# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.311 0.418 0.049 0.068 0.052 0.013 0.003 0.029 0.003 0.001 2 N 0.013 0.153 0.613 0.004 0.019 0.052 0.008 0.001 0.134 0.003 0.001 3 P 0.674 0.006 0.246 0.030 0.002 0.011 0.002 0.002 0.001 0.004 0.023 4 E 0.599 0.019 0.090 0.239 0.009 0.007 0.015 0.016 0.003 0.004 0.001 5 N 0.083 0.097 0.209 0.302 0.053 0.060 0.129 0.015 0.050 0.002 0.001 6 W 0.182 0.368 0.287 0.075 0.040 0.021 0.010 0.003 0.011 0.001 0.001 7 L 0.048 0.600 0.198 0.044 0.054 0.032 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 8 L 0.021 0.745 0.156 0.014 0.032 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 L 0.011 0.681 0.184 0.006 0.064 0.023 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 10 R 0.028 0.374 0.511 0.012 0.017 0.038 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 11 R 0.005 0.676 0.171 0.006 0.089 0.017 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 12 V 0.008 0.429 0.482 0.003 0.007 0.049 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 13 V 0.009 0.621 0.280 0.007 0.023 0.035 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 14 R 0.008 0.355 0.509 0.004 0.022 0.065 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 15 F 0.343 0.155 0.257 0.098 0.060 0.033 0.017 0.009 0.021 0.006 0.002 16 G 0.337 0.042 0.067 0.055 0.142 0.005 0.026 0.120 0.006 0.200 0.001 17 D 0.252 0.075 0.159 0.309 0.045 0.083 0.021 0.004 0.041 0.003 0.008 18 T 0.224 0.206 0.228 0.203 0.040 0.060 0.012 0.004 0.018 0.003 0.001 19 D 0.108 0.141 0.338 0.051 0.060 0.141 0.042 0.003 0.108 0.007 0.001 20 A 0.822 0.015 0.031 0.101 0.003 0.013 0.005 0.004 0.003 0.001 0.002 21 A 0.492 0.018 0.055 0.319 0.011 0.004 0.084 0.010 0.004 0.003 0.001 22 G 0.165 0.005 0.017 0.050 0.050 0.002 0.112 0.552 0.001 0.045 0.001 23 V 0.375 0.370 0.112 0.087 0.025 0.017 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 24 M 0.179 0.401 0.219 0.072 0.021 0.058 0.011 0.001 0.036 0.002 0.001 25 H 0.175 0.239 0.317 0.047 0.077 0.078 0.014 0.002 0.043 0.008 0.001 26 F 0.904 0.004 0.008 0.045 0.003 0.011 0.013 0.004 0.006 0.001 0.001 27 H 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 C 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 W 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.113 0.001 0.001 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.006 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.576 0.382 0.001 0.023 0.001 46 L 0.022 0.252 0.580 0.048 0.040 0.050 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 47 N 0.002 0.076 0.655 0.002 0.038 0.158 0.003 0.001 0.063 0.002 0.001 48 P 0.925 0.003 0.020 0.043 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.912 0.005 0.012 0.063 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 50 D 0.464 0.009 0.038 0.460 0.005 0.008 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 51 I 0.479 0.048 0.181 0.236 0.007 0.022 0.014 0.002 0.009 0.001 0.001 52 F 0.119 0.240 0.398 0.012 0.041 0.020 0.014 0.001 0.147 0.007 0.001 53 P 0.246 0.004 0.641 0.029 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 54 G 0.162 0.033 0.144 0.090 0.071 0.008 0.057 0.386 0.007 0.042 0.001 55 S 0.261 0.191 0.359 0.091 0.033 0.028 0.009 0.003 0.019 0.004 0.001 56 R 0.156 0.156 0.338 0.169 0.035 0.069 0.033 0.006 0.032 0.006 0.001 57 K 0.258 0.133 0.214 0.184 0.052 0.038 0.068 0.019 0.026 0.007 0.001 58 S 0.226 0.184 0.280 0.132 0.093 0.020 0.017 0.011 0.025 0.010 0.001 59 E 0.304 0.140 0.383 0.076 0.041 0.030 0.006 0.006 0.008 0.003 0.003 60 V 0.161 0.321 0.323 0.113 0.026 0.035 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 61 T 0.038 0.229 0.333 0.003 0.050 0.013 0.012 0.001 0.312 0.010 0.001 62 P 0.369 0.002 0.412 0.024 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.178 63 E 0.137 0.087 0.079 0.338 0.058 0.032 0.127 0.105 0.032 0.004 0.001 64 V 0.035 0.469 0.332 0.071 0.048 0.024 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 65 A 0.028 0.534 0.266 0.021 0.083 0.023 0.016 0.003 0.023 0.004 0.001 66 L 0.005 0.663 0.249 0.002 0.028 0.013 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 67 P 0.008 0.120 0.820 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 68 I 0.018 0.716 0.175 0.003 0.014 0.044 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 69 I 0.034 0.764 0.091 0.014 0.060 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 70 H 0.019 0.596 0.152 0.011 0.163 0.029 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 71 C 0.028 0.635 0.097 0.028 0.168 0.020 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 72 Q 0.032 0.619 0.126 0.028 0.080 0.043 0.015 0.001 0.053 0.001 0.001 73 A 0.019 0.664 0.138 0.012 0.130 0.014 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 74 D 0.050 0.446 0.267 0.036 0.032 0.099 0.012 0.001 0.055 0.001 0.001 75 F 0.048 0.562 0.157 0.039 0.130 0.031 0.011 0.003 0.015 0.003 0.001 76 R 0.107 0.438 0.242 0.092 0.023 0.045 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 77 R 0.006 0.433 0.275 0.001 0.081 0.011 0.016 0.001 0.175 0.001 0.001 78 P 0.036 0.011 0.838 0.002 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 79 I 0.074 0.385 0.393 0.032 0.040 0.052 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 80 H 0.034 0.406 0.406 0.020 0.052 0.035 0.008 0.001 0.034 0.004 0.001 81 T 0.112 0.085 0.712 0.056 0.007 0.012 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 82 G 0.019 0.001 0.011 0.017 0.012 0.001 0.037 0.803 0.001 0.099 0.001 83 D 0.010 0.132 0.701 0.026 0.017 0.069 0.013 0.001 0.029 0.001 0.001 84 A 0.006 0.502 0.447 0.005 0.022 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 85 L 0.001 0.867 0.085 0.002 0.029 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 86 A 0.001 0.817 0.142 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 87 M 0.001 0.908 0.036 0.001 0.041 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 88 E 0.001 0.867 0.071 0.001 0.023 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 L 0.003 0.720 0.176 0.002 0.077 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 90 R 0.001 0.626 0.138 0.001 0.011 0.027 0.003 0.001 0.194 0.001 0.001 91 P 0.022 0.010 0.914 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 92 E 0.461 0.187 0.074 0.188 0.040 0.027 0.005 0.003 0.013 0.001 0.001 93 R 0.046 0.454 0.161 0.043 0.201 0.022 0.041 0.003 0.025 0.003 0.001 94 L 0.047 0.474 0.258 0.131 0.043 0.026 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 95 N 0.003 0.183 0.368 0.002 0.180 0.076 0.007 0.001 0.172 0.007 0.001 96 P 0.865 0.003 0.029 0.087 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 97 N 0.359 0.027 0.021 0.560 0.014 0.003 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 98 S 0.075 0.388 0.112 0.211 0.183 0.006 0.008 0.003 0.011 0.002 0.001 99 F 0.004 0.652 0.176 0.013 0.127 0.010 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.840 0.099 0.001 0.045 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 101 V 0.001 0.900 0.046 0.001 0.044 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 102 H 0.001 0.881 0.049 0.002 0.048 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 103 F 0.001 0.802 0.053 0.001 0.132 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 104 E 0.002 0.877 0.071 0.001 0.023 0.011 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 105 F 0.005 0.831 0.112 0.002 0.025 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 106 R 0.031 0.729 0.144 0.028 0.025 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 107 C 0.055 0.466 0.204 0.038 0.094 0.035 0.016 0.003 0.080 0.010 0.001 108 E 0.262 0.052 0.127 0.154 0.057 0.011 0.176 0.022 0.006 0.131 0.001 109 E 0.077 0.055 0.043 0.218 0.064 0.015 0.414 0.098 0.010 0.005 0.002 110 Q 0.016 0.673 0.249 0.006 0.016 0.016 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 111 I 0.021 0.341 0.545 0.002 0.002 0.073 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 112 A 0.052 0.773 0.056 0.022 0.074 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 113 A 0.013 0.612 0.091 0.006 0.260 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 114 H 0.007 0.862 0.034 0.006 0.072 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 115 A 0.004 0.658 0.043 0.003 0.280 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 116 L 0.004 0.810 0.103 0.004 0.062 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 117 I 0.002 0.788 0.115 0.001 0.079 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 118 R 0.142 0.678 0.049 0.070 0.032 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 119 H 0.002 0.865 0.044 0.001 0.076 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 120 L 0.011 0.910 0.035 0.002 0.010 0.007 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 121 A 0.011 0.642 0.253 0.003 0.033 0.034 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 122 I 0.026 0.749 0.115 0.024 0.040 0.025 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 123 N 0.007 0.084 0.468 0.004 0.053 0.275 0.002 0.001 0.102 0.003 0.001 124 A 0.943 0.001 0.003 0.046 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Q 0.880 0.004 0.007 0.103 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 T 0.311 0.011 0.018 0.643 0.003 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 127 R 0.047 0.005 0.027 0.072 0.007 0.008 0.718 0.103 0.006 0.007 0.001 128 H 0.071 0.291 0.523 0.038 0.025 0.020 0.007 0.001 0.022 0.002 0.001 129 R 0.090 0.062 0.765 0.026 0.001 0.045 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 130 C 0.047 0.548 0.262 0.016 0.057 0.023 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 131 A 0.035 0.081 0.806 0.008 0.003 0.053 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 132 L 0.016 0.278 0.600 0.003 0.017 0.022 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 133 P 0.043 0.007 0.926 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 E 0.930 0.002 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 135 G 0.904 0.001 0.010 0.019 0.004 0.001 0.002 0.035 0.001 0.023 0.001 136 I 0.969 0.001 0.005 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.989 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.977 0.002 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.974 0.006 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.965 0.003 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.373 0.005 0.012 0.606 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 G 0.112 0.006 0.051 0.039 0.021 0.010 0.386 0.315 0.011 0.050 0.001 145 V 0.242 0.161 0.301 0.247 0.018 0.016 0.004 0.001 0.007 0.003 0.001 146 G 0.126 0.038 0.221 0.055 0.176 0.010 0.045 0.121 0.007 0.200 0.001 147 K 0.237 0.167 0.343 0.128 0.040 0.049 0.009 0.002 0.022 0.002 0.004 148 I 0.165 0.210 0.316 0.196 0.027 0.039 0.013 0.003 0.029 0.001 0.001 149 G 0.092 0.126 0.288 0.035 0.213 0.009 0.014 0.069 0.009 0.143 0.001 150 S 0.138 0.249 0.414 0.086 0.034 0.037 0.008 0.004 0.024 0.003 0.003 151 I 0.141 0.245 0.324 0.075 0.078 0.036 0.035 0.019 0.027 0.020 0.001