# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.459 0.145 0.168 0.111 0.039 0.024 0.025 0.007 0.018 0.005 0.001 2 A 0.467 0.152 0.180 0.104 0.027 0.030 0.017 0.004 0.015 0.003 0.001 3 H 0.362 0.224 0.154 0.139 0.039 0.028 0.020 0.004 0.025 0.004 0.001 4 H 0.290 0.186 0.221 0.120 0.045 0.045 0.047 0.007 0.033 0.005 0.001 5 H 0.312 0.197 0.189 0.136 0.047 0.041 0.040 0.007 0.027 0.004 0.001 6 H 0.276 0.216 0.203 0.159 0.035 0.049 0.025 0.004 0.028 0.003 0.001 7 H 0.266 0.276 0.166 0.132 0.044 0.053 0.020 0.005 0.034 0.003 0.001 8 H 0.259 0.270 0.213 0.116 0.052 0.029 0.021 0.005 0.030 0.006 0.001 9 S 0.190 0.253 0.236 0.122 0.057 0.054 0.035 0.010 0.034 0.007 0.001 10 L 0.289 0.215 0.264 0.070 0.056 0.032 0.034 0.006 0.027 0.007 0.001 11 N 0.345 0.096 0.108 0.327 0.036 0.027 0.038 0.008 0.010 0.004 0.001 12 Q 0.048 0.567 0.135 0.092 0.105 0.015 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 13 I 0.002 0.730 0.185 0.004 0.036 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 14 N 0.002 0.557 0.358 0.001 0.011 0.052 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 15 I 0.001 0.838 0.098 0.001 0.029 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 16 E 0.001 0.517 0.424 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 17 I 0.001 0.810 0.122 0.001 0.013 0.026 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 18 A 0.004 0.869 0.067 0.001 0.022 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 19 Y 0.006 0.757 0.128 0.005 0.031 0.040 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 20 A 0.019 0.525 0.208 0.024 0.136 0.038 0.008 0.001 0.037 0.005 0.001 21 F 0.006 0.195 0.463 0.001 0.029 0.067 0.006 0.001 0.229 0.001 0.002 22 P 0.550 0.003 0.331 0.014 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 23 E 0.729 0.020 0.092 0.110 0.008 0.014 0.013 0.006 0.004 0.001 0.003 24 R 0.369 0.165 0.113 0.217 0.037 0.034 0.033 0.008 0.022 0.002 0.002 25 Y 0.124 0.429 0.202 0.082 0.069 0.027 0.026 0.004 0.035 0.001 0.001 26 Y 0.064 0.556 0.152 0.066 0.071 0.047 0.012 0.001 0.031 0.001 0.001 27 L 0.031 0.366 0.495 0.008 0.022 0.059 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 28 K 0.245 0.404 0.055 0.195 0.072 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 29 S 0.007 0.702 0.154 0.006 0.110 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 30 F 0.004 0.815 0.069 0.006 0.047 0.012 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 31 Q 0.006 0.634 0.193 0.003 0.013 0.102 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 32 V 0.016 0.606 0.244 0.006 0.038 0.053 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 33 D 0.092 0.173 0.548 0.061 0.020 0.072 0.005 0.001 0.025 0.001 0.002 34 E 0.150 0.090 0.681 0.037 0.021 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 35 G 0.020 0.003 0.008 0.062 0.010 0.001 0.029 0.808 0.002 0.056 0.001 36 I 0.003 0.165 0.782 0.002 0.013 0.026 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 37 T 0.010 0.207 0.707 0.001 0.026 0.038 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 38 V 0.992 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.958 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.813 0.003 0.020 0.154 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.390 0.001 0.010 0.028 0.010 0.002 0.084 0.434 0.001 0.040 0.001 47 I 0.889 0.022 0.047 0.025 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.896 0.015 0.014 0.065 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.838 0.059 0.028 0.047 0.018 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.602 0.082 0.042 0.231 0.008 0.016 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 51 F 0.061 0.171 0.216 0.008 0.023 0.011 0.011 0.001 0.494 0.003 0.001 52 P 0.557 0.003 0.379 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 53 E 0.305 0.077 0.221 0.288 0.027 0.041 0.013 0.011 0.011 0.004 0.001 54 I 0.153 0.345 0.292 0.139 0.026 0.027 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 55 D 0.024 0.107 0.310 0.028 0.029 0.330 0.018 0.001 0.152 0.001 0.001 56 L 0.738 0.033 0.054 0.139 0.006 0.014 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 57 S 0.719 0.036 0.047 0.162 0.011 0.007 0.005 0.005 0.003 0.004 0.001 58 T 0.222 0.158 0.080 0.449 0.055 0.008 0.012 0.004 0.010 0.002 0.001 59 N 0.031 0.122 0.203 0.135 0.042 0.059 0.310 0.014 0.083 0.002 0.001 60 K 0.036 0.422 0.347 0.014 0.036 0.090 0.016 0.002 0.035 0.001 0.001 61 I 0.019 0.634 0.193 0.058 0.022 0.036 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 62 G 0.011 0.198 0.241 0.008 0.462 0.008 0.006 0.026 0.005 0.036 0.001 63 I 0.027 0.805 0.074 0.011 0.046 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 64 F 0.027 0.459 0.160 0.108 0.057 0.059 0.051 0.002 0.071 0.006 0.001 65 S 0.042 0.085 0.172 0.079 0.355 0.013 0.075 0.107 0.005 0.064 0.004 66 R 0.004 0.686 0.200 0.001 0.030 0.009 0.003 0.001 0.067 0.001 0.001 67 P 0.009 0.010 0.901 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 68 I 0.078 0.516 0.245 0.030 0.040 0.049 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 69 K 0.016 0.280 0.610 0.002 0.027 0.034 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 70 L 0.478 0.095 0.227 0.091 0.012 0.059 0.013 0.003 0.017 0.002 0.004 71 T 0.594 0.075 0.063 0.182 0.031 0.012 0.021 0.009 0.009 0.003 0.001 72 D 0.293 0.108 0.194 0.157 0.069 0.050 0.067 0.010 0.049 0.003 0.001 73 V 0.572 0.126 0.188 0.074 0.006 0.022 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 74 L 0.369 0.252 0.191 0.079 0.043 0.044 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 75 K 0.140 0.325 0.390 0.046 0.048 0.014 0.010 0.001 0.024 0.002 0.001 76 E 0.156 0.022 0.779 0.028 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 G 0.019 0.001 0.007 0.012 0.005 0.001 0.018 0.850 0.001 0.087 0.001 78 D 0.009 0.070 0.678 0.036 0.006 0.138 0.025 0.001 0.037 0.001 0.001 79 R 0.007 0.634 0.293 0.007 0.042 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 I 0.004 0.857 0.100 0.002 0.015 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 81 E 0.003 0.775 0.171 0.001 0.012 0.022 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 I 0.010 0.702 0.174 0.005 0.008 0.081 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 Y 0.018 0.545 0.241 0.014 0.057 0.050 0.007 0.001 0.066 0.002 0.001 84 R 0.006 0.528 0.237 0.001 0.052 0.021 0.009 0.001 0.144 0.001 0.001 85 P 0.076 0.008 0.718 0.003 0.001 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.122 86 L 0.138 0.256 0.368 0.052 0.047 0.090 0.016 0.004 0.025 0.001 0.002 87 L 0.166 0.386 0.228 0.066 0.039 0.066 0.016 0.003 0.028 0.002 0.001 88 A 0.098 0.310 0.261 0.175 0.087 0.035 0.008 0.004 0.016 0.004 0.001 89 D 0.006 0.167 0.416 0.002 0.051 0.090 0.008 0.001 0.256 0.003 0.001 90 P 0.918 0.001 0.048 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 91 K 0.952 0.003 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 92 E 0.932 0.007 0.026 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.896 0.016 0.025 0.048 0.005 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 94 R 0.776 0.050 0.077 0.059 0.013 0.012 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 95 R 0.686 0.096 0.101 0.073 0.012 0.012 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 96 E 0.313 0.078 0.128 0.397 0.009 0.019 0.023 0.003 0.030 0.001 0.001 97 G 0.067 0.038 0.148 0.023 0.089 0.006 0.104 0.317 0.009 0.199 0.001