# TARGET T0361 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.766 0.002 0.014 0.119 0.001 0.001 0.003 0.036 0.015 0.007 0.029 2 A 0.002 0.031 0.603 0.004 0.031 0.218 0.001 0.001 0.008 0.035 0.034 0.011 0.022 3 T 0.004 0.015 0.319 0.002 0.048 0.418 0.001 0.001 0.013 0.086 0.052 0.019 0.023 4 L 0.005 0.004 0.193 0.001 0.046 0.446 0.001 0.001 0.007 0.103 0.170 0.010 0.012 5 T 0.005 0.013 0.228 0.001 0.027 0.360 0.002 0.001 0.008 0.072 0.240 0.013 0.031 6 E 0.003 0.007 0.300 0.001 0.025 0.534 0.001 0.001 0.003 0.042 0.067 0.005 0.012 7 D 0.002 0.003 0.104 0.002 0.013 0.738 0.001 0.001 0.002 0.082 0.037 0.009 0.006 8 D 0.002 0.005 0.050 0.001 0.014 0.864 0.001 0.001 0.002 0.016 0.037 0.001 0.007 9 V 0.003 0.003 0.016 0.001 0.008 0.935 0.001 0.001 0.002 0.012 0.015 0.002 0.003 10 L 0.002 0.001 0.013 0.001 0.012 0.937 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.001 0.003 11 E 0.002 0.001 0.021 0.001 0.019 0.905 0.001 0.001 0.004 0.009 0.027 0.003 0.005 12 Q 0.001 0.002 0.014 0.001 0.018 0.906 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.001 0.005 13 L 0.001 0.007 0.024 0.002 0.036 0.823 0.001 0.001 0.003 0.024 0.071 0.002 0.006 14 D 0.001 0.006 0.071 0.004 0.069 0.521 0.001 0.001 0.002 0.062 0.249 0.008 0.006 15 A 0.001 0.004 0.077 0.002 0.055 0.243 0.001 0.001 0.001 0.075 0.534 0.001 0.007 16 Q 0.001 0.006 0.425 0.001 0.028 0.067 0.001 0.001 0.001 0.253 0.209 0.006 0.003 17 D 0.001 0.015 0.353 0.001 0.009 0.040 0.001 0.001 0.001 0.507 0.067 0.003 0.005 18 N 0.001 0.022 0.626 0.001 0.004 0.115 0.001 0.001 0.001 0.203 0.020 0.001 0.009 19 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 39 P 0.001 0.001 0.024 0.001 0.045 0.832 0.001 0.001 0.002 0.015 0.079 0.001 0.001 40 S 0.001 0.002 0.019 0.001 0.090 0.750 0.001 0.001 0.002 0.025 0.108 0.001 0.002 41 L 0.001 0.022 0.060 0.001 0.072 0.550 0.001 0.001 0.009 0.065 0.204 0.005 0.009 42 F 0.004 0.036 0.347 0.006 0.025 0.151 0.003 0.001 0.014 0.135 0.193 0.029 0.057 43 V 0.001 0.009 0.555 0.002 0.011 0.082 0.001 0.001 0.007 0.156 0.147 0.007 0.024 44 D 0.001 0.003 0.104 0.002 0.011 0.196 0.001 0.001 0.001 0.262 0.409 0.006 0.006 45 N 0.001 0.006 0.196 0.001 0.016 0.209 0.001 0.001 0.001 0.178 0.381 0.004 0.007 46 D 0.001 0.008 0.304 0.002 0.012 0.392 0.001 0.001 0.003 0.199 0.057 0.004 0.017 47 E 0.003 0.006 0.088 0.001 0.017 0.817 0.001 0.001 0.005 0.025 0.014 0.006 0.017 48 E 0.014 0.009 0.045 0.003 0.026 0.809 0.003 0.002 0.014 0.024 0.014 0.017 0.023 49 I 0.014 0.004 0.026 0.002 0.030 0.852 0.004 0.003 0.006 0.006 0.022 0.009 0.023 50 V 0.012 0.002 0.017 0.004 0.048 0.859 0.008 0.002 0.004 0.007 0.017 0.004 0.015 51 E 0.012 0.001 0.025 0.015 0.036 0.845 0.004 0.001 0.003 0.016 0.025 0.013 0.007 52 Y 0.017 0.003 0.031 0.001 0.023 0.786 0.005 0.001 0.003 0.021 0.085 0.008 0.017 53 A 0.021 0.017 0.088 0.002 0.020 0.581 0.012 0.001 0.005 0.060 0.141 0.008 0.045 54 V 0.013 0.011 0.185 0.010 0.026 0.531 0.008 0.002 0.009 0.097 0.066 0.024 0.019 55 K 0.002 0.002 0.270 0.003 0.059 0.438 0.001 0.001 0.008 0.134 0.039 0.030 0.013 56 P 0.002 0.016 0.143 0.005 0.189 0.417 0.001 0.001 0.007 0.044 0.136 0.002 0.038 57 L 0.010 0.048 0.079 0.002 0.210 0.312 0.002 0.001 0.007 0.071 0.234 0.014 0.010 58 L 0.006 0.041 0.145 0.003 0.189 0.267 0.004 0.001 0.009 0.092 0.220 0.006 0.017 59 A 0.002 0.011 0.281 0.001 0.160 0.144 0.001 0.001 0.007 0.100 0.276 0.006 0.010 60 Q 0.001 0.002 0.065 0.001 0.083 0.058 0.001 0.001 0.001 0.193 0.595 0.001 0.002 61 S 0.001 0.005 0.136 0.002 0.051 0.026 0.001 0.001 0.001 0.338 0.440 0.001 0.002 62 G 0.001 0.009 0.360 0.001 0.030 0.027 0.001 0.001 0.001 0.493 0.065 0.009 0.004 63 P 0.001 0.022 0.522 0.002 0.064 0.084 0.001 0.001 0.002 0.108 0.175 0.002 0.019 64 L 0.003 0.021 0.245 0.004 0.163 0.156 0.001 0.001 0.002 0.120 0.257 0.008 0.021 65 D 0.007 0.010 0.142 0.005 0.138 0.343 0.001 0.001 0.003 0.160 0.165 0.015 0.012 66 D 0.006 0.007 0.101 0.003 0.067 0.601 0.001 0.001 0.006 0.095 0.092 0.004 0.019 67 I 0.011 0.005 0.086 0.002 0.016 0.799 0.001 0.001 0.011 0.033 0.016 0.008 0.011 68 D 0.039 0.007 0.068 0.003 0.012 0.761 0.006 0.002 0.022 0.025 0.013 0.018 0.025 69 V 0.029 0.003 0.013 0.002 0.014 0.862 0.007 0.007 0.022 0.005 0.005 0.004 0.026 70 A 0.045 0.001 0.005 0.012 0.012 0.888 0.007 0.008 0.007 0.002 0.002 0.005 0.006 71 L 0.064 0.001 0.002 0.004 0.026 0.865 0.009 0.004 0.006 0.001 0.004 0.005 0.010 72 R 0.027 0.001 0.002 0.009 0.022 0.909 0.005 0.003 0.004 0.002 0.009 0.002 0.006 73 L 0.028 0.001 0.005 0.005 0.010 0.892 0.011 0.007 0.009 0.004 0.013 0.004 0.012 74 I 0.012 0.001 0.005 0.001 0.008 0.932 0.005 0.005 0.003 0.003 0.017 0.003 0.005 75 Y 0.007 0.001 0.008 0.001 0.008 0.900 0.002 0.004 0.004 0.004 0.057 0.002 0.003 76 A 0.007 0.003 0.028 0.002 0.014 0.803 0.002 0.005 0.007 0.018 0.102 0.003 0.007 77 L 0.003 0.008 0.037 0.004 0.035 0.630 0.001 0.002 0.006 0.044 0.225 0.002 0.005 78 G 0.004 0.006 0.081 0.002 0.055 0.402 0.001 0.001 0.007 0.087 0.339 0.010 0.005 79 K 0.007 0.021 0.201 0.002 0.049 0.343 0.002 0.001 0.017 0.146 0.169 0.005 0.036 80 M 0.005 0.038 0.408 0.001 0.016 0.182 0.002 0.003 0.030 0.187 0.038 0.060 0.032 81 D 0.001 0.021 0.421 0.003 0.020 0.296 0.001 0.001 0.017 0.139 0.050 0.002 0.028 82 K 0.001 0.001 0.033 0.001 0.073 0.754 0.001 0.001 0.001 0.040 0.094 0.001 0.001 83 W 0.001 0.003 0.047 0.001 0.118 0.668 0.001 0.001 0.002 0.028 0.132 0.001 0.001 84 L 0.001 0.004 0.047 0.001 0.076 0.760 0.001 0.001 0.002 0.027 0.082 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.002 0.031 0.001 0.020 0.897 0.001 0.001 0.001 0.018 0.030 0.001 0.001 86 A 0.001 0.002 0.019 0.001 0.006 0.925 0.001 0.001 0.001 0.017 0.030 0.001 0.001 87 D 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 88 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 95 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 98 L 0.001 0.002 0.017 0.001 0.010 0.897 0.001 0.001 0.001 0.018 0.055 0.001 0.001 99 N 0.001 0.003 0.064 0.001 0.020 0.703 0.001 0.001 0.001 0.034 0.171 0.002 0.002 100 E 0.001 0.005 0.075 0.001 0.020 0.478 0.001 0.001 0.001 0.115 0.302 0.001 0.002 101 Q 0.001 0.011 0.420 0.001 0.027 0.102 0.001 0.001 0.001 0.221 0.213 0.002 0.003 102 D 0.001 0.004 0.165 0.001 0.100 0.029 0.001 0.001 0.001 0.202 0.497 0.001 0.003 103 E 0.001 0.003 0.105 0.002 0.105 0.032 0.001 0.001 0.001 0.261 0.484 0.006 0.002 104 T 0.001 0.035 0.332 0.003 0.130 0.045 0.001 0.001 0.009 0.224 0.165 0.005 0.049 105 P 0.006 0.058 0.494 0.003 0.039 0.042 0.004 0.001 0.025 0.135 0.060 0.088 0.045 106 G 0.006 0.040 0.427 0.014 0.047 0.066 0.003 0.002 0.019 0.134 0.148 0.020 0.074 107 F 0.004 0.059 0.414 0.006 0.067 0.044 0.003 0.001 0.012 0.160 0.151 0.023 0.057 108 A 0.002 0.031 0.473 0.004 0.032 0.061 0.001 0.001 0.004 0.237 0.118 0.017 0.019 109 D 0.001 0.014 0.512 0.006 0.036 0.077 0.001 0.001 0.005 0.266 0.055 0.009 0.019 110 D 0.002 0.004 0.139 0.003 0.224 0.406 0.002 0.001 0.004 0.047 0.140 0.004 0.026 111 I 0.025 0.011 0.086 0.014 0.195 0.440 0.007 0.003 0.013 0.044 0.138 0.015 0.011 112 T 0.034 0.018 0.090 0.001 0.131 0.477 0.012 0.004 0.022 0.044 0.099 0.017 0.052 113 W 0.027 0.010 0.073 0.007 0.039 0.701 0.010 0.003 0.015 0.037 0.045 0.005 0.028 114 D 0.008 0.003 0.189 0.002 0.033 0.556 0.001 0.002 0.011 0.070 0.026 0.093 0.006 115 F 0.001 0.005 0.065 0.001 0.032 0.786 0.001 0.001 0.005 0.019 0.052 0.001 0.033 116 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.047 0.888 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 0.901 0.001 0.001 0.001 0.010 0.056 0.001 0.001 118 N 0.001 0.001 0.014 0.001 0.040 0.855 0.001 0.001 0.001 0.006 0.082 0.001 0.001 119 V 0.001 0.001 0.019 0.001 0.043 0.838 0.001 0.001 0.001 0.017 0.076 0.001 0.002 120 N 0.006 0.004 0.025 0.001 0.050 0.830 0.003 0.001 0.004 0.010 0.062 0.002 0.004 121 S 0.006 0.004 0.016 0.001 0.051 0.848 0.003 0.001 0.006 0.008 0.051 0.002 0.005 122 I 0.003 0.002 0.008 0.002 0.023 0.899 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.001 0.002 123 T 0.003 0.002 0.025 0.001 0.028 0.810 0.001 0.001 0.002 0.019 0.101 0.004 0.004 124 R 0.001 0.002 0.044 0.001 0.023 0.621 0.001 0.001 0.002 0.035 0.264 0.001 0.005 125 N 0.001 0.004 0.239 0.001 0.020 0.419 0.001 0.001 0.003 0.153 0.155 0.002 0.003 126 A 0.001 0.007 0.415 0.001 0.036 0.225 0.001 0.001 0.003 0.173 0.129 0.004 0.007 127 T 0.001 0.016 0.419 0.001 0.087 0.207 0.001 0.001 0.004 0.095 0.154 0.004 0.011 128 L 0.001 0.014 0.465 0.002 0.075 0.170 0.001 0.001 0.005 0.144 0.095 0.013 0.015 129 Y 0.001 0.020 0.444 0.002 0.095 0.205 0.001 0.001 0.005 0.103 0.103 0.004 0.018 130 D 0.001 0.006 0.285 0.003 0.106 0.288 0.001 0.001 0.004 0.192 0.096 0.012 0.007 131 A 0.001 0.007 0.311 0.002 0.133 0.346 0.001 0.001 0.004 0.058 0.117 0.003 0.015 132 L 0.003 0.021 0.222 0.002 0.138 0.388 0.001 0.001 0.009 0.068 0.114 0.011 0.021 133 K 0.003 0.025 0.262 0.004 0.093 0.350 0.001 0.001 0.010 0.114 0.107 0.011 0.019 134 A 0.002 0.013 0.390 0.003 0.065 0.246 0.001 0.001 0.009 0.156 0.084 0.014 0.018 135 M 0.001 0.012 0.490 0.001 0.060 0.141 0.001 0.001 0.005 0.112 0.160 0.004 0.015 136 K 0.001 0.012 0.275 0.001 0.060 0.171 0.001 0.001 0.003 0.147 0.326 0.002 0.004 137 F 0.001 0.007 0.358 0.001 0.042 0.188 0.001 0.001 0.002 0.236 0.159 0.002 0.004 138 A 0.001 0.003 0.162 0.001 0.035 0.560 0.001 0.001 0.001 0.133 0.103 0.001 0.001 139 D 0.001 0.003 0.059 0.001 0.016 0.821 0.001 0.001 0.001 0.044 0.055 0.001 0.001 140 F 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 143 W 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 147 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.001 0.001 148 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.869 0.001 0.001 0.001 0.011 0.102 0.001 0.001 149 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.787 0.001 0.001 0.001 0.026 0.164 0.001 0.001 150 G 0.001 0.001 0.048 0.001 0.009 0.714 0.001 0.001 0.001 0.049 0.177 0.001 0.001 151 M 0.001 0.002 0.060 0.001 0.009 0.837 0.001 0.001 0.002 0.036 0.048 0.001 0.004 152 V 0.001 0.005 0.088 0.001 0.005 0.822 0.001 0.001 0.008 0.041 0.014 0.004 0.008 153 K 0.002 0.001 0.031 0.001 0.005 0.924 0.001 0.001 0.005 0.015 0.006 0.004 0.004 154 T 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.001 0.004 155 A 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 156 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.976 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 157 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 158 L 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.974 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 159 A 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 160 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 163 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 165 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.863 0.001 0.001 0.001 0.011 0.108 0.001 0.001 166 E 0.001 0.001 0.029 0.001 0.010 0.728 0.001 0.001 0.001 0.037 0.192 0.001 0.002 167 L 0.001 0.010 0.187 0.001 0.009 0.505 0.001 0.001 0.001 0.091 0.189 0.002 0.006 168 T 0.001 0.002 0.791 0.001 0.007 0.072 0.001 0.001 0.001 0.044 0.078 0.003 0.002 169 P 0.001 0.002 0.941 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.001 0.002