# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.022 0.015 0.023 0.016 0.025 0.029 0.003 0.001 0.003 0.797 2 A 0.027 0.012 0.006 0.027 0.033 0.053 0.099 0.002 0.001 0.004 0.738 3 T 0.133 0.011 0.004 0.019 0.018 0.030 0.118 0.003 0.001 0.009 0.654 4 L 0.208 0.033 0.007 0.038 0.023 0.037 0.119 0.004 0.001 0.009 0.522 5 T 0.109 0.027 0.007 0.038 0.025 0.037 0.316 0.003 0.001 0.011 0.427 6 E 0.079 0.024 0.007 0.026 0.009 0.017 0.174 0.002 0.001 0.010 0.652 7 D 0.079 0.049 0.003 0.025 0.009 0.013 0.312 0.003 0.001 0.018 0.489 8 D 0.064 0.044 0.002 0.004 0.003 0.003 0.485 0.002 0.001 0.022 0.371 9 V 0.029 0.256 0.005 0.007 0.005 0.010 0.399 0.002 0.001 0.011 0.276 10 L 0.034 0.613 0.002 0.013 0.019 0.043 0.151 0.006 0.001 0.013 0.106 11 E 0.031 0.845 0.001 0.004 0.006 0.023 0.029 0.007 0.001 0.003 0.052 12 Q 0.069 0.844 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.064 13 L 0.083 0.877 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.023 14 D 0.058 0.648 0.016 0.003 0.004 0.007 0.023 0.046 0.001 0.001 0.194 15 A 0.113 0.400 0.051 0.007 0.004 0.007 0.058 0.054 0.001 0.002 0.304 16 Q 0.263 0.447 0.015 0.007 0.002 0.004 0.077 0.025 0.001 0.004 0.157 17 D 0.104 0.351 0.016 0.009 0.002 0.003 0.119 0.015 0.001 0.006 0.376 18 N 0.049 0.349 0.015 0.003 0.001 0.001 0.084 0.004 0.001 0.002 0.492 19 L 0.066 0.574 0.005 0.004 0.002 0.005 0.083 0.005 0.001 0.004 0.252 20 F 0.024 0.814 0.002 0.005 0.002 0.006 0.032 0.005 0.001 0.002 0.108 21 S 0.021 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.128 22 F 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 23 M 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 24 K 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 25 T 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 26 A 0.011 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 27 H 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 28 S 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 29 I 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 30 L 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 32 Q 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 33 G 0.026 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.042 34 I 0.012 0.973 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 35 R 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.030 36 Q 0.088 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.024 37 F 0.180 0.770 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.021 38 L 0.108 0.637 0.079 0.004 0.005 0.006 0.005 0.033 0.001 0.001 0.121 39 P 0.011 0.021 0.015 0.007 0.002 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.929 40 S 0.092 0.016 0.006 0.054 0.021 0.044 0.028 0.030 0.001 0.001 0.708 41 L 0.686 0.015 0.012 0.057 0.022 0.011 0.013 0.016 0.001 0.002 0.165 42 F 0.088 0.028 0.020 0.180 0.054 0.072 0.041 0.005 0.001 0.002 0.511 43 V 0.009 0.003 0.004 0.193 0.093 0.162 0.090 0.001 0.001 0.001 0.444 44 D 0.029 0.002 0.001 0.136 0.045 0.095 0.128 0.001 0.001 0.004 0.560 45 N 0.015 0.002 0.003 0.047 0.020 0.034 0.129 0.001 0.001 0.006 0.743 46 D 0.029 0.002 0.001 0.021 0.007 0.011 0.413 0.001 0.001 0.013 0.503 47 E 0.104 0.005 0.001 0.015 0.004 0.005 0.246 0.001 0.001 0.024 0.596 48 E 0.064 0.024 0.001 0.010 0.006 0.006 0.432 0.001 0.001 0.012 0.445 49 I 0.057 0.083 0.002 0.009 0.015 0.039 0.437 0.001 0.001 0.012 0.345 50 V 0.033 0.457 0.001 0.021 0.063 0.137 0.056 0.001 0.001 0.002 0.228 51 E 0.037 0.531 0.001 0.003 0.025 0.057 0.020 0.001 0.001 0.001 0.324 52 Y 0.094 0.608 0.002 0.003 0.028 0.048 0.006 0.008 0.001 0.001 0.202 53 A 0.155 0.561 0.004 0.006 0.022 0.022 0.007 0.028 0.001 0.001 0.193 54 V 0.117 0.545 0.040 0.021 0.025 0.067 0.019 0.031 0.001 0.003 0.132 55 K 0.075 0.216 0.037 0.052 0.035 0.111 0.046 0.024 0.001 0.001 0.403 56 P 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.983 57 L 0.027 0.019 0.002 0.036 0.016 0.047 0.165 0.002 0.001 0.003 0.684 58 L 0.301 0.074 0.003 0.021 0.011 0.014 0.063 0.002 0.001 0.002 0.508 59 A 0.150 0.373 0.001 0.034 0.016 0.021 0.049 0.006 0.001 0.003 0.349 60 Q 0.302 0.151 0.006 0.006 0.004 0.011 0.071 0.002 0.001 0.006 0.443 61 S 0.344 0.143 0.009 0.016 0.013 0.018 0.077 0.012 0.001 0.005 0.364 62 G 0.216 0.063 0.033 0.027 0.022 0.026 0.070 0.009 0.001 0.005 0.530 63 P 0.009 0.003 0.007 0.003 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.957 64 L 0.041 0.011 0.008 0.037 0.018 0.060 0.097 0.001 0.001 0.004 0.723 65 D 0.051 0.012 0.001 0.024 0.008 0.017 0.057 0.001 0.001 0.001 0.828 66 D 0.143 0.045 0.001 0.045 0.013 0.022 0.055 0.002 0.001 0.005 0.669 67 I 0.221 0.086 0.007 0.046 0.015 0.031 0.164 0.001 0.001 0.008 0.421 68 D 0.044 0.142 0.004 0.067 0.015 0.029 0.202 0.002 0.001 0.003 0.491 69 V 0.032 0.307 0.003 0.025 0.013 0.014 0.056 0.001 0.001 0.002 0.547 70 A 0.010 0.643 0.002 0.017 0.017 0.069 0.107 0.001 0.001 0.006 0.129 71 L 0.010 0.852 0.002 0.006 0.011 0.023 0.019 0.003 0.001 0.001 0.073 72 R 0.006 0.962 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 73 L 0.002 0.977 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 74 I 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 75 Y 0.003 0.966 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 76 A 0.064 0.862 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.040 77 L 0.052 0.746 0.089 0.004 0.008 0.009 0.008 0.035 0.001 0.001 0.048 78 G 0.207 0.192 0.028 0.014 0.009 0.011 0.025 0.212 0.001 0.009 0.294 79 K 0.038 0.016 0.882 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.050 80 M 0.020 0.089 0.020 0.135 0.052 0.089 0.138 0.009 0.001 0.003 0.446 81 D 0.047 0.057 0.010 0.144 0.019 0.037 0.084 0.003 0.001 0.004 0.596 82 K 0.018 0.101 0.002 0.039 0.006 0.008 0.063 0.001 0.001 0.002 0.760 83 W 0.060 0.110 0.003 0.020 0.007 0.017 0.391 0.003 0.001 0.018 0.371 84 L 0.158 0.294 0.006 0.024 0.009 0.016 0.220 0.006 0.001 0.009 0.259 85 Y 0.058 0.750 0.003 0.011 0.005 0.008 0.030 0.003 0.001 0.003 0.128 86 A 0.019 0.763 0.003 0.002 0.001 0.003 0.015 0.002 0.001 0.001 0.190 87 D 0.043 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.180 88 I 0.058 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.041 89 T 0.008 0.909 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.060 90 H 0.013 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.066 91 F 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 92 S 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.012 93 Q 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 94 Y 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 95 W 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 96 H 0.014 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.028 97 Y 0.047 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.023 98 L 0.080 0.861 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.029 99 N 0.063 0.720 0.028 0.005 0.006 0.009 0.008 0.047 0.001 0.001 0.114 100 E 0.156 0.423 0.031 0.010 0.009 0.011 0.019 0.048 0.001 0.001 0.292 101 Q 0.311 0.198 0.024 0.013 0.008 0.008 0.063 0.041 0.001 0.004 0.330 102 D 0.118 0.046 0.040 0.017 0.005 0.008 0.091 0.017 0.001 0.007 0.650 103 E 0.094 0.029 0.048 0.037 0.013 0.018 0.217 0.009 0.001 0.013 0.522 104 T 0.263 0.017 0.010 0.018 0.011 0.014 0.263 0.004 0.001 0.015 0.386 105 P 0.012 0.003 0.004 0.006 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.953 106 G 0.023 0.005 0.001 0.019 0.016 0.028 0.340 0.001 0.001 0.008 0.559 107 F 0.349 0.017 0.004 0.028 0.024 0.045 0.170 0.002 0.001 0.033 0.328 108 A 0.126 0.115 0.003 0.080 0.062 0.108 0.114 0.004 0.001 0.009 0.379 109 D 0.081 0.051 0.003 0.035 0.033 0.052 0.141 0.003 0.001 0.008 0.592 110 D 0.106 0.061 0.004 0.039 0.016 0.029 0.062 0.003 0.001 0.008 0.672 111 I 0.103 0.076 0.008 0.051 0.056 0.075 0.294 0.008 0.001 0.015 0.314 112 T 0.143 0.162 0.020 0.072 0.064 0.108 0.172 0.005 0.001 0.010 0.244 113 W 0.056 0.255 0.005 0.121 0.101 0.158 0.050 0.004 0.001 0.004 0.246 114 D 0.047 0.164 0.005 0.024 0.028 0.063 0.077 0.002 0.001 0.003 0.587 115 F 0.048 0.121 0.005 0.015 0.018 0.028 0.027 0.003 0.001 0.002 0.732 116 I 0.102 0.287 0.008 0.038 0.024 0.089 0.123 0.008 0.001 0.014 0.306 117 S 0.095 0.266 0.007 0.023 0.023 0.051 0.114 0.013 0.001 0.007 0.403 118 N 0.161 0.463 0.003 0.010 0.010 0.011 0.027 0.013 0.001 0.002 0.299 119 V 0.127 0.628 0.011 0.007 0.007 0.012 0.024 0.005 0.001 0.004 0.177 120 N 0.028 0.585 0.007 0.009 0.018 0.022 0.082 0.007 0.001 0.003 0.238 121 S 0.052 0.573 0.008 0.006 0.013 0.020 0.071 0.006 0.001 0.002 0.249 122 I 0.044 0.763 0.004 0.010 0.020 0.031 0.031 0.008 0.001 0.002 0.086 123 T 0.084 0.651 0.006 0.009 0.018 0.035 0.059 0.019 0.001 0.006 0.113 124 R 0.112 0.636 0.021 0.009 0.015 0.023 0.022 0.029 0.001 0.002 0.132 125 N 0.242 0.440 0.013 0.009 0.009 0.012 0.019 0.050 0.001 0.004 0.201 126 A 0.132 0.148 0.072 0.007 0.004 0.005 0.027 0.014 0.001 0.003 0.587 127 T 0.059 0.063 0.024 0.019 0.011 0.016 0.102 0.016 0.001 0.004 0.686 128 L 0.249 0.055 0.020 0.022 0.008 0.013 0.148 0.009 0.001 0.009 0.468 129 Y 0.082 0.106 0.008 0.024 0.007 0.013 0.083 0.003 0.001 0.004 0.670 130 D 0.039 0.107 0.003 0.012 0.006 0.009 0.142 0.001 0.001 0.003 0.679 131 A 0.084 0.179 0.002 0.007 0.004 0.006 0.117 0.002 0.001 0.003 0.596 132 L 0.118 0.491 0.002 0.014 0.011 0.022 0.085 0.007 0.001 0.006 0.244 133 K 0.121 0.568 0.005 0.005 0.005 0.013 0.072 0.005 0.001 0.004 0.202 134 A 0.084 0.649 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.007 0.001 0.001 0.237 135 M 0.130 0.597 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.013 0.001 0.001 0.240 136 K 0.163 0.524 0.011 0.002 0.003 0.005 0.036 0.020 0.001 0.003 0.234 137 F 0.210 0.444 0.023 0.005 0.004 0.010 0.026 0.037 0.001 0.003 0.239 138 A 0.141 0.374 0.026 0.010 0.005 0.008 0.029 0.014 0.001 0.002 0.390 139 D 0.096 0.194 0.007 0.011 0.010 0.009 0.083 0.015 0.001 0.003 0.572 140 F 0.107 0.255 0.025 0.019 0.006 0.012 0.047 0.006 0.001 0.004 0.519 141 A 0.044 0.345 0.007 0.051 0.021 0.032 0.193 0.007 0.001 0.004 0.296 142 V 0.098 0.380 0.007 0.023 0.010 0.027 0.146 0.006 0.001 0.006 0.298 143 W 0.046 0.739 0.004 0.032 0.015 0.025 0.019 0.005 0.001 0.001 0.115 144 S 0.021 0.695 0.002 0.007 0.006 0.009 0.028 0.003 0.001 0.001 0.227 145 E 0.034 0.702 0.003 0.004 0.005 0.008 0.029 0.006 0.001 0.001 0.208 146 A 0.076 0.714 0.003 0.004 0.004 0.006 0.030 0.015 0.001 0.002 0.145 147 R 0.056 0.825 0.008 0.002 0.002 0.004 0.025 0.007 0.001 0.002 0.068 148 F 0.034 0.855 0.010 0.001 0.002 0.005 0.006 0.006 0.001 0.001 0.081 149 S 0.023 0.862 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.090 150 G 0.121 0.593 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.046 0.001 0.001 0.221 151 M 0.117 0.711 0.078 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.075 152 V 0.015 0.790 0.008 0.011 0.009 0.014 0.028 0.013 0.001 0.001 0.111 153 K 0.027 0.779 0.004 0.009 0.005 0.013 0.017 0.005 0.001 0.002 0.138 154 T 0.028 0.796 0.003 0.003 0.002 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.145 155 A 0.041 0.833 0.005 0.005 0.004 0.005 0.016 0.014 0.001 0.002 0.076 156 L 0.026 0.877 0.015 0.004 0.005 0.007 0.014 0.006 0.001 0.002 0.044 157 T 0.005 0.950 0.003 0.003 0.003 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.019 158 L 0.004 0.961 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 159 A 0.012 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.025 160 V 0.006 0.964 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 161 T 0.005 0.972 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 162 T 0.009 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.038 163 T 0.018 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.029 164 L 0.020 0.937 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.020 165 K 0.013 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.026 166 E 0.089 0.805 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.064 167 L 0.234 0.660 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.049 168 T 0.154 0.363 0.081 0.008 0.009 0.011 0.026 0.074 0.001 0.002 0.270 169 P 0.008 0.013 0.039 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.926