# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.777 0.138 0.051 0.025 0.008 0.002 0.001 2 A 0.755 0.164 0.056 0.019 0.005 0.001 0.001 3 T 0.729 0.187 0.056 0.021 0.006 0.001 0.001 4 L 0.409 0.228 0.170 0.121 0.052 0.017 0.002 5 T 0.451 0.259 0.152 0.088 0.036 0.012 0.001 6 E 0.288 0.221 0.194 0.159 0.093 0.040 0.005 7 D 0.396 0.266 0.168 0.102 0.046 0.018 0.003 8 D 0.180 0.269 0.252 0.176 0.085 0.033 0.005 9 V 0.060 0.081 0.121 0.226 0.285 0.197 0.030 10 L 0.066 0.129 0.175 0.230 0.218 0.157 0.025 11 E 0.099 0.119 0.152 0.217 0.230 0.153 0.030 12 Q 0.113 0.308 0.306 0.188 0.063 0.020 0.003 13 L 0.131 0.132 0.166 0.257 0.214 0.091 0.008 14 D 0.350 0.337 0.176 0.092 0.034 0.011 0.001 15 A 0.394 0.291 0.149 0.105 0.045 0.015 0.001 16 Q 0.280 0.238 0.208 0.163 0.081 0.028 0.002 17 D 0.345 0.332 0.198 0.093 0.025 0.005 0.001 18 N 0.168 0.271 0.254 0.173 0.094 0.036 0.003 19 L 0.022 0.044 0.084 0.185 0.310 0.314 0.041 20 F 0.052 0.110 0.220 0.291 0.213 0.100 0.013 21 S 0.099 0.212 0.237 0.217 0.145 0.078 0.011 22 F 0.022 0.023 0.033 0.090 0.237 0.449 0.147 23 M 0.007 0.011 0.020 0.071 0.250 0.493 0.148 24 K 0.018 0.094 0.263 0.343 0.198 0.075 0.010 25 T 0.010 0.018 0.065 0.247 0.383 0.247 0.031 26 A 0.005 0.005 0.004 0.010 0.068 0.540 0.368 27 H 0.007 0.016 0.071 0.262 0.367 0.254 0.023 28 S 0.059 0.294 0.359 0.209 0.064 0.015 0.001 29 I 0.047 0.048 0.095 0.274 0.334 0.181 0.020 30 L 0.013 0.015 0.018 0.064 0.256 0.580 0.055 31 L 0.063 0.163 0.337 0.298 0.114 0.023 0.001 32 Q 0.257 0.419 0.217 0.081 0.021 0.004 0.001 33 G 0.109 0.177 0.226 0.258 0.160 0.066 0.004 34 I 0.018 0.015 0.031 0.128 0.372 0.410 0.026 35 R 0.094 0.258 0.383 0.196 0.056 0.012 0.001 36 Q 0.219 0.253 0.221 0.183 0.091 0.031 0.003 37 F 0.101 0.093 0.102 0.176 0.253 0.242 0.032 38 L 0.040 0.047 0.099 0.235 0.330 0.231 0.017 39 P 0.197 0.327 0.248 0.157 0.054 0.015 0.001 40 S 0.160 0.187 0.221 0.246 0.131 0.051 0.004 41 L 0.037 0.040 0.077 0.211 0.334 0.272 0.028 42 F 0.065 0.117 0.152 0.209 0.260 0.178 0.018 43 V 0.145 0.238 0.231 0.236 0.118 0.029 0.003 44 D 0.224 0.435 0.215 0.094 0.025 0.006 0.001 45 N 0.105 0.231 0.296 0.256 0.091 0.019 0.001 46 D 0.185 0.291 0.273 0.160 0.069 0.020 0.001 47 E 0.329 0.384 0.186 0.073 0.023 0.005 0.001 48 E 0.064 0.231 0.375 0.245 0.074 0.010 0.001 49 I 0.005 0.012 0.029 0.165 0.489 0.292 0.009 50 V 0.003 0.031 0.113 0.288 0.387 0.169 0.009 51 E 0.041 0.270 0.314 0.234 0.102 0.037 0.003 52 Y 0.003 0.012 0.105 0.383 0.354 0.133 0.009 53 A 0.009 0.015 0.018 0.042 0.150 0.514 0.251 54 V 0.004 0.013 0.037 0.122 0.307 0.431 0.086 55 K 0.012 0.103 0.216 0.282 0.219 0.138 0.029 56 P 0.010 0.034 0.087 0.218 0.323 0.278 0.049 57 L 0.006 0.026 0.064 0.192 0.323 0.347 0.042 58 L 0.029 0.079 0.148 0.295 0.325 0.118 0.006 59 A 0.255 0.362 0.229 0.119 0.030 0.004 0.001 60 Q 0.389 0.357 0.169 0.069 0.014 0.003 0.001 61 S 0.419 0.332 0.161 0.064 0.018 0.005 0.001 62 G 0.143 0.167 0.206 0.231 0.172 0.075 0.005 63 P 0.220 0.227 0.186 0.169 0.124 0.067 0.007 64 L 0.086 0.096 0.128 0.194 0.240 0.222 0.035 65 D 0.203 0.239 0.212 0.174 0.111 0.052 0.010 66 D 0.257 0.258 0.210 0.142 0.087 0.039 0.007 67 I 0.150 0.138 0.127 0.173 0.215 0.168 0.029 68 D 0.133 0.148 0.240 0.273 0.147 0.048 0.011 69 V 0.074 0.118 0.116 0.150 0.187 0.270 0.086 70 A 0.103 0.087 0.159 0.293 0.200 0.115 0.043 71 L 0.071 0.084 0.075 0.087 0.170 0.338 0.173 72 R 0.084 0.065 0.106 0.234 0.231 0.169 0.111 73 L 0.106 0.075 0.082 0.092 0.134 0.308 0.203 74 I 0.243 0.134 0.119 0.143 0.106 0.159 0.094 75 Y 0.153 0.106 0.115 0.178 0.189 0.183 0.076 76 A 0.160 0.096 0.112 0.152 0.188 0.237 0.055 77 L 0.121 0.074 0.091 0.147 0.202 0.277 0.087 78 G 0.232 0.240 0.192 0.142 0.102 0.079 0.013 79 K 0.186 0.222 0.237 0.228 0.100 0.025 0.002 80 M 0.103 0.072 0.090 0.210 0.316 0.199 0.010 81 D 0.241 0.292 0.246 0.155 0.052 0.013 0.001 82 K 0.458 0.363 0.122 0.043 0.011 0.002 0.001 83 W 0.235 0.262 0.249 0.182 0.058 0.013 0.001 84 L 0.111 0.175 0.179 0.233 0.203 0.093 0.005 85 Y 0.065 0.102 0.179 0.276 0.252 0.116 0.010 86 A 0.157 0.325 0.261 0.166 0.066 0.021 0.003 87 D 0.039 0.064 0.116 0.211 0.284 0.254 0.032 88 I 0.041 0.065 0.088 0.179 0.307 0.294 0.026 89 T 0.104 0.273 0.295 0.208 0.089 0.028 0.003 90 H 0.027 0.078 0.198 0.334 0.251 0.106 0.005 91 F 0.008 0.012 0.021 0.075 0.272 0.542 0.070 92 S 0.075 0.190 0.302 0.282 0.121 0.029 0.001 93 Q 0.063 0.258 0.367 0.234 0.067 0.012 0.001 94 Y 0.017 0.024 0.037 0.149 0.398 0.354 0.021 95 W 0.019 0.079 0.223 0.355 0.248 0.075 0.002 96 H 0.211 0.444 0.217 0.091 0.029 0.008 0.001 97 Y 0.058 0.160 0.349 0.317 0.100 0.016 0.001 98 L 0.046 0.063 0.135 0.320 0.332 0.100 0.002 99 N 0.191 0.400 0.282 0.101 0.023 0.003 0.001 100 E 0.643 0.275 0.061 0.017 0.003 0.001 0.001 101 Q 0.515 0.293 0.126 0.053 0.010 0.001 0.001 102 D 0.670 0.213 0.076 0.033 0.007 0.001 0.001 103 E 0.700 0.212 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 104 T 0.605 0.273 0.089 0.027 0.005 0.001 0.001 105 P 0.184 0.243 0.279 0.209 0.072 0.012 0.001 106 G 0.225 0.346 0.242 0.130 0.048 0.010 0.001 107 F 0.035 0.047 0.100 0.237 0.346 0.212 0.022 108 A 0.065 0.178 0.242 0.245 0.166 0.093 0.011 109 D 0.063 0.174 0.244 0.255 0.176 0.076 0.012 110 D 0.112 0.206 0.218 0.225 0.153 0.074 0.012 111 I 0.039 0.103 0.183 0.261 0.242 0.150 0.022 112 T 0.012 0.021 0.043 0.125 0.272 0.420 0.107 113 W 0.030 0.088 0.160 0.281 0.274 0.152 0.016 114 D 0.076 0.278 0.268 0.207 0.110 0.051 0.009 115 F 0.013 0.049 0.120 0.258 0.320 0.217 0.023 116 I 0.010 0.022 0.055 0.167 0.356 0.353 0.038 117 S 0.151 0.323 0.282 0.166 0.060 0.016 0.002 118 N 0.071 0.245 0.339 0.230 0.088 0.025 0.002 119 V 0.018 0.032 0.055 0.148 0.333 0.369 0.045 120 N 0.037 0.140 0.251 0.296 0.187 0.079 0.009 121 S 0.036 0.079 0.116 0.202 0.272 0.253 0.042 122 I 0.032 0.093 0.173 0.300 0.262 0.127 0.013 123 T 0.101 0.228 0.270 0.240 0.120 0.036 0.004 124 R 0.218 0.265 0.224 0.163 0.087 0.036 0.007 125 N 0.258 0.236 0.185 0.163 0.103 0.049 0.006 126 A 0.229 0.257 0.225 0.161 0.087 0.036 0.005 127 T 0.165 0.199 0.209 0.210 0.145 0.064 0.007 128 L 0.118 0.174 0.189 0.218 0.182 0.107 0.013 129 Y 0.084 0.108 0.171 0.258 0.238 0.127 0.013 130 D 0.373 0.320 0.173 0.089 0.033 0.011 0.002 131 A 0.198 0.225 0.217 0.200 0.112 0.044 0.004 132 L 0.131 0.154 0.217 0.276 0.171 0.049 0.002 133 K 0.479 0.324 0.127 0.052 0.015 0.003 0.001 134 A 0.546 0.263 0.113 0.056 0.017 0.004 0.001 135 M 0.250 0.229 0.217 0.185 0.091 0.026 0.002 136 K 0.399 0.320 0.166 0.079 0.028 0.008 0.001 137 F 0.209 0.214 0.215 0.200 0.117 0.042 0.003 138 A 0.251 0.228 0.193 0.163 0.107 0.051 0.006 139 D 0.216 0.238 0.218 0.179 0.102 0.043 0.004 140 F 0.109 0.104 0.147 0.224 0.235 0.159 0.021 141 A 0.267 0.274 0.208 0.150 0.072 0.027 0.003 142 V 0.222 0.287 0.237 0.160 0.068 0.024 0.003 143 W 0.117 0.090 0.129 0.257 0.266 0.131 0.010 144 S 0.258 0.271 0.215 0.153 0.074 0.026 0.003 145 E 0.405 0.339 0.158 0.069 0.021 0.007 0.001 146 A 0.316 0.281 0.189 0.136 0.057 0.019 0.002 147 R 0.118 0.180 0.201 0.246 0.166 0.080 0.008 148 F 0.111 0.147 0.186 0.256 0.196 0.095 0.008 149 S 0.353 0.319 0.179 0.096 0.037 0.013 0.002 150 G 0.361 0.302 0.183 0.102 0.038 0.012 0.001 151 M 0.095 0.216 0.247 0.212 0.150 0.074 0.007 152 V 0.019 0.035 0.064 0.179 0.330 0.327 0.046 153 K 0.050 0.202 0.319 0.241 0.124 0.055 0.009 154 T 0.190 0.259 0.190 0.165 0.124 0.067 0.005 155 A 0.068 0.179 0.301 0.272 0.132 0.041 0.007 156 L 0.016 0.026 0.040 0.143 0.320 0.409 0.046 157 T 0.028 0.104 0.263 0.329 0.194 0.074 0.007 158 L 0.226 0.278 0.134 0.125 0.115 0.113 0.010 159 A 0.116 0.144 0.284 0.303 0.118 0.031 0.003 160 V 0.134 0.100 0.138 0.229 0.230 0.161 0.009 161 T 0.342 0.316 0.197 0.097 0.037 0.010 0.001 162 T 0.462 0.345 0.127 0.049 0.013 0.003 0.001 163 T 0.529 0.165 0.145 0.112 0.039 0.010 0.001 164 L 0.508 0.167 0.130 0.125 0.059 0.011 0.001 165 K 0.745 0.194 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 166 E 0.700 0.219 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 167 L 0.546 0.168 0.137 0.111 0.033 0.006 0.001 168 T 0.773 0.164 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001 169 P 0.908 0.071 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001