# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.747 0.177 0.053 0.019 0.004 0.001 0.001 2 N 0.832 0.125 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 3 P 0.869 0.107 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 4 E 0.807 0.150 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 5 N 0.391 0.290 0.196 0.097 0.023 0.003 0.001 6 W 0.114 0.255 0.307 0.225 0.084 0.015 0.001 7 L 0.070 0.086 0.138 0.267 0.299 0.127 0.012 8 L 0.066 0.205 0.261 0.239 0.156 0.064 0.010 9 L 0.034 0.064 0.124 0.241 0.290 0.204 0.043 10 R 0.049 0.146 0.200 0.266 0.206 0.109 0.024 11 R 0.014 0.059 0.120 0.214 0.274 0.258 0.061 12 V 0.007 0.044 0.118 0.241 0.280 0.234 0.076 13 V 0.002 0.005 0.012 0.045 0.165 0.487 0.283 14 R 0.009 0.042 0.096 0.189 0.237 0.271 0.156 15 F 0.011 0.025 0.047 0.098 0.188 0.371 0.260 16 G 0.038 0.093 0.119 0.158 0.176 0.219 0.197 17 D 0.044 0.078 0.118 0.176 0.214 0.230 0.138 18 T 0.041 0.049 0.054 0.096 0.173 0.297 0.291 19 D 0.052 0.060 0.083 0.160 0.223 0.258 0.163 20 A 0.046 0.066 0.082 0.106 0.147 0.275 0.279 21 A 0.048 0.063 0.077 0.122 0.168 0.256 0.266 22 G 0.027 0.042 0.075 0.126 0.177 0.255 0.297 23 V 0.042 0.041 0.049 0.086 0.157 0.301 0.324 24 M 0.047 0.049 0.057 0.082 0.147 0.296 0.322 25 H 0.021 0.030 0.051 0.114 0.198 0.315 0.271 26 F 0.007 0.013 0.019 0.040 0.097 0.308 0.515 27 H 0.004 0.019 0.049 0.139 0.274 0.335 0.179 28 Q 0.004 0.024 0.080 0.200 0.292 0.266 0.134 29 L 0.001 0.002 0.006 0.016 0.067 0.372 0.536 30 F 0.001 0.002 0.005 0.024 0.111 0.510 0.348 31 R 0.001 0.010 0.078 0.262 0.351 0.239 0.059 32 W 0.001 0.001 0.005 0.039 0.211 0.558 0.187 33 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.338 0.647 34 H 0.001 0.008 0.050 0.258 0.391 0.267 0.027 35 E 0.001 0.026 0.226 0.431 0.262 0.049 0.006 36 S 0.001 0.001 0.006 0.033 0.173 0.586 0.201 37 W 0.001 0.001 0.005 0.039 0.229 0.527 0.199 38 E 0.003 0.065 0.203 0.317 0.258 0.129 0.026 39 E 0.005 0.067 0.234 0.387 0.235 0.062 0.010 40 S 0.003 0.012 0.030 0.109 0.248 0.469 0.129 41 L 0.006 0.021 0.057 0.184 0.360 0.291 0.079 42 E 0.057 0.220 0.270 0.240 0.135 0.066 0.013 43 S 0.083 0.163 0.202 0.242 0.183 0.100 0.026 44 Y 0.040 0.078 0.154 0.245 0.246 0.178 0.060 45 G 0.153 0.191 0.157 0.149 0.143 0.149 0.059 46 L 0.094 0.100 0.117 0.189 0.239 0.195 0.067 47 N 0.102 0.207 0.227 0.207 0.149 0.084 0.023 48 P 0.085 0.118 0.161 0.210 0.204 0.176 0.046 49 A 0.164 0.209 0.210 0.194 0.140 0.069 0.013 50 D 0.136 0.216 0.252 0.208 0.129 0.050 0.009 51 I 0.057 0.072 0.124 0.233 0.284 0.200 0.031 52 F 0.100 0.114 0.171 0.243 0.227 0.130 0.014 53 P 0.347 0.307 0.185 0.104 0.041 0.013 0.002 54 G 0.419 0.224 0.144 0.120 0.066 0.025 0.003 55 S 0.353 0.201 0.152 0.139 0.098 0.052 0.005 56 R 0.433 0.266 0.161 0.096 0.035 0.009 0.001 57 K 0.613 0.246 0.087 0.039 0.012 0.003 0.001 58 S 0.472 0.295 0.146 0.063 0.020 0.004 0.001 59 E 0.274 0.300 0.215 0.147 0.052 0.012 0.001 60 V 0.397 0.302 0.165 0.096 0.033 0.007 0.001 61 T 0.201 0.282 0.273 0.174 0.061 0.009 0.001 62 P 0.297 0.307 0.204 0.134 0.047 0.010 0.001 63 E 0.217 0.394 0.227 0.111 0.037 0.012 0.002 64 V 0.007 0.032 0.113 0.285 0.358 0.187 0.018 65 A 0.004 0.017 0.062 0.192 0.343 0.328 0.053 66 L 0.003 0.006 0.013 0.032 0.121 0.484 0.342 67 P 0.004 0.008 0.015 0.046 0.136 0.381 0.410 68 I 0.003 0.008 0.018 0.043 0.109 0.308 0.511 69 I 0.001 0.005 0.013 0.041 0.114 0.335 0.490 70 H 0.004 0.030 0.081 0.174 0.243 0.291 0.176 71 C 0.002 0.012 0.028 0.084 0.209 0.451 0.214 72 Q 0.009 0.054 0.114 0.229 0.274 0.228 0.091 73 A 0.008 0.025 0.057 0.131 0.248 0.396 0.135 74 D 0.019 0.109 0.243 0.328 0.194 0.087 0.021 75 F 0.010 0.021 0.050 0.153 0.348 0.364 0.054 76 R 0.067 0.225 0.302 0.255 0.117 0.030 0.003 77 R 0.142 0.264 0.261 0.199 0.101 0.032 0.003 78 P 0.201 0.330 0.251 0.139 0.057 0.020 0.003 79 I 0.055 0.082 0.153 0.283 0.290 0.125 0.012 80 H 0.172 0.279 0.244 0.165 0.091 0.041 0.008 81 T 0.168 0.229 0.209 0.206 0.128 0.051 0.008 82 G 0.221 0.322 0.229 0.141 0.065 0.019 0.004 83 D 0.081 0.211 0.256 0.249 0.143 0.052 0.008 84 A 0.051 0.230 0.313 0.240 0.121 0.039 0.008 85 L 0.006 0.018 0.047 0.144 0.323 0.395 0.068 86 A 0.007 0.080 0.250 0.359 0.216 0.075 0.014 87 M 0.002 0.008 0.019 0.080 0.242 0.531 0.118 88 E 0.004 0.049 0.179 0.345 0.281 0.123 0.020 89 L 0.006 0.022 0.051 0.149 0.313 0.395 0.066 90 R 0.023 0.150 0.290 0.316 0.159 0.056 0.006 91 P 0.032 0.080 0.160 0.289 0.303 0.127 0.009 92 E 0.211 0.393 0.260 0.104 0.026 0.005 0.001 93 R 0.315 0.365 0.198 0.090 0.027 0.005 0.001 94 L 0.249 0.217 0.228 0.195 0.091 0.020 0.001 95 N 0.628 0.252 0.082 0.030 0.007 0.001 0.001 96 P 0.529 0.293 0.120 0.045 0.012 0.002 0.001 97 N 0.278 0.334 0.221 0.118 0.039 0.010 0.001 98 S 0.083 0.279 0.286 0.207 0.107 0.034 0.004 99 F 0.018 0.043 0.105 0.248 0.334 0.219 0.033 100 Q 0.017 0.147 0.294 0.301 0.167 0.062 0.011 101 V 0.004 0.014 0.035 0.123 0.294 0.432 0.099 102 H 0.007 0.084 0.229 0.345 0.223 0.096 0.016 103 F 0.010 0.030 0.063 0.151 0.297 0.382 0.067 104 E 0.008 0.102 0.294 0.347 0.178 0.063 0.007 105 F 0.007 0.017 0.047 0.174 0.411 0.321 0.023 106 R 0.040 0.255 0.375 0.246 0.072 0.011 0.001 107 C 0.201 0.351 0.262 0.144 0.038 0.004 0.001 108 E 0.689 0.234 0.063 0.013 0.002 0.001 0.001 109 E 0.744 0.195 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001 110 Q 0.351 0.395 0.190 0.053 0.010 0.001 0.001 111 I 0.047 0.125 0.221 0.304 0.239 0.062 0.003 112 A 0.021 0.091 0.183 0.251 0.270 0.160 0.025 113 A 0.008 0.023 0.039 0.117 0.285 0.420 0.108 114 H 0.005 0.055 0.168 0.328 0.272 0.135 0.036 115 A 0.004 0.014 0.032 0.105 0.247 0.418 0.180 116 L 0.003 0.033 0.125 0.266 0.266 0.217 0.091 117 I 0.003 0.005 0.017 0.068 0.212 0.483 0.212 118 R 0.005 0.026 0.123 0.307 0.296 0.182 0.062 119 H 0.016 0.030 0.047 0.074 0.168 0.455 0.209 120 L 0.008 0.015 0.022 0.064 0.206 0.466 0.219 121 A 0.006 0.016 0.041 0.119 0.274 0.417 0.126 122 I 0.014 0.044 0.073 0.181 0.333 0.312 0.043 123 N 0.036 0.188 0.308 0.303 0.133 0.030 0.002 124 A 0.098 0.314 0.321 0.191 0.064 0.011 0.001 125 Q 0.655 0.242 0.068 0.026 0.008 0.002 0.001 126 T 0.608 0.231 0.100 0.043 0.015 0.003 0.001 127 R 0.306 0.277 0.237 0.130 0.042 0.007 0.001 128 H 0.229 0.321 0.241 0.144 0.052 0.012 0.001 129 R 0.174 0.274 0.256 0.192 0.082 0.020 0.002 130 C 0.129 0.190 0.237 0.250 0.152 0.040 0.002 131 A 0.240 0.362 0.234 0.114 0.038 0.010 0.001 132 L 0.070 0.122 0.194 0.313 0.224 0.072 0.004 133 P 0.190 0.355 0.270 0.131 0.043 0.010 0.001 134 E 0.665 0.247 0.061 0.020 0.006 0.001 0.001 135 G 0.238 0.315 0.249 0.142 0.044 0.011 0.001 136 I 0.035 0.065 0.154 0.325 0.321 0.097 0.003 137 D 0.130 0.326 0.338 0.161 0.039 0.006 0.001 138 R 0.484 0.393 0.097 0.021 0.004 0.001 0.001 139 W 0.057 0.142 0.274 0.331 0.162 0.033 0.001 140 L 0.036 0.047 0.116 0.322 0.363 0.112 0.003 141 E 0.271 0.391 0.244 0.079 0.013 0.001 0.001 142 A 0.568 0.303 0.092 0.030 0.006 0.001 0.001 143 S 0.172 0.221 0.246 0.228 0.108 0.024 0.001 144 G 0.340 0.235 0.193 0.152 0.066 0.013 0.001 145 V 0.489 0.259 0.146 0.078 0.024 0.004 0.001 146 G 0.586 0.259 0.097 0.043 0.013 0.002 0.001 147 K 0.596 0.252 0.096 0.041 0.013 0.002 0.001 148 I 0.487 0.235 0.149 0.091 0.033 0.005 0.001 149 G 0.667 0.222 0.077 0.026 0.007 0.001 0.001 150 S 0.833 0.120 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 151 I 0.641 0.182 0.099 0.055 0.019 0.003 0.001