# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.011 0.044 0.036 0.072 0.076 0.017 0.627 2 N 0.056 0.009 0.027 0.063 0.097 0.170 0.007 0.570 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 E 0.009 0.002 0.007 0.017 0.041 0.344 0.006 0.573 5 N 0.613 0.002 0.007 0.009 0.006 0.074 0.027 0.262 6 W 0.211 0.009 0.045 0.032 0.038 0.114 0.005 0.546 7 L 0.067 0.008 0.096 0.238 0.310 0.107 0.005 0.170 8 L 0.048 0.005 0.087 0.230 0.406 0.062 0.003 0.159 9 L 0.011 0.003 0.070 0.320 0.472 0.026 0.002 0.094 10 R 0.006 0.003 0.086 0.303 0.384 0.029 0.002 0.188 11 R 0.005 0.003 0.103 0.339 0.416 0.020 0.003 0.112 12 V 0.011 0.002 0.123 0.201 0.418 0.034 0.003 0.207 13 V 0.006 0.002 0.180 0.261 0.309 0.027 0.002 0.212 14 R 0.005 0.004 0.123 0.179 0.293 0.053 0.002 0.340 15 F 0.006 0.005 0.066 0.053 0.152 0.040 0.002 0.676 16 G 0.016 0.007 0.052 0.034 0.073 0.197 0.006 0.614 17 D 0.150 0.011 0.027 0.023 0.033 0.169 0.014 0.572 18 T 0.216 0.042 0.098 0.042 0.052 0.125 0.018 0.406 19 D 0.065 0.072 0.075 0.065 0.091 0.226 0.019 0.385 20 A 0.064 0.118 0.124 0.045 0.083 0.134 0.016 0.416 21 A 0.051 0.114 0.052 0.032 0.064 0.447 0.016 0.224 22 G 0.379 0.084 0.046 0.032 0.031 0.117 0.058 0.252 23 V 0.137 0.140 0.173 0.030 0.035 0.124 0.018 0.343 24 M 0.029 0.164 0.191 0.087 0.110 0.099 0.013 0.308 25 H 0.030 0.162 0.071 0.069 0.120 0.093 0.010 0.446 26 F 0.051 0.136 0.073 0.052 0.107 0.093 0.017 0.472 27 H 0.058 0.200 0.078 0.037 0.041 0.088 0.010 0.488 28 Q 0.050 0.218 0.043 0.046 0.054 0.169 0.013 0.408 29 L 0.044 0.450 0.027 0.031 0.055 0.081 0.006 0.306 30 F 0.019 0.743 0.021 0.022 0.046 0.027 0.004 0.117 31 R 0.013 0.811 0.008 0.012 0.013 0.027 0.005 0.111 32 W 0.018 0.908 0.003 0.004 0.006 0.010 0.004 0.048 33 C 0.025 0.901 0.004 0.003 0.008 0.007 0.006 0.046 34 H 0.017 0.907 0.003 0.002 0.003 0.008 0.005 0.055 35 E 0.012 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.039 36 S 0.030 0.891 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.063 37 W 0.024 0.870 0.005 0.001 0.003 0.006 0.007 0.084 38 E 0.015 0.864 0.005 0.002 0.003 0.006 0.005 0.101 39 E 0.009 0.885 0.008 0.001 0.001 0.007 0.005 0.085 40 S 0.012 0.919 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.056 41 L 0.012 0.917 0.004 0.002 0.005 0.004 0.003 0.054 42 E 0.013 0.938 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.035 43 S 0.071 0.878 0.004 0.001 0.001 0.002 0.019 0.026 44 Y 0.205 0.663 0.011 0.003 0.001 0.002 0.082 0.033 45 G 0.599 0.081 0.054 0.009 0.005 0.007 0.131 0.114 46 L 0.062 0.041 0.707 0.019 0.019 0.024 0.019 0.109 47 N 0.030 0.026 0.068 0.031 0.056 0.146 0.007 0.636 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 A 0.005 0.004 0.017 0.007 0.016 0.552 0.002 0.396 50 D 0.487 0.007 0.008 0.003 0.003 0.211 0.020 0.262 51 I 0.649 0.103 0.016 0.010 0.017 0.035 0.009 0.161 52 F 0.184 0.100 0.051 0.050 0.093 0.168 0.009 0.345 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 G 0.029 0.022 0.009 0.025 0.069 0.092 0.007 0.747 55 S 0.483 0.018 0.009 0.012 0.017 0.050 0.021 0.389 56 R 0.152 0.061 0.039 0.031 0.043 0.093 0.011 0.570 57 K 0.085 0.062 0.033 0.040 0.065 0.213 0.010 0.493 58 S 0.157 0.065 0.030 0.032 0.039 0.133 0.019 0.524 59 E 0.181 0.070 0.035 0.033 0.047 0.162 0.018 0.453 60 V 0.121 0.070 0.035 0.032 0.064 0.167 0.026 0.485 61 T 0.122 0.081 0.048 0.102 0.141 0.151 0.015 0.340 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 63 E 0.029 0.007 0.027 0.077 0.159 0.242 0.015 0.445 64 V 0.427 0.008 0.046 0.057 0.066 0.082 0.028 0.287 65 A 0.051 0.012 0.174 0.192 0.189 0.086 0.012 0.284 66 L 0.016 0.001 0.158 0.189 0.199 0.042 0.003 0.392 67 P 0.002 0.001 0.146 0.103 0.108 0.016 0.001 0.623 68 I 0.003 0.001 0.277 0.187 0.300 0.030 0.002 0.200 69 I 0.004 0.001 0.352 0.280 0.297 0.017 0.001 0.049 70 H 0.004 0.001 0.151 0.248 0.450 0.029 0.001 0.116 71 C 0.008 0.001 0.119 0.224 0.508 0.042 0.002 0.095 72 Q 0.019 0.001 0.073 0.280 0.417 0.056 0.003 0.151 73 A 0.018 0.001 0.042 0.177 0.307 0.052 0.003 0.401 74 D 0.010 0.003 0.034 0.391 0.328 0.034 0.003 0.197 75 F 0.031 0.003 0.030 0.130 0.364 0.056 0.008 0.379 76 R 0.054 0.009 0.062 0.173 0.461 0.085 0.009 0.147 77 R 0.029 0.005 0.061 0.385 0.277 0.044 0.004 0.194 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 79 I 0.020 0.002 0.118 0.163 0.356 0.070 0.008 0.264 80 H 0.106 0.004 0.032 0.092 0.069 0.141 0.010 0.546 81 T 0.025 0.005 0.035 0.057 0.146 0.044 0.006 0.682 82 G 0.044 0.007 0.074 0.095 0.135 0.133 0.017 0.494 83 D 0.262 0.002 0.041 0.067 0.057 0.189 0.035 0.347 84 A 0.023 0.001 0.033 0.063 0.056 0.073 0.005 0.747 85 L 0.030 0.001 0.040 0.347 0.533 0.035 0.002 0.013 86 A 0.014 0.001 0.051 0.339 0.460 0.027 0.001 0.109 87 M 0.001 0.001 0.031 0.514 0.442 0.003 0.001 0.009 88 E 0.001 0.001 0.030 0.282 0.652 0.006 0.001 0.029 89 L 0.001 0.001 0.028 0.282 0.650 0.004 0.001 0.034 90 R 0.001 0.001 0.049 0.413 0.452 0.009 0.001 0.075 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 92 E 0.003 0.001 0.055 0.166 0.594 0.053 0.001 0.127 93 R 0.111 0.002 0.016 0.073 0.106 0.113 0.006 0.573 94 L 0.142 0.007 0.073 0.127 0.255 0.050 0.012 0.334 95 N 0.053 0.004 0.024 0.090 0.118 0.114 0.004 0.594 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 N 0.024 0.003 0.014 0.077 0.133 0.242 0.013 0.495 98 S 0.572 0.002 0.009 0.028 0.040 0.102 0.023 0.224 99 F 0.140 0.007 0.077 0.316 0.226 0.061 0.008 0.164 100 Q 0.036 0.001 0.055 0.299 0.387 0.065 0.003 0.153 101 V 0.011 0.001 0.048 0.359 0.451 0.027 0.001 0.103 102 H 0.003 0.001 0.022 0.306 0.635 0.012 0.001 0.021 103 F 0.001 0.001 0.016 0.394 0.553 0.007 0.001 0.027 104 E 0.001 0.001 0.020 0.399 0.554 0.005 0.001 0.020 105 F 0.002 0.001 0.015 0.355 0.540 0.012 0.001 0.075 106 R 0.002 0.001 0.022 0.370 0.560 0.011 0.001 0.034 107 C 0.005 0.001 0.018 0.246 0.482 0.042 0.003 0.203 108 E 0.012 0.002 0.016 0.075 0.179 0.088 0.009 0.619 109 E 0.038 0.003 0.010 0.054 0.053 0.151 0.032 0.659 110 Q 0.296 0.002 0.011 0.042 0.054 0.267 0.020 0.310 111 I 0.029 0.002 0.020 0.148 0.123 0.119 0.004 0.556 112 A 0.013 0.001 0.019 0.302 0.540 0.048 0.001 0.075 113 A 0.009 0.001 0.017 0.374 0.545 0.018 0.001 0.034 114 H 0.003 0.001 0.012 0.417 0.517 0.012 0.001 0.038 115 A 0.003 0.002 0.013 0.395 0.556 0.010 0.001 0.020 116 L 0.004 0.002 0.016 0.380 0.573 0.013 0.001 0.012 117 I 0.005 0.002 0.018 0.374 0.564 0.015 0.002 0.019 118 R 0.006 0.002 0.041 0.326 0.586 0.015 0.002 0.021 119 H 0.003 0.002 0.027 0.444 0.472 0.011 0.001 0.040 120 L 0.003 0.002 0.046 0.378 0.526 0.009 0.002 0.034 121 A 0.004 0.001 0.066 0.367 0.504 0.014 0.001 0.043 122 I 0.003 0.002 0.058 0.364 0.460 0.017 0.001 0.094 123 N 0.003 0.004 0.031 0.307 0.494 0.021 0.001 0.140 124 A 0.010 0.005 0.030 0.095 0.367 0.048 0.004 0.441 125 Q 0.025 0.004 0.008 0.020 0.047 0.603 0.008 0.283 126 T 0.271 0.011 0.007 0.016 0.019 0.419 0.042 0.215 127 R 0.362 0.129 0.029 0.029 0.017 0.054 0.054 0.326 128 H 0.135 0.027 0.249 0.059 0.087 0.181 0.023 0.239 129 R 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.013 0.001 0.965 130 C 0.063 0.026 0.120 0.128 0.326 0.054 0.010 0.273 131 A 0.005 0.002 0.010 0.007 0.009 0.019 0.002 0.946 132 L 0.056 0.009 0.040 0.030 0.068 0.094 0.004 0.699 133 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 134 E 0.004 0.003 0.004 0.003 0.013 0.101 0.001 0.871 135 G 0.110 0.022 0.003 0.002 0.003 0.119 0.004 0.738 136 I 0.175 0.279 0.007 0.004 0.010 0.068 0.005 0.452 137 D 0.037 0.666 0.008 0.003 0.009 0.028 0.003 0.246 138 R 0.020 0.814 0.005 0.002 0.003 0.020 0.003 0.133 139 W 0.037 0.894 0.002 0.001 0.002 0.008 0.006 0.049 140 L 0.039 0.918 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.029 141 E 0.027 0.905 0.005 0.002 0.004 0.007 0.008 0.041 142 A 0.076 0.802 0.007 0.003 0.003 0.006 0.023 0.081 143 S 0.176 0.664 0.017 0.004 0.004 0.007 0.047 0.081 144 G 0.355 0.277 0.036 0.009 0.008 0.026 0.084 0.204 145 V 0.142 0.188 0.218 0.019 0.025 0.050 0.030 0.329 146 G 0.071 0.117 0.067 0.021 0.030 0.091 0.024 0.579 147 K 0.131 0.058 0.053 0.011 0.015 0.094 0.024 0.614 148 I 0.096 0.059 0.070 0.013 0.020 0.084 0.012 0.646 149 G 0.060 0.034 0.054 0.024 0.029 0.108 0.015 0.676 150 S 0.067 0.021 0.032 0.019 0.027 0.108 0.011 0.715 151 I 0.078 0.031 0.037 0.023 0.046 0.082 0.007 0.697