# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.8219 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.208 0.100 0.069 0.117 0.096 0.087 0.103 0.071 0.067 0.048 0.033 2 A 0.205 0.113 0.103 0.126 0.093 0.090 0.103 0.064 0.051 0.034 0.019 3 T 0.191 0.176 0.162 0.218 0.110 0.064 0.044 0.018 0.010 0.005 0.002 4 L 0.118 0.097 0.076 0.078 0.083 0.090 0.145 0.115 0.097 0.064 0.036 5 T 0.118 0.228 0.129 0.162 0.112 0.091 0.080 0.036 0.023 0.013 0.007 6 E 0.053 0.040 0.072 0.086 0.111 0.146 0.215 0.112 0.086 0.052 0.027 7 D 0.318 0.148 0.197 0.163 0.076 0.047 0.035 0.010 0.004 0.002 0.001 8 D 0.046 0.093 0.148 0.378 0.192 0.086 0.040 0.011 0.004 0.001 0.001 9 V 0.017 0.015 0.061 0.031 0.029 0.041 0.133 0.156 0.205 0.183 0.128 10 L 0.002 0.004 0.119 0.073 0.109 0.178 0.271 0.115 0.073 0.038 0.018 11 E 0.003 0.013 0.686 0.122 0.077 0.041 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 12 Q 0.002 0.013 0.150 0.173 0.207 0.206 0.160 0.053 0.020 0.011 0.004 13 L 0.003 0.007 0.052 0.014 0.017 0.026 0.124 0.143 0.236 0.226 0.152 14 D 0.086 0.094 0.300 0.193 0.150 0.078 0.064 0.019 0.009 0.004 0.002 15 A 0.082 0.168 0.486 0.129 0.061 0.035 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.041 0.069 0.099 0.131 0.156 0.163 0.184 0.071 0.046 0.026 0.013 17 D 0.501 0.142 0.119 0.095 0.053 0.034 0.031 0.011 0.008 0.004 0.003 18 N 0.027 0.125 0.133 0.170 0.156 0.137 0.136 0.055 0.035 0.018 0.009 19 L 0.003 0.005 0.011 0.016 0.023 0.047 0.152 0.185 0.239 0.191 0.128 20 F 0.031 0.027 0.053 0.133 0.207 0.254 0.189 0.057 0.031 0.013 0.005 21 S 0.013 0.047 0.244 0.285 0.182 0.114 0.074 0.024 0.010 0.004 0.002 22 F 0.001 0.002 0.011 0.009 0.009 0.015 0.068 0.138 0.240 0.268 0.239 23 M 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.022 0.121 0.180 0.235 0.238 0.184 24 K 0.003 0.011 0.307 0.231 0.228 0.130 0.058 0.018 0.010 0.004 0.002 25 T 0.001 0.003 0.023 0.038 0.078 0.188 0.372 0.155 0.080 0.041 0.021 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.069 0.216 0.339 0.353 27 H 0.001 0.001 0.012 0.017 0.035 0.114 0.363 0.191 0.128 0.085 0.053 28 S 0.005 0.021 0.442 0.272 0.151 0.065 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.046 0.226 0.207 0.205 0.162 0.125 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.067 0.200 0.330 0.379 31 L 0.001 0.002 0.057 0.077 0.181 0.296 0.278 0.066 0.028 0.010 0.004 32 Q 0.014 0.031 0.396 0.251 0.145 0.101 0.049 0.009 0.002 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.036 0.225 0.225 0.227 0.173 0.093 34 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.046 0.107 0.211 0.296 0.332 35 R 0.001 0.005 0.291 0.248 0.256 0.134 0.049 0.010 0.003 0.001 0.001 36 Q 0.009 0.030 0.477 0.182 0.133 0.108 0.051 0.007 0.002 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.025 0.194 0.217 0.253 0.195 0.102 38 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.027 0.178 0.208 0.215 0.199 0.154 39 P 0.014 0.048 0.575 0.210 0.102 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 40 S 0.061 0.100 0.294 0.195 0.143 0.117 0.068 0.014 0.005 0.002 0.001 41 L 0.003 0.004 0.009 0.015 0.024 0.038 0.161 0.204 0.271 0.185 0.086 42 F 0.005 0.009 0.018 0.036 0.054 0.106 0.266 0.163 0.148 0.115 0.080 43 V 0.016 0.048 0.217 0.170 0.160 0.127 0.143 0.058 0.037 0.017 0.008 44 D 0.180 0.130 0.137 0.184 0.133 0.101 0.077 0.033 0.014 0.007 0.003 45 N 0.078 0.248 0.050 0.115 0.104 0.103 0.128 0.075 0.050 0.034 0.017 46 D 0.077 0.119 0.052 0.140 0.173 0.156 0.142 0.065 0.044 0.021 0.011 47 E 0.513 0.199 0.066 0.116 0.059 0.025 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 48 E 0.130 0.151 0.124 0.316 0.149 0.078 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 49 I 0.005 0.004 0.007 0.016 0.020 0.035 0.111 0.173 0.251 0.233 0.146 50 V 0.002 0.003 0.015 0.038 0.068 0.134 0.263 0.194 0.144 0.087 0.053 51 E 0.001 0.014 0.268 0.220 0.168 0.142 0.095 0.045 0.028 0.014 0.005 52 Y 0.001 0.005 0.018 0.043 0.087 0.180 0.327 0.178 0.089 0.050 0.022 53 A 0.001 0.003 0.005 0.009 0.010 0.017 0.084 0.147 0.237 0.275 0.211 54 V 0.001 0.003 0.006 0.014 0.022 0.034 0.120 0.159 0.217 0.224 0.201 55 K 0.048 0.114 0.227 0.304 0.163 0.081 0.038 0.014 0.008 0.003 0.002 56 P 0.016 0.032 0.035 0.067 0.099 0.156 0.272 0.148 0.100 0.053 0.021 57 L 0.009 0.012 0.011 0.031 0.037 0.045 0.111 0.151 0.214 0.200 0.179 58 L 0.005 0.011 0.009 0.030 0.050 0.079 0.181 0.154 0.176 0.147 0.156 59 A 0.074 0.113 0.166 0.248 0.179 0.103 0.069 0.026 0.013 0.005 0.003 60 Q 0.377 0.146 0.081 0.146 0.089 0.071 0.054 0.020 0.009 0.005 0.003 61 S 0.231 0.148 0.045 0.144 0.116 0.084 0.089 0.055 0.041 0.028 0.019 62 G 0.230 0.144 0.028 0.080 0.078 0.081 0.103 0.075 0.075 0.061 0.045 63 P 0.140 0.147 0.033 0.151 0.142 0.125 0.126 0.056 0.040 0.024 0.016 64 L 0.040 0.018 0.008 0.031 0.044 0.063 0.126 0.138 0.185 0.172 0.174 65 D 0.192 0.163 0.063 0.213 0.146 0.093 0.067 0.029 0.018 0.010 0.007 66 D 0.119 0.141 0.055 0.203 0.175 0.138 0.095 0.038 0.021 0.010 0.005 67 I 0.033 0.015 0.008 0.027 0.033 0.054 0.152 0.167 0.208 0.183 0.120 68 D 0.073 0.111 0.091 0.276 0.222 0.128 0.072 0.015 0.007 0.003 0.002 69 V 0.009 0.008 0.015 0.027 0.026 0.034 0.152 0.156 0.215 0.210 0.147 70 A 0.010 0.011 0.029 0.081 0.110 0.158 0.242 0.126 0.116 0.076 0.041 71 L 0.004 0.006 0.029 0.032 0.031 0.046 0.201 0.183 0.207 0.177 0.084 72 R 0.003 0.006 0.068 0.061 0.073 0.113 0.197 0.171 0.143 0.107 0.058 73 L 0.003 0.005 0.061 0.010 0.006 0.009 0.063 0.131 0.234 0.295 0.184 74 I 0.002 0.005 0.070 0.038 0.026 0.026 0.082 0.157 0.205 0.229 0.159 75 Y 0.002 0.005 0.074 0.017 0.017 0.030 0.122 0.156 0.240 0.212 0.127 76 A 0.004 0.008 0.092 0.051 0.046 0.050 0.159 0.170 0.224 0.135 0.064 77 L 0.004 0.010 0.034 0.028 0.021 0.037 0.141 0.152 0.234 0.206 0.133 78 G 0.023 0.026 0.046 0.078 0.096 0.129 0.232 0.143 0.131 0.066 0.031 79 K 0.048 0.098 0.089 0.162 0.179 0.164 0.160 0.059 0.027 0.010 0.003 80 M 0.011 0.013 0.019 0.028 0.027 0.028 0.074 0.119 0.233 0.242 0.205 81 D 0.043 0.124 0.072 0.217 0.188 0.142 0.127 0.045 0.026 0.010 0.005 82 K 0.218 0.148 0.107 0.216 0.132 0.078 0.056 0.023 0.013 0.006 0.002 83 W 0.149 0.138 0.084 0.150 0.129 0.127 0.111 0.051 0.032 0.017 0.011 84 L 0.004 0.011 0.010 0.039 0.060 0.110 0.250 0.187 0.169 0.104 0.055 85 Y 0.014 0.020 0.035 0.076 0.118 0.150 0.240 0.141 0.111 0.064 0.032 86 A 0.123 0.129 0.271 0.248 0.122 0.059 0.032 0.009 0.004 0.002 0.002 87 D 0.002 0.014 0.037 0.059 0.060 0.086 0.201 0.186 0.179 0.122 0.054 88 I 0.002 0.002 0.007 0.011 0.019 0.035 0.119 0.156 0.231 0.224 0.193 89 T 0.106 0.074 0.383 0.220 0.117 0.056 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 90 H 0.001 0.011 0.056 0.096 0.128 0.224 0.301 0.108 0.049 0.020 0.005 91 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.050 0.107 0.224 0.302 0.300 92 S 0.015 0.015 0.085 0.117 0.118 0.178 0.251 0.110 0.061 0.035 0.016 93 Q 0.005 0.028 0.356 0.246 0.192 0.095 0.052 0.016 0.007 0.002 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.007 0.005 0.006 0.014 0.091 0.141 0.241 0.277 0.214 95 W 0.001 0.002 0.013 0.040 0.087 0.153 0.321 0.170 0.123 0.064 0.027 96 H 0.021 0.040 0.640 0.130 0.073 0.045 0.032 0.011 0.006 0.002 0.001 97 Y 0.001 0.008 0.030 0.084 0.158 0.265 0.302 0.094 0.036 0.016 0.005 98 L 0.001 0.002 0.007 0.004 0.006 0.011 0.063 0.125 0.251 0.308 0.222 99 N 0.024 0.068 0.145 0.246 0.239 0.135 0.092 0.030 0.013 0.005 0.002 100 E 0.138 0.158 0.425 0.150 0.074 0.034 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.036 0.081 0.052 0.129 0.143 0.148 0.210 0.098 0.052 0.034 0.017 102 D 0.473 0.152 0.063 0.087 0.063 0.050 0.057 0.025 0.017 0.009 0.005 103 E 0.494 0.150 0.093 0.101 0.064 0.042 0.029 0.012 0.008 0.005 0.004 104 T 0.213 0.285 0.090 0.155 0.091 0.057 0.055 0.025 0.015 0.009 0.004 105 P 0.171 0.066 0.024 0.073 0.090 0.122 0.159 0.105 0.088 0.063 0.039 106 G 0.301 0.217 0.072 0.146 0.090 0.062 0.053 0.023 0.018 0.011 0.008 107 F 0.048 0.032 0.027 0.063 0.068 0.084 0.157 0.147 0.151 0.126 0.097 108 A 0.091 0.122 0.074 0.169 0.139 0.120 0.117 0.068 0.052 0.031 0.017 109 D 0.068 0.089 0.068 0.139 0.148 0.148 0.154 0.085 0.058 0.029 0.015 110 D 0.274 0.140 0.108 0.183 0.122 0.079 0.052 0.022 0.012 0.006 0.003 111 I 0.034 0.066 0.046 0.142 0.166 0.175 0.184 0.085 0.054 0.032 0.016 112 T 0.009 0.018 0.024 0.038 0.035 0.043 0.119 0.145 0.202 0.197 0.170 113 W 0.011 0.011 0.027 0.066 0.114 0.169 0.249 0.141 0.113 0.065 0.036 114 D 0.052 0.099 0.338 0.269 0.129 0.060 0.032 0.011 0.005 0.002 0.002 115 F 0.003 0.012 0.029 0.050 0.064 0.106 0.238 0.181 0.152 0.107 0.058 116 I 0.004 0.003 0.008 0.010 0.015 0.026 0.095 0.143 0.225 0.237 0.233 117 S 0.077 0.104 0.296 0.243 0.138 0.075 0.043 0.013 0.006 0.003 0.001 118 N 0.020 0.086 0.165 0.211 0.174 0.162 0.119 0.034 0.017 0.008 0.003 119 V 0.004 0.004 0.008 0.010 0.012 0.020 0.074 0.120 0.211 0.264 0.273 120 N 0.109 0.116 0.121 0.210 0.158 0.122 0.101 0.031 0.018 0.008 0.005 121 S 0.025 0.065 0.141 0.137 0.127 0.111 0.142 0.093 0.075 0.051 0.033 122 I 0.011 0.011 0.020 0.031 0.036 0.061 0.139 0.143 0.181 0.187 0.180 123 T 0.047 0.047 0.072 0.131 0.152 0.143 0.187 0.098 0.068 0.036 0.020 124 R 0.063 0.102 0.267 0.200 0.126 0.089 0.068 0.033 0.025 0.016 0.010 125 N 0.128 0.095 0.098 0.132 0.113 0.119 0.136 0.068 0.053 0.037 0.020 126 A 0.201 0.094 0.085 0.099 0.070 0.071 0.112 0.077 0.083 0.065 0.042 127 T 0.225 0.195 0.147 0.121 0.083 0.063 0.063 0.035 0.030 0.023 0.016 128 L 0.092 0.092 0.070 0.102 0.084 0.094 0.130 0.097 0.101 0.081 0.057 129 Y 0.145 0.090 0.079 0.117 0.126 0.125 0.140 0.071 0.059 0.031 0.016 130 D 0.330 0.151 0.231 0.142 0.064 0.035 0.023 0.010 0.008 0.005 0.003 131 A 0.166 0.108 0.118 0.140 0.113 0.107 0.105 0.053 0.044 0.028 0.017 132 L 0.085 0.046 0.062 0.056 0.057 0.083 0.149 0.134 0.148 0.112 0.067 133 K 0.146 0.133 0.253 0.166 0.110 0.078 0.067 0.024 0.014 0.007 0.003 134 A 0.131 0.122 0.274 0.184 0.103 0.067 0.058 0.026 0.018 0.011 0.007 135 M 0.157 0.082 0.086 0.105 0.104 0.105 0.136 0.082 0.069 0.047 0.027 136 K 0.206 0.169 0.178 0.156 0.095 0.076 0.060 0.026 0.018 0.010 0.006 137 F 0.084 0.112 0.133 0.135 0.112 0.110 0.134 0.074 0.055 0.033 0.016 138 A 0.422 0.141 0.121 0.110 0.074 0.050 0.044 0.018 0.011 0.005 0.002 139 D 0.136 0.163 0.163 0.192 0.110 0.084 0.087 0.032 0.020 0.010 0.005 140 F 0.015 0.017 0.048 0.063 0.069 0.105 0.193 0.148 0.155 0.116 0.070 141 A 0.055 0.057 0.209 0.207 0.142 0.122 0.112 0.049 0.029 0.013 0.005 142 V 0.023 0.070 0.303 0.250 0.153 0.097 0.066 0.024 0.010 0.003 0.001 143 W 0.010 0.015 0.099 0.039 0.040 0.064 0.159 0.164 0.189 0.141 0.082 144 S 0.019 0.038 0.208 0.210 0.170 0.133 0.132 0.049 0.026 0.011 0.003 145 E 0.024 0.051 0.528 0.193 0.096 0.051 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 146 A 0.076 0.071 0.396 0.164 0.100 0.078 0.072 0.025 0.013 0.005 0.002 147 R 0.044 0.039 0.152 0.099 0.090 0.134 0.230 0.104 0.062 0.034 0.014 148 F 0.013 0.037 0.208 0.127 0.125 0.138 0.182 0.086 0.048 0.027 0.010 149 S 0.040 0.066 0.383 0.166 0.151 0.096 0.065 0.019 0.009 0.003 0.001 150 G 0.168 0.109 0.268 0.213 0.118 0.066 0.040 0.011 0.005 0.002 0.001 151 M 0.042 0.050 0.149 0.092 0.096 0.114 0.185 0.099 0.088 0.057 0.028 152 V 0.023 0.035 0.187 0.094 0.066 0.065 0.154 0.123 0.115 0.088 0.051 153 K 0.010 0.048 0.231 0.176 0.209 0.148 0.103 0.040 0.022 0.010 0.004 154 T 0.063 0.066 0.291 0.132 0.090 0.085 0.130 0.064 0.043 0.024 0.012 155 A 0.026 0.033 0.122 0.116 0.140 0.142 0.194 0.097 0.070 0.040 0.019 156 L 0.010 0.011 0.045 0.025 0.019 0.027 0.149 0.160 0.206 0.206 0.140 157 T 0.013 0.028 0.154 0.185 0.189 0.177 0.122 0.056 0.040 0.024 0.011 158 L 0.019 0.029 0.253 0.046 0.032 0.041 0.133 0.117 0.138 0.118 0.075 159 A 0.006 0.018 0.077 0.081 0.086 0.097 0.178 0.160 0.137 0.101 0.060 160 V 0.006 0.026 0.117 0.031 0.022 0.028 0.116 0.117 0.188 0.197 0.150 161 T 0.044 0.054 0.270 0.239 0.185 0.097 0.065 0.024 0.013 0.005 0.002 162 T 0.206 0.123 0.368 0.139 0.070 0.047 0.035 0.007 0.003 0.001 0.001 163 T 0.015 0.018 0.132 0.071 0.054 0.062 0.167 0.141 0.160 0.119 0.059 164 L 0.005 0.008 0.048 0.043 0.054 0.120 0.287 0.169 0.137 0.087 0.043 165 K 0.026 0.044 0.582 0.172 0.093 0.043 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 166 E 0.032 0.063 0.260 0.172 0.173 0.152 0.102 0.028 0.011 0.005 0.002 167 L 0.016 0.016 0.066 0.032 0.028 0.036 0.106 0.125 0.200 0.219 0.157 168 T 0.074 0.147 0.157 0.184 0.169 0.108 0.093 0.035 0.019 0.009 0.004 169 P 0.270 0.173 0.233 0.132 0.081 0.043 0.031 0.016 0.011 0.006 0.003