# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 2 N 0.009 0.007 0.001 0.003 0.003 0.005 0.972 3 P 0.014 0.007 0.071 0.061 0.210 0.449 0.189 4 E 0.013 0.001 0.090 0.018 0.170 0.570 0.139 5 N 0.088 0.004 0.096 0.015 0.317 0.143 0.337 6 W 0.348 0.017 0.010 0.012 0.084 0.029 0.500 7 L 0.734 0.013 0.004 0.005 0.021 0.007 0.215 8 L 0.892 0.008 0.001 0.003 0.009 0.005 0.082 9 L 0.906 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.079 10 R 0.877 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.091 11 R 0.922 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.059 12 V 0.909 0.005 0.001 0.001 0.007 0.003 0.076 13 V 0.807 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.162 14 R 0.484 0.014 0.001 0.001 0.013 0.004 0.484 15 F 0.077 0.004 0.176 0.067 0.060 0.535 0.081 16 G 0.041 0.003 0.257 0.058 0.114 0.464 0.063 17 D 0.136 0.030 0.282 0.066 0.114 0.146 0.225 18 T 0.195 0.170 0.045 0.062 0.108 0.076 0.344 19 D 0.099 0.027 0.025 0.019 0.098 0.063 0.668 20 A 0.031 0.011 0.095 0.088 0.105 0.590 0.078 21 A 0.021 0.007 0.081 0.088 0.113 0.643 0.048 22 G 0.071 0.006 0.085 0.084 0.321 0.309 0.123 23 V 0.234 0.066 0.037 0.184 0.113 0.098 0.267 24 M 0.307 0.159 0.020 0.141 0.087 0.069 0.216 25 H 0.199 0.035 0.016 0.195 0.133 0.112 0.310 26 F 0.037 0.003 0.022 0.697 0.088 0.065 0.088 27 H 0.008 0.001 0.018 0.919 0.013 0.019 0.022 28 Q 0.010 0.002 0.022 0.931 0.006 0.017 0.011 29 L 0.005 0.001 0.017 0.959 0.003 0.011 0.006 30 F 0.005 0.001 0.012 0.961 0.005 0.009 0.007 31 R 0.002 0.001 0.008 0.960 0.005 0.019 0.004 32 W 0.001 0.001 0.005 0.963 0.003 0.024 0.003 33 C 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.002 34 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 35 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 36 S 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.016 0.003 37 W 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.008 0.002 38 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.003 39 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.002 40 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.010 0.004 41 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.006 0.004 42 E 0.001 0.001 0.009 0.967 0.002 0.018 0.004 43 S 0.001 0.001 0.015 0.843 0.011 0.122 0.007 44 Y 0.001 0.001 0.010 0.316 0.026 0.629 0.017 45 G 0.002 0.004 0.005 0.016 0.138 0.578 0.256 46 L 0.008 0.018 0.003 0.002 0.152 0.010 0.807 47 N 0.015 0.023 0.006 0.002 0.036 0.006 0.913 48 P 0.003 0.003 0.619 0.187 0.017 0.127 0.045 49 A 0.001 0.001 0.781 0.088 0.011 0.101 0.017 50 D 0.003 0.003 0.719 0.098 0.014 0.120 0.043 51 I 0.015 0.035 0.315 0.204 0.068 0.182 0.182 52 F 0.020 0.021 0.070 0.053 0.217 0.087 0.533 53 P 0.012 0.008 0.095 0.052 0.098 0.405 0.331 54 G 0.013 0.011 0.088 0.049 0.144 0.364 0.331 55 S 0.017 0.017 0.080 0.038 0.179 0.160 0.508 56 R 0.014 0.012 0.095 0.060 0.175 0.204 0.440 57 K 0.014 0.012 0.110 0.058 0.163 0.286 0.357 58 S 0.017 0.009 0.089 0.035 0.187 0.152 0.511 59 E 0.034 0.016 0.063 0.029 0.224 0.203 0.432 60 V 0.038 0.033 0.033 0.029 0.274 0.103 0.491 61 T 0.025 0.008 0.010 0.010 0.141 0.015 0.791 62 P 0.012 0.003 0.068 0.045 0.143 0.578 0.150 63 E 0.030 0.006 0.051 0.036 0.104 0.703 0.070 64 V 0.215 0.020 0.013 0.024 0.089 0.022 0.616 65 A 0.454 0.023 0.003 0.015 0.052 0.016 0.437 66 L 0.817 0.004 0.002 0.007 0.040 0.006 0.123 67 P 0.877 0.002 0.002 0.004 0.017 0.002 0.096 68 I 0.961 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.022 69 I 0.972 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.016 70 H 0.977 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.013 71 C 0.965 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.023 72 Q 0.865 0.003 0.002 0.019 0.013 0.020 0.078 73 A 0.781 0.002 0.002 0.014 0.016 0.019 0.166 74 D 0.840 0.008 0.003 0.006 0.019 0.022 0.102 75 F 0.805 0.009 0.003 0.002 0.018 0.021 0.141 76 R 0.469 0.007 0.013 0.005 0.205 0.025 0.275 77 R 0.232 0.001 0.002 0.001 0.538 0.005 0.220 78 P 0.290 0.010 0.001 0.001 0.063 0.015 0.618 79 I 0.176 0.100 0.001 0.001 0.046 0.004 0.673 80 H 0.107 0.004 0.001 0.001 0.031 0.005 0.852 81 T 0.008 0.001 0.015 0.001 0.152 0.791 0.032 82 G 0.015 0.001 0.015 0.001 0.088 0.840 0.043 83 D 0.137 0.003 0.008 0.001 0.221 0.017 0.614 84 A 0.761 0.006 0.001 0.001 0.020 0.002 0.211 85 L 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 86 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 87 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 88 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 89 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 90 R 0.933 0.003 0.001 0.001 0.011 0.003 0.050 91 P 0.879 0.001 0.002 0.003 0.013 0.016 0.086 92 E 0.754 0.002 0.013 0.005 0.102 0.023 0.101 93 R 0.815 0.006 0.013 0.008 0.030 0.021 0.107 94 L 0.702 0.018 0.007 0.007 0.117 0.026 0.123 95 N 0.312 0.008 0.002 0.001 0.123 0.014 0.539 96 P 0.022 0.001 0.023 0.001 0.213 0.685 0.056 97 N 0.079 0.001 0.015 0.001 0.284 0.562 0.058 98 S 0.699 0.003 0.006 0.001 0.114 0.031 0.147 99 F 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 100 Q 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 101 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 102 H 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 103 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 104 E 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 105 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 106 R 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 107 C 0.794 0.003 0.002 0.001 0.011 0.047 0.143 108 E 0.019 0.001 0.002 0.001 0.131 0.836 0.012 109 E 0.064 0.001 0.001 0.001 0.142 0.785 0.008 110 Q 0.928 0.005 0.001 0.001 0.009 0.003 0.055 111 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 112 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 113 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 114 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 115 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 116 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 117 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 118 R 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 119 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 120 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 121 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 122 I 0.961 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 123 N 0.560 0.009 0.001 0.001 0.023 0.006 0.401 124 A 0.033 0.001 0.102 0.027 0.102 0.681 0.053 125 Q 0.008 0.002 0.143 0.009 0.060 0.748 0.030 126 T 0.016 0.009 0.207 0.009 0.150 0.515 0.094 127 R 0.044 0.016 0.040 0.007 0.287 0.311 0.295 128 H 0.150 0.046 0.009 0.004 0.169 0.034 0.588 129 R 0.249 0.101 0.008 0.003 0.059 0.027 0.552 130 C 0.266 0.040 0.003 0.002 0.179 0.020 0.491 131 A 0.170 0.050 0.002 0.001 0.066 0.023 0.687 132 L 0.038 0.025 0.002 0.002 0.080 0.006 0.847 133 P 0.007 0.008 0.005 0.009 0.020 0.006 0.945 134 E 0.001 0.001 0.147 0.519 0.038 0.271 0.024 135 G 0.001 0.001 0.119 0.642 0.015 0.200 0.021 136 I 0.003 0.002 0.038 0.882 0.008 0.018 0.049 137 D 0.002 0.001 0.008 0.954 0.002 0.011 0.023 138 R 0.002 0.001 0.006 0.967 0.003 0.013 0.007 139 W 0.002 0.001 0.016 0.953 0.003 0.016 0.010 140 L 0.003 0.002 0.016 0.949 0.004 0.017 0.009 141 E 0.003 0.001 0.013 0.935 0.005 0.035 0.009 142 A 0.001 0.001 0.011 0.888 0.006 0.082 0.011 143 S 0.001 0.001 0.008 0.705 0.013 0.243 0.029 144 G 0.003 0.004 0.016 0.346 0.073 0.377 0.180 145 V 0.010 0.008 0.056 0.167 0.121 0.225 0.413 146 G 0.017 0.006 0.106 0.104 0.166 0.195 0.406 147 K 0.018 0.011 0.085 0.102 0.169 0.132 0.483 148 I 0.020 0.022 0.089 0.094 0.164 0.130 0.481 149 G 0.017 0.013 0.045 0.054 0.186 0.180 0.504 150 S 0.015 0.009 0.019 0.020 0.055 0.107 0.775 151 I 0.006 0.002 0.003 0.003 0.012 0.003 0.971