# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.331 0.103 0.060 0.110 0.082 0.071 0.077 0.055 0.055 0.035 0.021 2 A 0.329 0.234 0.073 0.110 0.073 0.055 0.056 0.029 0.023 0.012 0.006 3 T 0.194 0.200 0.105 0.228 0.123 0.070 0.044 0.018 0.011 0.005 0.002 4 L 0.105 0.070 0.024 0.057 0.063 0.078 0.143 0.131 0.154 0.105 0.070 5 T 0.109 0.288 0.135 0.213 0.121 0.070 0.038 0.013 0.008 0.003 0.002 6 E 0.223 0.084 0.054 0.115 0.111 0.105 0.119 0.070 0.060 0.039 0.020 7 D 0.271 0.191 0.079 0.174 0.114 0.072 0.058 0.021 0.011 0.005 0.002 8 D 0.076 0.156 0.102 0.344 0.176 0.085 0.043 0.011 0.005 0.002 0.001 9 V 0.014 0.018 0.013 0.039 0.045 0.062 0.154 0.169 0.215 0.163 0.107 10 L 0.008 0.011 0.041 0.075 0.115 0.162 0.220 0.137 0.119 0.072 0.043 11 E 0.011 0.036 0.190 0.160 0.138 0.121 0.162 0.079 0.059 0.031 0.014 12 Q 0.007 0.034 0.111 0.229 0.217 0.172 0.140 0.049 0.025 0.011 0.005 13 L 0.002 0.005 0.010 0.012 0.012 0.022 0.088 0.118 0.217 0.252 0.263 14 D 0.120 0.142 0.154 0.229 0.160 0.092 0.060 0.020 0.013 0.006 0.004 15 A 0.148 0.205 0.175 0.155 0.091 0.079 0.081 0.030 0.020 0.011 0.005 16 Q 0.075 0.092 0.064 0.162 0.160 0.159 0.156 0.061 0.037 0.021 0.011 17 D 0.483 0.169 0.073 0.109 0.065 0.043 0.032 0.011 0.007 0.004 0.003 18 N 0.055 0.154 0.092 0.178 0.147 0.129 0.118 0.053 0.040 0.021 0.013 19 L 0.005 0.008 0.011 0.021 0.027 0.050 0.136 0.166 0.243 0.202 0.131 20 F 0.037 0.041 0.051 0.149 0.218 0.243 0.171 0.049 0.026 0.010 0.004 21 S 0.017 0.066 0.210 0.261 0.188 0.124 0.083 0.028 0.013 0.006 0.003 22 F 0.001 0.002 0.015 0.014 0.014 0.023 0.096 0.126 0.246 0.243 0.220 23 M 0.001 0.001 0.008 0.009 0.010 0.023 0.119 0.161 0.236 0.262 0.171 24 K 0.003 0.014 0.294 0.249 0.228 0.126 0.059 0.015 0.008 0.003 0.001 25 T 0.001 0.005 0.031 0.036 0.078 0.174 0.348 0.162 0.093 0.048 0.026 26 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.089 0.263 0.337 0.264 27 H 0.001 0.003 0.022 0.021 0.027 0.095 0.379 0.180 0.137 0.091 0.044 28 S 0.004 0.028 0.447 0.281 0.144 0.060 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 29 I 0.001 0.002 0.025 0.013 0.020 0.049 0.238 0.184 0.211 0.148 0.109 30 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.006 0.050 0.105 0.257 0.324 0.245 31 L 0.001 0.004 0.080 0.092 0.175 0.298 0.267 0.053 0.022 0.007 0.002 32 Q 0.013 0.040 0.489 0.210 0.119 0.076 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 33 G 0.001 0.002 0.021 0.014 0.020 0.052 0.264 0.193 0.226 0.143 0.063 34 I 0.001 0.001 0.012 0.008 0.007 0.016 0.132 0.155 0.235 0.248 0.186 35 R 0.003 0.019 0.379 0.286 0.186 0.091 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 36 Q 0.040 0.086 0.482 0.158 0.111 0.075 0.036 0.007 0.003 0.001 0.001 37 F 0.002 0.004 0.016 0.015 0.016 0.040 0.230 0.202 0.259 0.157 0.059 38 L 0.002 0.008 0.024 0.021 0.023 0.056 0.224 0.178 0.197 0.161 0.105 39 P 0.055 0.117 0.578 0.162 0.061 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.044 0.083 0.170 0.194 0.174 0.163 0.122 0.030 0.013 0.005 0.002 41 L 0.006 0.006 0.009 0.013 0.013 0.024 0.114 0.164 0.284 0.236 0.130 42 F 0.025 0.034 0.039 0.061 0.077 0.134 0.239 0.130 0.120 0.083 0.059 43 V 0.028 0.067 0.128 0.118 0.109 0.110 0.150 0.099 0.090 0.062 0.039 44 D 0.169 0.133 0.085 0.179 0.127 0.104 0.100 0.049 0.032 0.015 0.007 45 N 0.064 0.168 0.049 0.129 0.121 0.128 0.143 0.080 0.057 0.037 0.026 46 D 0.021 0.056 0.027 0.105 0.144 0.161 0.192 0.115 0.098 0.052 0.029 47 E 0.483 0.174 0.079 0.128 0.072 0.037 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 48 E 0.058 0.108 0.119 0.363 0.177 0.097 0.057 0.014 0.005 0.002 0.001 49 I 0.009 0.008 0.019 0.026 0.021 0.030 0.093 0.138 0.235 0.229 0.192 50 V 0.002 0.006 0.030 0.066 0.098 0.167 0.277 0.152 0.113 0.063 0.026 51 E 0.002 0.023 0.351 0.281 0.183 0.095 0.043 0.011 0.006 0.002 0.001 52 Y 0.004 0.013 0.048 0.068 0.119 0.214 0.298 0.128 0.066 0.031 0.011 53 A 0.004 0.009 0.022 0.031 0.025 0.034 0.125 0.146 0.234 0.217 0.155 54 V 0.002 0.007 0.013 0.018 0.027 0.052 0.177 0.173 0.207 0.183 0.141 55 K 0.043 0.105 0.306 0.351 0.133 0.040 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 56 P 0.024 0.039 0.040 0.077 0.103 0.163 0.272 0.133 0.086 0.044 0.017 57 L 0.010 0.013 0.019 0.038 0.035 0.047 0.116 0.139 0.213 0.198 0.172 58 L 0.005 0.009 0.011 0.026 0.044 0.085 0.205 0.163 0.177 0.139 0.135 59 A 0.047 0.132 0.245 0.264 0.152 0.076 0.045 0.017 0.012 0.006 0.004 60 Q 0.266 0.142 0.107 0.177 0.118 0.091 0.061 0.018 0.010 0.006 0.003 61 S 0.305 0.148 0.058 0.151 0.093 0.067 0.066 0.038 0.032 0.023 0.020 62 G 0.142 0.127 0.036 0.103 0.096 0.105 0.140 0.085 0.079 0.053 0.036 63 P 0.135 0.223 0.066 0.193 0.140 0.097 0.073 0.030 0.022 0.012 0.008 64 L 0.041 0.018 0.008 0.028 0.039 0.054 0.104 0.122 0.191 0.185 0.210 65 D 0.171 0.201 0.094 0.235 0.139 0.078 0.048 0.016 0.009 0.004 0.004 66 D 0.102 0.166 0.087 0.240 0.164 0.105 0.080 0.028 0.016 0.007 0.004 67 I 0.035 0.020 0.014 0.033 0.035 0.059 0.158 0.150 0.200 0.168 0.127 68 D 0.116 0.144 0.154 0.271 0.159 0.087 0.049 0.011 0.006 0.003 0.001 69 V 0.013 0.019 0.026 0.032 0.034 0.054 0.170 0.155 0.195 0.166 0.135 70 A 0.030 0.032 0.056 0.119 0.114 0.146 0.224 0.101 0.090 0.055 0.032 71 L 0.011 0.023 0.052 0.055 0.043 0.069 0.208 0.149 0.170 0.140 0.079 72 R 0.012 0.023 0.116 0.106 0.120 0.154 0.186 0.101 0.090 0.061 0.032 73 L 0.006 0.024 0.116 0.043 0.018 0.023 0.111 0.125 0.198 0.194 0.141 74 I 0.008 0.020 0.099 0.057 0.026 0.029 0.099 0.121 0.196 0.212 0.133 75 Y 0.008 0.021 0.134 0.055 0.036 0.048 0.141 0.131 0.165 0.155 0.106 76 A 0.007 0.020 0.147 0.055 0.038 0.041 0.136 0.138 0.177 0.141 0.100 77 L 0.006 0.016 0.048 0.043 0.037 0.061 0.162 0.141 0.186 0.175 0.125 78 G 0.026 0.044 0.097 0.093 0.074 0.111 0.228 0.127 0.109 0.063 0.029 79 K 0.044 0.099 0.157 0.182 0.163 0.156 0.127 0.040 0.020 0.008 0.004 80 M 0.014 0.026 0.034 0.029 0.020 0.024 0.072 0.089 0.189 0.225 0.278 81 D 0.054 0.120 0.086 0.213 0.178 0.143 0.126 0.042 0.024 0.010 0.005 82 K 0.267 0.180 0.172 0.198 0.098 0.047 0.025 0.007 0.004 0.002 0.001 83 W 0.197 0.146 0.112 0.135 0.102 0.096 0.107 0.045 0.032 0.016 0.011 84 L 0.007 0.013 0.014 0.045 0.072 0.139 0.265 0.166 0.149 0.088 0.042 85 Y 0.023 0.028 0.070 0.084 0.108 0.162 0.260 0.117 0.083 0.045 0.021 86 A 0.038 0.089 0.377 0.252 0.131 0.063 0.031 0.009 0.005 0.002 0.002 87 D 0.001 0.010 0.047 0.047 0.041 0.065 0.200 0.162 0.198 0.146 0.082 88 I 0.003 0.006 0.028 0.029 0.029 0.051 0.173 0.168 0.211 0.183 0.119 89 T 0.049 0.061 0.541 0.178 0.093 0.044 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 90 H 0.001 0.009 0.060 0.082 0.136 0.228 0.312 0.103 0.048 0.018 0.005 91 F 0.001 0.001 0.010 0.006 0.006 0.013 0.084 0.121 0.250 0.288 0.221 92 S 0.013 0.020 0.162 0.148 0.143 0.180 0.213 0.066 0.033 0.016 0.006 93 Q 0.004 0.031 0.438 0.269 0.153 0.070 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.002 0.014 0.007 0.008 0.016 0.117 0.157 0.276 0.248 0.156 95 W 0.001 0.004 0.027 0.059 0.109 0.198 0.325 0.134 0.088 0.042 0.013 96 H 0.016 0.048 0.720 0.114 0.048 0.027 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 97 Y 0.002 0.010 0.066 0.100 0.164 0.242 0.295 0.078 0.031 0.010 0.003 98 L 0.001 0.004 0.015 0.008 0.008 0.018 0.103 0.143 0.270 0.268 0.161 99 N 0.021 0.078 0.175 0.299 0.229 0.116 0.058 0.014 0.007 0.002 0.001 100 E 0.199 0.177 0.351 0.137 0.065 0.040 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 101 Q 0.076 0.123 0.087 0.129 0.117 0.120 0.170 0.079 0.054 0.030 0.014 102 D 0.407 0.174 0.062 0.089 0.068 0.067 0.067 0.027 0.019 0.012 0.007 103 E 0.591 0.151 0.073 0.081 0.042 0.026 0.018 0.007 0.005 0.003 0.002 104 T 0.201 0.263 0.119 0.160 0.087 0.059 0.050 0.026 0.020 0.011 0.006 105 P 0.131 0.078 0.027 0.089 0.109 0.154 0.176 0.094 0.073 0.046 0.023 106 G 0.287 0.177 0.061 0.146 0.100 0.073 0.065 0.033 0.029 0.018 0.013 107 F 0.052 0.036 0.031 0.063 0.066 0.076 0.143 0.134 0.159 0.131 0.109 108 A 0.089 0.133 0.065 0.166 0.145 0.127 0.114 0.060 0.052 0.031 0.018 109 D 0.058 0.069 0.042 0.126 0.153 0.160 0.173 0.097 0.070 0.036 0.016 110 D 0.200 0.135 0.104 0.186 0.132 0.101 0.076 0.030 0.019 0.010 0.005 111 I 0.017 0.031 0.025 0.093 0.122 0.157 0.227 0.134 0.104 0.060 0.028 112 T 0.008 0.015 0.015 0.032 0.027 0.033 0.106 0.136 0.226 0.218 0.184 113 W 0.008 0.014 0.027 0.067 0.096 0.138 0.205 0.133 0.140 0.105 0.068 114 D 0.048 0.089 0.201 0.255 0.159 0.091 0.072 0.036 0.025 0.015 0.010 115 F 0.003 0.009 0.019 0.046 0.059 0.094 0.234 0.185 0.176 0.114 0.062 116 I 0.002 0.003 0.007 0.013 0.015 0.025 0.080 0.124 0.222 0.250 0.259 117 S 0.075 0.119 0.230 0.246 0.159 0.088 0.055 0.015 0.008 0.003 0.001 118 N 0.034 0.118 0.141 0.259 0.186 0.131 0.088 0.024 0.012 0.005 0.002 119 V 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.037 0.078 0.199 0.299 0.365 120 N 0.113 0.155 0.105 0.223 0.159 0.110 0.085 0.025 0.014 0.007 0.004 121 S 0.023 0.039 0.043 0.057 0.051 0.064 0.133 0.149 0.189 0.146 0.108 122 I 0.015 0.018 0.019 0.060 0.078 0.120 0.191 0.136 0.145 0.116 0.103 123 T 0.027 0.037 0.034 0.106 0.135 0.150 0.201 0.125 0.099 0.056 0.031 124 R 0.077 0.113 0.168 0.187 0.135 0.113 0.094 0.044 0.036 0.022 0.012 125 N 0.146 0.114 0.089 0.160 0.124 0.107 0.110 0.057 0.046 0.029 0.018 126 A 0.226 0.103 0.050 0.095 0.076 0.075 0.114 0.081 0.079 0.061 0.040 127 T 0.151 0.208 0.082 0.147 0.110 0.084 0.084 0.048 0.043 0.027 0.016 128 L 0.059 0.075 0.041 0.094 0.092 0.103 0.143 0.113 0.127 0.092 0.062 129 Y 0.114 0.069 0.052 0.106 0.121 0.127 0.158 0.091 0.085 0.049 0.028 130 D 0.207 0.189 0.169 0.216 0.102 0.051 0.035 0.014 0.009 0.005 0.003 131 A 0.036 0.036 0.037 0.068 0.076 0.109 0.186 0.144 0.141 0.100 0.068 132 L 0.027 0.022 0.033 0.053 0.067 0.100 0.189 0.156 0.161 0.118 0.074 133 K 0.131 0.184 0.324 0.195 0.086 0.042 0.024 0.007 0.005 0.002 0.001 134 A 0.112 0.103 0.152 0.168 0.122 0.110 0.109 0.048 0.038 0.023 0.014 135 M 0.068 0.038 0.026 0.052 0.056 0.077 0.147 0.134 0.157 0.136 0.108 136 K 0.215 0.216 0.184 0.166 0.093 0.060 0.039 0.013 0.008 0.004 0.002 137 F 0.078 0.080 0.092 0.119 0.099 0.104 0.143 0.094 0.090 0.061 0.039 138 A 0.224 0.107 0.075 0.098 0.084 0.092 0.122 0.072 0.064 0.039 0.023 139 D 0.123 0.143 0.101 0.184 0.136 0.111 0.106 0.044 0.031 0.015 0.006 140 F 0.015 0.015 0.020 0.043 0.054 0.078 0.154 0.150 0.200 0.161 0.110 141 A 0.054 0.079 0.134 0.200 0.160 0.132 0.123 0.055 0.038 0.018 0.007 142 V 0.039 0.079 0.181 0.219 0.168 0.126 0.108 0.043 0.024 0.009 0.003 143 W 0.012 0.015 0.044 0.037 0.041 0.066 0.168 0.164 0.205 0.155 0.093 144 S 0.016 0.043 0.114 0.197 0.171 0.149 0.169 0.072 0.045 0.018 0.006 145 E 0.034 0.069 0.351 0.231 0.146 0.082 0.055 0.017 0.009 0.004 0.001 146 A 0.110 0.095 0.307 0.159 0.102 0.081 0.081 0.032 0.021 0.009 0.004 147 R 0.040 0.044 0.107 0.111 0.100 0.142 0.220 0.106 0.075 0.036 0.018 148 F 0.018 0.040 0.097 0.099 0.120 0.147 0.227 0.111 0.078 0.044 0.019 149 S 0.038 0.066 0.273 0.211 0.178 0.123 0.074 0.020 0.011 0.004 0.001 150 G 0.163 0.135 0.237 0.193 0.108 0.078 0.055 0.016 0.009 0.004 0.002 151 M 0.062 0.071 0.105 0.135 0.097 0.108 0.174 0.092 0.082 0.048 0.026 152 V 0.030 0.072 0.130 0.107 0.058 0.064 0.179 0.121 0.123 0.080 0.036 153 K 0.020 0.058 0.162 0.203 0.230 0.176 0.095 0.029 0.017 0.008 0.002 154 T 0.044 0.075 0.204 0.110 0.101 0.111 0.161 0.084 0.059 0.033 0.017 155 A 0.036 0.043 0.106 0.133 0.106 0.121 0.212 0.104 0.079 0.041 0.019 156 L 0.014 0.035 0.066 0.047 0.024 0.035 0.154 0.137 0.195 0.181 0.111 157 T 0.017 0.042 0.158 0.222 0.195 0.157 0.109 0.040 0.031 0.019 0.009 158 L 0.016 0.033 0.195 0.057 0.037 0.045 0.125 0.117 0.147 0.130 0.097 159 A 0.008 0.023 0.084 0.080 0.067 0.078 0.190 0.150 0.157 0.106 0.057 160 V 0.004 0.026 0.077 0.053 0.033 0.051 0.166 0.136 0.185 0.168 0.103 161 T 0.040 0.074 0.272 0.224 0.175 0.113 0.070 0.018 0.009 0.003 0.001 162 T 0.150 0.117 0.264 0.162 0.109 0.092 0.073 0.020 0.009 0.003 0.001 163 T 0.023 0.033 0.195 0.086 0.044 0.047 0.137 0.112 0.151 0.113 0.058 164 L 0.006 0.016 0.064 0.061 0.062 0.118 0.259 0.143 0.128 0.094 0.049 165 K 0.043 0.083 0.571 0.191 0.073 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 166 E 0.052 0.083 0.184 0.139 0.157 0.171 0.146 0.040 0.018 0.007 0.003 167 L 0.027 0.031 0.076 0.061 0.034 0.038 0.109 0.114 0.188 0.186 0.138 168 T 0.194 0.283 0.149 0.129 0.092 0.071 0.049 0.016 0.010 0.005 0.003 169 P 0.405 0.163 0.195 0.104 0.050 0.033 0.024 0.011 0.008 0.004 0.002