# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.291 0.113 0.055 0.085 0.068 0.071 0.088 0.077 0.067 0.052 0.034 2 N 0.174 0.372 0.074 0.147 0.089 0.051 0.043 0.023 0.015 0.009 0.005 3 P 0.305 0.110 0.042 0.109 0.109 0.105 0.093 0.059 0.038 0.020 0.009 4 E 0.579 0.192 0.042 0.086 0.053 0.023 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 5 N 0.195 0.174 0.139 0.277 0.107 0.050 0.035 0.013 0.007 0.003 0.001 6 W 0.054 0.074 0.060 0.195 0.182 0.168 0.137 0.064 0.039 0.020 0.008 7 L 0.014 0.016 0.027 0.041 0.051 0.100 0.236 0.197 0.162 0.099 0.057 8 L 0.011 0.057 0.115 0.334 0.208 0.124 0.086 0.035 0.018 0.009 0.003 9 L 0.010 0.016 0.021 0.053 0.068 0.090 0.205 0.185 0.175 0.113 0.064 10 R 0.065 0.111 0.154 0.364 0.181 0.072 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 11 R 0.014 0.024 0.026 0.072 0.099 0.141 0.277 0.167 0.110 0.056 0.016 12 V 0.022 0.091 0.084 0.390 0.238 0.103 0.045 0.016 0.007 0.003 0.001 13 V 0.003 0.003 0.004 0.006 0.009 0.015 0.077 0.145 0.271 0.267 0.201 14 R 0.009 0.055 0.052 0.281 0.271 0.159 0.110 0.038 0.018 0.005 0.002 15 F 0.006 0.011 0.006 0.022 0.026 0.046 0.116 0.157 0.222 0.216 0.172 16 G 0.101 0.070 0.035 0.169 0.170 0.141 0.140 0.084 0.055 0.023 0.011 17 D 0.063 0.076 0.031 0.101 0.092 0.110 0.201 0.130 0.103 0.061 0.032 18 T 0.015 0.015 0.011 0.036 0.030 0.031 0.069 0.110 0.182 0.235 0.266 19 D 0.009 0.024 0.016 0.096 0.152 0.169 0.221 0.150 0.097 0.043 0.023 20 A 0.029 0.027 0.036 0.080 0.102 0.123 0.190 0.139 0.131 0.093 0.051 21 A 0.018 0.011 0.013 0.036 0.048 0.080 0.178 0.167 0.188 0.156 0.104 22 G 0.007 0.007 0.006 0.021 0.025 0.047 0.171 0.202 0.231 0.177 0.107 23 V 0.008 0.014 0.022 0.029 0.027 0.043 0.106 0.141 0.204 0.226 0.179 24 M 0.006 0.006 0.021 0.023 0.021 0.029 0.082 0.127 0.207 0.234 0.243 25 H 0.002 0.007 0.014 0.026 0.040 0.063 0.188 0.199 0.211 0.154 0.095 26 F 0.001 0.005 0.013 0.023 0.026 0.038 0.129 0.155 0.247 0.226 0.136 27 H 0.015 0.013 0.034 0.070 0.099 0.141 0.219 0.139 0.142 0.082 0.045 28 Q 0.015 0.021 0.058 0.102 0.120 0.174 0.291 0.123 0.061 0.024 0.010 29 L 0.001 0.002 0.018 0.014 0.011 0.014 0.073 0.142 0.257 0.282 0.187 30 F 0.002 0.002 0.020 0.024 0.025 0.047 0.140 0.163 0.209 0.210 0.159 31 R 0.005 0.014 0.216 0.178 0.187 0.144 0.130 0.063 0.039 0.017 0.007 32 W 0.001 0.003 0.018 0.012 0.019 0.053 0.200 0.215 0.215 0.171 0.094 33 C 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.012 0.070 0.144 0.275 0.298 0.183 34 H 0.009 0.015 0.046 0.052 0.074 0.132 0.273 0.151 0.128 0.077 0.042 35 E 0.023 0.045 0.212 0.209 0.160 0.124 0.121 0.052 0.031 0.015 0.006 36 S 0.002 0.004 0.016 0.014 0.014 0.020 0.081 0.145 0.244 0.261 0.199 37 W 0.001 0.001 0.004 0.011 0.019 0.056 0.197 0.195 0.217 0.178 0.121 38 E 0.002 0.006 0.079 0.106 0.181 0.218 0.225 0.089 0.059 0.025 0.010 39 E 0.024 0.040 0.153 0.164 0.151 0.179 0.172 0.063 0.033 0.015 0.008 40 S 0.001 0.002 0.007 0.021 0.023 0.038 0.142 0.183 0.244 0.208 0.132 41 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.010 0.044 0.103 0.199 0.299 0.330 42 E 0.002 0.010 0.215 0.243 0.261 0.155 0.077 0.024 0.009 0.003 0.001 43 S 0.010 0.033 0.277 0.167 0.153 0.159 0.115 0.044 0.024 0.012 0.005 44 Y 0.002 0.003 0.002 0.013 0.027 0.077 0.283 0.237 0.189 0.120 0.046 45 G 0.162 0.095 0.039 0.081 0.057 0.068 0.136 0.106 0.112 0.086 0.058 46 L 0.004 0.006 0.007 0.014 0.018 0.027 0.064 0.102 0.182 0.250 0.328 47 N 0.082 0.267 0.097 0.202 0.137 0.086 0.066 0.030 0.019 0.010 0.006 48 P 0.091 0.061 0.022 0.070 0.085 0.105 0.166 0.137 0.118 0.087 0.057 49 A 0.147 0.066 0.039 0.106 0.112 0.126 0.139 0.082 0.079 0.060 0.044 50 D 0.063 0.073 0.049 0.142 0.131 0.121 0.131 0.092 0.085 0.064 0.049 51 I 0.011 0.015 0.013 0.042 0.058 0.083 0.176 0.170 0.164 0.148 0.120 52 F 0.020 0.024 0.034 0.052 0.060 0.081 0.170 0.145 0.134 0.142 0.139 53 P 0.114 0.139 0.097 0.184 0.143 0.106 0.101 0.048 0.035 0.023 0.010 54 G 0.264 0.143 0.060 0.167 0.120 0.080 0.068 0.036 0.027 0.022 0.013 55 S 0.178 0.111 0.050 0.107 0.081 0.069 0.108 0.072 0.079 0.078 0.066 56 R 0.183 0.138 0.090 0.151 0.104 0.098 0.101 0.050 0.040 0.026 0.017 57 K 0.297 0.209 0.075 0.160 0.106 0.063 0.045 0.020 0.014 0.007 0.003 58 S 0.363 0.163 0.078 0.115 0.068 0.058 0.061 0.033 0.026 0.020 0.015 59 E 0.350 0.178 0.078 0.155 0.093 0.054 0.043 0.018 0.015 0.009 0.006 60 V 0.084 0.060 0.037 0.086 0.085 0.117 0.147 0.114 0.113 0.087 0.070 61 T 0.075 0.153 0.084 0.165 0.139 0.103 0.111 0.068 0.048 0.031 0.023 62 P 0.162 0.112 0.083 0.175 0.148 0.113 0.102 0.050 0.030 0.016 0.008 63 E 0.128 0.116 0.070 0.208 0.194 0.126 0.088 0.035 0.020 0.010 0.005 64 V 0.002 0.004 0.005 0.022 0.040 0.063 0.159 0.202 0.208 0.177 0.118 65 A 0.005 0.014 0.011 0.067 0.108 0.157 0.231 0.160 0.116 0.076 0.054 66 L 0.002 0.004 0.004 0.011 0.018 0.036 0.116 0.180 0.250 0.219 0.160 67 P 0.006 0.005 0.004 0.021 0.030 0.048 0.140 0.174 0.197 0.195 0.180 68 I 0.004 0.006 0.005 0.020 0.025 0.033 0.082 0.126 0.209 0.234 0.255 69 I 0.007 0.010 0.008 0.052 0.068 0.088 0.178 0.180 0.181 0.138 0.091 70 H 0.027 0.065 0.053 0.202 0.204 0.176 0.135 0.068 0.038 0.021 0.010 71 C 0.005 0.005 0.006 0.015 0.018 0.029 0.093 0.150 0.230 0.251 0.197 72 Q 0.042 0.118 0.080 0.266 0.203 0.124 0.093 0.036 0.020 0.010 0.007 73 A 0.004 0.005 0.005 0.010 0.011 0.018 0.069 0.117 0.227 0.270 0.265 74 D 0.078 0.147 0.086 0.310 0.210 0.099 0.045 0.015 0.007 0.003 0.001 75 F 0.010 0.013 0.009 0.026 0.032 0.045 0.115 0.147 0.218 0.203 0.182 76 R 0.078 0.088 0.051 0.215 0.176 0.127 0.115 0.065 0.046 0.024 0.016 77 R 0.092 0.093 0.038 0.137 0.141 0.149 0.173 0.081 0.056 0.028 0.011 78 P 0.132 0.105 0.060 0.124 0.088 0.085 0.108 0.088 0.091 0.069 0.049 79 I 0.026 0.018 0.009 0.036 0.038 0.048 0.091 0.120 0.172 0.196 0.245 80 H 0.084 0.167 0.079 0.161 0.144 0.124 0.119 0.054 0.039 0.019 0.011 81 T 0.110 0.104 0.065 0.166 0.110 0.096 0.114 0.087 0.072 0.048 0.027 82 G 0.554 0.188 0.058 0.104 0.055 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 83 D 0.017 0.050 0.037 0.167 0.175 0.178 0.198 0.095 0.051 0.023 0.010 84 A 0.057 0.113 0.093 0.235 0.209 0.157 0.081 0.027 0.014 0.008 0.005 85 L 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.058 0.121 0.227 0.276 0.297 86 A 0.008 0.041 0.061 0.323 0.279 0.144 0.079 0.035 0.017 0.008 0.004 87 M 0.001 0.003 0.004 0.008 0.009 0.017 0.068 0.119 0.234 0.273 0.263 88 E 0.027 0.061 0.090 0.383 0.247 0.112 0.054 0.015 0.007 0.002 0.002 89 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.010 0.019 0.088 0.139 0.249 0.272 0.210 90 R 0.041 0.225 0.106 0.374 0.172 0.050 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 91 P 0.008 0.009 0.006 0.017 0.020 0.030 0.095 0.126 0.238 0.234 0.217 92 E 0.105 0.149 0.098 0.269 0.190 0.099 0.059 0.018 0.008 0.003 0.002 93 R 0.116 0.197 0.064 0.224 0.154 0.106 0.082 0.030 0.016 0.006 0.003 94 L 0.013 0.012 0.009 0.031 0.041 0.070 0.122 0.146 0.193 0.196 0.167 95 N 0.247 0.334 0.069 0.175 0.092 0.042 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 96 P 0.455 0.183 0.067 0.141 0.072 0.036 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 97 N 0.328 0.182 0.047 0.184 0.109 0.074 0.046 0.016 0.007 0.003 0.002 98 S 0.032 0.112 0.090 0.324 0.217 0.128 0.063 0.019 0.009 0.004 0.002 99 F 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.023 0.110 0.184 0.278 0.229 0.156 100 Q 0.010 0.081 0.103 0.472 0.226 0.080 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 101 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.059 0.142 0.265 0.289 0.227 102 H 0.012 0.052 0.061 0.415 0.277 0.126 0.043 0.009 0.004 0.001 0.001 103 F 0.001 0.004 0.003 0.010 0.017 0.033 0.151 0.193 0.278 0.209 0.100 104 E 0.014 0.060 0.056 0.409 0.284 0.110 0.047 0.013 0.006 0.002 0.001 105 F 0.003 0.005 0.004 0.010 0.016 0.027 0.110 0.164 0.283 0.234 0.143 106 R 0.023 0.086 0.067 0.300 0.252 0.135 0.086 0.031 0.014 0.004 0.002 107 C 0.061 0.174 0.056 0.142 0.133 0.141 0.154 0.075 0.040 0.018 0.007 108 E 0.370 0.269 0.078 0.157 0.077 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 109 E 0.781 0.112 0.029 0.050 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.142 0.222 0.086 0.229 0.161 0.081 0.050 0.016 0.007 0.003 0.001 111 I 0.024 0.034 0.019 0.073 0.092 0.159 0.264 0.166 0.099 0.050 0.021 112 A 0.017 0.028 0.043 0.162 0.204 0.223 0.168 0.074 0.044 0.027 0.011 113 A 0.011 0.011 0.034 0.030 0.030 0.050 0.174 0.190 0.206 0.172 0.090 114 H 0.011 0.048 0.092 0.409 0.231 0.112 0.054 0.024 0.011 0.006 0.003 115 A 0.015 0.013 0.019 0.016 0.017 0.027 0.108 0.139 0.219 0.240 0.188 116 L 0.019 0.058 0.118 0.370 0.242 0.108 0.057 0.016 0.008 0.003 0.001 117 I 0.003 0.005 0.014 0.013 0.016 0.023 0.120 0.151 0.271 0.245 0.138 118 R 0.010 0.039 0.073 0.307 0.243 0.150 0.106 0.042 0.020 0.007 0.003 119 H 0.003 0.014 0.016 0.045 0.063 0.127 0.235 0.192 0.162 0.103 0.040 120 L 0.004 0.009 0.015 0.047 0.058 0.070 0.157 0.211 0.220 0.142 0.066 121 A 0.005 0.008 0.011 0.025 0.030 0.049 0.149 0.189 0.227 0.190 0.118 122 I 0.003 0.008 0.014 0.038 0.045 0.050 0.121 0.175 0.249 0.190 0.107 123 N 0.025 0.112 0.046 0.214 0.183 0.149 0.138 0.074 0.040 0.014 0.005 124 A 0.096 0.084 0.061 0.154 0.143 0.120 0.137 0.091 0.067 0.035 0.012 125 Q 0.442 0.196 0.087 0.146 0.072 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 126 T 0.114 0.113 0.047 0.143 0.118 0.113 0.146 0.089 0.063 0.035 0.020 127 R 0.107 0.095 0.048 0.115 0.127 0.132 0.146 0.096 0.072 0.042 0.021 128 H 0.215 0.230 0.108 0.159 0.111 0.073 0.056 0.024 0.014 0.007 0.004 129 R 0.117 0.076 0.068 0.146 0.149 0.126 0.141 0.076 0.052 0.032 0.016 130 C 0.040 0.035 0.019 0.071 0.100 0.115 0.221 0.150 0.130 0.080 0.040 131 A 0.307 0.262 0.108 0.153 0.086 0.040 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 132 L 0.003 0.014 0.009 0.023 0.031 0.060 0.126 0.153 0.191 0.215 0.174 133 P 0.040 0.136 0.054 0.144 0.196 0.174 0.154 0.055 0.030 0.011 0.005 134 E 0.845 0.090 0.035 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.163 0.161 0.108 0.252 0.156 0.093 0.050 0.010 0.004 0.002 0.001 136 I 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.031 0.133 0.187 0.262 0.210 0.154 137 D 0.006 0.012 0.066 0.232 0.257 0.245 0.134 0.031 0.012 0.004 0.002 138 R 0.011 0.035 0.785 0.114 0.033 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.001 0.002 0.025 0.030 0.053 0.136 0.328 0.188 0.129 0.075 0.033 140 L 0.001 0.001 0.014 0.006 0.007 0.013 0.085 0.144 0.224 0.270 0.234 141 E 0.002 0.017 0.386 0.243 0.200 0.095 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 142 A 0.016 0.051 0.460 0.121 0.109 0.111 0.078 0.025 0.015 0.008 0.004 143 S 0.025 0.034 0.025 0.051 0.073 0.093 0.224 0.166 0.150 0.103 0.056 144 G 0.279 0.118 0.042 0.066 0.070 0.081 0.129 0.076 0.062 0.044 0.032 145 V 0.203 0.176 0.106 0.161 0.113 0.071 0.072 0.038 0.028 0.019 0.013 146 G 0.367 0.145 0.078 0.111 0.088 0.070 0.064 0.032 0.022 0.014 0.007 147 K 0.263 0.283 0.093 0.164 0.088 0.045 0.033 0.014 0.008 0.005 0.003 148 I 0.118 0.076 0.042 0.107 0.107 0.116 0.144 0.100 0.089 0.062 0.038 149 G 0.201 0.120 0.058 0.112 0.102 0.108 0.113 0.068 0.058 0.036 0.026 150 S 0.091 0.144 0.067 0.150 0.112 0.086 0.116 0.083 0.068 0.049 0.036 151 I 0.156 0.059 0.025 0.067 0.071 0.077 0.105 0.104 0.120 0.113 0.102