28 K 0.167 0.001 0.066 0.147 0.001 0.002 0.025 0.001 0.031 0.026 0.005 0.483 0.046 29 S 0.236 0.002 0.039 0.009 0.001 0.001 0.053 0.003 0.047 0.014 0.003 0.030 0.564 30 F 0.140 0.004 0.076 0.011 0.001 0.001 0.070 0.012 0.091 0.012 0.002 0.514 0.066 31 Q 0.075 0.015 0.115 0.005 0.001 0.001 0.090 0.083 0.250 0.012 0.002 0.050 0.301 32 V 0.010 0.021 0.576 0.024 0.001 0.003 0.015 0.028 0.165 0.030 0.006 0.086 0.035 33 D 0.001 0.006 0.861 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.024 0.045 0.025 0.006 0.020 34 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.075 0.888 0.001 0.001 35 G 0.001 0.001 0.027 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.931 0.001 0.001 36 I 0.001 0.030 0.824 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.012 0.070 0.006 0.027 0.018 37 T 0.002 0.083 0.705 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.010 0.078 0.005 0.007 0.073 38 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.905 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.014 0.406 0.001 0.001 0.001 0.019 0.541 0.001 0.001 46 G 0.001 0.005 0.066 0.001 0.037 0.121 0.001 0.001 0.001 0.037 0.732 0.001 0.001 47 I 0.001 0.023 0.361 0.001 0.131 0.222 0.001 0.001 0.007 0.038 0.197 0.003 0.015 48 L 0.001 0.015 0.110 0.001 0.397 0.148 0.001 0.001 0.004 0.065 0.246 0.006 0.006 49 S 0.001 0.006 0.078 0.001 0.325 0.154 0.001 0.002 0.004 0.065 0.351 0.004 0.008 50 Q 0.001 0.009 0.148 0.003 0.181 0.138 0.001 0.001 0.004 0.121 0.386 0.002 0.007 51 F 0.001 0.005 0.546 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.422 0.011 0.002 0.001 52 P 0.001 0.005 0.404 0.002 0.076 0.013 0.001 0.001 0.001 0.109 0.386 0.001 0.003 53 E 0.001 0.009 0.130 0.001 0.182 0.018 0.001 0.001 0.002 0.110 0.534 0.002 0.011 54 I 0.003 0.063 0.479 0.003 0.108 0.026 0.001 0.001 0.006 0.211 0.050 0.027 0.022 55 D 0.001 0.034 0.783 0.002 0.030 0.021 0.001 0.001 0.005 0.035 0.025 0.012 0.051 56 L 0.002 0.008 0.258 0.004 0.269 0.159 0.001 0.001 0.005 0.072 0.190 0.006 0.026 57 S 0.001 0.007 0.178 0.018 0.263 0.065 0.001 0.001 0.003 0.097 0.344 0.016 0.006 58 T 0.001 0.006 0.133 0.008 0.330 0.055 0.001 0.001 0.007 0.161 0.279 0.006 0.014 59 N 0.005 0.008 0.439 0.044 0.043 0.027 0.002 0.003 0.027 0.220 0.113 0.026 0.045 60 K 0.032 0.032 0.298 0.025 0.019 0.024 0.015 0.029 0.121 0.094 0.019 0.159 0.134 61 I 0.108 0.025 0.063 0.025 0.004 0.012 0.065 0.135 0.220 0.021 0.006 0.053 0.264 62 G 0.287 0.009 0.054 0.033 0.003 0.008 0.093 0.084 0.090 0.007 0.006 0.251 0.076 63 I 0.222 0.015 0.066 0.017 0.004 0.014 0.115 0.063 0.170 0.012 0.018 0.062 0.221 64 F 0.048 0.005 0.137 0.085 0.008 0.011 0.030 0.017 0.165 0.067 0.126 0.240 0.062 65 S 0.028 0.010 0.264 0.092 0.007 0.004 0.009 0.002 0.068 0.162 0.155 0.015 0.183 66 R 0.003 0.007 0.407 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.068 0.141 0.012 0.332 0.021 67 P 0.002 0.046 0.410 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.046 0.021 0.004 0.002 0.454 68 I 0.002 0.028 0.481 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.049 0.004 0.394 0.007 69 K 0.001 0.042 0.626 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 0.040 0.005 0.005 0.251 70 L 0.001 0.013 0.347 0.018 0.151 0.133 0.001 0.001 0.009 0.064 0.223 0.021 0.018 71 T 0.003 0.007 0.192 0.026 0.183 0.101 0.002 0.001 0.010 0.180 0.253 0.011 0.032 72 D 0.002 0.013 0.379 0.014 0.102 0.083 0.002 0.001 0.036 0.213 0.053 0.077 0.025 73 V 0.004 0.081 0.368 0.005 0.034 0.092 0.005 0.007 0.079 0.064 0.057 0.014 0.191 74 L 0.004 0.066 0.616 0.046 0.011 0.036 0.003 0.005 0.045 0.062 0.029 0.044 0.033 75 K 0.002 0.043 0.690 0.006 0.018 0.034 0.001 0.001 0.010 0.083 0.044 0.041 0.029 76 E 0.001 0.001 0.013 0.004 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.033 0.914 0.001 0.001 77 G 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.964 0.001 0.001 78 D 0.003 0.012 0.796 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.011 0.072 0.017 0.021 0.051 79 R 0.081 0.051 0.216 0.011 0.003 0.006 0.038 0.007 0.052 0.051 0.007 0.095 0.383 80 I 0.318 0.009 0.084 0.013 0.004 0.014 0.094 0.025 0.045 0.010 0.006 0.258 0.120 81 E 0.330 0.007 0.035 0.009 0.006 0.033 0.149 0.040 0.059 0.010 0.008 0.113 0.200 82 I 0.286 0.003 0.060 0.042 0.008 0.027 0.123 0.020 0.069 0.011 0.008 0.167 0.175 83 Y 0.221 0.008 0.107 0.034 0.009 0.037 0.040 0.004 0.052 0.046 0.016 0.084 0.343 84 R 0.073 0.011 0.165 0.038 0.038 0.073 0.008 0.001 0.024 0.127 0.049 0.299 0.094 85 P 0.028 0.011 0.218 0.034 0.106 0.060 0.004 0.001 0.014 0.057 0.225 0.011 0.231 86 L 0.030 0.021 0.183 0.011 0.169 0.065 0.007 0.001 0.015 0.114 0.291 0.039 0.055 87 L 0.021 0.035 0.225 0.004 0.062 0.039 0.005 0.001 0.024 0.235 0.242 0.037 0.069 88 A 0.003 0.083 0.460 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.011 0.343 0.027 0.031 0.026 89 D 0.001 0.028 0.838 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.094 0.004 0.003 0.025 90 P 0.001 0.001 0.016 0.001 0.038 0.851 0.001 0.001 0.001 0.012 0.081 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.058 0.907 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.002 93 I 0.002 0.002 0.057 0.001 0.049 0.840 0.001 0.001 0.001 0.013 0.028 0.002 0.006 94 R 0.007 0.017 0.075 0.004 0.053 0.665 0.001 0.001 0.001 0.025 0.131 0.009 0.013 95 R 0.002 0.022 0.114 0.002 0.038 0.471 0.001 0.001 0.001 0.051 0.274 0.003 0.022 96 E 0.001 0.005 0.630 0.001 0.006 0.081 0.001 0.001 0.001 0.156 0.111 0.004 0.004 97 G 0.001 0.002 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.001 0.001