# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.266 0.132 0.130 0.156 0.119 0.091 0.050 0.025 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 N 0.478 0.217 0.129 0.083 0.048 0.022 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 P 0.534 0.208 0.112 0.074 0.039 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.532 0.240 0.127 0.050 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 N 0.301 0.167 0.154 0.120 0.114 0.069 0.037 0.019 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 6 W 0.125 0.100 0.119 0.138 0.190 0.122 0.094 0.055 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 7 L 0.046 0.032 0.042 0.092 0.131 0.161 0.134 0.123 0.080 0.088 0.041 0.019 0.009 0.003 8 L 0.051 0.055 0.065 0.113 0.125 0.114 0.121 0.126 0.098 0.058 0.035 0.027 0.007 0.004 9 L 0.019 0.014 0.021 0.039 0.053 0.090 0.090 0.163 0.143 0.168 0.107 0.060 0.026 0.007 10 R 0.037 0.049 0.061 0.091 0.112 0.103 0.108 0.117 0.119 0.088 0.051 0.040 0.013 0.008 11 R 0.020 0.018 0.029 0.047 0.062 0.090 0.100 0.145 0.141 0.160 0.108 0.047 0.022 0.011 12 V 0.020 0.027 0.043 0.074 0.121 0.126 0.132 0.134 0.123 0.092 0.049 0.034 0.013 0.013 13 V 0.016 0.010 0.015 0.026 0.041 0.075 0.102 0.150 0.150 0.160 0.117 0.076 0.044 0.016 14 R 0.029 0.042 0.062 0.113 0.135 0.124 0.131 0.136 0.097 0.060 0.034 0.021 0.009 0.006 15 F 0.036 0.025 0.030 0.048 0.067 0.112 0.116 0.137 0.134 0.122 0.088 0.053 0.023 0.010 16 G 0.065 0.067 0.078 0.110 0.136 0.126 0.113 0.114 0.081 0.051 0.030 0.016 0.008 0.004 17 D 0.079 0.091 0.095 0.130 0.146 0.118 0.101 0.077 0.065 0.044 0.029 0.014 0.005 0.004 18 T 0.065 0.050 0.068 0.094 0.116 0.147 0.137 0.099 0.092 0.060 0.040 0.018 0.009 0.004 19 D 0.087 0.076 0.093 0.119 0.129 0.128 0.122 0.096 0.067 0.035 0.025 0.012 0.006 0.004 20 A 0.052 0.030 0.041 0.060 0.097 0.127 0.128 0.131 0.111 0.095 0.061 0.038 0.020 0.009 21 A 0.074 0.050 0.059 0.089 0.116 0.131 0.126 0.101 0.080 0.063 0.051 0.035 0.018 0.008 22 G 0.109 0.067 0.077 0.116 0.109 0.104 0.114 0.077 0.074 0.053 0.046 0.030 0.013 0.009 23 V 0.047 0.035 0.049 0.081 0.110 0.135 0.148 0.126 0.108 0.069 0.047 0.028 0.011 0.007 24 M 0.051 0.034 0.035 0.056 0.077 0.116 0.124 0.151 0.124 0.089 0.069 0.041 0.024 0.008 25 H 0.052 0.053 0.068 0.119 0.124 0.139 0.147 0.110 0.080 0.050 0.030 0.018 0.007 0.005 26 F 0.035 0.034 0.053 0.082 0.137 0.157 0.145 0.114 0.107 0.064 0.040 0.020 0.007 0.005 27 H 0.079 0.066 0.074 0.096 0.118 0.140 0.130 0.101 0.085 0.050 0.032 0.016 0.009 0.004 28 Q 0.064 0.077 0.102 0.150 0.151 0.153 0.121 0.074 0.052 0.027 0.014 0.007 0.004 0.003 29 L 0.014 0.010 0.019 0.042 0.091 0.134 0.191 0.191 0.177 0.072 0.035 0.014 0.006 0.003 30 F 0.023 0.028 0.056 0.079 0.131 0.216 0.190 0.129 0.071 0.038 0.024 0.009 0.006 0.002 31 R 0.202 0.270 0.191 0.135 0.113 0.039 0.023 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 W 0.010 0.022 0.050 0.127 0.155 0.206 0.235 0.142 0.031 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 33 C 0.003 0.003 0.011 0.039 0.108 0.178 0.240 0.215 0.158 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 34 H 0.070 0.169 0.212 0.236 0.170 0.073 0.038 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.263 0.321 0.216 0.097 0.060 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.005 0.008 0.029 0.090 0.145 0.225 0.259 0.203 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 37 W 0.007 0.016 0.046 0.131 0.251 0.215 0.167 0.080 0.064 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.230 0.249 0.196 0.145 0.105 0.042 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.200 0.244 0.217 0.173 0.091 0.044 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.019 0.019 0.044 0.134 0.192 0.214 0.193 0.123 0.045 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 41 L 0.032 0.044 0.061 0.118 0.172 0.195 0.175 0.113 0.064 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 42 E 0.411 0.271 0.135 0.091 0.040 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.301 0.230 0.215 0.093 0.072 0.044 0.023 0.007 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.054 0.041 0.075 0.134 0.219 0.208 0.124 0.075 0.037 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 45 G 0.165 0.122 0.122 0.131 0.153 0.115 0.092 0.049 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 46 L 0.130 0.077 0.078 0.138 0.154 0.138 0.095 0.079 0.049 0.040 0.014 0.006 0.003 0.001 47 N 0.291 0.201 0.153 0.127 0.088 0.057 0.038 0.016 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 48 P 0.126 0.084 0.126 0.130 0.151 0.132 0.094 0.058 0.047 0.029 0.016 0.005 0.002 0.001 49 A 0.248 0.139 0.122 0.128 0.120 0.098 0.062 0.037 0.021 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 50 D 0.272 0.194 0.160 0.136 0.098 0.055 0.036 0.022 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 51 I 0.093 0.056 0.070 0.112 0.149 0.165 0.142 0.103 0.057 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 52 F 0.129 0.125 0.145 0.172 0.161 0.111 0.071 0.044 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 53 P 0.450 0.180 0.136 0.089 0.062 0.037 0.022 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 54 G 0.344 0.164 0.154 0.127 0.099 0.056 0.027 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 S 0.376 0.153 0.116 0.122 0.097 0.059 0.035 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 56 R 0.400 0.200 0.135 0.113 0.070 0.039 0.023 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 57 K 0.545 0.180 0.135 0.062 0.036 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 S 0.522 0.173 0.127 0.074 0.055 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.413 0.189 0.140 0.108 0.077 0.035 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.289 0.175 0.139 0.142 0.108 0.069 0.038 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 T 0.227 0.161 0.161 0.147 0.114 0.083 0.049 0.030 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 62 P 0.163 0.140 0.131 0.153 0.127 0.101 0.072 0.055 0.025 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 63 E 0.069 0.106 0.115 0.134 0.141 0.135 0.109 0.080 0.050 0.028 0.020 0.007 0.004 0.002 64 V 0.006 0.011 0.022 0.047 0.088 0.131 0.157 0.174 0.130 0.099 0.073 0.033 0.019 0.010 65 A 0.003 0.005 0.009 0.021 0.040 0.077 0.118 0.125 0.146 0.152 0.143 0.080 0.047 0.033 66 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.023 0.046 0.077 0.134 0.164 0.207 0.171 0.089 0.068 67 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.021 0.054 0.106 0.165 0.235 0.197 0.128 0.076 68 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.026 0.087 0.119 0.152 0.189 0.191 0.138 0.081 69 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.033 0.083 0.124 0.202 0.203 0.162 0.104 0.065 70 H 0.002 0.004 0.007 0.018 0.045 0.056 0.104 0.206 0.166 0.147 0.099 0.062 0.040 0.043 71 C 0.003 0.002 0.004 0.009 0.017 0.046 0.065 0.081 0.124 0.202 0.172 0.128 0.087 0.060 72 Q 0.005 0.015 0.032 0.093 0.189 0.137 0.169 0.118 0.114 0.077 0.022 0.013 0.006 0.010 73 A 0.012 0.008 0.013 0.025 0.038 0.089 0.106 0.111 0.134 0.170 0.154 0.079 0.044 0.018 74 D 0.036 0.055 0.086 0.157 0.172 0.135 0.135 0.110 0.065 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 75 F 0.018 0.014 0.019 0.042 0.063 0.102 0.127 0.184 0.150 0.143 0.081 0.038 0.015 0.005 76 R 0.046 0.063 0.087 0.128 0.178 0.150 0.106 0.121 0.070 0.031 0.011 0.006 0.002 0.001 77 R 0.145 0.114 0.107 0.139 0.131 0.096 0.078 0.073 0.043 0.038 0.022 0.008 0.004 0.002 78 P 0.080 0.078 0.113 0.149 0.193 0.142 0.101 0.064 0.047 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 79 I 0.048 0.036 0.058 0.104 0.143 0.171 0.146 0.110 0.080 0.060 0.025 0.011 0.007 0.002 80 H 0.083 0.110 0.138 0.195 0.165 0.109 0.090 0.058 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 81 T 0.056 0.053 0.076 0.123 0.152 0.180 0.118 0.084 0.063 0.054 0.026 0.009 0.004 0.002 82 G 0.066 0.094 0.103 0.159 0.191 0.130 0.096 0.063 0.050 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 83 D 0.047 0.058 0.089 0.141 0.142 0.126 0.117 0.094 0.067 0.053 0.039 0.012 0.008 0.005 84 A 0.013 0.024 0.039 0.083 0.131 0.147 0.150 0.137 0.126 0.079 0.034 0.019 0.009 0.007 85 L 0.003 0.003 0.006 0.011 0.020 0.044 0.070 0.124 0.144 0.197 0.170 0.100 0.083 0.024 86 A 0.003 0.007 0.011 0.036 0.063 0.074 0.120 0.169 0.152 0.150 0.092 0.059 0.033 0.031 87 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.022 0.038 0.102 0.177 0.267 0.230 0.089 0.055 88 E 0.001 0.003 0.006 0.015 0.031 0.039 0.078 0.191 0.202 0.166 0.117 0.075 0.043 0.033 89 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.027 0.093 0.120 0.185 0.223 0.174 0.110 0.043 90 R 0.003 0.006 0.012 0.033 0.067 0.084 0.130 0.231 0.179 0.129 0.060 0.035 0.016 0.015 91 P 0.004 0.007 0.011 0.019 0.038 0.069 0.097 0.149 0.172 0.181 0.143 0.066 0.032 0.014 92 E 0.049 0.084 0.137 0.162 0.163 0.152 0.107 0.069 0.041 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 93 R 0.098 0.134 0.131 0.167 0.181 0.103 0.066 0.042 0.045 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 94 L 0.042 0.061 0.084 0.172 0.190 0.172 0.120 0.087 0.045 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 95 N 0.319 0.309 0.186 0.089 0.044 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 P 0.231 0.189 0.203 0.128 0.124 0.056 0.033 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 97 N 0.093 0.103 0.133 0.165 0.185 0.133 0.085 0.049 0.025 0.017 0.010 0.002 0.002 0.001 98 S 0.037 0.056 0.071 0.119 0.193 0.159 0.134 0.088 0.066 0.046 0.017 0.008 0.003 0.003 99 F 0.006 0.005 0.010 0.028 0.053 0.092 0.117 0.131 0.136 0.184 0.128 0.065 0.032 0.014 100 Q 0.006 0.012 0.019 0.053 0.070 0.089 0.116 0.128 0.153 0.113 0.112 0.074 0.029 0.027 101 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.058 0.133 0.193 0.235 0.220 0.082 0.036 102 H 0.001 0.002 0.004 0.010 0.022 0.029 0.058 0.276 0.195 0.163 0.106 0.066 0.051 0.020 103 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.022 0.060 0.084 0.194 0.227 0.194 0.130 0.066 104 E 0.004 0.009 0.024 0.054 0.119 0.109 0.150 0.160 0.144 0.120 0.044 0.030 0.012 0.020 105 F 0.007 0.007 0.012 0.025 0.049 0.083 0.096 0.118 0.154 0.175 0.132 0.083 0.040 0.019 106 R 0.014 0.039 0.086 0.194 0.189 0.173 0.141 0.088 0.051 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 107 C 0.059 0.088 0.085 0.174 0.191 0.146 0.082 0.065 0.061 0.031 0.013 0.004 0.001 0.001 108 E 0.191 0.274 0.191 0.162 0.093 0.040 0.021 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 109 E 0.329 0.334 0.168 0.077 0.039 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.073 0.125 0.144 0.169 0.220 0.124 0.066 0.033 0.027 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 111 I 0.024 0.026 0.053 0.087 0.141 0.186 0.185 0.136 0.073 0.040 0.032 0.009 0.006 0.003 112 A 0.012 0.015 0.021 0.053 0.113 0.125 0.142 0.147 0.132 0.099 0.061 0.043 0.023 0.013 113 A 0.005 0.004 0.007 0.015 0.018 0.038 0.076 0.138 0.154 0.165 0.152 0.123 0.081 0.023 114 H 0.004 0.007 0.013 0.029 0.051 0.070 0.100 0.172 0.171 0.165 0.082 0.076 0.034 0.025 115 A 0.002 0.001 0.003 0.005 0.009 0.024 0.038 0.085 0.137 0.206 0.223 0.149 0.083 0.037 116 L 0.002 0.005 0.009 0.032 0.053 0.076 0.116 0.160 0.186 0.175 0.070 0.055 0.026 0.034 117 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.029 0.070 0.118 0.191 0.179 0.175 0.123 0.050 0.040 118 R 0.001 0.003 0.008 0.017 0.038 0.067 0.112 0.230 0.174 0.143 0.097 0.039 0.036 0.034 119 H 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.022 0.046 0.054 0.096 0.137 0.179 0.183 0.114 0.147 120 L 0.003 0.002 0.005 0.010 0.022 0.038 0.077 0.146 0.158 0.184 0.139 0.088 0.073 0.055 121 A 0.004 0.003 0.005 0.011 0.023 0.039 0.064 0.104 0.117 0.135 0.172 0.145 0.113 0.065 122 I 0.012 0.010 0.013 0.039 0.054 0.101 0.144 0.155 0.127 0.124 0.109 0.062 0.035 0.014 123 N 0.037 0.059 0.064 0.148 0.180 0.142 0.140 0.079 0.075 0.034 0.025 0.010 0.003 0.002 124 A 0.073 0.083 0.093 0.168 0.164 0.152 0.106 0.058 0.057 0.025 0.016 0.003 0.001 0.001 125 Q 0.290 0.241 0.186 0.117 0.073 0.043 0.023 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 126 T 0.463 0.202 0.146 0.076 0.055 0.028 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 R 0.299 0.149 0.163 0.130 0.132 0.058 0.032 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 128 H 0.329 0.153 0.132 0.125 0.116 0.063 0.037 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 129 R 0.210 0.125 0.139 0.143 0.153 0.093 0.058 0.042 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 130 C 0.199 0.085 0.084 0.136 0.155 0.125 0.083 0.068 0.030 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 131 A 0.241 0.163 0.139 0.157 0.126 0.071 0.044 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 132 L 0.089 0.064 0.090 0.156 0.167 0.180 0.106 0.059 0.049 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 133 P 0.178 0.133 0.157 0.173 0.145 0.100 0.055 0.025 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 134 E 0.638 0.202 0.087 0.041 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.310 0.263 0.185 0.111 0.074 0.032 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.038 0.032 0.063 0.118 0.196 0.218 0.167 0.104 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 137 D 0.245 0.230 0.198 0.156 0.100 0.040 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.673 0.205 0.077 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.089 0.098 0.114 0.208 0.233 0.125 0.073 0.040 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 140 L 0.036 0.040 0.088 0.141 0.188 0.189 0.167 0.098 0.035 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 141 E 0.486 0.232 0.124 0.075 0.042 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.459 0.199 0.140 0.094 0.058 0.026 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.215 0.132 0.148 0.166 0.153 0.095 0.048 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 144 G 0.314 0.170 0.164 0.118 0.105 0.065 0.034 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 145 V 0.312 0.124 0.113 0.141 0.128 0.080 0.047 0.027 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 146 G 0.421 0.193 0.127 0.104 0.071 0.041 0.021 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 147 K 0.382 0.173 0.143 0.110 0.091 0.047 0.024 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 148 I 0.157 0.087 0.100 0.146 0.159 0.131 0.095 0.063 0.034 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 149 G 0.222 0.117 0.114 0.132 0.127 0.121 0.075 0.043 0.022 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 150 S 0.330 0.180 0.150 0.119 0.094 0.051 0.033 0.018 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 151 I 0.138 0.074 0.095 0.126 0.144 0.148 0.110 0.066 0.043 0.031 0.015 0.006 0.002 0.001