# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.194 0.027 0.030 0.037 0.087 0.086 0.460 2 A 0.094 0.164 0.021 0.023 0.033 0.089 0.083 0.495 3 H 0.093 0.153 0.018 0.023 0.031 0.085 0.093 0.505 4 H 0.127 0.152 0.013 0.019 0.028 0.087 0.067 0.507 5 H 0.061 0.049 0.024 0.033 0.037 0.097 0.167 0.531 6 H 0.061 0.054 0.023 0.043 0.053 0.106 0.122 0.537 7 H 0.076 0.020 0.028 0.028 0.049 0.107 0.131 0.561 8 H 0.078 0.009 0.029 0.037 0.035 0.101 0.080 0.630 9 S 0.250 0.013 0.013 0.013 0.033 0.063 0.072 0.543 10 L 0.057 0.004 0.017 0.010 0.019 0.103 0.039 0.752 11 N 0.019 0.005 0.068 0.062 0.235 0.106 0.041 0.463 12 Q 0.002 0.002 0.062 0.052 0.161 0.081 0.046 0.595 13 I 0.001 0.001 0.253 0.280 0.291 0.047 0.031 0.097 14 N 0.003 0.004 0.294 0.188 0.279 0.026 0.079 0.128 15 I 0.002 0.005 0.242 0.340 0.209 0.021 0.064 0.117 16 E 0.001 0.002 0.459 0.179 0.282 0.009 0.038 0.030 17 I 0.007 0.002 0.286 0.273 0.321 0.012 0.055 0.044 18 A 0.007 0.003 0.294 0.252 0.272 0.016 0.025 0.131 19 Y 0.004 0.002 0.139 0.310 0.398 0.026 0.019 0.101 20 A 0.008 0.004 0.077 0.100 0.202 0.125 0.036 0.450 21 F 0.130 0.016 0.047 0.129 0.114 0.131 0.054 0.381 22 P 0.239 0.038 0.007 0.015 0.022 0.078 0.041 0.559 23 E 0.120 0.063 0.016 0.015 0.038 0.104 0.051 0.592 24 R 0.078 0.046 0.021 0.068 0.196 0.091 0.073 0.427 25 Y 0.019 0.010 0.022 0.135 0.164 0.066 0.069 0.515 26 Y 0.011 0.005 0.032 0.232 0.366 0.060 0.042 0.251 27 L 0.016 0.002 0.026 0.114 0.318 0.050 0.060 0.415 28 K 0.024 0.002 0.026 0.340 0.323 0.043 0.022 0.220 29 S 0.005 0.001 0.043 0.131 0.318 0.050 0.011 0.441 30 F 0.006 0.002 0.039 0.201 0.336 0.072 0.020 0.324 31 Q 0.006 0.002 0.099 0.248 0.330 0.049 0.050 0.216 32 V 0.079 0.004 0.027 0.064 0.060 0.053 0.025 0.687 33 D 0.488 0.017 0.019 0.056 0.024 0.037 0.168 0.191 34 E 0.021 0.054 0.013 0.009 0.026 0.113 0.013 0.753 35 G 0.010 0.064 0.016 0.005 0.025 0.080 0.019 0.780 36 I 0.015 0.182 0.055 0.178 0.049 0.061 0.273 0.186 37 T 0.012 0.920 0.007 0.006 0.009 0.007 0.021 0.018 38 V 0.079 0.877 0.005 0.003 0.004 0.003 0.011 0.018 39 Q 0.011 0.165 0.047 0.018 0.016 0.012 0.690 0.040 40 T 0.015 0.664 0.009 0.006 0.010 0.015 0.192 0.089 41 A 0.137 0.386 0.073 0.011 0.018 0.046 0.226 0.104 42 I 0.037 0.289 0.088 0.054 0.038 0.071 0.247 0.175 43 T 0.151 0.323 0.011 0.003 0.009 0.045 0.038 0.420 44 Q 0.087 0.345 0.015 0.006 0.007 0.068 0.088 0.384 45 S 0.032 0.179 0.050 0.014 0.015 0.112 0.219 0.379 46 G 0.101 0.134 0.053 0.010 0.012 0.096 0.305 0.290 47 I 0.327 0.189 0.054 0.012 0.013 0.067 0.092 0.246 48 L 0.353 0.059 0.041 0.006 0.009 0.056 0.063 0.412 49 S 0.008 0.016 0.038 0.011 0.016 0.098 0.056 0.757 50 Q 0.033 0.021 0.023 0.005 0.010 0.088 0.025 0.795 51 F 0.467 0.043 0.032 0.019 0.011 0.081 0.067 0.281 52 P 0.074 0.047 0.023 0.007 0.013 0.115 0.019 0.702 53 E 0.023 0.016 0.028 0.006 0.020 0.084 0.051 0.773 54 I 0.017 0.009 0.040 0.027 0.019 0.126 0.206 0.554 55 D 0.108 0.047 0.042 0.023 0.023 0.088 0.377 0.292 56 L 0.152 0.038 0.029 0.013 0.018 0.090 0.057 0.603 57 S 0.115 0.033 0.040 0.022 0.052 0.109 0.055 0.574 58 T 0.021 0.013 0.037 0.015 0.046 0.124 0.050 0.694 59 N 0.032 0.012 0.086 0.077 0.146 0.174 0.049 0.424 60 K 0.020 0.007 0.090 0.101 0.141 0.105 0.084 0.452 61 I 0.005 0.003 0.246 0.113 0.221 0.078 0.065 0.270 62 G 0.009 0.002 0.299 0.140 0.354 0.031 0.063 0.101 63 I 0.014 0.002 0.171 0.294 0.218 0.038 0.045 0.218 64 F 0.010 0.002 0.212 0.148 0.297 0.054 0.035 0.243 65 S 0.015 0.003 0.065 0.081 0.205 0.076 0.040 0.515 66 R 0.042 0.006 0.070 0.135 0.152 0.133 0.043 0.420 67 P 0.017 0.006 0.039 0.033 0.059 0.103 0.061 0.681 68 I 0.029 0.025 0.040 0.074 0.080 0.141 0.066 0.544 69 K 0.079 0.093 0.026 0.033 0.042 0.093 0.060 0.574 70 L 0.107 0.397 0.010 0.020 0.022 0.052 0.042 0.350 71 T 0.077 0.510 0.023 0.029 0.034 0.037 0.031 0.260 72 D 0.087 0.330 0.037 0.090 0.076 0.049 0.081 0.250 73 V 0.049 0.027 0.128 0.105 0.109 0.058 0.260 0.264 74 L 0.523 0.006 0.036 0.024 0.033 0.043 0.141 0.193 75 K 0.699 0.002 0.004 0.004 0.004 0.017 0.025 0.246 76 E 0.010 0.001 0.002 0.001 0.007 0.047 0.002 0.931 77 G 0.002 0.001 0.011 0.005 0.041 0.101 0.006 0.834 78 D 0.003 0.002 0.061 0.276 0.330 0.071 0.027 0.231 79 R 0.003 0.003 0.096 0.313 0.340 0.020 0.039 0.186 80 I 0.004 0.003 0.095 0.413 0.308 0.014 0.022 0.139 81 E 0.002 0.001 0.230 0.428 0.260 0.008 0.021 0.049 82 I 0.002 0.005 0.211 0.276 0.328 0.025 0.034 0.120 83 Y 0.009 0.006 0.278 0.149 0.294 0.032 0.059 0.173 84 R 0.160 0.007 0.039 0.381 0.242 0.035 0.034 0.102 85 P 0.033 0.004 0.045 0.076 0.194 0.058 0.051 0.540 86 L 0.014 0.010 0.059 0.074 0.236 0.118 0.029 0.460 87 L 0.006 0.010 0.041 0.113 0.159 0.115 0.016 0.540 88 A 0.004 0.014 0.025 0.034 0.018 0.072 0.005 0.828 89 D 0.168 0.786 0.003 0.003 0.003 0.005 0.012 0.020 90 P 0.261 0.664 0.006 0.002 0.001 0.010 0.012 0.043 91 K 0.084 0.454 0.037 0.017 0.013 0.028 0.047 0.321 92 E 0.322 0.184 0.030 0.017 0.019 0.042 0.126 0.261 93 I 0.226 0.025 0.024 0.024 0.033 0.116 0.123 0.428 94 R 0.120 0.005 0.007 0.012 0.022 0.058 0.037 0.739 95 R 0.040 0.001 0.001 0.003 0.006 0.039 0.013 0.897 96 E 0.011 0.001 0.003 0.008 0.015 0.120 0.009 0.832 97 G 0.025 0.002 0.006 0.013 0.030 0.099 0.018 0.806