# TARGET T0361 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.007 0.013 0.086 0.137 0.736 2 A 0.041 0.010 0.025 0.151 0.156 0.617 3 T 0.071 0.019 0.038 0.151 0.200 0.521 4 L 0.056 0.023 0.050 0.180 0.214 0.477 5 T 0.083 0.045 0.023 0.134 0.275 0.439 6 E 0.052 0.006 0.043 0.452 0.285 0.162 7 D 0.014 0.004 0.043 0.633 0.197 0.108 8 D 0.009 0.003 0.055 0.814 0.088 0.030 9 V 0.004 0.002 0.027 0.931 0.021 0.015 10 L 0.003 0.002 0.040 0.927 0.018 0.011 11 E 0.002 0.001 0.044 0.917 0.025 0.011 12 Q 0.001 0.001 0.030 0.932 0.019 0.017 13 L 0.001 0.001 0.042 0.918 0.027 0.012 14 D 0.001 0.001 0.074 0.844 0.055 0.025 15 A 0.001 0.001 0.084 0.672 0.146 0.097 16 Q 0.005 0.002 0.039 0.373 0.264 0.318 17 D 0.005 0.006 0.022 0.246 0.250 0.471 18 N 0.008 0.012 0.005 0.094 0.092 0.790 19 L 0.002 0.001 0.008 0.952 0.013 0.025 20 F 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.004 21 S 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 22 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 31 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 33 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 34 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 35 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 36 Q 0.001 0.001 0.008 0.978 0.008 0.006 37 F 0.001 0.001 0.010 0.968 0.014 0.008 38 L 0.001 0.001 0.020 0.942 0.026 0.011 39 P 0.002 0.001 0.024 0.898 0.052 0.024 40 S 0.003 0.001 0.040 0.771 0.114 0.071 41 L 0.013 0.005 0.057 0.627 0.170 0.128 42 F 0.059 0.028 0.053 0.247 0.290 0.323 43 V 0.114 0.025 0.069 0.203 0.306 0.282 44 D 0.046 0.008 0.019 0.054 0.256 0.617 45 N 0.006 0.006 0.007 0.021 0.220 0.740 46 D 0.001 0.001 0.025 0.314 0.157 0.502 47 E 0.001 0.001 0.008 0.980 0.009 0.003 48 E 0.001 0.001 0.007 0.982 0.010 0.001 49 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 54 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 55 K 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 56 P 0.001 0.001 0.011 0.970 0.011 0.007 57 L 0.003 0.003 0.020 0.916 0.037 0.021 58 L 0.006 0.004 0.033 0.792 0.120 0.045 59 A 0.006 0.005 0.050 0.607 0.232 0.100 60 Q 0.007 0.005 0.038 0.292 0.442 0.217 61 S 0.006 0.008 0.016 0.053 0.456 0.462 62 G 0.010 0.019 0.011 0.017 0.404 0.538 63 P 0.018 0.015 0.038 0.048 0.436 0.445 64 L 0.017 0.004 0.383 0.181 0.337 0.079 65 D 0.015 0.003 0.345 0.342 0.225 0.070 66 D 0.078 0.007 0.329 0.359 0.164 0.064 67 I 0.207 0.010 0.091 0.318 0.188 0.185 68 D 0.187 0.016 0.059 0.439 0.087 0.211 69 V 0.399 0.006 0.030 0.404 0.048 0.113 70 A 0.094 0.001 0.011 0.863 0.009 0.022 71 L 0.113 0.002 0.012 0.829 0.011 0.034 72 R 0.034 0.001 0.006 0.942 0.007 0.009 73 L 0.033 0.001 0.011 0.907 0.024 0.024 74 I 0.005 0.001 0.005 0.964 0.017 0.008 75 Y 0.002 0.001 0.008 0.958 0.023 0.008 76 A 0.002 0.001 0.012 0.915 0.055 0.016 77 L 0.002 0.005 0.016 0.888 0.072 0.016 78 G 0.009 0.004 0.026 0.671 0.185 0.106 79 K 0.013 0.016 0.022 0.531 0.237 0.183 80 M 0.023 0.013 0.033 0.383 0.205 0.344 81 D 0.028 0.016 0.022 0.360 0.210 0.364 82 K 0.012 0.004 0.100 0.537 0.232 0.115 83 W 0.011 0.004 0.113 0.596 0.183 0.093 84 L 0.011 0.003 0.066 0.747 0.106 0.066 85 Y 0.004 0.001 0.021 0.925 0.030 0.020 86 A 0.004 0.002 0.013 0.905 0.032 0.044 87 D 0.004 0.001 0.006 0.961 0.009 0.018 88 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 92 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 95 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 96 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 97 Y 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 98 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.004 99 N 0.001 0.001 0.009 0.960 0.018 0.011 100 E 0.002 0.001 0.010 0.735 0.111 0.141 101 Q 0.006 0.002 0.014 0.125 0.390 0.463 102 D 0.020 0.011 0.049 0.055 0.515 0.349 103 E 0.039 0.025 0.070 0.031 0.532 0.304 104 T 0.070 0.011 0.078 0.026 0.408 0.408 105 P 0.201 0.040 0.055 0.025 0.258 0.421 106 G 0.218 0.020 0.023 0.012 0.202 0.525 107 F 0.157 0.038 0.018 0.018 0.228 0.542 108 A 0.108 0.020 0.006 0.016 0.153 0.697 109 D 0.104 0.009 0.013 0.056 0.316 0.502 110 D 0.020 0.001 0.122 0.542 0.214 0.101 111 I 0.063 0.010 0.169 0.523 0.188 0.048 112 T 0.058 0.007 0.114 0.685 0.106 0.030 113 W 0.057 0.004 0.079 0.733 0.072 0.055 114 D 0.067 0.010 0.064 0.726 0.080 0.053 115 F 0.022 0.002 0.043 0.862 0.043 0.028 116 I 0.009 0.001 0.100 0.813 0.054 0.023 117 S 0.007 0.002 0.117 0.770 0.065 0.038 118 N 0.009 0.002 0.125 0.784 0.046 0.034 119 V 0.035 0.002 0.028 0.810 0.065 0.061 120 N 0.102 0.003 0.034 0.702 0.088 0.070 121 S 0.166 0.006 0.029 0.674 0.066 0.059 122 I 0.107 0.002 0.045 0.728 0.071 0.046 123 T 0.081 0.003 0.057 0.735 0.071 0.053 124 R 0.063 0.004 0.050 0.639 0.109 0.135 125 N 0.018 0.004 0.020 0.386 0.129 0.442 126 A 0.005 0.003 0.021 0.166 0.145 0.660 127 T 0.006 0.006 0.081 0.345 0.238 0.324 128 L 0.008 0.006 0.109 0.376 0.272 0.229 129 Y 0.012 0.005 0.144 0.400 0.272 0.168 130 D 0.017 0.003 0.139 0.343 0.289 0.209 131 A 0.016 0.007 0.186 0.418 0.222 0.150 132 L 0.014 0.020 0.204 0.437 0.217 0.108 133 K 0.018 0.013 0.166 0.403 0.248 0.152 134 A 0.014 0.006 0.126 0.410 0.289 0.154 135 M 0.005 0.004 0.068 0.288 0.434 0.201 136 K 0.002 0.004 0.028 0.337 0.395 0.234 137 F 0.002 0.004 0.015 0.474 0.263 0.243 138 A 0.001 0.002 0.006 0.778 0.124 0.090 139 D 0.001 0.002 0.004 0.887 0.036 0.070 140 F 0.001 0.001 0.002 0.978 0.008 0.011 141 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 142 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 143 W 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 144 S 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.003 145 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.005 146 A 0.001 0.001 0.002 0.966 0.015 0.015 147 R 0.002 0.001 0.006 0.916 0.030 0.046 148 F 0.005 0.004 0.009 0.877 0.040 0.065 149 S 0.003 0.001 0.008 0.895 0.035 0.057 150 G 0.008 0.002 0.010 0.816 0.052 0.113 151 M 0.019 0.007 0.011 0.850 0.033 0.082 152 V 0.011 0.003 0.004 0.935 0.012 0.036 153 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 154 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 155 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 156 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 157 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 160 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 163 T 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 164 L 0.001 0.001 0.008 0.961 0.021 0.010 165 K 0.001 0.001 0.017 0.898 0.053 0.030 166 E 0.003 0.002 0.041 0.734 0.140 0.081 167 L 0.004 0.008 0.022 0.382 0.191 0.392 168 T 0.001 0.002 0.012 0.042 0.140 0.802 169 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.038 0.956