# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.986 2 N 0.011 0.007 0.001 0.002 0.004 0.005 0.971 3 P 0.014 0.006 0.070 0.049 0.213 0.474 0.173 4 E 0.013 0.001 0.085 0.015 0.174 0.577 0.134 5 N 0.096 0.005 0.092 0.015 0.313 0.128 0.351 6 W 0.372 0.018 0.009 0.011 0.075 0.027 0.487 7 L 0.742 0.013 0.004 0.005 0.020 0.007 0.210 8 L 0.894 0.008 0.001 0.003 0.009 0.004 0.080 9 L 0.900 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.083 10 R 0.870 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 0.095 11 R 0.918 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.062 12 V 0.904 0.005 0.001 0.001 0.007 0.003 0.080 13 V 0.788 0.019 0.001 0.001 0.012 0.001 0.179 14 R 0.458 0.015 0.001 0.001 0.013 0.004 0.509 15 F 0.072 0.004 0.181 0.071 0.060 0.534 0.079 16 G 0.038 0.003 0.261 0.060 0.110 0.466 0.062 17 D 0.129 0.029 0.286 0.069 0.114 0.146 0.227 18 T 0.186 0.169 0.047 0.064 0.109 0.079 0.346 19 D 0.098 0.028 0.027 0.020 0.101 0.066 0.660 20 A 0.032 0.011 0.097 0.085 0.107 0.585 0.083 21 A 0.021 0.007 0.084 0.088 0.117 0.632 0.051 22 G 0.070 0.007 0.087 0.085 0.320 0.304 0.127 23 V 0.220 0.065 0.039 0.183 0.116 0.103 0.273 24 M 0.286 0.158 0.023 0.143 0.091 0.075 0.224 25 H 0.187 0.034 0.018 0.195 0.135 0.127 0.304 26 F 0.038 0.003 0.024 0.669 0.095 0.074 0.096 27 H 0.010 0.001 0.019 0.909 0.015 0.020 0.026 28 Q 0.011 0.002 0.022 0.926 0.007 0.018 0.013 29 L 0.006 0.001 0.016 0.958 0.003 0.010 0.006 30 F 0.005 0.001 0.011 0.963 0.005 0.008 0.007 31 R 0.002 0.001 0.008 0.962 0.005 0.017 0.004 32 W 0.001 0.001 0.005 0.966 0.003 0.021 0.003 33 C 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.002 34 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.002 35 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 36 S 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.017 0.003 37 W 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.010 0.002 38 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.010 0.003 39 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.003 40 S 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.011 0.004 41 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.004 0.007 0.005 42 E 0.001 0.001 0.010 0.960 0.003 0.022 0.005 43 S 0.001 0.001 0.017 0.830 0.013 0.130 0.009 44 Y 0.001 0.002 0.011 0.342 0.027 0.596 0.022 45 G 0.003 0.006 0.006 0.023 0.158 0.525 0.279 46 L 0.012 0.020 0.004 0.004 0.196 0.015 0.749 47 N 0.020 0.024 0.004 0.002 0.051 0.007 0.892 48 P 0.004 0.004 0.573 0.203 0.024 0.120 0.071 49 A 0.002 0.001 0.700 0.129 0.021 0.117 0.031 50 D 0.005 0.005 0.637 0.136 0.021 0.130 0.066 51 I 0.025 0.044 0.209 0.214 0.096 0.145 0.267 52 F 0.030 0.030 0.072 0.088 0.170 0.109 0.501 53 P 0.017 0.009 0.074 0.072 0.089 0.339 0.401 54 G 0.014 0.012 0.081 0.048 0.096 0.262 0.487 55 S 0.010 0.007 0.106 0.036 0.141 0.171 0.529 56 R 0.014 0.012 0.142 0.089 0.161 0.283 0.301 57 K 0.014 0.011 0.130 0.073 0.154 0.304 0.314 58 S 0.018 0.007 0.100 0.049 0.188 0.272 0.364 59 E 0.039 0.010 0.070 0.037 0.290 0.169 0.384 60 V 0.066 0.046 0.049 0.045 0.223 0.104 0.467 61 T 0.035 0.020 0.012 0.014 0.110 0.016 0.793 62 P 0.033 0.009 0.049 0.049 0.139 0.344 0.378 63 E 0.045 0.008 0.044 0.054 0.182 0.487 0.180 64 V 0.211 0.024 0.023 0.076 0.161 0.061 0.446 65 A 0.359 0.020 0.007 0.047 0.073 0.033 0.462 66 L 0.727 0.008 0.005 0.020 0.052 0.010 0.179 67 P 0.838 0.004 0.004 0.013 0.028 0.004 0.110 68 I 0.940 0.001 0.003 0.012 0.015 0.004 0.025 69 I 0.963 0.001 0.001 0.008 0.006 0.003 0.017 70 H 0.969 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.014 71 C 0.958 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.023 72 Q 0.841 0.003 0.002 0.032 0.013 0.027 0.082 73 A 0.753 0.002 0.003 0.019 0.017 0.024 0.183 74 D 0.838 0.008 0.003 0.007 0.020 0.024 0.101 75 F 0.811 0.009 0.003 0.002 0.017 0.021 0.136 76 R 0.476 0.007 0.012 0.005 0.202 0.025 0.272 77 R 0.240 0.001 0.002 0.001 0.533 0.004 0.218 78 P 0.298 0.010 0.001 0.001 0.062 0.015 0.612 79 I 0.187 0.102 0.001 0.001 0.046 0.004 0.661 80 H 0.112 0.004 0.001 0.001 0.031 0.005 0.848 81 T 0.009 0.001 0.015 0.001 0.153 0.787 0.033 82 G 0.016 0.001 0.015 0.001 0.090 0.835 0.044 83 D 0.137 0.003 0.008 0.001 0.232 0.018 0.602 84 A 0.760 0.006 0.001 0.001 0.020 0.002 0.211 85 L 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 86 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 87 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 88 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 89 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 90 R 0.936 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.047 91 P 0.883 0.001 0.002 0.003 0.012 0.015 0.083 92 E 0.762 0.002 0.013 0.005 0.098 0.022 0.097 93 R 0.819 0.006 0.014 0.008 0.028 0.021 0.104 94 L 0.710 0.017 0.007 0.007 0.113 0.027 0.119 95 N 0.320 0.008 0.003 0.001 0.125 0.016 0.527 96 P 0.023 0.001 0.023 0.001 0.225 0.667 0.060 97 N 0.085 0.001 0.014 0.001 0.302 0.535 0.063 98 S 0.726 0.003 0.005 0.001 0.102 0.029 0.135 99 F 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 100 Q 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 102 H 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 103 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 104 E 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 105 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 106 R 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 107 C 0.791 0.003 0.002 0.001 0.012 0.047 0.146 108 E 0.019 0.001 0.002 0.001 0.130 0.838 0.012 109 E 0.063 0.001 0.001 0.001 0.141 0.787 0.008 110 Q 0.926 0.005 0.001 0.001 0.009 0.004 0.056 111 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 112 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 113 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 114 H 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 115 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 116 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 117 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 118 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 119 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 120 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 121 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 122 I 0.961 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 123 N 0.563 0.009 0.001 0.001 0.022 0.005 0.399 124 A 0.031 0.001 0.099 0.024 0.095 0.701 0.048 125 Q 0.008 0.002 0.137 0.009 0.058 0.758 0.028 126 T 0.016 0.009 0.204 0.008 0.151 0.522 0.090 127 R 0.043 0.015 0.038 0.007 0.280 0.326 0.291 128 H 0.153 0.047 0.008 0.003 0.162 0.031 0.595 129 R 0.262 0.106 0.007 0.003 0.053 0.025 0.544 130 C 0.280 0.041 0.003 0.002 0.169 0.019 0.486 131 A 0.173 0.050 0.002 0.001 0.064 0.021 0.689 132 L 0.039 0.026 0.001 0.002 0.080 0.006 0.846 133 P 0.007 0.008 0.005 0.008 0.020 0.006 0.947 134 E 0.001 0.001 0.154 0.508 0.040 0.271 0.026 135 G 0.001 0.001 0.125 0.634 0.015 0.202 0.021 136 I 0.002 0.002 0.039 0.884 0.008 0.019 0.047 137 D 0.001 0.001 0.009 0.955 0.002 0.011 0.021 138 R 0.002 0.001 0.006 0.968 0.003 0.013 0.007 139 W 0.002 0.001 0.019 0.948 0.003 0.017 0.010 140 L 0.003 0.001 0.019 0.944 0.005 0.019 0.010 141 E 0.002 0.001 0.014 0.932 0.005 0.038 0.009 142 A 0.001 0.001 0.013 0.874 0.007 0.091 0.012 143 S 0.001 0.001 0.010 0.695 0.012 0.252 0.029 144 G 0.002 0.004 0.019 0.360 0.076 0.373 0.165 145 V 0.009 0.008 0.071 0.161 0.136 0.258 0.357 146 G 0.013 0.005 0.108 0.081 0.203 0.246 0.343 147 K 0.019 0.012 0.089 0.087 0.191 0.167 0.433 148 I 0.023 0.024 0.087 0.074 0.139 0.085 0.567 149 G 0.028 0.018 0.063 0.061 0.164 0.155 0.511 150 S 0.032 0.013 0.035 0.030 0.067 0.140 0.683 151 I 0.013 0.003 0.004 0.005 0.013 0.004 0.959