# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.181 0.035 0.032 0.019 0.011 0.017 0.025 0.007 0.001 0.003 0.670 2 N 0.044 0.010 0.007 0.022 0.030 0.034 0.146 0.004 0.001 0.002 0.700 3 P 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.978 4 E 0.021 0.004 0.001 0.031 0.022 0.049 0.232 0.001 0.001 0.004 0.636 5 N 0.373 0.007 0.001 0.023 0.013 0.015 0.100 0.001 0.001 0.013 0.453 6 W 0.220 0.072 0.004 0.090 0.041 0.063 0.085 0.001 0.001 0.007 0.416 7 L 0.043 0.040 0.003 0.166 0.189 0.234 0.099 0.001 0.001 0.005 0.220 8 L 0.038 0.051 0.003 0.141 0.125 0.285 0.065 0.001 0.001 0.004 0.286 9 L 0.020 0.040 0.002 0.133 0.284 0.375 0.021 0.002 0.001 0.002 0.121 10 R 0.018 0.023 0.004 0.087 0.152 0.287 0.035 0.003 0.001 0.004 0.388 11 R 0.015 0.006 0.004 0.094 0.287 0.378 0.030 0.003 0.001 0.004 0.179 12 V 0.019 0.006 0.008 0.128 0.210 0.324 0.044 0.002 0.001 0.004 0.256 13 V 0.006 0.003 0.004 0.104 0.226 0.324 0.034 0.001 0.001 0.002 0.297 14 R 0.005 0.002 0.002 0.085 0.222 0.345 0.050 0.001 0.001 0.002 0.286 15 F 0.006 0.002 0.002 0.040 0.096 0.158 0.031 0.001 0.001 0.002 0.664 16 G 0.009 0.002 0.001 0.051 0.120 0.234 0.123 0.001 0.001 0.005 0.455 17 D 0.072 0.003 0.001 0.021 0.061 0.079 0.144 0.001 0.001 0.016 0.604 18 T 0.125 0.009 0.003 0.040 0.091 0.092 0.150 0.001 0.001 0.020 0.468 19 D 0.046 0.008 0.001 0.018 0.078 0.061 0.365 0.001 0.001 0.013 0.409 20 A 0.044 0.006 0.002 0.008 0.016 0.024 0.085 0.001 0.001 0.013 0.802 21 A 0.088 0.008 0.004 0.021 0.077 0.130 0.321 0.002 0.001 0.043 0.306 22 G 0.229 0.004 0.010 0.040 0.136 0.108 0.251 0.002 0.001 0.043 0.177 23 V 0.049 0.006 0.045 0.141 0.198 0.228 0.079 0.001 0.001 0.005 0.248 24 M 0.001 0.001 0.001 0.248 0.309 0.337 0.029 0.001 0.001 0.001 0.074 25 H 0.002 0.001 0.001 0.229 0.143 0.327 0.047 0.001 0.001 0.001 0.250 26 F 0.005 0.004 0.001 0.301 0.134 0.275 0.053 0.001 0.001 0.001 0.227 27 H 0.003 0.003 0.001 0.113 0.023 0.088 0.074 0.001 0.001 0.003 0.693 28 Q 0.009 0.005 0.001 0.075 0.038 0.078 0.268 0.001 0.001 0.008 0.517 29 L 0.073 0.047 0.001 0.048 0.024 0.037 0.197 0.001 0.001 0.010 0.562 30 F 0.048 0.484 0.002 0.029 0.023 0.035 0.064 0.001 0.001 0.003 0.312 31 R 0.032 0.561 0.001 0.009 0.010 0.023 0.073 0.001 0.001 0.002 0.289 32 W 0.024 0.811 0.001 0.002 0.002 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.135 33 C 0.019 0.925 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.044 34 H 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.042 35 E 0.024 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.126 36 S 0.048 0.918 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 37 W 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 38 E 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.037 39 E 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 40 S 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 41 L 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 42 E 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 43 S 0.045 0.930 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 44 Y 0.134 0.597 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.001 0.001 0.044 45 G 0.589 0.162 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.167 0.001 0.002 0.048 46 L 0.016 0.010 0.890 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.070 47 N 0.019 0.005 0.005 0.032 0.005 0.004 0.126 0.007 0.001 0.001 0.796 48 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 49 A 0.002 0.002 0.001 0.021 0.003 0.007 0.410 0.001 0.001 0.002 0.553 50 D 0.265 0.004 0.001 0.020 0.004 0.010 0.554 0.003 0.001 0.045 0.096 51 I 0.649 0.203 0.001 0.059 0.002 0.004 0.012 0.003 0.001 0.002 0.065 52 F 0.244 0.347 0.012 0.044 0.018 0.018 0.064 0.004 0.001 0.003 0.247 53 P 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.984 54 G 0.039 0.007 0.002 0.018 0.008 0.021 0.176 0.006 0.001 0.004 0.719 55 S 0.751 0.018 0.012 0.005 0.002 0.002 0.058 0.002 0.001 0.009 0.141 56 R 0.075 0.134 0.003 0.019 0.009 0.010 0.081 0.003 0.001 0.003 0.665 57 K 0.111 0.053 0.003 0.028 0.018 0.024 0.180 0.003 0.001 0.013 0.566 58 S 0.463 0.088 0.004 0.015 0.008 0.012 0.140 0.004 0.001 0.014 0.251 59 E 0.206 0.113 0.011 0.017 0.015 0.018 0.107 0.013 0.001 0.010 0.491 60 V 0.181 0.065 0.034 0.028 0.027 0.043 0.120 0.008 0.001 0.016 0.477 61 T 0.123 0.033 0.007 0.037 0.075 0.082 0.211 0.008 0.001 0.010 0.413 62 P 0.010 0.002 0.003 0.007 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.962 63 E 0.043 0.004 0.003 0.047 0.044 0.068 0.212 0.002 0.001 0.008 0.570 64 V 0.378 0.008 0.007 0.089 0.057 0.089 0.120 0.002 0.001 0.027 0.222 65 A 0.056 0.033 0.008 0.236 0.092 0.205 0.069 0.002 0.001 0.005 0.292 66 L 0.012 0.007 0.003 0.309 0.170 0.263 0.049 0.001 0.001 0.002 0.185 67 P 0.003 0.001 0.001 0.072 0.018 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.871 68 I 0.007 0.004 0.002 0.251 0.138 0.328 0.063 0.001 0.001 0.003 0.203 69 I 0.026 0.016 0.001 0.236 0.156 0.279 0.058 0.001 0.001 0.005 0.222 70 H 0.019 0.046 0.001 0.216 0.139 0.278 0.059 0.001 0.001 0.003 0.239 71 C 0.034 0.048 0.003 0.136 0.137 0.291 0.065 0.001 0.001 0.004 0.280 72 Q 0.033 0.092 0.003 0.102 0.103 0.229 0.097 0.002 0.001 0.006 0.332 73 A 0.034 0.141 0.007 0.071 0.101 0.178 0.086 0.003 0.001 0.004 0.374 74 D 0.054 0.172 0.003 0.036 0.068 0.078 0.067 0.007 0.001 0.003 0.512 75 F 0.153 0.236 0.007 0.030 0.059 0.114 0.065 0.011 0.001 0.009 0.316 76 R 0.142 0.233 0.028 0.028 0.049 0.145 0.060 0.012 0.001 0.010 0.293 77 R 0.090 0.131 0.023 0.029 0.099 0.131 0.050 0.007 0.001 0.002 0.439 78 P 0.006 0.009 0.002 0.006 0.011 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.951 79 I 0.056 0.026 0.003 0.046 0.139 0.263 0.079 0.005 0.001 0.005 0.378 80 H 0.199 0.057 0.004 0.033 0.077 0.107 0.107 0.007 0.001 0.008 0.401 81 T 0.149 0.078 0.002 0.041 0.072 0.098 0.077 0.008 0.001 0.006 0.468 82 G 0.136 0.017 0.007 0.030 0.048 0.063 0.177 0.003 0.001 0.021 0.499 83 D 0.169 0.007 0.011 0.044 0.051 0.041 0.253 0.002 0.001 0.022 0.401 84 A 0.106 0.004 0.046 0.062 0.046 0.080 0.174 0.001 0.001 0.024 0.456 85 L 0.020 0.001 0.007 0.193 0.368 0.240 0.090 0.001 0.001 0.006 0.074 86 A 0.006 0.001 0.003 0.209 0.154 0.229 0.084 0.001 0.001 0.003 0.311 87 M 0.001 0.001 0.001 0.232 0.322 0.388 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 88 E 0.001 0.001 0.001 0.288 0.175 0.353 0.034 0.001 0.001 0.001 0.147 89 L 0.001 0.001 0.001 0.190 0.200 0.455 0.022 0.001 0.001 0.002 0.127 90 R 0.002 0.001 0.001 0.251 0.227 0.325 0.055 0.001 0.001 0.002 0.138 91 P 0.001 0.001 0.001 0.034 0.026 0.046 0.016 0.001 0.001 0.001 0.876 92 E 0.005 0.001 0.001 0.138 0.157 0.312 0.121 0.001 0.001 0.006 0.261 93 R 0.115 0.003 0.001 0.026 0.049 0.090 0.079 0.001 0.001 0.015 0.621 94 L 0.160 0.021 0.003 0.081 0.114 0.151 0.086 0.004 0.001 0.011 0.368 95 N 0.064 0.005 0.002 0.033 0.113 0.104 0.197 0.002 0.001 0.006 0.473 96 P 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.971 97 N 0.019 0.001 0.001 0.034 0.062 0.094 0.355 0.001 0.001 0.010 0.423 98 S 0.372 0.002 0.005 0.023 0.019 0.024 0.117 0.001 0.001 0.044 0.395 99 F 0.069 0.008 0.005 0.204 0.164 0.169 0.142 0.001 0.001 0.009 0.230 100 Q 0.012 0.002 0.003 0.297 0.158 0.280 0.089 0.001 0.001 0.004 0.155 101 V 0.003 0.002 0.001 0.393 0.218 0.288 0.021 0.001 0.001 0.001 0.072 102 H 0.001 0.002 0.001 0.221 0.211 0.422 0.027 0.001 0.001 0.001 0.114 103 F 0.002 0.002 0.001 0.178 0.288 0.407 0.018 0.001 0.001 0.001 0.103 104 E 0.004 0.003 0.001 0.207 0.215 0.352 0.044 0.001 0.001 0.003 0.171 105 F 0.009 0.004 0.001 0.125 0.225 0.375 0.046 0.001 0.001 0.004 0.209 106 R 0.014 0.009 0.001 0.138 0.226 0.364 0.072 0.001 0.001 0.006 0.169 107 C 0.015 0.009 0.002 0.036 0.108 0.174 0.101 0.002 0.001 0.004 0.548 108 E 0.022 0.008 0.002 0.021 0.038 0.069 0.082 0.001 0.001 0.008 0.749 109 E 0.087 0.010 0.005 0.017 0.030 0.053 0.190 0.002 0.001 0.024 0.583 110 Q 0.176 0.024 0.012 0.029 0.046 0.057 0.219 0.002 0.001 0.023 0.411 111 I 0.064 0.062 0.007 0.072 0.141 0.139 0.138 0.001 0.001 0.006 0.371 112 A 0.023 0.089 0.003 0.090 0.177 0.310 0.069 0.001 0.001 0.003 0.235 113 A 0.011 0.089 0.001 0.076 0.261 0.380 0.037 0.001 0.001 0.002 0.142 114 H 0.031 0.110 0.002 0.056 0.168 0.305 0.042 0.003 0.001 0.004 0.279 115 A 0.034 0.066 0.006 0.080 0.298 0.344 0.031 0.004 0.001 0.004 0.133 116 L 0.018 0.031 0.005 0.115 0.262 0.337 0.057 0.004 0.001 0.006 0.164 117 I 0.014 0.013 0.014 0.139 0.205 0.376 0.037 0.003 0.001 0.006 0.194 118 R 0.006 0.006 0.004 0.266 0.270 0.393 0.022 0.001 0.001 0.002 0.031 119 H 0.007 0.006 0.006 0.309 0.239 0.266 0.025 0.001 0.001 0.002 0.140 120 L 0.002 0.003 0.001 0.351 0.277 0.323 0.011 0.001 0.001 0.001 0.032 121 A 0.001 0.002 0.001 0.250 0.267 0.409 0.016 0.001 0.001 0.001 0.053 122 I 0.002 0.003 0.001 0.249 0.270 0.403 0.021 0.001 0.001 0.001 0.050 123 N 0.005 0.003 0.001 0.168 0.273 0.357 0.081 0.001 0.001 0.003 0.108 124 A 0.003 0.001 0.002 0.052 0.049 0.072 0.066 0.001 0.001 0.004 0.751 125 Q 0.006 0.001 0.001 0.020 0.030 0.051 0.580 0.001 0.001 0.017 0.294 126 T 0.343 0.006 0.002 0.012 0.011 0.013 0.277 0.001 0.001 0.081 0.253 127 R 0.244 0.070 0.007 0.017 0.021 0.020 0.230 0.002 0.001 0.027 0.361 128 H 0.125 0.038 0.010 0.021 0.042 0.053 0.227 0.001 0.001 0.017 0.465 129 R 0.071 0.022 0.010 0.015 0.031 0.081 0.061 0.001 0.001 0.005 0.704 130 C 0.056 0.023 0.003 0.035 0.103 0.200 0.062 0.002 0.001 0.002 0.513 131 A 0.029 0.008 0.002 0.013 0.035 0.069 0.027 0.001 0.001 0.002 0.813 132 L 0.053 0.012 0.004 0.042 0.081 0.192 0.102 0.002 0.001 0.002 0.511 133 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.981 134 E 0.016 0.005 0.001 0.026 0.005 0.017 0.178 0.001 0.001 0.002 0.750 135 G 0.155 0.009 0.001 0.005 0.002 0.002 0.146 0.001 0.001 0.004 0.675 136 I 0.254 0.247 0.003 0.016 0.003 0.007 0.099 0.001 0.001 0.003 0.366 137 D 0.030 0.371 0.001 0.009 0.003 0.008 0.079 0.001 0.001 0.002 0.497 138 R 0.025 0.495 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.426 139 W 0.027 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.096 140 L 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.017 141 E 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 142 A 0.034 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.025 143 S 0.080 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.017 144 G 0.268 0.457 0.041 0.001 0.002 0.002 0.008 0.066 0.001 0.001 0.154 145 V 0.044 0.120 0.315 0.009 0.005 0.009 0.026 0.015 0.001 0.001 0.457 146 G 0.068 0.026 0.010 0.026 0.010 0.019 0.098 0.015 0.001 0.004 0.724 147 K 0.406 0.021 0.034 0.021 0.008 0.007 0.057 0.002 0.001 0.007 0.436 148 I 0.053 0.036 0.012 0.060 0.021 0.033 0.071 0.002 0.001 0.004 0.709 149 G 0.037 0.015 0.005 0.124 0.062 0.092 0.103 0.002 0.001 0.006 0.556 150 S 0.099 0.019 0.003 0.065 0.044 0.073 0.106 0.001 0.001 0.008 0.583 151 I 0.064 0.035 0.006 0.079 0.087 0.133 0.088 0.002 0.001 0.007 0.499