# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.002 0.005 0.023 0.011 0.010 0.923 2 A 0.090 0.023 0.027 0.117 0.015 0.062 0.666 3 H 0.114 0.020 0.058 0.147 0.123 0.151 0.387 4 H 0.094 0.011 0.072 0.095 0.140 0.157 0.431 5 H 0.106 0.011 0.074 0.116 0.133 0.129 0.433 6 H 0.162 0.020 0.058 0.092 0.124 0.113 0.431 7 H 0.168 0.025 0.073 0.078 0.141 0.104 0.412 8 H 0.224 0.016 0.064 0.048 0.179 0.131 0.339 9 S 0.270 0.019 0.070 0.026 0.148 0.122 0.346 10 L 0.256 0.009 0.080 0.014 0.143 0.102 0.394 11 N 0.224 0.003 0.041 0.007 0.269 0.135 0.321 12 Q 0.705 0.006 0.013 0.003 0.045 0.037 0.191 13 I 0.892 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.101 14 N 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 19 Y 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 20 A 0.808 0.002 0.001 0.001 0.035 0.001 0.153 21 F 0.354 0.008 0.001 0.001 0.139 0.003 0.494 22 P 0.122 0.004 0.023 0.011 0.271 0.125 0.445 23 E 0.067 0.010 0.069 0.016 0.251 0.407 0.180 24 R 0.178 0.006 0.097 0.014 0.227 0.230 0.249 25 Y 0.520 0.014 0.021 0.006 0.123 0.038 0.278 26 Y 0.819 0.010 0.005 0.002 0.029 0.012 0.124 27 L 0.912 0.003 0.002 0.001 0.014 0.004 0.065 28 K 0.925 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.055 29 S 0.937 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.045 30 F 0.934 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.057 31 Q 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 32 V 0.630 0.026 0.001 0.002 0.010 0.004 0.329 33 D 0.149 0.002 0.001 0.001 0.040 0.012 0.797 34 E 0.004 0.001 0.005 0.003 0.139 0.841 0.008 35 G 0.009 0.001 0.006 0.002 0.055 0.910 0.017 36 I 0.066 0.029 0.001 0.004 0.067 0.003 0.830 37 T 0.132 0.130 0.001 0.007 0.021 0.001 0.709 38 V 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.002 39 Q 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 42 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 43 T 0.001 0.001 0.003 0.952 0.001 0.043 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.003 0.852 0.004 0.135 0.005 45 S 0.002 0.004 0.008 0.603 0.031 0.309 0.043 46 G 0.002 0.003 0.031 0.259 0.078 0.517 0.110 47 I 0.011 0.006 0.160 0.441 0.066 0.149 0.166 48 L 0.018 0.009 0.425 0.361 0.048 0.080 0.059 49 S 0.025 0.007 0.317 0.298 0.053 0.226 0.074 50 Q 0.027 0.010 0.186 0.219 0.167 0.276 0.115 51 F 0.023 0.009 0.018 0.017 0.411 0.013 0.510 52 P 0.034 0.007 0.080 0.027 0.115 0.249 0.487 53 E 0.101 0.033 0.099 0.030 0.163 0.218 0.357 54 I 0.193 0.093 0.043 0.022 0.168 0.041 0.440 55 D 0.121 0.026 0.019 0.011 0.046 0.024 0.752 56 L 0.017 0.005 0.397 0.106 0.048 0.335 0.092 57 S 0.015 0.003 0.295 0.044 0.059 0.523 0.062 58 T 0.035 0.007 0.307 0.022 0.150 0.328 0.151 59 N 0.156 0.018 0.021 0.005 0.327 0.060 0.413 60 K 0.427 0.017 0.012 0.003 0.095 0.043 0.403 61 I 0.811 0.026 0.006 0.003 0.035 0.019 0.100 62 G 0.881 0.006 0.004 0.003 0.019 0.009 0.079 63 I 0.918 0.005 0.003 0.001 0.014 0.013 0.046 64 F 0.873 0.007 0.003 0.001 0.014 0.016 0.086 65 S 0.722 0.003 0.005 0.002 0.101 0.022 0.144 66 R 0.654 0.004 0.003 0.003 0.188 0.009 0.138 67 P 0.698 0.018 0.003 0.007 0.042 0.015 0.218 68 I 0.547 0.049 0.002 0.008 0.048 0.006 0.339 69 K 0.296 0.022 0.003 0.007 0.025 0.010 0.637 70 L 0.050 0.004 0.197 0.115 0.084 0.392 0.158 71 T 0.020 0.005 0.304 0.150 0.092 0.355 0.074 72 D 0.055 0.005 0.160 0.144 0.291 0.118 0.228 73 V 0.188 0.068 0.056 0.095 0.079 0.092 0.421 74 L 0.150 0.119 0.022 0.086 0.112 0.055 0.455 75 K 0.110 0.011 0.020 0.049 0.107 0.065 0.638 76 E 0.004 0.001 0.027 0.096 0.080 0.783 0.009 77 G 0.007 0.001 0.013 0.012 0.033 0.908 0.027 78 D 0.070 0.002 0.003 0.002 0.071 0.009 0.844 79 R 0.765 0.020 0.002 0.002 0.016 0.008 0.187 80 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 81 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 82 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 83 Y 0.862 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.116 84 R 0.618 0.002 0.004 0.006 0.099 0.003 0.268 85 P 0.365 0.006 0.029 0.015 0.089 0.046 0.450 86 L 0.354 0.018 0.060 0.029 0.079 0.078 0.381 87 L 0.367 0.026 0.028 0.025 0.084 0.097 0.374 88 A 0.154 0.036 0.009 0.015 0.204 0.064 0.518 89 D 0.043 0.012 0.001 0.009 0.066 0.011 0.857 90 P 0.004 0.001 0.087 0.730 0.008 0.133 0.037 91 K 0.004 0.001 0.112 0.783 0.008 0.078 0.014 92 E 0.007 0.001 0.149 0.799 0.004 0.025 0.016 93 I 0.019 0.003 0.036 0.888 0.007 0.019 0.028 94 R 0.033 0.005 0.035 0.819 0.024 0.055 0.028 95 R 0.031 0.007 0.023 0.665 0.031 0.196 0.047 96 E 0.023 0.008 0.006 0.249 0.007 0.098 0.609 97 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997