# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.002 0.010 0.024 0.028 0.106 0.021 0.793 2 N 0.620 0.028 0.006 0.019 0.015 0.047 0.070 0.195 3 P 0.146 0.043 0.006 0.010 0.021 0.092 0.033 0.649 4 E 0.038 0.020 0.014 0.012 0.049 0.102 0.020 0.744 5 N 0.049 0.038 0.029 0.111 0.204 0.092 0.083 0.394 6 W 0.009 0.012 0.039 0.124 0.214 0.096 0.049 0.458 7 L 0.006 0.008 0.082 0.212 0.444 0.040 0.061 0.147 8 L 0.013 0.005 0.067 0.208 0.336 0.040 0.085 0.248 9 L 0.025 0.005 0.062 0.325 0.323 0.035 0.055 0.171 10 R 0.007 0.003 0.043 0.163 0.374 0.046 0.023 0.341 11 R 0.004 0.002 0.077 0.215 0.431 0.049 0.024 0.198 12 V 0.003 0.003 0.086 0.257 0.357 0.049 0.031 0.215 13 V 0.008 0.004 0.105 0.220 0.210 0.064 0.040 0.349 14 R 0.088 0.017 0.086 0.155 0.134 0.079 0.152 0.290 15 F 0.103 0.046 0.056 0.050 0.057 0.117 0.127 0.445 16 G 0.073 0.054 0.044 0.026 0.039 0.113 0.037 0.615 17 D 0.060 0.066 0.063 0.041 0.066 0.125 0.101 0.479 18 T 0.047 0.051 0.056 0.029 0.050 0.136 0.109 0.522 19 D 0.478 0.044 0.030 0.031 0.033 0.091 0.094 0.199 20 A 0.084 0.032 0.015 0.019 0.026 0.136 0.056 0.633 21 A 0.010 0.019 0.036 0.013 0.068 0.157 0.034 0.664 22 G 0.023 0.044 0.108 0.079 0.203 0.108 0.121 0.314 23 V 0.033 0.073 0.113 0.175 0.171 0.100 0.072 0.264 24 M 0.038 0.071 0.195 0.086 0.143 0.075 0.087 0.304 25 H 0.062 0.268 0.061 0.093 0.139 0.075 0.090 0.213 26 F 0.041 0.385 0.052 0.026 0.063 0.060 0.081 0.293 27 H 0.017 0.452 0.047 0.063 0.101 0.053 0.067 0.198 28 Q 0.016 0.543 0.048 0.079 0.098 0.031 0.085 0.100 29 L 0.018 0.824 0.013 0.017 0.022 0.014 0.047 0.045 30 F 0.016 0.763 0.023 0.020 0.024 0.009 0.106 0.038 31 R 0.015 0.786 0.017 0.022 0.024 0.014 0.074 0.049 32 W 0.021 0.562 0.023 0.008 0.012 0.017 0.308 0.050 33 C 0.013 0.866 0.004 0.003 0.002 0.005 0.090 0.016 34 H 0.010 0.931 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 0.025 35 E 0.009 0.872 0.004 0.001 0.002 0.011 0.046 0.055 36 S 0.013 0.365 0.011 0.002 0.003 0.015 0.566 0.025 37 W 0.014 0.786 0.003 0.001 0.001 0.006 0.174 0.015 38 E 0.025 0.892 0.003 0.001 0.001 0.007 0.035 0.036 39 E 0.018 0.315 0.049 0.007 0.006 0.039 0.450 0.117 40 S 0.030 0.274 0.042 0.004 0.005 0.043 0.524 0.077 41 L 0.321 0.124 0.076 0.005 0.006 0.049 0.266 0.153 42 E 0.524 0.029 0.012 0.004 0.005 0.062 0.023 0.340 43 S 0.035 0.004 0.006 0.002 0.004 0.058 0.023 0.868 44 Y 0.012 0.006 0.023 0.004 0.009 0.240 0.019 0.687 45 G 0.015 0.008 0.034 0.010 0.019 0.234 0.022 0.659 46 L 0.008 0.004 0.014 0.005 0.002 0.095 0.007 0.866 47 N 0.474 0.223 0.023 0.003 0.003 0.040 0.082 0.152 48 P 0.552 0.199 0.014 0.002 0.002 0.041 0.038 0.152 49 A 0.134 0.070 0.035 0.007 0.010 0.073 0.043 0.629 50 D 0.057 0.046 0.027 0.011 0.023 0.110 0.062 0.665 51 I 0.054 0.015 0.018 0.011 0.023 0.192 0.056 0.632 52 F 0.122 0.034 0.029 0.028 0.035 0.155 0.098 0.498 53 P 0.046 0.026 0.009 0.006 0.015 0.100 0.025 0.773 54 G 0.060 0.030 0.022 0.019 0.031 0.121 0.053 0.664 55 S 0.108 0.040 0.021 0.035 0.044 0.114 0.093 0.546 56 R 0.138 0.024 0.022 0.025 0.033 0.099 0.056 0.605 57 K 0.072 0.010 0.020 0.040 0.060 0.095 0.047 0.656 58 S 0.049 0.008 0.014 0.026 0.042 0.096 0.058 0.708 59 E 0.008 0.003 0.032 0.050 0.075 0.152 0.036 0.644 60 V 0.024 0.002 0.019 0.022 0.034 0.093 0.023 0.783 61 T 0.405 0.011 0.019 0.031 0.026 0.066 0.100 0.341 62 P 0.074 0.009 0.025 0.017 0.036 0.116 0.033 0.689 63 E 0.021 0.005 0.038 0.022 0.087 0.110 0.043 0.673 64 V 0.007 0.005 0.072 0.077 0.125 0.117 0.041 0.556 65 A 0.011 0.010 0.114 0.123 0.244 0.098 0.070 0.330 66 L 0.007 0.009 0.153 0.171 0.221 0.054 0.073 0.314 67 P 0.006 0.008 0.257 0.242 0.325 0.025 0.057 0.080 68 I 0.006 0.007 0.253 0.168 0.299 0.023 0.085 0.159 69 I 0.012 0.005 0.180 0.339 0.319 0.022 0.036 0.087 70 H 0.038 0.006 0.141 0.177 0.278 0.039 0.064 0.257 71 C 0.013 0.005 0.063 0.183 0.264 0.078 0.038 0.357 72 Q 0.010 0.003 0.090 0.108 0.285 0.074 0.041 0.388 73 A 0.030 0.004 0.042 0.147 0.206 0.062 0.047 0.463 74 D 0.042 0.003 0.059 0.274 0.215 0.057 0.063 0.286 75 F 0.011 0.002 0.034 0.113 0.229 0.072 0.036 0.503 76 R 0.013 0.001 0.036 0.128 0.222 0.052 0.022 0.526 77 R 0.034 0.001 0.031 0.315 0.228 0.053 0.046 0.292 78 P 0.008 0.001 0.029 0.108 0.166 0.077 0.042 0.570 79 I 0.030 0.001 0.033 0.080 0.134 0.099 0.027 0.596 80 H 0.261 0.001 0.021 0.047 0.041 0.069 0.050 0.510 81 T 0.076 0.002 0.010 0.018 0.040 0.082 0.022 0.750 82 G 0.021 0.001 0.029 0.015 0.084 0.105 0.019 0.726 83 D 0.014 0.002 0.061 0.216 0.392 0.061 0.028 0.227 84 A 0.002 0.001 0.068 0.157 0.342 0.030 0.020 0.381 85 L 0.001 0.001 0.076 0.351 0.501 0.009 0.008 0.053 86 A 0.001 0.001 0.068 0.339 0.526 0.006 0.012 0.048 87 M 0.002 0.001 0.073 0.512 0.318 0.009 0.008 0.077 88 E 0.002 0.002 0.091 0.300 0.484 0.017 0.008 0.096 89 L 0.006 0.002 0.068 0.252 0.359 0.027 0.029 0.256 90 R 0.069 0.010 0.049 0.421 0.283 0.022 0.041 0.105 91 P 0.072 0.005 0.031 0.179 0.242 0.042 0.054 0.376 92 E 0.037 0.003 0.014 0.180 0.181 0.063 0.027 0.496 93 R 0.009 0.001 0.011 0.069 0.151 0.074 0.026 0.659 94 L 0.012 0.001 0.005 0.020 0.028 0.078 0.022 0.836 95 N 0.378 0.008 0.009 0.058 0.064 0.063 0.099 0.321 96 P 0.051 0.004 0.007 0.012 0.030 0.084 0.016 0.796 97 N 0.016 0.006 0.046 0.076 0.364 0.094 0.026 0.373 98 S 0.003 0.004 0.055 0.129 0.434 0.049 0.033 0.293 99 F 0.001 0.004 0.061 0.333 0.493 0.019 0.015 0.073 100 Q 0.002 0.005 0.087 0.328 0.483 0.009 0.023 0.064 101 V 0.002 0.004 0.040 0.471 0.426 0.006 0.014 0.038 102 H 0.002 0.003 0.063 0.294 0.574 0.007 0.017 0.039 103 F 0.002 0.002 0.017 0.491 0.446 0.005 0.009 0.029 104 E 0.002 0.001 0.020 0.435 0.493 0.006 0.006 0.035 105 F 0.002 0.001 0.017 0.324 0.524 0.017 0.014 0.101 106 R 0.032 0.003 0.031 0.289 0.358 0.040 0.038 0.208 107 C 0.271 0.011 0.010 0.108 0.113 0.046 0.042 0.399 108 E 0.043 0.025 0.006 0.031 0.065 0.070 0.018 0.742 109 E 0.015 0.047 0.019 0.055 0.234 0.093 0.031 0.507 110 Q 0.008 0.047 0.030 0.227 0.322 0.050 0.053 0.263 111 I 0.006 0.060 0.028 0.372 0.355 0.022 0.038 0.119 112 A 0.007 0.064 0.051 0.242 0.419 0.024 0.074 0.120 113 A 0.006 0.052 0.028 0.348 0.447 0.012 0.062 0.045 114 H 0.007 0.053 0.041 0.216 0.499 0.016 0.107 0.061 115 A 0.004 0.047 0.035 0.285 0.506 0.017 0.060 0.046 116 L 0.007 0.041 0.034 0.238 0.588 0.014 0.038 0.039 117 I 0.005 0.018 0.037 0.304 0.478 0.018 0.058 0.083 118 R 0.005 0.008 0.041 0.359 0.495 0.016 0.026 0.050 119 H 0.006 0.006 0.043 0.307 0.485 0.021 0.033 0.099 120 L 0.007 0.012 0.062 0.334 0.362 0.044 0.019 0.160 121 A 0.006 0.011 0.082 0.245 0.417 0.041 0.029 0.170 122 I 0.014 0.009 0.053 0.161 0.148 0.076 0.133 0.407 123 N 0.224 0.080 0.034 0.084 0.065 0.046 0.344 0.122 124 A 0.259 0.048 0.017 0.019 0.030 0.098 0.063 0.467 125 Q 0.084 0.018 0.019 0.019 0.032 0.089 0.047 0.691 126 T 0.065 0.020 0.014 0.019 0.043 0.092 0.056 0.691 127 R 0.048 0.007 0.019 0.028 0.056 0.126 0.049 0.667 128 H 0.059 0.006 0.026 0.089 0.094 0.121 0.031 0.574 129 R 0.020 0.003 0.022 0.024 0.045 0.085 0.035 0.766 130 C 0.014 0.009 0.051 0.050 0.071 0.150 0.033 0.622 131 A 0.014 0.017 0.052 0.037 0.044 0.108 0.031 0.698 132 L 0.115 0.196 0.022 0.018 0.013 0.071 0.069 0.496 133 P 0.223 0.578 0.010 0.004 0.004 0.019 0.074 0.088 134 E 0.054 0.567 0.015 0.005 0.005 0.046 0.083 0.224 135 G 0.025 0.802 0.010 0.002 0.003 0.017 0.043 0.097 136 I 0.033 0.920 0.003 0.001 0.001 0.006 0.017 0.020 137 D 0.021 0.935 0.004 0.001 0.001 0.005 0.011 0.023 138 R 0.029 0.879 0.006 0.001 0.002 0.008 0.021 0.054 139 W 0.064 0.283 0.044 0.004 0.004 0.029 0.476 0.096 140 L 0.081 0.247 0.039 0.006 0.004 0.035 0.463 0.124 141 E 0.279 0.237 0.016 0.002 0.003 0.037 0.074 0.353 142 A 0.080 0.069 0.020 0.004 0.005 0.074 0.061 0.687 143 S 0.038 0.033 0.016 0.006 0.008 0.111 0.041 0.746 144 G 0.138 0.039 0.011 0.006 0.008 0.089 0.051 0.657 145 V 0.102 0.027 0.015 0.008 0.008 0.124 0.043 0.673 146 G 0.063 0.014 0.026 0.010 0.013 0.118 0.064 0.693 147 K 0.070 0.017 0.020 0.011 0.016 0.101 0.058 0.706 148 I 0.086 0.012 0.040 0.014 0.018 0.107 0.060 0.664 149 G 0.055 0.010 0.032 0.023 0.032 0.119 0.044 0.685 150 S 0.032 0.010 0.022 0.017 0.034 0.087 0.043 0.755 151 I 0.033 0.012 0.037 0.038 0.054 0.118 0.050 0.656