# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.090 0.035 0.015 0.112 0.015 0.030 0.412 0.101 0.082 0.032 2 A 0.081 0.089 0.032 0.017 0.113 0.024 0.047 0.411 0.097 0.059 0.030 3 H 0.059 0.121 0.047 0.026 0.116 0.028 0.051 0.364 0.093 0.069 0.026 4 H 0.093 0.105 0.049 0.021 0.146 0.022 0.047 0.293 0.093 0.089 0.042 5 H 0.106 0.101 0.037 0.019 0.145 0.022 0.048 0.276 0.113 0.090 0.043 6 H 0.109 0.103 0.047 0.025 0.143 0.025 0.045 0.212 0.106 0.130 0.054 7 H 0.151 0.098 0.033 0.018 0.181 0.021 0.043 0.175 0.110 0.108 0.061 8 H 0.099 0.150 0.059 0.030 0.149 0.036 0.052 0.178 0.122 0.085 0.040 9 S 0.177 0.141 0.054 0.016 0.219 0.011 0.030 0.102 0.078 0.108 0.064 10 L 0.194 0.103 0.025 0.020 0.169 0.024 0.023 0.085 0.137 0.118 0.102 11 N 0.036 0.063 0.027 0.045 0.074 0.077 0.164 0.231 0.179 0.079 0.024 12 Q 0.235 0.105 0.026 0.004 0.252 0.005 0.022 0.042 0.068 0.163 0.078 13 I 0.128 0.311 0.019 0.001 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 14 N 0.362 0.055 0.006 0.001 0.511 0.001 0.004 0.002 0.001 0.006 0.051 15 I 0.333 0.073 0.005 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 16 E 0.136 0.107 0.007 0.008 0.711 0.008 0.008 0.002 0.001 0.002 0.009 17 I 0.429 0.023 0.003 0.001 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 18 A 0.158 0.075 0.004 0.005 0.698 0.013 0.011 0.003 0.001 0.003 0.028 19 Y 0.351 0.052 0.006 0.001 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.084 20 A 0.114 0.298 0.132 0.030 0.279 0.012 0.011 0.014 0.012 0.043 0.055 21 F 0.092 0.361 0.198 0.031 0.251 0.006 0.010 0.010 0.007 0.012 0.024 22 P 0.037 0.279 0.092 0.019 0.117 0.016 0.025 0.177 0.194 0.025 0.018 23 E 0.013 0.026 0.013 0.010 0.021 0.051 0.154 0.237 0.317 0.143 0.014 24 R 0.130 0.124 0.034 0.014 0.175 0.010 0.054 0.135 0.115 0.161 0.048 25 Y 0.277 0.127 0.021 0.004 0.353 0.007 0.017 0.041 0.034 0.058 0.062 26 Y 0.130 0.283 0.044 0.008 0.434 0.007 0.015 0.019 0.013 0.023 0.023 27 L 0.438 0.057 0.010 0.004 0.392 0.004 0.004 0.004 0.003 0.008 0.076 28 K 0.083 0.162 0.059 0.049 0.425 0.065 0.080 0.038 0.012 0.011 0.016 29 S 0.291 0.087 0.008 0.001 0.531 0.001 0.004 0.009 0.005 0.015 0.047 30 F 0.139 0.223 0.019 0.002 0.574 0.002 0.003 0.004 0.003 0.005 0.027 31 Q 0.399 0.042 0.007 0.001 0.408 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 0.115 32 V 0.066 0.422 0.155 0.026 0.192 0.009 0.014 0.034 0.025 0.028 0.029 33 D 0.021 0.239 0.394 0.105 0.082 0.032 0.017 0.047 0.031 0.024 0.008 34 E 0.002 0.023 0.023 0.023 0.006 0.090 0.367 0.350 0.105 0.008 0.003 35 G 0.018 0.012 0.022 0.023 0.009 0.019 0.009 0.030 0.044 0.615 0.198 36 I 0.021 0.631 0.120 0.002 0.202 0.001 0.002 0.009 0.003 0.005 0.005 37 T 0.005 0.748 0.172 0.001 0.030 0.001 0.001 0.039 0.003 0.002 0.001 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.105 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.035 0.006 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.037 0.002 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.922 0.047 0.004 0.001 44 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.817 0.108 0.032 0.002 45 S 0.004 0.621 0.143 0.007 0.053 0.005 0.013 0.116 0.030 0.006 0.002 46 G 0.018 0.007 0.007 0.008 0.005 0.007 0.025 0.461 0.162 0.229 0.070 47 I 0.011 0.027 0.008 0.006 0.021 0.012 0.043 0.558 0.217 0.084 0.012 48 L 0.019 0.033 0.008 0.011 0.041 0.025 0.059 0.394 0.359 0.036 0.016 49 S 0.014 0.051 0.019 0.011 0.038 0.016 0.127 0.477 0.201 0.040 0.007 50 Q 0.020 0.036 0.022 0.009 0.031 0.015 0.101 0.159 0.174 0.409 0.024 51 F 0.155 0.256 0.055 0.003 0.316 0.001 0.006 0.070 0.046 0.018 0.073 52 P 0.007 0.041 0.018 0.005 0.020 0.020 0.050 0.379 0.421 0.034 0.005 53 E 0.048 0.036 0.007 0.001 0.073 0.002 0.029 0.202 0.207 0.368 0.028 54 I 0.098 0.326 0.086 0.005 0.274 0.009 0.018 0.042 0.036 0.064 0.042 55 D 0.396 0.037 0.009 0.001 0.443 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.101 56 L 0.049 0.032 0.010 0.002 0.058 0.001 0.003 0.144 0.565 0.108 0.028 57 S 0.010 0.016 0.008 0.007 0.015 0.024 0.179 0.404 0.259 0.070 0.009 58 T 0.050 0.071 0.011 0.007 0.072 0.005 0.035 0.118 0.226 0.371 0.035 59 N 0.110 0.137 0.071 0.013 0.216 0.011 0.019 0.051 0.091 0.189 0.090 60 K 0.193 0.112 0.048 0.012 0.222 0.018 0.040 0.070 0.075 0.130 0.080 61 I 0.206 0.243 0.057 0.017 0.319 0.009 0.011 0.018 0.018 0.045 0.058 62 G 0.107 0.196 0.168 0.126 0.256 0.040 0.011 0.018 0.012 0.036 0.031 63 I 0.319 0.102 0.023 0.006 0.437 0.007 0.012 0.022 0.008 0.013 0.051 64 F 0.153 0.174 0.108 0.046 0.286 0.018 0.024 0.039 0.023 0.061 0.068 65 S 0.104 0.137 0.146 0.094 0.121 0.038 0.029 0.040 0.040 0.181 0.069 66 R 0.008 0.499 0.360 0.011 0.097 0.003 0.005 0.011 0.003 0.002 0.001 67 P 0.331 0.129 0.039 0.002 0.300 0.006 0.011 0.018 0.016 0.033 0.116 68 I 0.033 0.444 0.198 0.022 0.205 0.019 0.028 0.023 0.010 0.008 0.010 69 K 0.045 0.509 0.291 0.003 0.128 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.008 70 L 0.023 0.024 0.007 0.009 0.029 0.012 0.017 0.501 0.328 0.037 0.013 71 T 0.007 0.015 0.008 0.015 0.012 0.019 0.030 0.519 0.276 0.089 0.010 72 D 0.025 0.063 0.023 0.003 0.061 0.002 0.016 0.558 0.147 0.090 0.011 73 V 0.035 0.062 0.027 0.003 0.098 0.008 0.027 0.541 0.134 0.056 0.008 74 L 0.074 0.108 0.048 0.013 0.070 0.017 0.059 0.318 0.130 0.107 0.056 75 K 0.017 0.090 0.478 0.118 0.034 0.034 0.014 0.069 0.057 0.069 0.019 76 E 0.001 0.020 0.018 0.063 0.002 0.171 0.573 0.132 0.018 0.002 0.001 77 G 0.011 0.008 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 0.023 0.765 0.170 78 D 0.069 0.422 0.046 0.003 0.342 0.004 0.010 0.017 0.029 0.046 0.013 79 R 0.240 0.092 0.007 0.001 0.624 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.021 80 I 0.265 0.108 0.007 0.003 0.584 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.019 81 E 0.194 0.105 0.007 0.002 0.662 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.020 82 I 0.380 0.080 0.013 0.002 0.450 0.002 0.003 0.005 0.001 0.005 0.058 83 Y 0.146 0.130 0.070 0.071 0.255 0.066 0.067 0.035 0.018 0.057 0.085 84 R 0.068 0.333 0.254 0.028 0.193 0.007 0.015 0.059 0.015 0.008 0.020 85 P 0.092 0.201 0.073 0.014 0.179 0.021 0.027 0.139 0.147 0.065 0.041 86 L 0.129 0.159 0.038 0.015 0.293 0.028 0.044 0.101 0.085 0.061 0.045 87 L 0.209 0.113 0.019 0.004 0.307 0.008 0.031 0.095 0.048 0.091 0.076 88 A 0.031 0.318 0.247 0.044 0.167 0.044 0.058 0.020 0.013 0.043 0.015 89 D 0.301 0.127 0.037 0.001 0.508 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 90 P 0.003 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.439 0.524 0.012 0.002 91 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.763 0.210 0.010 0.001 92 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.793 0.121 0.054 0.002 93 I 0.006 0.007 0.003 0.001 0.013 0.004 0.013 0.754 0.142 0.052 0.003 94 R 0.025 0.041 0.019 0.005 0.033 0.011 0.038 0.582 0.156 0.073 0.017 95 R 0.024 0.074 0.068 0.021 0.052 0.025 0.081 0.359 0.140 0.137 0.020 96 E 0.022 0.185 0.129 0.059 0.072 0.064 0.189 0.167 0.056 0.043 0.015 97 G 0.052 0.088 0.086 0.083 0.063 0.032 0.034 0.080 0.089 0.297 0.096