# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.060 0.804 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.090 0.008 0.013 0.016 2 N 0.001 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.003 3 P 0.001 0.001 0.174 0.001 0.095 0.063 0.001 0.001 0.001 0.097 0.566 0.001 0.002 4 E 0.001 0.001 0.044 0.004 0.114 0.030 0.001 0.001 0.001 0.058 0.743 0.001 0.003 5 N 0.002 0.012 0.290 0.007 0.157 0.065 0.001 0.001 0.001 0.245 0.159 0.047 0.014 6 W 0.023 0.022 0.379 0.016 0.017 0.037 0.004 0.001 0.012 0.050 0.035 0.021 0.384 7 L 0.215 0.036 0.093 0.022 0.005 0.011 0.029 0.001 0.031 0.022 0.011 0.350 0.174 8 L 0.324 0.020 0.036 0.031 0.003 0.006 0.053 0.003 0.037 0.010 0.009 0.093 0.375 9 L 0.239 0.002 0.060 0.054 0.001 0.003 0.054 0.002 0.037 0.015 0.009 0.390 0.134 10 R 0.233 0.003 0.108 0.053 0.001 0.002 0.050 0.004 0.115 0.036 0.013 0.046 0.336 11 R 0.082 0.002 0.058 0.003 0.001 0.001 0.044 0.003 0.174 0.028 0.003 0.554 0.047 12 V 0.092 0.012 0.065 0.005 0.001 0.001 0.069 0.004 0.076 0.007 0.001 0.017 0.650 13 V 0.065 0.023 0.177 0.015 0.001 0.001 0.061 0.012 0.077 0.010 0.001 0.495 0.062 14 R 0.014 0.022 0.445 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.053 0.018 0.002 0.061 0.372 15 F 0.008 0.009 0.221 0.021 0.234 0.067 0.002 0.001 0.006 0.070 0.283 0.014 0.064 16 G 0.004 0.004 0.069 0.015 0.259 0.049 0.001 0.001 0.005 0.138 0.422 0.019 0.014 17 D 0.003 0.010 0.149 0.017 0.257 0.054 0.001 0.001 0.004 0.178 0.284 0.011 0.033 18 T 0.005 0.164 0.341 0.005 0.051 0.094 0.002 0.001 0.006 0.200 0.060 0.014 0.057 19 D 0.003 0.040 0.565 0.008 0.040 0.082 0.001 0.001 0.004 0.141 0.058 0.025 0.034 20 A 0.003 0.006 0.056 0.003 0.149 0.312 0.001 0.001 0.001 0.038 0.413 0.002 0.017 21 A 0.007 0.007 0.053 0.019 0.095 0.218 0.002 0.002 0.002 0.051 0.526 0.009 0.009 22 G 0.008 0.008 0.066 0.004 0.064 0.143 0.001 0.004 0.005 0.143 0.512 0.029 0.012 23 V 0.053 0.029 0.223 0.007 0.034 0.150 0.009 0.013 0.022 0.071 0.249 0.014 0.129 24 M 0.140 0.149 0.177 0.011 0.014 0.091 0.043 0.026 0.025 0.031 0.023 0.152 0.118 25 H 0.068 0.039 0.199 0.054 0.017 0.164 0.016 0.015 0.025 0.100 0.087 0.071 0.144 26 F 0.014 0.004 0.116 0.019 0.022 0.495 0.004 0.006 0.011 0.078 0.191 0.018 0.023 27 H 0.019 0.004 0.064 0.006 0.020 0.740 0.007 0.011 0.011 0.028 0.063 0.011 0.015 28 Q 0.022 0.008 0.050 0.002 0.015 0.778 0.011 0.009 0.027 0.021 0.020 0.017 0.021 29 L 0.011 0.003 0.014 0.001 0.010 0.904 0.005 0.006 0.011 0.004 0.013 0.004 0.012 30 F 0.006 0.002 0.015 0.002 0.008 0.937 0.002 0.003 0.005 0.004 0.009 0.003 0.005 31 R 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 32 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 33 C 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 37 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 44 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.412 0.001 0.001 0.001 0.016 0.562 0.001 0.001 45 G 0.001 0.004 0.132 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.175 0.678 0.001 0.001 46 L 0.001 0.041 0.752 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.007 0.002 0.001 47 N 0.001 0.064 0.826 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.090 0.005 0.002 0.007 48 P 0.001 0.004 0.036 0.001 0.463 0.319 0.001 0.001 0.001 0.011 0.164 0.001 0.001 49 A 0.001 0.002 0.013 0.001 0.600 0.200 0.001 0.001 0.001 0.016 0.163 0.001 0.001 50 D 0.001 0.002 0.028 0.001 0.602 0.255 0.001 0.001 0.001 0.017 0.091 0.001 0.001 51 I 0.001 0.053 0.126 0.001 0.138 0.523 0.001 0.001 0.004 0.032 0.108 0.001 0.011 52 F 0.001 0.039 0.495 0.004 0.062 0.180 0.001 0.001 0.003 0.138 0.061 0.013 0.004 53 P 0.001 0.010 0.186 0.003 0.115 0.091 0.001 0.001 0.001 0.081 0.497 0.001 0.013 54 G 0.001 0.014 0.218 0.004 0.104 0.051 0.001 0.001 0.001 0.153 0.437 0.007 0.009 55 S 0.001 0.044 0.488 0.002 0.037 0.031 0.001 0.001 0.004 0.281 0.080 0.013 0.018 56 R 0.001 0.032 0.489 0.005 0.058 0.035 0.001 0.001 0.003 0.216 0.125 0.014 0.021 57 K 0.001 0.017 0.325 0.007 0.080 0.038 0.001 0.001 0.003 0.222 0.282 0.009 0.016 58 S 0.001 0.028 0.429 0.007 0.088 0.026 0.001 0.001 0.007 0.155 0.229 0.007 0.021 59 E 0.002 0.050 0.543 0.002 0.026 0.019 0.001 0.002 0.017 0.225 0.050 0.040 0.024 60 V 0.001 0.059 0.741 0.004 0.007 0.014 0.001 0.001 0.011 0.093 0.022 0.008 0.037 61 T 0.001 0.023 0.833 0.003 0.011 0.011 0.001 0.001 0.003 0.077 0.021 0.010 0.007 62 P 0.001 0.006 0.151 0.008 0.072 0.018 0.001 0.001 0.001 0.127 0.608 0.003 0.005 63 E 0.001 0.003 0.094 0.005 0.060 0.005 0.001 0.001 0.001 0.091 0.732 0.003 0.005 64 V 0.011 0.034 0.487 0.006 0.035 0.007 0.003 0.001 0.019 0.155 0.065 0.082 0.096 65 A 0.033 0.033 0.427 0.027 0.009 0.004 0.008 0.001 0.034 0.066 0.018 0.066 0.272 66 L 0.080 0.012 0.159 0.048 0.005 0.005 0.013 0.002 0.031 0.072 0.009 0.388 0.176 67 P 0.181 0.011 0.142 0.061 0.009 0.008 0.030 0.004 0.031 0.022 0.018 0.165 0.320 68 I 0.332 0.005 0.031 0.012 0.005 0.008 0.074 0.010 0.033 0.007 0.008 0.114 0.362 69 I 0.514 0.001 0.025 0.063 0.002 0.003 0.058 0.004 0.018 0.009 0.010 0.211 0.084 70 H 0.538 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.050 0.003 0.019 0.009 0.005 0.057 0.284 71 C 0.461 0.002 0.054 0.025 0.001 0.002 0.043 0.003 0.015 0.019 0.009 0.237 0.129 72 Q 0.508 0.003 0.034 0.008 0.001 0.002 0.056 0.002 0.020 0.015 0.008 0.096 0.248 73 A 0.507 0.002 0.035 0.006 0.001 0.001 0.045 0.002 0.009 0.010 0.004 0.243 0.136 74 D 0.524 0.003 0.040 0.026 0.001 0.001 0.073 0.003 0.014 0.012 0.009 0.137 0.157 75 F 0.255 0.004 0.103 0.013 0.003 0.001 0.066 0.003 0.033 0.025 0.016 0.167 0.310 76 R 0.128 0.015 0.218 0.160 0.004 0.001 0.037 0.001 0.041 0.077 0.013 0.041 0.263 77 R 0.004 0.005 0.248 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.086 0.182 0.005 0.431 0.024 78 P 0.002 0.028 0.409 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.066 0.030 0.011 0.002 0.431 79 I 0.002 0.052 0.502 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 0.048 0.007 0.318 0.013 80 H 0.001 0.032 0.691 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.065 0.006 0.015 0.159 81 T 0.001 0.005 0.073 0.011 0.082 0.008 0.001 0.001 0.001 0.054 0.753 0.004 0.008 82 G 0.001 0.001 0.029 0.027 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.846 0.002 0.003 83 D 0.009 0.019 0.422 0.019 0.048 0.003 0.002 0.001 0.005 0.170 0.069 0.146 0.087 84 A 0.042 0.015 0.143 0.008 0.004 0.001 0.008 0.001 0.006 0.019 0.010 0.023 0.720 85 L 0.316 0.003 0.043 0.041 0.001 0.001 0.032 0.001 0.004 0.006 0.002 0.496 0.057 86 A 0.645 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.256 87 M 0.663 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.109 0.149 88 E 0.620 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.032 0.001 0.002 0.002 0.001 0.236 0.087 89 L 0.454 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.459 90 R 0.280 0.002 0.034 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.578 0.090 91 P 0.160 0.003 0.050 0.013 0.011 0.003 0.006 0.001 0.002 0.006 0.008 0.021 0.718 92 E 0.071 0.001 0.123 0.354 0.034 0.003 0.004 0.001 0.002 0.060 0.037 0.247 0.063 93 R 0.078 0.007 0.072 0.003 0.026 0.001 0.005 0.001 0.003 0.039 0.030 0.175 0.561 94 L 0.045 0.079 0.073 0.023 0.008 0.003 0.007 0.001 0.002 0.091 0.029 0.051 0.590 95 N 0.005 0.017 0.398 0.043 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.131 0.031 0.307 0.058 96 P 0.002 0.001 0.048 0.010 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.125 0.710 0.003 0.061 97 N 0.066 0.003 0.050 0.025 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.129 0.482 0.134 0.080 98 S 0.359 0.004 0.033 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.028 0.165 0.376 99 F 0.702 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.104 0.167 100 Q 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.063 101 V 0.791 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.121 102 H 0.822 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.076 103 F 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.039 104 E 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.039 105 F 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.067 106 R 0.613 0.001 0.021 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 0.029 0.039 0.263 107 C 0.241 0.006 0.037 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.038 0.113 0.451 0.104 108 E 0.004 0.001 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.887 0.016 0.016 109 E 0.007 0.001 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.794 0.008 0.017 110 Q 0.216 0.007 0.058 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.020 0.012 0.545 0.133 111 I 0.301 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.614 112 A 0.454 0.001 0.011 0.215 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.193 0.086 113 A 0.660 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.142 0.157 114 H 0.692 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.004 0.002 0.079 0.179 115 A 0.754 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.085 116 L 0.859 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.050 117 I 0.723 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.184 118 R 0.622 0.001 0.008 0.248 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 0.037 119 H 0.803 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.064 0.099 120 L 0.830 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.090 121 A 0.774 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.004 0.001 0.001 0.123 0.050 122 I 0.680 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.033 0.004 0.004 0.004 0.002 0.051 0.193 123 N 0.141 0.010 0.313 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.010 0.035 0.016 0.219 0.240 124 A 0.011 0.001 0.049 0.003 0.045 0.047 0.001 0.001 0.001 0.055 0.757 0.005 0.027 125 Q 0.010 0.004 0.023 0.002 0.072 0.043 0.002 0.001 0.001 0.057 0.755 0.021 0.010 126 T 0.005 0.008 0.060 0.004 0.100 0.037 0.001 0.001 0.001 0.102 0.636 0.026 0.018 127 R 0.015 0.022 0.330 0.016 0.039 0.024 0.002 0.001 0.001 0.216 0.229 0.013 0.092 128 H 0.012 0.058 0.505 0.009 0.012 0.015 0.003 0.001 0.003 0.087 0.022 0.202 0.070 129 R 0.010 0.053 0.274 0.011 0.012 0.012 0.005 0.001 0.005 0.045 0.010 0.006 0.556 130 C 0.004 0.010 0.473 0.016 0.007 0.013 0.002 0.001 0.010 0.085 0.011 0.355 0.013 131 A 0.002 0.047 0.663 0.001 0.005 0.015 0.002 0.001 0.016 0.047 0.020 0.004 0.177 132 L 0.001 0.013 0.859 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.093 0.006 0.015 0.002 133 P 0.001 0.003 0.858 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.002 0.067 0.021 0.001 0.010 134 E 0.001 0.003 0.061 0.001 0.064 0.536 0.001 0.001 0.001 0.060 0.274 0.001 0.001 135 G 0.001 0.008 0.067 0.001 0.077 0.646 0.001 0.001 0.001 0.032 0.165 0.001 0.002 136 I 0.001 0.007 0.077 0.001 0.035 0.819 0.001 0.001 0.003 0.020 0.031 0.002 0.004 137 D 0.001 0.001 0.030 0.001 0.013 0.931 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.002 138 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 139 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 141 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.016 0.921 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.026 0.815 0.001 0.001 0.001 0.008 0.133 0.001 0.001 143 S 0.001 0.003 0.035 0.001 0.036 0.606 0.001 0.001 0.001 0.022 0.295 0.001 0.001 144 G 0.001 0.012 0.188 0.001 0.053 0.332 0.001 0.001 0.002 0.087 0.318 0.002 0.004 145 V 0.001 0.018 0.403 0.003 0.058 0.140 0.001 0.001 0.003 0.183 0.174 0.007 0.011 146 G 0.001 0.012 0.333 0.003 0.101 0.083 0.001 0.001 0.003 0.219 0.221 0.011 0.012 147 K 0.001 0.016 0.427 0.002 0.098 0.083 0.001 0.001 0.004 0.176 0.164 0.008 0.020 148 I 0.001 0.028 0.594 0.004 0.060 0.037 0.001 0.001 0.003 0.185 0.065 0.003 0.020 149 G 0.001 0.009 0.691 0.001 0.018 0.017 0.001 0.001 0.002 0.177 0.060 0.020 0.003 150 S 0.001 0.010 0.906 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 0.001 0.009 151 I 0.001 0.006 0.944 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001