# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.002 0.001 0.002 0.018 0.976 2 N 0.012 0.005 0.001 0.001 0.108 0.874 3 P 0.010 0.005 0.071 0.013 0.529 0.373 4 E 0.014 0.001 0.128 0.010 0.691 0.156 5 N 0.086 0.005 0.146 0.010 0.646 0.107 6 W 0.432 0.009 0.017 0.010 0.165 0.366 7 L 0.803 0.010 0.006 0.006 0.045 0.131 8 L 0.922 0.002 0.002 0.003 0.016 0.054 9 L 0.952 0.002 0.001 0.002 0.009 0.034 10 R 0.925 0.001 0.001 0.001 0.018 0.054 11 R 0.909 0.001 0.001 0.001 0.017 0.072 12 V 0.901 0.004 0.001 0.001 0.020 0.074 13 V 0.806 0.020 0.001 0.001 0.024 0.148 14 R 0.554 0.017 0.005 0.003 0.204 0.217 15 F 0.029 0.001 0.636 0.023 0.275 0.036 16 G 0.021 0.001 0.610 0.017 0.318 0.034 17 D 0.023 0.007 0.678 0.015 0.261 0.016 18 T 0.060 0.078 0.076 0.023 0.429 0.334 19 D 0.063 0.039 0.037 0.019 0.551 0.292 20 A 0.014 0.011 0.139 0.083 0.646 0.107 21 A 0.022 0.003 0.083 0.056 0.707 0.129 22 G 0.034 0.006 0.061 0.021 0.674 0.203 23 V 0.153 0.064 0.038 0.071 0.343 0.330 24 M 0.180 0.146 0.035 0.130 0.255 0.254 25 H 0.133 0.036 0.025 0.190 0.258 0.358 26 F 0.030 0.004 0.020 0.700 0.108 0.138 27 H 0.005 0.001 0.011 0.948 0.019 0.016 28 Q 0.003 0.001 0.006 0.981 0.005 0.004 29 L 0.003 0.001 0.007 0.985 0.003 0.002 30 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 31 R 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 32 W 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 33 C 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 34 H 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 35 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 36 S 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 37 W 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 38 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 39 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 40 S 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 41 L 0.001 0.001 0.010 0.977 0.010 0.003 42 E 0.001 0.001 0.023 0.960 0.012 0.005 43 S 0.001 0.001 0.026 0.938 0.022 0.013 44 Y 0.002 0.001 0.036 0.822 0.040 0.098 45 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.068 0.921 46 L 0.011 0.027 0.005 0.008 0.123 0.826 47 N 0.021 0.021 0.010 0.009 0.315 0.624 48 P 0.001 0.001 0.814 0.079 0.088 0.017 49 A 0.001 0.001 0.853 0.070 0.065 0.010 50 D 0.004 0.001 0.842 0.075 0.071 0.006 51 I 0.037 0.038 0.207 0.270 0.285 0.163 52 F 0.070 0.033 0.055 0.154 0.426 0.261 53 P 0.033 0.012 0.089 0.192 0.428 0.245 54 G 0.045 0.011 0.089 0.083 0.476 0.296 55 S 0.051 0.025 0.193 0.088 0.464 0.180 56 R 0.061 0.029 0.213 0.122 0.394 0.181 57 K 0.077 0.019 0.132 0.117 0.446 0.209 58 S 0.093 0.014 0.081 0.092 0.414 0.307 59 E 0.131 0.031 0.036 0.047 0.377 0.379 60 V 0.143 0.064 0.029 0.035 0.489 0.241 61 T 0.095 0.019 0.024 0.018 0.703 0.142 62 P 0.055 0.010 0.032 0.021 0.705 0.177 63 E 0.162 0.018 0.018 0.009 0.530 0.263 64 V 0.607 0.022 0.007 0.007 0.163 0.195 65 A 0.811 0.013 0.002 0.003 0.042 0.129 66 L 0.900 0.003 0.001 0.001 0.020 0.074 67 P 0.926 0.001 0.001 0.002 0.021 0.049 68 I 0.952 0.001 0.001 0.004 0.012 0.031 69 I 0.973 0.001 0.001 0.006 0.008 0.012 70 H 0.972 0.001 0.001 0.008 0.005 0.014 71 C 0.932 0.001 0.001 0.012 0.014 0.040 72 Q 0.871 0.001 0.002 0.013 0.031 0.083 73 A 0.834 0.002 0.002 0.007 0.035 0.119 74 D 0.860 0.003 0.002 0.005 0.036 0.094 75 F 0.840 0.004 0.003 0.006 0.054 0.093 76 R 0.706 0.011 0.005 0.006 0.097 0.175 77 R 0.580 0.007 0.007 0.004 0.137 0.266 78 P 0.517 0.011 0.015 0.002 0.145 0.310 79 I 0.464 0.090 0.013 0.001 0.103 0.328 80 H 0.184 0.023 0.011 0.001 0.743 0.038 81 T 0.063 0.007 0.023 0.002 0.874 0.031 82 G 0.016 0.001 0.022 0.002 0.931 0.029 83 D 0.494 0.030 0.009 0.001 0.446 0.020 84 A 0.888 0.005 0.001 0.001 0.021 0.085 85 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 86 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 87 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 89 L 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 90 R 0.879 0.002 0.001 0.001 0.028 0.090 91 P 0.683 0.003 0.021 0.005 0.124 0.164 92 E 0.690 0.003 0.031 0.006 0.116 0.154 93 R 0.813 0.004 0.027 0.004 0.086 0.066 94 L 0.703 0.033 0.011 0.007 0.111 0.135 95 N 0.375 0.025 0.005 0.002 0.543 0.052 96 P 0.053 0.001 0.014 0.001 0.884 0.047 97 N 0.079 0.002 0.017 0.001 0.842 0.059 98 S 0.855 0.014 0.003 0.001 0.109 0.020 99 F 0.953 0.002 0.001 0.001 0.009 0.036 100 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 101 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 102 H 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 103 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 104 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 105 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 106 R 0.940 0.003 0.001 0.002 0.019 0.036 107 C 0.677 0.006 0.002 0.003 0.289 0.022 108 E 0.094 0.001 0.005 0.003 0.844 0.052 109 E 0.049 0.001 0.008 0.004 0.883 0.055 110 Q 0.696 0.016 0.003 0.002 0.241 0.041 111 I 0.913 0.004 0.001 0.002 0.018 0.062 112 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 113 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 114 H 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 115 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 116 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 117 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 118 R 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 119 H 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 120 L 0.989 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 121 A 0.975 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 122 I 0.920 0.002 0.001 0.002 0.012 0.063 123 N 0.678 0.011 0.002 0.003 0.157 0.149 124 A 0.077 0.006 0.049 0.009 0.807 0.052 125 Q 0.013 0.001 0.074 0.007 0.869 0.036 126 T 0.007 0.001 0.103 0.012 0.853 0.024 127 R 0.048 0.024 0.027 0.016 0.704 0.181 128 H 0.192 0.057 0.011 0.025 0.143 0.571 129 R 0.321 0.051 0.022 0.021 0.149 0.435 130 C 0.324 0.025 0.018 0.015 0.118 0.499 131 A 0.184 0.034 0.017 0.015 0.117 0.633 132 L 0.023 0.007 0.001 0.005 0.073 0.890 133 P 0.011 0.005 0.002 0.030 0.105 0.846 134 E 0.001 0.001 0.039 0.841 0.072 0.045 135 G 0.001 0.001 0.056 0.878 0.053 0.012 136 I 0.001 0.001 0.033 0.937 0.022 0.007 137 D 0.001 0.001 0.017 0.957 0.011 0.013 138 R 0.001 0.001 0.013 0.969 0.010 0.007 139 W 0.001 0.001 0.012 0.970 0.010 0.007 140 L 0.001 0.001 0.011 0.968 0.013 0.007 141 E 0.002 0.001 0.020 0.950 0.019 0.009 142 A 0.001 0.001 0.020 0.928 0.027 0.023 143 S 0.002 0.002 0.026 0.807 0.052 0.112 144 G 0.004 0.002 0.014 0.078 0.174 0.728 145 V 0.012 0.007 0.031 0.074 0.226 0.651 146 G 0.031 0.014 0.053 0.072 0.275 0.556 147 K 0.038 0.010 0.088 0.081 0.293 0.490 148 I 0.047 0.014 0.093 0.091 0.201 0.554 149 G 0.054 0.011 0.045 0.077 0.156 0.656 150 S 0.036 0.011 0.011 0.042 0.087 0.814 151 I 0.006 0.001 0.001 0.005 0.028 0.959