# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.565 0.214 0.106 0.068 0.033 0.012 0.002 2 A 0.468 0.237 0.143 0.095 0.043 0.013 0.001 3 H 0.523 0.232 0.127 0.079 0.030 0.009 0.001 4 H 0.587 0.225 0.104 0.056 0.023 0.006 0.001 5 H 0.489 0.232 0.148 0.084 0.036 0.010 0.001 6 H 0.366 0.247 0.177 0.129 0.061 0.019 0.002 7 H 0.406 0.257 0.166 0.107 0.049 0.015 0.001 8 H 0.503 0.238 0.127 0.083 0.038 0.010 0.001 9 S 0.424 0.278 0.161 0.093 0.033 0.009 0.001 10 L 0.300 0.262 0.216 0.144 0.064 0.013 0.001 11 N 0.334 0.372 0.187 0.078 0.024 0.005 0.001 12 Q 0.134 0.342 0.302 0.168 0.046 0.007 0.001 13 I 0.026 0.062 0.148 0.315 0.334 0.111 0.005 14 N 0.047 0.292 0.388 0.215 0.051 0.006 0.001 15 I 0.004 0.007 0.027 0.155 0.393 0.384 0.030 16 E 0.014 0.085 0.239 0.345 0.229 0.080 0.007 17 I 0.043 0.078 0.106 0.175 0.244 0.298 0.055 18 A 0.031 0.073 0.132 0.230 0.225 0.241 0.068 19 Y 0.038 0.092 0.125 0.212 0.233 0.233 0.067 20 A 0.081 0.096 0.117 0.198 0.225 0.231 0.051 21 F 0.133 0.225 0.235 0.226 0.124 0.052 0.005 22 P 0.230 0.257 0.220 0.170 0.088 0.031 0.004 23 E 0.401 0.314 0.169 0.077 0.029 0.009 0.001 24 R 0.372 0.343 0.179 0.073 0.025 0.007 0.001 25 Y 0.192 0.194 0.205 0.216 0.150 0.041 0.003 26 Y 0.110 0.193 0.241 0.246 0.156 0.051 0.003 27 L 0.097 0.126 0.193 0.298 0.217 0.065 0.004 28 K 0.245 0.369 0.235 0.112 0.032 0.007 0.001 29 S 0.275 0.384 0.210 0.097 0.028 0.006 0.001 30 F 0.032 0.052 0.126 0.302 0.348 0.134 0.006 31 Q 0.161 0.436 0.266 0.106 0.026 0.005 0.001 32 V 0.043 0.076 0.169 0.347 0.294 0.070 0.002 33 D 0.268 0.385 0.225 0.091 0.027 0.005 0.001 34 E 0.263 0.382 0.227 0.099 0.025 0.004 0.001 35 G 0.180 0.305 0.268 0.167 0.063 0.016 0.001 36 I 0.028 0.082 0.161 0.266 0.313 0.139 0.011 37 T 0.013 0.067 0.154 0.251 0.274 0.202 0.039 38 V 0.002 0.005 0.014 0.070 0.243 0.481 0.185 39 Q 0.012 0.084 0.173 0.268 0.247 0.176 0.041 40 T 0.016 0.137 0.282 0.305 0.176 0.072 0.012 41 A 0.003 0.009 0.026 0.098 0.305 0.471 0.088 42 I 0.006 0.017 0.042 0.143 0.332 0.372 0.088 43 T 0.043 0.197 0.265 0.272 0.148 0.067 0.008 44 Q 0.038 0.141 0.239 0.284 0.197 0.088 0.013 45 S 0.019 0.043 0.098 0.208 0.287 0.275 0.071 46 G 0.107 0.244 0.231 0.195 0.130 0.075 0.017 47 I 0.056 0.058 0.087 0.191 0.305 0.250 0.053 48 L 0.082 0.149 0.199 0.245 0.199 0.108 0.019 49 S 0.224 0.297 0.219 0.141 0.074 0.038 0.008 50 Q 0.121 0.210 0.228 0.213 0.138 0.073 0.018 51 F 0.044 0.083 0.154 0.252 0.283 0.160 0.024 52 P 0.132 0.179 0.199 0.208 0.163 0.098 0.022 53 E 0.304 0.306 0.179 0.112 0.058 0.032 0.008 54 I 0.048 0.085 0.147 0.249 0.260 0.180 0.032 55 D 0.184 0.274 0.218 0.171 0.098 0.046 0.008 56 L 0.114 0.148 0.210 0.261 0.192 0.066 0.009 57 S 0.587 0.259 0.097 0.039 0.013 0.003 0.001 58 T 0.312 0.330 0.199 0.106 0.040 0.012 0.002 59 N 0.080 0.143 0.216 0.282 0.199 0.073 0.007 60 K 0.071 0.131 0.192 0.250 0.221 0.114 0.022 61 I 0.011 0.022 0.053 0.125 0.243 0.406 0.141 62 G 0.007 0.018 0.041 0.099 0.216 0.428 0.192 63 I 0.006 0.008 0.015 0.037 0.124 0.428 0.382 64 F 0.005 0.011 0.022 0.068 0.197 0.439 0.258 65 S 0.008 0.026 0.070 0.164 0.292 0.351 0.089 66 R 0.025 0.095 0.163 0.254 0.269 0.162 0.032 67 P 0.068 0.189 0.239 0.235 0.172 0.086 0.010 68 I 0.056 0.117 0.205 0.290 0.245 0.081 0.005 69 K 0.331 0.362 0.195 0.081 0.025 0.006 0.001 70 L 0.192 0.170 0.210 0.241 0.146 0.038 0.002 71 T 0.523 0.271 0.123 0.056 0.021 0.005 0.001 72 D 0.338 0.336 0.194 0.094 0.030 0.007 0.001 73 V 0.176 0.295 0.264 0.181 0.068 0.015 0.001 74 L 0.046 0.084 0.190 0.343 0.275 0.060 0.002 75 K 0.487 0.311 0.134 0.049 0.016 0.003 0.001 76 E 0.557 0.301 0.102 0.033 0.006 0.001 0.001 77 G 0.277 0.288 0.241 0.144 0.043 0.007 0.001 78 D 0.117 0.243 0.263 0.213 0.118 0.043 0.004 79 R 0.023 0.064 0.168 0.301 0.294 0.134 0.016 80 I 0.014 0.022 0.033 0.094 0.244 0.465 0.129 81 E 0.023 0.048 0.087 0.200 0.272 0.253 0.118 82 I 0.026 0.055 0.078 0.120 0.162 0.343 0.215 83 Y 0.052 0.079 0.115 0.215 0.253 0.214 0.071 84 R 0.086 0.134 0.163 0.202 0.191 0.171 0.053 85 P 0.169 0.147 0.136 0.162 0.165 0.161 0.059 86 L 0.266 0.137 0.128 0.144 0.148 0.144 0.033 87 L 0.279 0.198 0.165 0.159 0.112 0.070 0.018 88 A 0.400 0.198 0.141 0.128 0.079 0.045 0.008 89 D 0.422 0.229 0.158 0.109 0.058 0.022 0.002 90 P 0.586 0.210 0.103 0.063 0.028 0.009 0.001 91 K 0.702 0.172 0.070 0.035 0.016 0.005 0.001 92 E 0.797 0.140 0.042 0.016 0.004 0.001 0.001 93 I 0.761 0.141 0.056 0.032 0.008 0.001 0.001 94 R 0.755 0.158 0.058 0.022 0.006 0.001 0.001 95 R 0.892 0.085 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 96 E 0.935 0.054 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 97 G 0.938 0.047 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001