# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.006 0.001 0.002 0.076 0.906 2 N 0.021 0.011 0.003 0.004 0.145 0.816 3 P 0.015 0.009 0.275 0.066 0.336 0.299 4 E 0.032 0.005 0.356 0.046 0.437 0.125 5 N 0.117 0.005 0.296 0.023 0.433 0.127 6 W 0.452 0.008 0.035 0.014 0.152 0.338 7 L 0.770 0.010 0.008 0.009 0.059 0.143 8 L 0.888 0.004 0.003 0.005 0.024 0.075 9 L 0.916 0.003 0.001 0.002 0.014 0.062 10 R 0.861 0.001 0.001 0.003 0.031 0.103 11 R 0.915 0.002 0.001 0.001 0.016 0.066 12 V 0.950 0.002 0.001 0.001 0.011 0.036 13 V 0.900 0.011 0.001 0.001 0.015 0.073 14 R 0.666 0.011 0.003 0.002 0.154 0.164 15 F 0.089 0.003 0.321 0.024 0.484 0.078 16 G 0.048 0.002 0.413 0.019 0.464 0.054 17 D 0.043 0.011 0.451 0.027 0.428 0.039 18 T 0.067 0.067 0.060 0.029 0.416 0.361 19 D 0.056 0.040 0.029 0.023 0.567 0.285 20 A 0.018 0.010 0.131 0.135 0.604 0.102 21 A 0.030 0.005 0.075 0.088 0.679 0.123 22 G 0.111 0.014 0.058 0.041 0.582 0.195 23 V 0.262 0.050 0.019 0.090 0.260 0.319 24 M 0.259 0.117 0.013 0.159 0.209 0.243 25 H 0.151 0.031 0.010 0.259 0.167 0.382 26 F 0.019 0.002 0.009 0.852 0.038 0.080 27 H 0.002 0.001 0.004 0.982 0.005 0.006 28 Q 0.002 0.001 0.005 0.987 0.003 0.003 29 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.001 30 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 31 R 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 32 W 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 33 C 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 34 H 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.003 35 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.004 36 S 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.008 37 W 0.001 0.001 0.004 0.984 0.003 0.008 38 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 39 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 40 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 42 E 0.001 0.001 0.012 0.977 0.006 0.005 43 S 0.001 0.001 0.015 0.965 0.009 0.011 44 Y 0.001 0.001 0.024 0.848 0.029 0.097 45 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.059 0.930 46 L 0.005 0.024 0.003 0.003 0.119 0.846 47 N 0.014 0.022 0.010 0.004 0.273 0.676 48 P 0.001 0.001 0.867 0.046 0.072 0.014 49 A 0.001 0.001 0.909 0.030 0.053 0.006 50 D 0.004 0.002 0.884 0.043 0.062 0.005 51 I 0.038 0.068 0.164 0.189 0.352 0.188 52 F 0.031 0.042 0.046 0.106 0.614 0.160 53 P 0.011 0.008 0.122 0.141 0.611 0.108 54 G 0.021 0.012 0.134 0.079 0.616 0.137 55 S 0.033 0.049 0.143 0.047 0.609 0.119 56 R 0.046 0.032 0.091 0.053 0.518 0.260 57 K 0.050 0.024 0.065 0.052 0.549 0.260 58 S 0.089 0.013 0.048 0.037 0.568 0.244 59 E 0.126 0.027 0.033 0.028 0.411 0.375 60 V 0.119 0.087 0.022 0.021 0.287 0.464 61 T 0.113 0.055 0.018 0.009 0.531 0.274 62 P 0.078 0.007 0.046 0.012 0.652 0.205 63 E 0.125 0.006 0.053 0.005 0.587 0.224 64 V 0.664 0.014 0.014 0.001 0.202 0.104 65 A 0.855 0.007 0.001 0.001 0.030 0.106 66 L 0.943 0.003 0.001 0.001 0.010 0.043 67 P 0.954 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 68 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 69 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 70 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 71 C 0.963 0.001 0.001 0.002 0.010 0.024 72 Q 0.903 0.001 0.001 0.002 0.032 0.061 73 A 0.859 0.004 0.002 0.002 0.041 0.092 74 D 0.785 0.005 0.004 0.003 0.063 0.140 75 F 0.750 0.008 0.005 0.004 0.089 0.144 76 R 0.567 0.013 0.006 0.005 0.174 0.234 77 R 0.453 0.012 0.006 0.004 0.195 0.330 78 P 0.507 0.012 0.009 0.003 0.164 0.305 79 I 0.470 0.085 0.007 0.002 0.091 0.346 80 H 0.245 0.026 0.012 0.002 0.666 0.049 81 T 0.120 0.008 0.009 0.002 0.813 0.047 82 G 0.027 0.001 0.008 0.001 0.928 0.035 83 D 0.395 0.016 0.003 0.001 0.546 0.040 84 A 0.873 0.005 0.001 0.001 0.025 0.097 85 L 0.981 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 86 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 87 M 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 88 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 89 L 0.927 0.002 0.001 0.001 0.007 0.063 90 R 0.828 0.002 0.001 0.001 0.032 0.136 91 P 0.738 0.002 0.002 0.002 0.057 0.198 92 E 0.787 0.004 0.005 0.005 0.076 0.123 93 R 0.755 0.010 0.006 0.004 0.149 0.076 94 L 0.529 0.029 0.008 0.004 0.259 0.171 95 N 0.199 0.010 0.012 0.002 0.739 0.038 96 P 0.095 0.003 0.021 0.001 0.844 0.036 97 N 0.113 0.002 0.028 0.001 0.780 0.077 98 S 0.866 0.010 0.005 0.001 0.102 0.018 99 F 0.965 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 100 Q 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 101 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 102 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 103 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 104 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 105 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 106 R 0.912 0.003 0.001 0.001 0.030 0.055 107 C 0.393 0.009 0.001 0.001 0.561 0.035 108 E 0.038 0.001 0.003 0.001 0.919 0.039 109 E 0.021 0.001 0.006 0.003 0.932 0.036 110 Q 0.508 0.023 0.004 0.002 0.422 0.041 111 I 0.900 0.005 0.001 0.002 0.027 0.065 112 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 113 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 114 H 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 115 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 116 L 0.966 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 117 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 118 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 119 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 120 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 121 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 122 I 0.958 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 123 N 0.747 0.009 0.001 0.001 0.115 0.126 124 A 0.076 0.004 0.021 0.005 0.876 0.019 125 Q 0.017 0.001 0.039 0.006 0.916 0.020 126 T 0.009 0.002 0.058 0.015 0.897 0.019 127 R 0.125 0.060 0.015 0.017 0.605 0.178 128 H 0.248 0.062 0.006 0.036 0.095 0.553 129 R 0.404 0.071 0.018 0.025 0.127 0.354 130 C 0.382 0.023 0.020 0.015 0.110 0.449 131 A 0.154 0.023 0.018 0.018 0.084 0.704 132 L 0.016 0.004 0.002 0.004 0.065 0.909 133 P 0.007 0.006 0.004 0.042 0.139 0.802 134 E 0.002 0.002 0.073 0.708 0.128 0.087 135 G 0.002 0.002 0.097 0.748 0.119 0.033 136 I 0.004 0.003 0.061 0.857 0.051 0.023 137 D 0.006 0.003 0.021 0.892 0.025 0.052 138 R 0.004 0.001 0.018 0.941 0.018 0.017 139 W 0.004 0.001 0.020 0.944 0.021 0.011 140 L 0.003 0.001 0.012 0.954 0.019 0.011 141 E 0.002 0.001 0.010 0.960 0.016 0.012 142 A 0.002 0.001 0.015 0.920 0.028 0.035 143 S 0.002 0.002 0.020 0.788 0.061 0.127 144 G 0.008 0.005 0.029 0.086 0.201 0.671 145 V 0.027 0.007 0.103 0.114 0.249 0.500 146 G 0.075 0.023 0.156 0.152 0.235 0.358 147 K 0.076 0.011 0.144 0.160 0.284 0.326 148 I 0.069 0.017 0.056 0.109 0.230 0.518 149 G 0.042 0.016 0.016 0.053 0.171 0.702 150 S 0.034 0.018 0.008 0.033 0.110 0.797 151 I 0.014 0.004 0.003 0.008 0.052 0.919