# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.171 0.007 0.018 0.033 0.042 0.084 0.009 0.003 0.033 0.476 2 A 0.090 0.148 0.004 0.018 0.031 0.044 0.087 0.007 0.002 0.031 0.538 3 H 0.090 0.134 0.004 0.023 0.033 0.046 0.094 0.011 0.001 0.042 0.523 4 H 0.096 0.153 0.003 0.029 0.033 0.054 0.104 0.010 0.001 0.057 0.458 5 H 0.061 0.051 0.006 0.034 0.044 0.067 0.107 0.005 0.002 0.110 0.513 6 H 0.038 0.094 0.004 0.036 0.049 0.080 0.109 0.008 0.002 0.074 0.507 7 H 0.123 0.040 0.007 0.031 0.040 0.060 0.098 0.005 0.003 0.120 0.473 8 H 0.058 0.033 0.011 0.045 0.050 0.079 0.126 0.007 0.005 0.122 0.463 9 S 0.118 0.041 0.002 0.015 0.030 0.066 0.114 0.009 0.001 0.063 0.542 10 L 0.057 0.006 0.009 0.038 0.045 0.092 0.121 0.003 0.004 0.091 0.535 11 N 0.012 0.007 0.001 0.043 0.120 0.183 0.127 0.003 0.001 0.059 0.445 12 Q 0.005 0.001 0.001 0.047 0.041 0.105 0.114 0.001 0.001 0.059 0.626 13 I 0.002 0.002 0.001 0.129 0.291 0.169 0.067 0.001 0.001 0.054 0.285 14 N 0.002 0.001 0.001 0.280 0.139 0.265 0.047 0.001 0.001 0.083 0.181 15 I 0.001 0.001 0.001 0.288 0.181 0.131 0.027 0.001 0.001 0.052 0.319 16 E 0.001 0.001 0.001 0.568 0.191 0.173 0.006 0.001 0.001 0.046 0.015 17 I 0.001 0.001 0.001 0.359 0.192 0.254 0.016 0.001 0.001 0.042 0.135 18 A 0.001 0.001 0.001 0.532 0.203 0.201 0.008 0.001 0.001 0.019 0.036 19 Y 0.003 0.001 0.001 0.329 0.115 0.276 0.051 0.001 0.001 0.051 0.173 20 A 0.006 0.003 0.002 0.283 0.114 0.139 0.070 0.001 0.004 0.033 0.346 21 F 0.167 0.033 0.006 0.047 0.050 0.060 0.122 0.014 0.010 0.050 0.441 22 P 0.346 0.062 0.005 0.009 0.008 0.009 0.077 0.012 0.005 0.068 0.398 23 E 0.177 0.056 0.005 0.005 0.011 0.021 0.073 0.013 0.002 0.038 0.596 24 R 0.094 0.034 0.004 0.011 0.034 0.066 0.078 0.006 0.001 0.034 0.639 25 Y 0.025 0.010 0.003 0.016 0.141 0.301 0.100 0.003 0.001 0.074 0.325 26 Y 0.022 0.008 0.001 0.045 0.192 0.291 0.073 0.004 0.001 0.078 0.285 27 L 0.012 0.006 0.001 0.051 0.137 0.203 0.099 0.001 0.001 0.029 0.459 28 K 0.003 0.003 0.001 0.059 0.263 0.447 0.035 0.001 0.001 0.024 0.165 29 S 0.003 0.002 0.001 0.062 0.201 0.407 0.038 0.001 0.001 0.048 0.238 30 F 0.001 0.001 0.001 0.064 0.400 0.328 0.027 0.001 0.001 0.024 0.155 31 Q 0.022 0.006 0.004 0.103 0.206 0.265 0.057 0.002 0.003 0.076 0.257 32 V 0.163 0.025 0.002 0.068 0.056 0.068 0.059 0.010 0.002 0.085 0.462 33 D 0.155 0.061 0.002 0.035 0.011 0.018 0.077 0.004 0.002 0.147 0.489 34 E 0.011 0.260 0.002 0.013 0.008 0.016 0.076 0.004 0.001 0.070 0.539 35 G 0.023 0.565 0.001 0.011 0.013 0.021 0.040 0.003 0.001 0.059 0.265 36 I 0.004 0.175 0.001 0.012 0.022 0.015 0.016 0.001 0.001 0.695 0.060 37 T 0.001 0.955 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.016 38 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 39 Q 0.003 0.173 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.807 0.010 40 T 0.007 0.765 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.165 0.043 41 A 0.079 0.391 0.027 0.003 0.001 0.001 0.012 0.047 0.004 0.374 0.062 42 I 0.038 0.240 0.085 0.005 0.001 0.001 0.032 0.012 0.054 0.393 0.141 43 T 0.033 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.003 0.001 0.017 0.421 44 Q 0.025 0.778 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.002 0.011 0.131 45 S 0.130 0.333 0.007 0.002 0.001 0.001 0.049 0.020 0.003 0.262 0.192 46 G 0.046 0.400 0.026 0.005 0.001 0.001 0.058 0.007 0.016 0.193 0.247 47 I 0.306 0.317 0.019 0.003 0.001 0.001 0.057 0.044 0.005 0.059 0.188 48 L 0.377 0.069 0.016 0.019 0.002 0.004 0.076 0.016 0.012 0.090 0.320 49 S 0.045 0.036 0.002 0.017 0.004 0.011 0.183 0.002 0.002 0.022 0.675 50 Q 0.034 0.042 0.009 0.023 0.003 0.009 0.122 0.010 0.004 0.031 0.714 51 F 0.365 0.040 0.004 0.011 0.008 0.008 0.145 0.055 0.002 0.092 0.269 52 P 0.095 0.022 0.002 0.038 0.006 0.022 0.129 0.005 0.001 0.064 0.616 53 E 0.032 0.007 0.004 0.036 0.009 0.029 0.101 0.001 0.001 0.054 0.726 54 I 0.010 0.003 0.002 0.069 0.057 0.057 0.119 0.003 0.001 0.055 0.624 55 D 0.194 0.028 0.003 0.058 0.029 0.045 0.113 0.007 0.002 0.117 0.404 56 L 0.114 0.015 0.005 0.056 0.016 0.022 0.109 0.006 0.002 0.087 0.567 57 S 0.052 0.010 0.001 0.040 0.027 0.049 0.139 0.005 0.001 0.035 0.641 58 T 0.043 0.011 0.001 0.080 0.039 0.077 0.160 0.004 0.001 0.042 0.541 59 N 0.021 0.009 0.001 0.109 0.090 0.115 0.117 0.005 0.001 0.056 0.477 60 K 0.015 0.009 0.001 0.166 0.146 0.155 0.083 0.003 0.001 0.049 0.373 61 I 0.005 0.004 0.002 0.243 0.135 0.197 0.081 0.002 0.001 0.038 0.293 62 G 0.009 0.004 0.002 0.415 0.127 0.184 0.043 0.002 0.001 0.064 0.149 63 I 0.058 0.003 0.002 0.291 0.111 0.143 0.066 0.002 0.001 0.079 0.244 64 F 0.014 0.003 0.001 0.211 0.091 0.189 0.091 0.002 0.001 0.041 0.356 65 S 0.029 0.008 0.001 0.078 0.031 0.080 0.113 0.003 0.001 0.032 0.625 66 R 0.043 0.003 0.001 0.068 0.120 0.132 0.146 0.010 0.001 0.091 0.383 67 P 0.047 0.005 0.001 0.040 0.035 0.048 0.137 0.001 0.001 0.045 0.640 68 I 0.010 0.009 0.002 0.042 0.070 0.101 0.143 0.005 0.001 0.030 0.588 69 K 0.350 0.143 0.004 0.012 0.016 0.017 0.068 0.007 0.003 0.028 0.352 70 L 0.151 0.163 0.004 0.010 0.011 0.020 0.084 0.050 0.002 0.051 0.455 71 T 0.126 0.192 0.002 0.005 0.009 0.023 0.056 0.009 0.001 0.045 0.532 72 D 0.110 0.201 0.017 0.025 0.044 0.112 0.080 0.006 0.004 0.079 0.324 73 V 0.087 0.052 0.026 0.012 0.064 0.085 0.105 0.006 0.012 0.055 0.496 74 L 0.247 0.011 0.008 0.014 0.047 0.057 0.056 0.009 0.005 0.046 0.501 75 K 0.305 0.004 0.001 0.006 0.018 0.023 0.071 0.003 0.001 0.042 0.526 76 E 0.011 0.001 0.001 0.009 0.007 0.022 0.130 0.002 0.001 0.011 0.806 77 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.019 0.039 0.110 0.001 0.001 0.019 0.792 78 D 0.003 0.006 0.001 0.122 0.290 0.228 0.062 0.001 0.001 0.053 0.236 79 R 0.002 0.003 0.001 0.138 0.146 0.284 0.057 0.001 0.001 0.062 0.305 80 I 0.001 0.004 0.001 0.291 0.292 0.200 0.022 0.001 0.001 0.028 0.160 81 E 0.006 0.001 0.001 0.252 0.252 0.248 0.029 0.001 0.001 0.042 0.169 82 I 0.001 0.001 0.001 0.223 0.216 0.186 0.033 0.001 0.001 0.013 0.326 83 Y 0.024 0.018 0.002 0.216 0.128 0.169 0.076 0.005 0.002 0.027 0.332 84 R 0.326 0.019 0.005 0.042 0.134 0.075 0.070 0.029 0.004 0.076 0.220 85 P 0.059 0.032 0.001 0.060 0.059 0.130 0.095 0.011 0.001 0.029 0.523 86 L 0.088 0.017 0.001 0.050 0.065 0.184 0.083 0.002 0.001 0.036 0.473 87 L 0.010 0.015 0.003 0.076 0.117 0.130 0.117 0.001 0.001 0.032 0.499 88 A 0.003 0.022 0.004 0.033 0.070 0.080 0.097 0.001 0.002 0.012 0.676 89 D 0.311 0.373 0.003 0.007 0.028 0.021 0.030 0.036 0.002 0.027 0.163 90 P 0.357 0.378 0.005 0.003 0.002 0.003 0.025 0.012 0.002 0.037 0.176 91 K 0.077 0.247 0.020 0.012 0.008 0.028 0.054 0.007 0.005 0.071 0.471 92 E 0.117 0.040 0.015 0.016 0.046 0.132 0.067 0.007 0.003 0.102 0.455 93 I 0.139 0.005 0.009 0.024 0.069 0.096 0.069 0.007 0.003 0.108 0.470 94 R 0.137 0.001 0.002 0.017 0.038 0.039 0.057 0.002 0.001 0.032 0.674 95 R 0.020 0.001 0.001 0.003 0.010 0.011 0.059 0.001 0.001 0.005 0.890 96 E 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.096 0.008 0.001 0.005 0.863 97 G 0.019 0.001 0.001 0.004 0.010 0.011 0.112 0.008 0.001 0.013 0.823