# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.8219 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.045 0.013 0.033 0.030 0.049 0.051 0.003 0.001 0.005 0.692 2 A 0.043 0.038 0.007 0.042 0.063 0.099 0.099 0.003 0.001 0.005 0.602 3 T 0.134 0.043 0.005 0.030 0.037 0.062 0.135 0.005 0.001 0.010 0.539 4 L 0.218 0.095 0.012 0.045 0.038 0.062 0.105 0.006 0.001 0.009 0.410 5 T 0.111 0.076 0.011 0.040 0.039 0.057 0.278 0.005 0.001 0.011 0.373 6 E 0.079 0.054 0.013 0.025 0.015 0.027 0.187 0.004 0.001 0.012 0.583 7 D 0.068 0.089 0.005 0.022 0.011 0.016 0.310 0.005 0.001 0.017 0.457 8 D 0.047 0.071 0.003 0.004 0.003 0.003 0.473 0.003 0.001 0.021 0.373 9 V 0.025 0.347 0.006 0.005 0.005 0.009 0.359 0.003 0.001 0.011 0.231 10 L 0.027 0.728 0.002 0.009 0.014 0.031 0.100 0.007 0.001 0.009 0.073 11 E 0.023 0.897 0.001 0.003 0.004 0.014 0.016 0.006 0.001 0.002 0.035 12 Q 0.059 0.872 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.049 13 L 0.078 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.019 14 D 0.057 0.667 0.018 0.002 0.003 0.005 0.020 0.049 0.001 0.001 0.178 15 A 0.108 0.409 0.058 0.006 0.004 0.006 0.054 0.054 0.001 0.002 0.299 16 Q 0.256 0.460 0.015 0.006 0.002 0.003 0.072 0.024 0.001 0.004 0.158 17 D 0.103 0.363 0.015 0.008 0.002 0.003 0.116 0.015 0.001 0.006 0.369 18 N 0.050 0.371 0.013 0.003 0.001 0.001 0.075 0.004 0.001 0.001 0.481 19 L 0.064 0.602 0.004 0.004 0.002 0.004 0.073 0.005 0.001 0.004 0.239 20 F 0.024 0.826 0.002 0.004 0.002 0.006 0.029 0.005 0.001 0.002 0.101 21 S 0.021 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.119 22 F 0.018 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 23 M 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 24 K 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 25 T 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 26 A 0.011 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 27 H 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 28 S 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 29 I 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 30 L 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 L 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 32 Q 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 33 G 0.020 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.033 34 I 0.010 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 35 R 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 36 Q 0.069 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.018 37 F 0.132 0.828 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 38 L 0.082 0.717 0.067 0.003 0.002 0.004 0.003 0.023 0.001 0.001 0.099 39 P 0.014 0.065 0.017 0.008 0.002 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.876 40 S 0.092 0.051 0.003 0.025 0.012 0.021 0.013 0.030 0.001 0.001 0.752 41 L 0.651 0.078 0.006 0.025 0.009 0.006 0.007 0.021 0.001 0.001 0.197 42 F 0.165 0.210 0.020 0.112 0.048 0.077 0.029 0.011 0.001 0.002 0.326 43 V 0.035 0.046 0.008 0.108 0.062 0.148 0.095 0.004 0.001 0.002 0.493 44 D 0.097 0.028 0.005 0.090 0.049 0.102 0.079 0.003 0.001 0.004 0.545 45 N 0.060 0.020 0.007 0.042 0.035 0.051 0.248 0.003 0.001 0.008 0.526 46 D 0.053 0.011 0.005 0.015 0.008 0.011 0.333 0.001 0.001 0.013 0.550 47 E 0.069 0.029 0.004 0.017 0.008 0.009 0.275 0.001 0.001 0.020 0.568 48 E 0.047 0.036 0.002 0.005 0.006 0.006 0.599 0.001 0.001 0.020 0.279 49 I 0.060 0.172 0.004 0.010 0.016 0.038 0.378 0.001 0.001 0.012 0.306 50 V 0.034 0.621 0.002 0.017 0.050 0.085 0.039 0.001 0.001 0.002 0.149 51 E 0.027 0.618 0.001 0.004 0.023 0.044 0.020 0.002 0.001 0.001 0.260 52 Y 0.108 0.627 0.002 0.003 0.022 0.039 0.006 0.010 0.001 0.001 0.183 53 A 0.163 0.594 0.006 0.006 0.017 0.018 0.008 0.030 0.001 0.001 0.157 54 V 0.122 0.523 0.033 0.022 0.031 0.080 0.018 0.037 0.001 0.004 0.129 55 K 0.073 0.209 0.045 0.051 0.036 0.111 0.044 0.026 0.001 0.001 0.404 56 P 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.982 57 L 0.028 0.018 0.002 0.038 0.015 0.049 0.156 0.002 0.001 0.003 0.689 58 L 0.290 0.064 0.003 0.020 0.010 0.013 0.060 0.002 0.001 0.002 0.535 59 A 0.152 0.343 0.001 0.033 0.016 0.021 0.051 0.006 0.001 0.003 0.376 60 Q 0.316 0.131 0.006 0.005 0.004 0.010 0.075 0.002 0.001 0.006 0.444 61 S 0.340 0.132 0.009 0.016 0.012 0.017 0.083 0.010 0.001 0.005 0.375 62 G 0.204 0.060 0.031 0.028 0.021 0.026 0.071 0.008 0.001 0.005 0.547 63 P 0.009 0.003 0.006 0.003 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.959 64 L 0.043 0.011 0.008 0.035 0.017 0.057 0.096 0.001 0.001 0.004 0.728 65 D 0.049 0.010 0.001 0.021 0.007 0.014 0.055 0.001 0.001 0.001 0.842 66 D 0.145 0.042 0.001 0.044 0.011 0.020 0.056 0.002 0.001 0.005 0.673 67 I 0.218 0.084 0.007 0.042 0.012 0.026 0.172 0.001 0.001 0.008 0.430 68 D 0.038 0.150 0.003 0.057 0.012 0.023 0.209 0.002 0.001 0.003 0.505 69 V 0.026 0.322 0.002 0.017 0.008 0.008 0.049 0.001 0.001 0.001 0.564 70 A 0.009 0.696 0.001 0.010 0.011 0.048 0.106 0.001 0.001 0.006 0.111 71 L 0.009 0.888 0.001 0.004 0.006 0.014 0.016 0.003 0.001 0.001 0.057 72 R 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 73 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 74 I 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 75 Y 0.003 0.974 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 76 A 0.053 0.892 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.029 77 L 0.043 0.805 0.064 0.002 0.005 0.005 0.005 0.034 0.001 0.001 0.035 78 G 0.217 0.228 0.026 0.010 0.006 0.007 0.017 0.233 0.001 0.008 0.248 79 K 0.032 0.017 0.902 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.038 80 M 0.021 0.105 0.023 0.123 0.048 0.082 0.131 0.010 0.001 0.003 0.454 81 D 0.050 0.067 0.011 0.138 0.017 0.033 0.078 0.003 0.001 0.004 0.598 82 K 0.019 0.116 0.002 0.036 0.006 0.007 0.060 0.002 0.001 0.002 0.750 83 W 0.066 0.127 0.003 0.020 0.007 0.016 0.373 0.004 0.001 0.018 0.366 84 L 0.159 0.313 0.007 0.023 0.008 0.015 0.208 0.007 0.001 0.008 0.252 85 Y 0.056 0.761 0.003 0.011 0.005 0.008 0.028 0.003 0.001 0.003 0.122 86 A 0.019 0.772 0.003 0.002 0.001 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.183 87 D 0.041 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.174 88 I 0.055 0.883 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.039 89 T 0.008 0.913 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.057 90 H 0.013 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.064 91 F 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 92 S 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 93 Q 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 94 Y 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 95 W 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 96 H 0.014 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.028 97 Y 0.047 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.024 98 L 0.079 0.860 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.030 99 N 0.064 0.715 0.028 0.005 0.006 0.010 0.009 0.046 0.001 0.001 0.116 100 E 0.150 0.419 0.032 0.010 0.009 0.012 0.019 0.046 0.001 0.001 0.302 101 Q 0.305 0.204 0.023 0.013 0.009 0.009 0.062 0.041 0.001 0.004 0.330 102 D 0.125 0.049 0.039 0.018 0.006 0.009 0.092 0.018 0.001 0.007 0.636 103 E 0.094 0.032 0.048 0.039 0.014 0.019 0.207 0.010 0.001 0.013 0.523 104 T 0.263 0.018 0.010 0.018 0.011 0.014 0.263 0.004 0.001 0.014 0.384 105 P 0.011 0.002 0.005 0.006 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.956 106 G 0.021 0.004 0.002 0.017 0.011 0.022 0.352 0.001 0.001 0.007 0.563 107 F 0.369 0.015 0.004 0.026 0.018 0.034 0.164 0.002 0.001 0.033 0.335 108 A 0.124 0.116 0.003 0.074 0.052 0.091 0.128 0.003 0.001 0.009 0.399 109 D 0.081 0.059 0.003 0.030 0.026 0.042 0.147 0.003 0.001 0.008 0.601 110 D 0.096 0.099 0.003 0.034 0.014 0.025 0.067 0.003 0.001 0.007 0.651 111 I 0.086 0.123 0.006 0.034 0.040 0.058 0.319 0.008 0.001 0.015 0.311 112 T 0.135 0.285 0.016 0.047 0.044 0.082 0.174 0.006 0.001 0.008 0.202 113 W 0.063 0.489 0.004 0.075 0.057 0.092 0.034 0.006 0.001 0.003 0.176 114 D 0.054 0.324 0.006 0.011 0.012 0.029 0.054 0.003 0.001 0.002 0.506 115 F 0.048 0.208 0.006 0.008 0.008 0.012 0.016 0.004 0.001 0.001 0.688 116 I 0.109 0.456 0.008 0.019 0.009 0.036 0.084 0.010 0.001 0.010 0.257 117 S 0.091 0.417 0.008 0.010 0.009 0.022 0.086 0.012 0.001 0.004 0.341 118 N 0.109 0.645 0.002 0.005 0.004 0.004 0.014 0.013 0.001 0.001 0.203 119 V 0.075 0.801 0.006 0.002 0.002 0.003 0.010 0.003 0.001 0.002 0.097 120 N 0.014 0.784 0.004 0.003 0.005 0.006 0.036 0.006 0.001 0.001 0.142 121 S 0.031 0.801 0.004 0.002 0.005 0.007 0.038 0.006 0.001 0.001 0.104 122 I 0.022 0.912 0.002 0.003 0.006 0.009 0.008 0.006 0.001 0.001 0.030 123 T 0.039 0.864 0.004 0.003 0.006 0.012 0.016 0.014 0.001 0.002 0.040 124 R 0.066 0.808 0.013 0.003 0.006 0.008 0.006 0.030 0.001 0.001 0.061 125 N 0.208 0.590 0.010 0.005 0.005 0.005 0.006 0.069 0.001 0.002 0.100 126 A 0.165 0.278 0.122 0.007 0.004 0.005 0.024 0.026 0.001 0.003 0.366 127 T 0.052 0.086 0.037 0.019 0.009 0.014 0.079 0.022 0.001 0.003 0.677 128 L 0.223 0.075 0.033 0.030 0.010 0.016 0.140 0.012 0.001 0.008 0.452 129 Y 0.152 0.129 0.010 0.030 0.008 0.016 0.110 0.005 0.001 0.006 0.534 130 D 0.047 0.115 0.005 0.014 0.005 0.007 0.094 0.001 0.001 0.002 0.708 131 A 0.047 0.129 0.001 0.006 0.003 0.005 0.103 0.001 0.001 0.002 0.702 132 L 0.128 0.392 0.002 0.013 0.011 0.025 0.122 0.005 0.001 0.008 0.293 133 K 0.107 0.617 0.004 0.006 0.008 0.019 0.058 0.005 0.001 0.003 0.174 134 A 0.088 0.694 0.002 0.002 0.003 0.007 0.011 0.005 0.001 0.001 0.186 135 M 0.138 0.613 0.002 0.002 0.004 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.221 136 K 0.187 0.500 0.009 0.002 0.003 0.004 0.017 0.020 0.001 0.001 0.256 137 F 0.195 0.381 0.038 0.006 0.005 0.014 0.033 0.031 0.001 0.004 0.293 138 A 0.099 0.227 0.021 0.012 0.006 0.010 0.039 0.013 0.001 0.002 0.572 139 D 0.109 0.175 0.005 0.013 0.008 0.007 0.075 0.010 0.001 0.002 0.593 140 F 0.108 0.296 0.016 0.017 0.006 0.012 0.058 0.004 0.001 0.004 0.478 141 A 0.040 0.404 0.006 0.041 0.020 0.032 0.192 0.005 0.001 0.004 0.258 142 V 0.079 0.506 0.005 0.019 0.009 0.027 0.105 0.004 0.001 0.004 0.242 143 W 0.035 0.803 0.002 0.019 0.012 0.019 0.013 0.004 0.001 0.001 0.092 144 S 0.018 0.759 0.002 0.004 0.005 0.006 0.019 0.003 0.001 0.001 0.184 145 E 0.031 0.746 0.003 0.002 0.004 0.006 0.027 0.007 0.001 0.001 0.173 146 A 0.074 0.736 0.004 0.003 0.004 0.005 0.028 0.017 0.001 0.002 0.128 147 R 0.057 0.841 0.008 0.002 0.002 0.003 0.020 0.007 0.001 0.002 0.058 148 F 0.031 0.867 0.011 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.073 149 S 0.023 0.861 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.092 150 G 0.133 0.568 0.003 0.002 0.003 0.002 0.009 0.054 0.001 0.001 0.226 151 M 0.128 0.680 0.094 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.076 152 V 0.015 0.757 0.010 0.013 0.010 0.017 0.033 0.014 0.001 0.001 0.129 153 K 0.028 0.746 0.004 0.012 0.006 0.015 0.020 0.006 0.001 0.002 0.161 154 T 0.029 0.774 0.003 0.003 0.002 0.004 0.015 0.006 0.001 0.001 0.162 155 A 0.042 0.819 0.005 0.006 0.004 0.006 0.019 0.013 0.001 0.002 0.084 156 L 0.026 0.872 0.014 0.005 0.005 0.008 0.015 0.005 0.001 0.002 0.047 157 T 0.005 0.949 0.003 0.003 0.003 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.020 158 L 0.004 0.961 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 159 A 0.012 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 160 V 0.005 0.966 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 161 T 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 162 T 0.009 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.036 163 T 0.018 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.027 164 L 0.020 0.938 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 165 K 0.012 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.024 166 E 0.084 0.817 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.061 167 L 0.214 0.694 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.043 168 T 0.134 0.411 0.077 0.008 0.008 0.011 0.024 0.067 0.001 0.002 0.258 169 P 0.009 0.018 0.033 0.004 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.925