# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.039 0.894 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.008 0.013 2 N 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.005 3 P 0.001 0.003 0.326 0.003 0.053 0.016 0.001 0.001 0.001 0.140 0.454 0.002 0.004 4 E 0.001 0.003 0.102 0.004 0.095 0.013 0.001 0.001 0.001 0.163 0.612 0.004 0.003 5 N 0.001 0.005 0.390 0.004 0.101 0.024 0.001 0.001 0.001 0.308 0.112 0.031 0.022 6 W 0.014 0.026 0.488 0.024 0.015 0.019 0.005 0.001 0.015 0.084 0.035 0.018 0.255 7 L 0.169 0.030 0.093 0.009 0.003 0.007 0.047 0.002 0.041 0.020 0.010 0.403 0.165 8 L 0.263 0.012 0.053 0.026 0.003 0.004 0.072 0.004 0.049 0.011 0.006 0.057 0.439 9 L 0.139 0.002 0.066 0.013 0.001 0.002 0.046 0.002 0.058 0.014 0.003 0.577 0.077 10 R 0.105 0.002 0.096 0.017 0.002 0.002 0.032 0.002 0.102 0.024 0.005 0.023 0.588 11 R 0.058 0.002 0.083 0.009 0.001 0.001 0.029 0.002 0.133 0.023 0.002 0.616 0.042 12 V 0.052 0.012 0.114 0.005 0.001 0.001 0.044 0.002 0.130 0.009 0.001 0.020 0.609 13 V 0.052 0.027 0.294 0.019 0.001 0.002 0.047 0.008 0.112 0.016 0.002 0.303 0.118 14 R 0.014 0.035 0.483 0.009 0.001 0.001 0.008 0.004 0.090 0.032 0.002 0.068 0.253 15 F 0.012 0.010 0.269 0.016 0.156 0.049 0.003 0.002 0.015 0.096 0.252 0.019 0.101 16 G 0.004 0.003 0.149 0.012 0.198 0.035 0.001 0.001 0.004 0.180 0.382 0.019 0.013 17 D 0.005 0.012 0.208 0.026 0.173 0.041 0.001 0.001 0.005 0.284 0.204 0.014 0.027 18 T 0.011 0.232 0.370 0.006 0.016 0.034 0.002 0.001 0.006 0.176 0.039 0.017 0.092 19 D 0.002 0.046 0.780 0.002 0.009 0.024 0.001 0.001 0.003 0.056 0.020 0.016 0.044 20 A 0.002 0.003 0.028 0.001 0.192 0.230 0.001 0.001 0.001 0.029 0.508 0.002 0.006 21 A 0.001 0.002 0.022 0.004 0.086 0.101 0.001 0.001 0.001 0.041 0.737 0.003 0.002 22 G 0.002 0.004 0.090 0.005 0.062 0.083 0.001 0.001 0.001 0.259 0.477 0.010 0.006 23 V 0.019 0.053 0.385 0.004 0.017 0.087 0.004 0.002 0.013 0.115 0.171 0.011 0.118 24 M 0.062 0.254 0.175 0.003 0.006 0.082 0.017 0.004 0.016 0.078 0.033 0.150 0.118 25 H 0.016 0.085 0.310 0.013 0.009 0.196 0.003 0.002 0.011 0.147 0.066 0.032 0.110 26 F 0.003 0.001 0.063 0.003 0.030 0.685 0.001 0.001 0.002 0.046 0.155 0.003 0.009 27 H 0.001 0.001 0.017 0.001 0.018 0.917 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.001 0.002 28 Q 0.003 0.002 0.011 0.001 0.009 0.949 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.002 0.003 29 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 30 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 37 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 44 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.382 0.001 0.001 0.001 0.022 0.581 0.001 0.001 45 G 0.001 0.009 0.165 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.141 0.662 0.001 0.001 46 L 0.001 0.035 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.158 0.006 0.002 0.003 47 N 0.001 0.034 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.075 0.003 0.002 0.009 48 P 0.001 0.004 0.053 0.001 0.527 0.261 0.001 0.001 0.001 0.026 0.126 0.001 0.002 49 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.627 0.179 0.001 0.001 0.001 0.014 0.159 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.020 0.001 0.656 0.194 0.001 0.001 0.001 0.020 0.105 0.001 0.001 51 I 0.002 0.034 0.134 0.002 0.155 0.466 0.001 0.001 0.005 0.051 0.134 0.002 0.016 52 F 0.001 0.029 0.415 0.009 0.042 0.214 0.001 0.001 0.004 0.164 0.084 0.026 0.013 53 P 0.001 0.014 0.229 0.006 0.074 0.191 0.001 0.001 0.001 0.118 0.331 0.002 0.033 54 G 0.003 0.015 0.264 0.005 0.110 0.156 0.001 0.001 0.002 0.125 0.286 0.012 0.022 55 S 0.001 0.026 0.364 0.003 0.108 0.162 0.001 0.001 0.004 0.155 0.141 0.014 0.020 56 R 0.002 0.023 0.246 0.004 0.109 0.183 0.001 0.001 0.005 0.131 0.239 0.023 0.033 57 K 0.003 0.015 0.206 0.007 0.090 0.153 0.001 0.001 0.003 0.114 0.367 0.013 0.026 58 S 0.003 0.011 0.324 0.004 0.046 0.084 0.001 0.001 0.003 0.287 0.202 0.016 0.019 59 E 0.006 0.033 0.384 0.002 0.032 0.096 0.002 0.002 0.013 0.224 0.121 0.032 0.053 60 V 0.011 0.094 0.369 0.005 0.021 0.082 0.004 0.002 0.011 0.201 0.078 0.024 0.100 61 T 0.001 0.022 0.686 0.018 0.009 0.018 0.001 0.001 0.003 0.163 0.031 0.032 0.017 62 P 0.001 0.009 0.337 0.018 0.053 0.029 0.001 0.001 0.002 0.204 0.321 0.004 0.021 63 E 0.005 0.014 0.273 0.016 0.048 0.017 0.001 0.001 0.007 0.298 0.268 0.030 0.022 64 V 0.022 0.028 0.393 0.007 0.042 0.016 0.007 0.002 0.040 0.153 0.057 0.066 0.167 65 A 0.071 0.028 0.373 0.043 0.014 0.010 0.018 0.002 0.037 0.084 0.023 0.064 0.233 66 L 0.142 0.009 0.136 0.030 0.006 0.008 0.027 0.004 0.035 0.050 0.007 0.385 0.161 67 P 0.280 0.008 0.106 0.035 0.007 0.009 0.041 0.005 0.025 0.015 0.008 0.082 0.379 68 I 0.454 0.004 0.034 0.018 0.004 0.014 0.073 0.023 0.030 0.007 0.007 0.142 0.189 69 I 0.634 0.001 0.024 0.029 0.003 0.007 0.064 0.009 0.014 0.007 0.008 0.105 0.096 70 H 0.654 0.001 0.017 0.009 0.002 0.003 0.054 0.006 0.014 0.009 0.006 0.079 0.145 71 C 0.648 0.001 0.029 0.017 0.001 0.002 0.030 0.002 0.008 0.010 0.004 0.111 0.136 72 Q 0.545 0.002 0.032 0.005 0.002 0.004 0.040 0.002 0.012 0.017 0.009 0.158 0.171 73 A 0.566 0.001 0.029 0.005 0.002 0.002 0.046 0.002 0.010 0.015 0.005 0.102 0.215 74 D 0.493 0.003 0.037 0.015 0.002 0.001 0.061 0.003 0.020 0.011 0.006 0.248 0.100 75 F 0.209 0.005 0.087 0.005 0.006 0.002 0.060 0.005 0.053 0.023 0.009 0.119 0.418 76 R 0.087 0.009 0.203 0.251 0.005 0.002 0.027 0.001 0.055 0.079 0.013 0.027 0.243 77 R 0.006 0.004 0.188 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.110 0.185 0.003 0.467 0.020 78 P 0.002 0.012 0.439 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.088 0.031 0.006 0.001 0.402 79 I 0.005 0.061 0.563 0.019 0.002 0.001 0.009 0.005 0.084 0.022 0.007 0.198 0.024 80 H 0.001 0.023 0.754 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.069 0.006 0.019 0.092 81 T 0.001 0.003 0.046 0.011 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.098 0.811 0.001 0.003 82 G 0.001 0.001 0.027 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.854 0.001 0.001 83 D 0.002 0.008 0.649 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.211 0.034 0.039 0.030 84 A 0.045 0.018 0.245 0.009 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.025 0.007 0.024 0.603 85 L 0.375 0.002 0.048 0.008 0.001 0.001 0.050 0.001 0.004 0.003 0.001 0.435 0.073 86 A 0.714 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.177 87 M 0.757 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.087 88 E 0.721 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.098 89 L 0.504 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 0.389 90 R 0.243 0.003 0.069 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.554 0.105 91 P 0.081 0.003 0.068 0.010 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.028 0.015 0.740 92 E 0.101 0.001 0.092 0.395 0.064 0.003 0.003 0.001 0.002 0.050 0.046 0.144 0.099 93 R 0.110 0.006 0.039 0.004 0.019 0.002 0.005 0.001 0.002 0.023 0.012 0.429 0.350 94 L 0.048 0.024 0.038 0.012 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.022 0.010 0.020 0.813 95 N 0.011 0.012 0.189 0.051 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.067 0.017 0.579 0.067 96 P 0.003 0.001 0.029 0.018 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.167 0.665 0.003 0.068 97 N 0.053 0.001 0.051 0.035 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.194 0.496 0.095 0.048 98 S 0.448 0.003 0.033 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.021 0.016 0.094 0.368 99 F 0.688 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.138 0.148 100 Q 0.781 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.114 101 V 0.747 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.173 102 H 0.769 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.067 103 F 0.871 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.077 104 E 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.053 105 F 0.798 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.117 106 R 0.719 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.010 0.020 0.052 0.158 107 C 0.321 0.006 0.025 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.046 0.063 0.419 0.112 108 E 0.006 0.001 0.034 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.747 0.014 0.036 109 E 0.013 0.001 0.060 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.585 0.012 0.037 110 Q 0.144 0.007 0.059 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.044 0.010 0.592 0.136 111 I 0.177 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 0.734 112 A 0.275 0.001 0.031 0.423 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.134 0.115 113 A 0.642 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.163 0.163 114 H 0.767 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.146 115 A 0.775 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.070 116 L 0.865 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.064 117 I 0.797 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.119 118 R 0.715 0.001 0.006 0.168 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 0.025 119 H 0.800 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.003 0.001 0.001 0.039 0.105 120 L 0.839 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.049 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 0.076 121 A 0.678 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.039 0.002 0.009 0.001 0.001 0.193 0.066 122 I 0.528 0.004 0.037 0.007 0.001 0.001 0.030 0.003 0.010 0.009 0.002 0.057 0.312 123 N 0.105 0.029 0.305 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.020 0.060 0.007 0.165 0.297 124 A 0.005 0.001 0.030 0.002 0.123 0.094 0.001 0.001 0.001 0.072 0.654 0.003 0.016 125 Q 0.002 0.002 0.012 0.001 0.120 0.058 0.001 0.001 0.001 0.046 0.749 0.006 0.004 126 T 0.003 0.004 0.040 0.010 0.113 0.064 0.001 0.001 0.001 0.063 0.689 0.007 0.006 127 R 0.006 0.010 0.337 0.007 0.018 0.029 0.001 0.001 0.001 0.202 0.352 0.007 0.031 128 H 0.007 0.030 0.624 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.118 0.016 0.133 0.050 129 R 0.007 0.103 0.246 0.006 0.003 0.004 0.003 0.001 0.009 0.064 0.007 0.004 0.544 130 C 0.004 0.011 0.391 0.011 0.004 0.006 0.003 0.001 0.016 0.081 0.005 0.453 0.014 131 A 0.001 0.030 0.744 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.030 0.031 0.005 0.002 0.149 132 L 0.001 0.030 0.857 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.011 0.046 0.006 0.035 0.004 133 P 0.001 0.006 0.854 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 0.004 0.077 0.010 0.001 0.019 134 E 0.001 0.001 0.039 0.001 0.119 0.596 0.001 0.001 0.001 0.043 0.200 0.001 0.001 135 G 0.001 0.003 0.027 0.001 0.149 0.598 0.001 0.001 0.001 0.030 0.191 0.001 0.001 136 I 0.001 0.002 0.060 0.001 0.087 0.784 0.001 0.001 0.002 0.026 0.036 0.001 0.002 137 D 0.001 0.001 0.023 0.001 0.026 0.927 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 139 W 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.002 141 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.013 0.922 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.001 0.002 142 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.018 0.813 0.001 0.001 0.001 0.009 0.147 0.001 0.001 143 S 0.001 0.001 0.037 0.001 0.030 0.527 0.001 0.001 0.001 0.037 0.368 0.001 0.001 144 G 0.001 0.009 0.204 0.001 0.047 0.247 0.001 0.001 0.001 0.097 0.390 0.002 0.003 145 V 0.001 0.012 0.544 0.002 0.043 0.084 0.001 0.001 0.002 0.126 0.177 0.002 0.008 146 G 0.001 0.008 0.424 0.002 0.049 0.042 0.001 0.001 0.002 0.268 0.188 0.010 0.006 147 K 0.001 0.022 0.410 0.002 0.059 0.050 0.001 0.001 0.005 0.268 0.153 0.006 0.022 148 I 0.001 0.025 0.576 0.003 0.058 0.042 0.001 0.001 0.005 0.166 0.093 0.007 0.024 149 G 0.001 0.015 0.582 0.003 0.043 0.036 0.001 0.001 0.004 0.152 0.129 0.020 0.015 150 S 0.001 0.013 0.823 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 0.003 0.049 0.047 0.004 0.021 151 I 0.001 0.004 0.966 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.003 0.004