# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.311 0.237 0.224 0.087 0.057 0.024 0.023 0.008 0.024 0.005 0.001 2 A 0.407 0.139 0.288 0.062 0.038 0.028 0.011 0.006 0.010 0.009 0.001 3 T 0.270 0.321 0.175 0.106 0.054 0.028 0.012 0.003 0.027 0.002 0.001 4 L 0.208 0.260 0.345 0.067 0.036 0.051 0.008 0.002 0.021 0.002 0.001 5 T 0.131 0.422 0.225 0.059 0.082 0.034 0.006 0.003 0.033 0.005 0.001 6 E 0.714 0.075 0.064 0.068 0.019 0.021 0.013 0.004 0.016 0.006 0.001 7 D 0.579 0.070 0.104 0.140 0.021 0.031 0.026 0.003 0.020 0.004 0.001 8 D 0.732 0.017 0.046 0.085 0.006 0.031 0.061 0.011 0.010 0.001 0.002 9 V 0.846 0.057 0.049 0.032 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 L 0.848 0.066 0.047 0.020 0.005 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 11 E 0.877 0.052 0.035 0.012 0.013 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 12 Q 0.838 0.017 0.031 0.098 0.002 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 13 L 0.721 0.035 0.099 0.103 0.003 0.023 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 14 D 0.587 0.023 0.048 0.253 0.008 0.030 0.029 0.005 0.014 0.002 0.001 15 A 0.480 0.060 0.084 0.273 0.032 0.021 0.022 0.009 0.014 0.004 0.001 16 Q 0.657 0.043 0.133 0.098 0.022 0.015 0.007 0.008 0.006 0.012 0.001 17 D 0.829 0.007 0.024 0.098 0.004 0.015 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 18 N 0.629 0.028 0.050 0.153 0.022 0.064 0.008 0.003 0.039 0.003 0.001 19 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.976 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.973 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 34 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.969 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.818 0.001 0.007 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.701 0.031 0.147 0.015 0.006 0.015 0.022 0.005 0.055 0.002 0.001 39 P 0.816 0.002 0.152 0.019 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.643 0.086 0.064 0.131 0.049 0.007 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 41 L 0.569 0.151 0.051 0.199 0.009 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 42 F 0.236 0.272 0.163 0.085 0.034 0.096 0.055 0.006 0.046 0.005 0.001 43 V 0.170 0.447 0.169 0.062 0.015 0.076 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 44 D 0.250 0.137 0.338 0.105 0.039 0.066 0.023 0.005 0.026 0.010 0.001 45 N 0.487 0.035 0.080 0.175 0.015 0.053 0.119 0.008 0.024 0.003 0.001 46 D 0.482 0.035 0.149 0.225 0.017 0.045 0.011 0.009 0.020 0.005 0.002 47 E 0.844 0.011 0.043 0.053 0.002 0.008 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 48 E 0.952 0.008 0.016 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.987 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.989 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Y 0.986 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.976 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.945 0.006 0.005 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 55 K 0.976 0.003 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 P 0.982 0.001 0.006 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.941 0.001 0.003 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.852 0.010 0.040 0.078 0.001 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 59 A 0.640 0.027 0.065 0.233 0.004 0.012 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 60 Q 0.373 0.045 0.102 0.265 0.024 0.022 0.141 0.016 0.007 0.003 0.001 61 S 0.212 0.088 0.122 0.394 0.039 0.035 0.049 0.022 0.031 0.007 0.001 62 G 0.014 0.102 0.394 0.004 0.243 0.006 0.019 0.016 0.035 0.167 0.001 63 P 0.195 0.012 0.552 0.041 0.002 0.108 0.003 0.001 0.004 0.001 0.082 64 L 0.440 0.077 0.226 0.176 0.012 0.037 0.010 0.009 0.012 0.002 0.001 65 D 0.708 0.070 0.075 0.087 0.027 0.008 0.009 0.007 0.005 0.004 0.001 66 D 0.513 0.087 0.074 0.263 0.022 0.014 0.010 0.006 0.008 0.002 0.001 67 I 0.224 0.498 0.214 0.010 0.019 0.014 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 68 D 0.456 0.083 0.317 0.008 0.005 0.108 0.004 0.001 0.011 0.001 0.007 69 V 0.939 0.030 0.006 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 A 0.928 0.032 0.015 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 L 0.956 0.012 0.006 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 R 0.946 0.017 0.013 0.007 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.975 0.011 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.983 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.927 0.013 0.004 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.913 0.013 0.010 0.046 0.004 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 77 L 0.574 0.017 0.030 0.363 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 78 G 0.352 0.018 0.055 0.047 0.057 0.006 0.115 0.253 0.003 0.095 0.001 79 K 0.371 0.197 0.149 0.179 0.026 0.044 0.010 0.003 0.018 0.003 0.001 80 M 0.147 0.291 0.386 0.038 0.022 0.061 0.017 0.002 0.032 0.003 0.001 81 D 0.248 0.093 0.469 0.037 0.020 0.095 0.009 0.002 0.023 0.005 0.001 82 K 0.928 0.010 0.008 0.036 0.003 0.003 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 83 W 0.890 0.011 0.022 0.058 0.002 0.005 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 84 L 0.824 0.030 0.040 0.079 0.003 0.012 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 85 Y 0.849 0.031 0.033 0.051 0.006 0.009 0.009 0.005 0.004 0.003 0.001 86 A 0.896 0.025 0.036 0.027 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.831 0.010 0.037 0.057 0.007 0.033 0.003 0.001 0.018 0.002 0.001 88 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 H 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 W 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 H 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.949 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.785 0.013 0.022 0.167 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 99 N 0.678 0.020 0.051 0.125 0.010 0.029 0.063 0.009 0.010 0.006 0.001 100 E 0.554 0.073 0.092 0.214 0.017 0.018 0.013 0.005 0.012 0.001 0.001 101 Q 0.425 0.067 0.167 0.268 0.016 0.022 0.009 0.003 0.019 0.003 0.001 102 D 0.415 0.029 0.141 0.220 0.024 0.035 0.086 0.025 0.010 0.015 0.001 103 E 0.206 0.119 0.146 0.351 0.047 0.034 0.061 0.010 0.022 0.003 0.001 104 T 0.039 0.262 0.488 0.006 0.019 0.019 0.013 0.001 0.151 0.001 0.001 105 P 0.094 0.006 0.853 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 106 G 0.163 0.095 0.180 0.050 0.169 0.021 0.026 0.166 0.012 0.118 0.001 107 F 0.312 0.131 0.210 0.167 0.075 0.038 0.020 0.011 0.024 0.011 0.001 108 A 0.478 0.082 0.097 0.279 0.021 0.017 0.007 0.005 0.010 0.004 0.001 109 D 0.353 0.087 0.228 0.108 0.058 0.074 0.044 0.006 0.034 0.008 0.001 110 D 0.797 0.015 0.039 0.088 0.006 0.022 0.016 0.010 0.005 0.001 0.002 111 I 0.803 0.053 0.032 0.086 0.007 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 112 T 0.875 0.034 0.023 0.041 0.004 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 113 W 0.845 0.043 0.035 0.040 0.006 0.014 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 114 D 0.866 0.021 0.023 0.039 0.013 0.014 0.010 0.005 0.008 0.002 0.001 115 F 0.890 0.010 0.012 0.069 0.002 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 116 I 0.858 0.025 0.029 0.074 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 117 S 0.918 0.007 0.015 0.048 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.453 0.015 0.010 0.403 0.010 0.015 0.061 0.018 0.013 0.001 0.001 119 V 0.295 0.284 0.307 0.057 0.008 0.029 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 120 N 0.601 0.116 0.091 0.083 0.013 0.043 0.023 0.003 0.024 0.002 0.001 121 S 0.497 0.241 0.092 0.043 0.086 0.017 0.006 0.004 0.011 0.004 0.001 122 I 0.560 0.212 0.066 0.102 0.022 0.020 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 123 T 0.350 0.293 0.121 0.103 0.053 0.037 0.010 0.002 0.028 0.003 0.001 124 R 0.405 0.150 0.152 0.118 0.030 0.053 0.055 0.005 0.028 0.003 0.001 125 N 0.231 0.115 0.175 0.242 0.033 0.066 0.068 0.006 0.058 0.005 0.001 126 A 0.469 0.083 0.202 0.068 0.052 0.029 0.048 0.015 0.022 0.010 0.002 127 T 0.570 0.081 0.183 0.104 0.017 0.026 0.006 0.002 0.007 0.002 0.002 128 L 0.531 0.084 0.136 0.135 0.010 0.056 0.009 0.003 0.034 0.003 0.001 129 Y 0.733 0.044 0.114 0.051 0.009 0.019 0.012 0.004 0.009 0.005 0.001 130 D 0.785 0.022 0.041 0.059 0.010 0.027 0.035 0.008 0.009 0.002 0.001 131 A 0.888 0.014 0.019 0.060 0.004 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 132 L 0.787 0.029 0.038 0.119 0.004 0.009 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 133 K 0.822 0.035 0.056 0.039 0.011 0.009 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 134 A 0.712 0.026 0.069 0.146 0.011 0.010 0.011 0.008 0.004 0.003 0.001 135 M 0.340 0.072 0.201 0.252 0.019 0.044 0.042 0.008 0.019 0.003 0.001 136 K 0.394 0.132 0.160 0.157 0.031 0.042 0.047 0.011 0.020 0.005 0.001 137 F 0.380 0.099 0.165 0.158 0.032 0.061 0.040 0.009 0.047 0.008 0.001 138 A 0.676 0.049 0.152 0.067 0.015 0.012 0.013 0.005 0.004 0.004 0.001 139 D 0.542 0.039 0.094 0.179 0.015 0.076 0.025 0.004 0.024 0.001 0.001 140 F 0.862 0.030 0.032 0.054 0.003 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 141 A 0.925 0.022 0.019 0.024 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 V 0.870 0.050 0.026 0.031 0.006 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 143 W 0.875 0.030 0.033 0.042 0.004 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 144 S 0.897 0.030 0.026 0.023 0.006 0.008 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 145 E 0.941 0.014 0.012 0.024 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.922 0.013 0.018 0.037 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 147 R 0.839 0.028 0.022 0.083 0.004 0.007 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 148 F 0.844 0.019 0.027 0.067 0.004 0.013 0.014 0.002 0.008 0.002 0.001 149 S 0.771 0.018 0.054 0.127 0.006 0.003 0.011 0.003 0.002 0.004 0.001 150 G 0.685 0.005 0.012 0.045 0.011 0.003 0.105 0.125 0.001 0.007 0.001 151 M 0.915 0.019 0.016 0.041 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 V 0.893 0.046 0.026 0.016 0.002 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 153 K 0.961 0.008 0.011 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.967 0.010 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.988 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 T 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 T 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 K 0.983 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.768 0.002 0.003 0.223 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 L 0.499 0.047 0.238 0.173 0.002 0.025 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 168 T 0.125 0.139 0.398 0.007 0.044 0.021 0.018 0.002 0.212 0.032 0.001 169 P 0.650 0.001 0.282 0.023 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027