# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.011 0.042 0.033 0.065 0.079 0.017 0.643 2 N 0.061 0.009 0.026 0.056 0.087 0.167 0.007 0.587 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 E 0.009 0.002 0.007 0.017 0.041 0.297 0.006 0.621 5 N 0.541 0.003 0.008 0.010 0.008 0.089 0.027 0.315 6 W 0.256 0.010 0.036 0.033 0.041 0.113 0.006 0.505 7 L 0.086 0.010 0.092 0.242 0.307 0.104 0.005 0.155 8 L 0.047 0.006 0.079 0.249 0.406 0.058 0.003 0.151 9 L 0.011 0.004 0.066 0.330 0.474 0.024 0.002 0.089 10 R 0.006 0.003 0.077 0.313 0.405 0.027 0.002 0.166 11 R 0.005 0.003 0.095 0.350 0.419 0.019 0.003 0.107 12 V 0.011 0.002 0.120 0.205 0.424 0.033 0.003 0.201 13 V 0.006 0.002 0.180 0.267 0.307 0.026 0.002 0.209 14 R 0.005 0.005 0.124 0.182 0.293 0.052 0.002 0.337 15 F 0.006 0.005 0.068 0.054 0.155 0.040 0.002 0.671 16 G 0.016 0.007 0.053 0.035 0.075 0.195 0.006 0.611 17 D 0.146 0.011 0.027 0.023 0.034 0.170 0.014 0.574 18 T 0.216 0.043 0.098 0.043 0.052 0.125 0.018 0.406 19 D 0.065 0.074 0.074 0.065 0.091 0.226 0.019 0.385 20 A 0.063 0.119 0.122 0.045 0.083 0.133 0.016 0.418 21 A 0.052 0.117 0.052 0.032 0.064 0.442 0.016 0.225 22 G 0.381 0.084 0.045 0.032 0.031 0.116 0.058 0.252 23 V 0.137 0.142 0.177 0.031 0.035 0.122 0.018 0.338 24 M 0.029 0.165 0.191 0.089 0.111 0.098 0.013 0.303 25 H 0.031 0.162 0.073 0.071 0.125 0.093 0.010 0.435 26 F 0.049 0.137 0.074 0.055 0.112 0.092 0.017 0.464 27 H 0.054 0.203 0.079 0.038 0.044 0.087 0.010 0.485 28 Q 0.050 0.222 0.042 0.047 0.056 0.170 0.013 0.399 29 L 0.045 0.457 0.027 0.032 0.056 0.079 0.006 0.296 30 F 0.019 0.743 0.021 0.023 0.046 0.027 0.004 0.116 31 R 0.013 0.814 0.008 0.013 0.014 0.026 0.005 0.107 32 W 0.019 0.905 0.004 0.004 0.006 0.010 0.004 0.048 33 C 0.026 0.898 0.005 0.003 0.009 0.007 0.006 0.047 34 H 0.018 0.899 0.003 0.002 0.004 0.009 0.006 0.060 35 E 0.013 0.931 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.044 36 S 0.029 0.890 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.064 37 W 0.023 0.871 0.005 0.001 0.003 0.006 0.007 0.083 38 E 0.015 0.867 0.004 0.002 0.003 0.006 0.005 0.098 39 E 0.008 0.889 0.007 0.001 0.001 0.006 0.005 0.081 40 S 0.012 0.924 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.052 41 L 0.012 0.919 0.004 0.002 0.005 0.004 0.003 0.051 42 E 0.014 0.935 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.037 43 S 0.058 0.893 0.004 0.001 0.001 0.002 0.016 0.026 44 Y 0.188 0.682 0.009 0.003 0.001 0.002 0.082 0.034 45 G 0.652 0.061 0.042 0.006 0.003 0.006 0.135 0.094 46 L 0.068 0.036 0.735 0.015 0.015 0.023 0.018 0.091 47 N 0.023 0.022 0.061 0.024 0.041 0.136 0.005 0.688 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 A 0.005 0.004 0.018 0.006 0.015 0.545 0.002 0.405 50 D 0.439 0.008 0.010 0.002 0.003 0.245 0.017 0.275 51 I 0.517 0.167 0.016 0.009 0.014 0.050 0.010 0.217 52 F 0.178 0.178 0.055 0.041 0.078 0.120 0.009 0.340 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 54 G 0.043 0.043 0.011 0.024 0.065 0.127 0.009 0.678 55 S 0.515 0.053 0.013 0.012 0.020 0.052 0.025 0.310 56 R 0.147 0.174 0.049 0.037 0.046 0.078 0.017 0.453 57 K 0.087 0.079 0.029 0.021 0.036 0.224 0.015 0.509 58 S 0.217 0.090 0.028 0.021 0.023 0.143 0.026 0.452 59 E 0.213 0.105 0.029 0.024 0.030 0.107 0.027 0.466 60 V 0.093 0.050 0.057 0.028 0.056 0.154 0.034 0.527 61 T 0.062 0.030 0.025 0.053 0.071 0.130 0.010 0.619 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 E 0.024 0.004 0.016 0.044 0.082 0.232 0.011 0.587 64 V 0.552 0.004 0.031 0.034 0.039 0.073 0.021 0.245 65 A 0.082 0.009 0.121 0.162 0.181 0.080 0.009 0.357 66 L 0.026 0.001 0.131 0.219 0.243 0.043 0.003 0.335 67 P 0.002 0.001 0.080 0.099 0.098 0.015 0.001 0.706 68 I 0.003 0.001 0.171 0.215 0.382 0.032 0.001 0.195 69 I 0.005 0.001 0.215 0.339 0.375 0.018 0.001 0.047 70 H 0.005 0.001 0.098 0.274 0.490 0.027 0.001 0.104 71 C 0.010 0.001 0.093 0.252 0.522 0.036 0.002 0.084 72 Q 0.018 0.001 0.063 0.301 0.433 0.047 0.003 0.134 73 A 0.016 0.001 0.039 0.186 0.329 0.047 0.003 0.378 74 D 0.009 0.003 0.033 0.393 0.340 0.033 0.003 0.187 75 F 0.029 0.003 0.029 0.130 0.365 0.056 0.007 0.381 76 R 0.054 0.009 0.060 0.173 0.463 0.085 0.009 0.147 77 R 0.029 0.004 0.060 0.388 0.276 0.043 0.004 0.195 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 79 I 0.020 0.002 0.115 0.162 0.358 0.071 0.008 0.265 80 H 0.106 0.004 0.032 0.092 0.070 0.142 0.010 0.544 81 T 0.025 0.005 0.033 0.056 0.142 0.044 0.006 0.690 82 G 0.044 0.007 0.074 0.095 0.133 0.133 0.018 0.495 83 D 0.273 0.002 0.041 0.066 0.057 0.189 0.035 0.337 84 A 0.022 0.001 0.034 0.064 0.056 0.072 0.005 0.746 85 L 0.028 0.001 0.040 0.349 0.535 0.033 0.001 0.013 86 A 0.013 0.001 0.052 0.337 0.465 0.027 0.001 0.105 87 M 0.001 0.001 0.032 0.514 0.442 0.003 0.001 0.009 88 E 0.001 0.001 0.031 0.283 0.649 0.006 0.001 0.030 89 L 0.001 0.001 0.028 0.281 0.649 0.004 0.001 0.036 90 R 0.001 0.001 0.051 0.407 0.455 0.010 0.001 0.076 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 92 E 0.003 0.001 0.055 0.164 0.590 0.056 0.001 0.131 93 R 0.111 0.002 0.016 0.072 0.103 0.114 0.006 0.576 94 L 0.143 0.007 0.071 0.124 0.248 0.051 0.012 0.344 95 N 0.054 0.005 0.024 0.090 0.117 0.117 0.004 0.589 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 N 0.023 0.003 0.014 0.075 0.131 0.253 0.013 0.488 98 S 0.589 0.002 0.008 0.027 0.038 0.102 0.023 0.212 99 F 0.149 0.008 0.074 0.305 0.219 0.064 0.009 0.172 100 Q 0.038 0.001 0.053 0.296 0.386 0.069 0.004 0.153 101 V 0.012 0.001 0.046 0.356 0.446 0.029 0.001 0.109 102 H 0.003 0.001 0.021 0.306 0.634 0.013 0.001 0.022 103 F 0.002 0.001 0.016 0.392 0.554 0.008 0.001 0.028 104 E 0.001 0.001 0.020 0.402 0.552 0.005 0.001 0.019 105 F 0.002 0.001 0.014 0.356 0.539 0.012 0.001 0.077 106 R 0.002 0.001 0.022 0.373 0.557 0.010 0.001 0.034 107 C 0.005 0.001 0.018 0.249 0.482 0.041 0.003 0.202 108 E 0.011 0.002 0.016 0.077 0.185 0.088 0.009 0.612 109 E 0.037 0.003 0.011 0.053 0.053 0.150 0.030 0.663 110 Q 0.290 0.002 0.011 0.041 0.054 0.269 0.019 0.315 111 I 0.030 0.002 0.020 0.148 0.125 0.123 0.004 0.549 112 A 0.013 0.002 0.019 0.300 0.539 0.049 0.001 0.076 113 A 0.009 0.001 0.017 0.375 0.544 0.018 0.001 0.035 114 H 0.003 0.002 0.012 0.412 0.519 0.012 0.001 0.039 115 A 0.003 0.002 0.013 0.395 0.555 0.011 0.001 0.020 116 L 0.004 0.002 0.016 0.381 0.570 0.013 0.001 0.013 117 I 0.005 0.003 0.019 0.376 0.560 0.015 0.002 0.020 118 R 0.006 0.002 0.042 0.327 0.582 0.016 0.002 0.022 119 H 0.003 0.002 0.028 0.442 0.469 0.012 0.001 0.043 120 L 0.003 0.002 0.048 0.382 0.520 0.009 0.002 0.034 121 A 0.004 0.001 0.069 0.364 0.501 0.014 0.001 0.045 122 I 0.004 0.002 0.062 0.366 0.458 0.017 0.001 0.090 123 N 0.003 0.005 0.032 0.306 0.490 0.021 0.001 0.142 124 A 0.010 0.005 0.032 0.094 0.373 0.047 0.004 0.434 125 Q 0.025 0.004 0.009 0.021 0.048 0.600 0.008 0.286 126 T 0.272 0.011 0.007 0.016 0.019 0.417 0.042 0.217 127 R 0.361 0.131 0.029 0.029 0.017 0.054 0.052 0.327 128 H 0.135 0.030 0.244 0.060 0.088 0.178 0.023 0.242 129 R 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.013 0.001 0.965 130 C 0.065 0.028 0.121 0.126 0.317 0.054 0.010 0.277 131 A 0.005 0.002 0.009 0.006 0.008 0.019 0.002 0.947 132 L 0.057 0.010 0.040 0.029 0.066 0.091 0.004 0.702 133 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 134 E 0.004 0.003 0.004 0.003 0.013 0.099 0.001 0.872 135 G 0.111 0.023 0.003 0.002 0.003 0.119 0.004 0.736 136 I 0.174 0.286 0.007 0.004 0.010 0.068 0.005 0.447 137 D 0.033 0.679 0.008 0.003 0.008 0.027 0.003 0.240 138 R 0.017 0.829 0.004 0.002 0.003 0.019 0.003 0.123 139 W 0.030 0.913 0.002 0.001 0.002 0.007 0.005 0.040 140 L 0.034 0.931 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.023 141 E 0.024 0.923 0.005 0.002 0.003 0.006 0.007 0.031 142 A 0.069 0.832 0.007 0.002 0.002 0.004 0.021 0.062 143 S 0.139 0.726 0.018 0.004 0.004 0.006 0.040 0.064 144 G 0.318 0.308 0.039 0.009 0.009 0.025 0.081 0.211 145 V 0.138 0.185 0.188 0.018 0.025 0.051 0.027 0.367 146 G 0.077 0.115 0.054 0.021 0.028 0.106 0.023 0.575 147 K 0.164 0.074 0.053 0.013 0.019 0.113 0.023 0.542 148 I 0.094 0.079 0.055 0.013 0.023 0.085 0.011 0.640 149 G 0.057 0.040 0.035 0.016 0.025 0.120 0.013 0.694 150 S 0.045 0.020 0.013 0.009 0.013 0.062 0.008 0.830 151 I 0.075 0.027 0.015 0.010 0.021 0.075 0.008 0.769