# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.003 0.003 0.017 0.025 0.035 0.116 0.002 0.001 0.029 0.758 2 N 0.390 0.023 0.002 0.010 0.020 0.015 0.088 0.012 0.002 0.100 0.338 3 P 0.125 0.023 0.002 0.011 0.004 0.008 0.123 0.004 0.001 0.057 0.641 4 E 0.034 0.019 0.002 0.015 0.012 0.029 0.132 0.004 0.001 0.040 0.712 5 N 0.023 0.008 0.001 0.042 0.133 0.229 0.116 0.005 0.001 0.076 0.367 6 W 0.012 0.003 0.002 0.054 0.099 0.256 0.079 0.001 0.001 0.054 0.439 7 L 0.004 0.001 0.001 0.062 0.300 0.383 0.036 0.001 0.001 0.035 0.176 8 L 0.004 0.001 0.001 0.058 0.187 0.398 0.056 0.001 0.001 0.045 0.250 9 L 0.002 0.001 0.001 0.078 0.264 0.419 0.037 0.001 0.001 0.037 0.162 10 R 0.002 0.001 0.001 0.083 0.200 0.368 0.050 0.001 0.001 0.034 0.263 11 R 0.001 0.001 0.001 0.062 0.405 0.397 0.014 0.001 0.001 0.023 0.098 12 V 0.001 0.001 0.001 0.090 0.382 0.381 0.017 0.001 0.001 0.044 0.084 13 V 0.001 0.001 0.001 0.286 0.286 0.193 0.029 0.001 0.001 0.026 0.178 14 R 0.036 0.001 0.001 0.393 0.159 0.159 0.039 0.001 0.001 0.087 0.124 15 F 0.029 0.001 0.001 0.166 0.032 0.058 0.119 0.002 0.001 0.066 0.526 16 G 0.025 0.003 0.001 0.067 0.013 0.029 0.126 0.002 0.001 0.030 0.705 17 D 0.066 0.010 0.003 0.052 0.016 0.034 0.203 0.004 0.002 0.087 0.522 18 T 0.048 0.017 0.004 0.042 0.016 0.026 0.170 0.003 0.002 0.077 0.595 19 D 0.191 0.030 0.003 0.024 0.035 0.046 0.110 0.007 0.002 0.145 0.406 20 A 0.088 0.060 0.002 0.028 0.021 0.035 0.157 0.006 0.001 0.102 0.502 21 A 0.027 0.043 0.001 0.029 0.037 0.089 0.170 0.006 0.001 0.067 0.530 22 G 0.012 0.035 0.001 0.083 0.133 0.245 0.089 0.005 0.001 0.124 0.273 23 V 0.020 0.030 0.002 0.093 0.130 0.208 0.085 0.002 0.001 0.168 0.261 24 M 0.017 0.052 0.005 0.159 0.213 0.221 0.067 0.001 0.002 0.064 0.200 25 H 0.033 0.237 0.004 0.091 0.072 0.136 0.071 0.005 0.002 0.106 0.243 26 F 0.063 0.775 0.002 0.009 0.010 0.018 0.017 0.006 0.001 0.043 0.055 27 H 0.036 0.817 0.003 0.009 0.006 0.011 0.017 0.003 0.001 0.025 0.073 28 Q 0.011 0.840 0.001 0.005 0.011 0.019 0.016 0.002 0.001 0.038 0.055 29 L 0.006 0.923 0.001 0.002 0.007 0.006 0.007 0.002 0.001 0.021 0.026 30 F 0.005 0.958 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.015 0.010 31 R 0.006 0.956 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.011 32 W 0.010 0.798 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.145 0.025 33 C 0.005 0.901 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.058 0.021 34 H 0.005 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.013 35 E 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.021 36 S 0.007 0.634 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.296 0.040 37 W 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 38 E 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.009 39 E 0.011 0.401 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.518 0.053 40 S 0.023 0.637 0.022 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.007 0.220 0.062 41 L 0.170 0.172 0.235 0.005 0.001 0.001 0.024 0.072 0.079 0.154 0.088 42 E 0.406 0.062 0.019 0.007 0.001 0.001 0.057 0.019 0.023 0.073 0.330 43 S 0.076 0.020 0.001 0.003 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.016 0.776 44 Y 0.016 0.008 0.002 0.017 0.001 0.003 0.144 0.004 0.001 0.038 0.767 45 G 0.040 0.015 0.002 0.020 0.005 0.011 0.229 0.003 0.001 0.046 0.629 46 L 0.007 0.026 0.001 0.019 0.004 0.010 0.125 0.003 0.001 0.020 0.784 47 N 0.407 0.354 0.004 0.008 0.002 0.003 0.043 0.014 0.002 0.032 0.130 48 P 0.294 0.414 0.004 0.014 0.001 0.003 0.040 0.030 0.001 0.058 0.142 49 A 0.199 0.103 0.002 0.017 0.006 0.019 0.086 0.004 0.001 0.072 0.492 50 D 0.025 0.108 0.011 0.066 0.021 0.051 0.153 0.002 0.003 0.070 0.491 51 I 0.052 0.042 0.008 0.028 0.028 0.034 0.121 0.007 0.004 0.054 0.622 52 F 0.416 0.091 0.004 0.011 0.029 0.026 0.069 0.017 0.003 0.086 0.248 53 P 0.060 0.020 0.003 0.006 0.004 0.009 0.094 0.003 0.002 0.030 0.770 54 G 0.138 0.028 0.008 0.010 0.006 0.017 0.090 0.009 0.002 0.068 0.624 55 S 0.139 0.020 0.002 0.007 0.009 0.015 0.096 0.007 0.001 0.088 0.616 56 R 0.069 0.016 0.002 0.013 0.009 0.022 0.097 0.005 0.001 0.055 0.712 57 K 0.034 0.009 0.001 0.023 0.022 0.038 0.112 0.004 0.001 0.071 0.686 58 S 0.048 0.006 0.001 0.027 0.053 0.079 0.119 0.002 0.001 0.073 0.591 59 E 0.038 0.005 0.003 0.043 0.031 0.046 0.152 0.002 0.001 0.054 0.624 60 V 0.061 0.008 0.002 0.031 0.045 0.059 0.135 0.010 0.001 0.037 0.611 61 T 0.309 0.006 0.002 0.015 0.019 0.028 0.114 0.008 0.001 0.052 0.446 62 P 0.017 0.002 0.001 0.026 0.034 0.072 0.154 0.009 0.001 0.026 0.659 63 E 0.014 0.001 0.001 0.049 0.028 0.090 0.118 0.001 0.001 0.033 0.665 64 V 0.003 0.002 0.001 0.141 0.286 0.233 0.059 0.001 0.001 0.032 0.243 65 A 0.003 0.001 0.001 0.119 0.140 0.253 0.066 0.001 0.001 0.043 0.373 66 L 0.001 0.001 0.001 0.119 0.344 0.190 0.035 0.001 0.001 0.027 0.282 67 P 0.001 0.001 0.001 0.243 0.262 0.325 0.023 0.001 0.001 0.036 0.108 68 I 0.003 0.002 0.001 0.117 0.244 0.326 0.026 0.001 0.001 0.038 0.242 69 I 0.002 0.001 0.001 0.147 0.369 0.352 0.016 0.001 0.001 0.027 0.085 70 H 0.024 0.005 0.002 0.119 0.222 0.311 0.046 0.001 0.001 0.057 0.211 71 C 0.008 0.003 0.001 0.143 0.291 0.341 0.030 0.002 0.001 0.027 0.153 72 Q 0.025 0.005 0.002 0.109 0.148 0.297 0.082 0.002 0.001 0.040 0.289 73 A 0.011 0.002 0.001 0.091 0.276 0.279 0.049 0.002 0.001 0.026 0.261 74 D 0.045 0.003 0.002 0.073 0.146 0.219 0.084 0.002 0.001 0.046 0.380 75 F 0.013 0.001 0.001 0.050 0.173 0.202 0.075 0.004 0.001 0.033 0.448 76 R 0.025 0.008 0.001 0.040 0.042 0.078 0.092 0.003 0.001 0.029 0.680 77 R 0.038 0.002 0.001 0.042 0.155 0.171 0.105 0.011 0.001 0.072 0.403 78 P 0.026 0.004 0.003 0.047 0.038 0.058 0.150 0.001 0.002 0.056 0.615 79 I 0.021 0.001 0.004 0.047 0.085 0.175 0.108 0.003 0.002 0.042 0.512 80 H 0.468 0.003 0.001 0.020 0.027 0.040 0.075 0.004 0.001 0.071 0.291 81 T 0.037 0.001 0.001 0.022 0.010 0.038 0.187 0.003 0.001 0.044 0.656 82 G 0.004 0.001 0.001 0.021 0.017 0.067 0.137 0.001 0.001 0.039 0.713 83 D 0.001 0.001 0.001 0.051 0.253 0.410 0.070 0.001 0.001 0.055 0.159 84 A 0.001 0.001 0.001 0.060 0.172 0.379 0.047 0.001 0.001 0.054 0.287 85 L 0.001 0.001 0.001 0.053 0.393 0.484 0.005 0.001 0.001 0.031 0.033 86 A 0.001 0.001 0.001 0.060 0.292 0.496 0.011 0.001 0.001 0.051 0.088 87 M 0.001 0.001 0.001 0.073 0.502 0.350 0.006 0.001 0.001 0.021 0.047 88 E 0.001 0.001 0.001 0.065 0.360 0.476 0.014 0.001 0.001 0.022 0.062 89 L 0.002 0.001 0.001 0.046 0.354 0.336 0.029 0.001 0.001 0.019 0.211 90 R 0.187 0.013 0.004 0.048 0.229 0.201 0.056 0.021 0.006 0.075 0.161 91 P 0.351 0.026 0.005 0.026 0.017 0.035 0.069 0.014 0.003 0.068 0.386 92 E 0.088 0.004 0.001 0.019 0.025 0.052 0.069 0.002 0.001 0.034 0.705 93 R 0.017 0.002 0.002 0.025 0.042 0.067 0.101 0.001 0.001 0.027 0.717 94 L 0.009 0.001 0.002 0.024 0.034 0.042 0.123 0.001 0.001 0.028 0.735 95 N 0.197 0.006 0.001 0.017 0.090 0.073 0.125 0.018 0.001 0.095 0.377 96 P 0.046 0.003 0.001 0.015 0.009 0.018 0.149 0.001 0.001 0.042 0.714 97 N 0.003 0.002 0.001 0.044 0.094 0.238 0.119 0.002 0.001 0.042 0.455 98 S 0.003 0.001 0.001 0.093 0.115 0.304 0.078 0.001 0.001 0.076 0.328 99 F 0.001 0.001 0.001 0.114 0.315 0.378 0.025 0.001 0.001 0.037 0.129 100 Q 0.001 0.001 0.001 0.122 0.298 0.410 0.018 0.001 0.001 0.035 0.115 101 V 0.001 0.001 0.001 0.073 0.383 0.400 0.013 0.001 0.001 0.027 0.101 102 H 0.003 0.002 0.001 0.101 0.264 0.388 0.027 0.001 0.001 0.041 0.173 103 F 0.004 0.001 0.001 0.056 0.324 0.470 0.022 0.001 0.001 0.023 0.098 104 E 0.008 0.001 0.001 0.078 0.281 0.433 0.030 0.001 0.001 0.037 0.131 105 F 0.006 0.001 0.002 0.074 0.329 0.355 0.041 0.001 0.002 0.028 0.163 106 R 0.047 0.004 0.005 0.057 0.138 0.235 0.074 0.003 0.005 0.031 0.401 107 C 0.495 0.015 0.003 0.014 0.030 0.044 0.056 0.015 0.003 0.049 0.275 108 E 0.107 0.031 0.003 0.009 0.008 0.019 0.080 0.005 0.001 0.028 0.709 109 E 0.016 0.018 0.002 0.019 0.051 0.127 0.105 0.004 0.001 0.022 0.636 110 Q 0.006 0.025 0.001 0.022 0.253 0.387 0.050 0.002 0.001 0.040 0.214 111 I 0.012 0.014 0.002 0.024 0.388 0.292 0.032 0.002 0.001 0.049 0.186 112 A 0.007 0.009 0.003 0.037 0.312 0.367 0.035 0.001 0.001 0.023 0.206 113 A 0.007 0.005 0.001 0.025 0.293 0.482 0.025 0.001 0.001 0.034 0.127 114 H 0.009 0.001 0.001 0.042 0.274 0.432 0.035 0.001 0.001 0.063 0.141 115 A 0.002 0.001 0.001 0.035 0.323 0.448 0.035 0.001 0.001 0.025 0.130 116 L 0.002 0.001 0.001 0.057 0.355 0.443 0.029 0.001 0.001 0.028 0.085 117 I 0.001 0.001 0.001 0.101 0.285 0.425 0.027 0.001 0.001 0.032 0.129 118 R 0.001 0.001 0.001 0.117 0.307 0.480 0.010 0.001 0.001 0.049 0.037 119 H 0.001 0.001 0.001 0.158 0.288 0.417 0.011 0.001 0.001 0.039 0.086 120 L 0.001 0.001 0.001 0.188 0.359 0.371 0.007 0.001 0.001 0.025 0.050 121 A 0.001 0.001 0.001 0.127 0.333 0.404 0.014 0.001 0.001 0.051 0.068 122 I 0.003 0.001 0.001 0.126 0.284 0.353 0.027 0.001 0.001 0.045 0.159 123 N 0.233 0.015 0.004 0.055 0.120 0.178 0.073 0.009 0.009 0.097 0.206 124 A 0.302 0.018 0.008 0.022 0.018 0.028 0.071 0.010 0.006 0.060 0.457 125 Q 0.087 0.006 0.002 0.011 0.023 0.045 0.091 0.006 0.001 0.030 0.698 126 T 0.031 0.007 0.001 0.023 0.073 0.132 0.099 0.004 0.001 0.035 0.593 127 R 0.052 0.007 0.003 0.026 0.045 0.069 0.101 0.004 0.001 0.054 0.639 128 H 0.025 0.004 0.001 0.023 0.158 0.145 0.092 0.008 0.001 0.038 0.505 129 R 0.019 0.002 0.001 0.017 0.025 0.052 0.103 0.001 0.001 0.017 0.763 130 C 0.006 0.001 0.001 0.030 0.095 0.093 0.120 0.001 0.001 0.030 0.624 131 A 0.006 0.008 0.001 0.028 0.021 0.026 0.138 0.001 0.001 0.028 0.743 132 L 0.035 0.166 0.002 0.012 0.018 0.015 0.099 0.025 0.001 0.071 0.556 133 P 0.096 0.779 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.024 0.081 134 E 0.024 0.714 0.004 0.004 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.101 0.130 135 G 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.012 0.031 136 I 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 137 D 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.015 138 R 0.011 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.021 0.026 139 W 0.044 0.366 0.062 0.003 0.001 0.001 0.019 0.016 0.021 0.387 0.079 140 L 0.135 0.308 0.058 0.005 0.002 0.003 0.046 0.023 0.030 0.273 0.117 141 E 0.158 0.113 0.017 0.006 0.002 0.005 0.060 0.006 0.015 0.069 0.549 142 A 0.085 0.041 0.013 0.007 0.002 0.005 0.083 0.004 0.007 0.050 0.703 143 S 0.101 0.012 0.002 0.006 0.003 0.009 0.089 0.006 0.002 0.045 0.726 144 G 0.127 0.008 0.002 0.006 0.002 0.005 0.061 0.003 0.001 0.035 0.752 145 V 0.028 0.002 0.001 0.006 0.003 0.008 0.096 0.002 0.001 0.023 0.830 146 G 0.023 0.003 0.001 0.013 0.004 0.011 0.097 0.002 0.001 0.030 0.816 147 K 0.087 0.010 0.001 0.028 0.022 0.029 0.131 0.008 0.001 0.106 0.577 148 I 0.049 0.006 0.001 0.031 0.016 0.024 0.135 0.002 0.001 0.052 0.683 149 G 0.014 0.005 0.001 0.059 0.053 0.099 0.131 0.003 0.001 0.052 0.582 150 S 0.019 0.010 0.001 0.054 0.050 0.078 0.139 0.002 0.001 0.056 0.591 151 I 0.023 0.007 0.002 0.060 0.106 0.115 0.140 0.006 0.001 0.054 0.488