# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.017 0.773 0.005 0.015 0.039 0.001 0.001 0.003 0.085 0.026 0.009 0.025 2 A 0.001 0.011 0.685 0.004 0.026 0.066 0.001 0.001 0.006 0.112 0.042 0.024 0.021 3 T 0.001 0.022 0.551 0.003 0.040 0.129 0.001 0.001 0.012 0.123 0.066 0.015 0.037 4 L 0.002 0.025 0.488 0.004 0.051 0.192 0.001 0.001 0.014 0.097 0.086 0.013 0.026 5 T 0.004 0.021 0.362 0.005 0.041 0.195 0.002 0.002 0.013 0.135 0.155 0.033 0.032 6 E 0.006 0.013 0.197 0.005 0.038 0.338 0.002 0.003 0.013 0.116 0.218 0.013 0.038 7 D 0.002 0.007 0.307 0.006 0.018 0.339 0.001 0.001 0.010 0.207 0.065 0.028 0.009 8 D 0.004 0.005 0.180 0.002 0.029 0.620 0.001 0.001 0.005 0.062 0.055 0.007 0.029 9 V 0.020 0.011 0.041 0.002 0.020 0.810 0.005 0.003 0.008 0.012 0.027 0.014 0.027 10 L 0.042 0.006 0.013 0.005 0.039 0.818 0.006 0.003 0.008 0.006 0.027 0.010 0.018 11 E 0.023 0.002 0.031 0.003 0.039 0.784 0.005 0.002 0.006 0.021 0.053 0.020 0.012 12 Q 0.027 0.003 0.062 0.001 0.053 0.700 0.004 0.004 0.010 0.023 0.067 0.017 0.030 13 L 0.010 0.019 0.094 0.002 0.049 0.576 0.003 0.002 0.010 0.049 0.137 0.016 0.033 14 D 0.003 0.014 0.160 0.004 0.046 0.370 0.001 0.001 0.002 0.058 0.327 0.006 0.008 15 A 0.001 0.005 0.239 0.001 0.062 0.267 0.001 0.001 0.002 0.120 0.296 0.002 0.005 16 Q 0.001 0.005 0.226 0.001 0.083 0.387 0.001 0.001 0.002 0.111 0.182 0.002 0.002 17 D 0.001 0.006 0.166 0.001 0.053 0.452 0.001 0.001 0.002 0.162 0.155 0.001 0.002 18 N 0.001 0.011 0.255 0.001 0.032 0.510 0.001 0.001 0.005 0.106 0.075 0.001 0.004 19 L 0.001 0.002 0.019 0.001 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.019 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.735 0.001 0.001 0.001 0.003 0.248 0.001 0.001 37 F 0.001 0.002 0.011 0.001 0.009 0.491 0.001 0.001 0.001 0.007 0.480 0.001 0.001 38 L 0.001 0.008 0.234 0.001 0.038 0.547 0.001 0.001 0.007 0.063 0.099 0.001 0.002 39 P 0.001 0.003 0.164 0.004 0.260 0.393 0.001 0.001 0.008 0.076 0.085 0.004 0.003 40 S 0.001 0.001 0.037 0.001 0.256 0.437 0.001 0.002 0.022 0.126 0.109 0.002 0.006 41 L 0.005 0.007 0.064 0.001 0.089 0.512 0.009 0.025 0.082 0.045 0.137 0.008 0.015 42 F 0.008 0.049 0.201 0.008 0.008 0.186 0.025 0.075 0.218 0.065 0.092 0.024 0.041 43 V 0.005 0.038 0.522 0.015 0.003 0.045 0.009 0.018 0.136 0.114 0.036 0.031 0.028 44 D 0.001 0.018 0.673 0.005 0.007 0.017 0.001 0.003 0.033 0.139 0.082 0.009 0.014 45 N 0.001 0.015 0.200 0.002 0.038 0.039 0.001 0.001 0.006 0.236 0.457 0.002 0.004 46 D 0.001 0.005 0.207 0.002 0.039 0.091 0.001 0.001 0.004 0.288 0.360 0.001 0.002 47 E 0.001 0.003 0.156 0.001 0.029 0.596 0.001 0.001 0.002 0.118 0.091 0.001 0.003 48 E 0.001 0.006 0.048 0.001 0.006 0.900 0.001 0.001 0.003 0.011 0.016 0.003 0.003 49 I 0.015 0.007 0.017 0.001 0.008 0.922 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.013 50 V 0.014 0.001 0.014 0.001 0.004 0.944 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 51 E 0.006 0.001 0.007 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.005 52 Y 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 0.933 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 0.006 0.005 53 A 0.004 0.003 0.017 0.001 0.004 0.896 0.001 0.001 0.001 0.009 0.059 0.002 0.004 54 V 0.001 0.002 0.009 0.001 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 56 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.046 0.918 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 58 L 0.001 0.003 0.012 0.001 0.030 0.879 0.001 0.001 0.001 0.006 0.068 0.001 0.001 59 A 0.001 0.004 0.013 0.001 0.058 0.617 0.001 0.001 0.001 0.008 0.298 0.001 0.001 60 Q 0.001 0.001 0.028 0.001 0.041 0.256 0.001 0.001 0.001 0.041 0.631 0.001 0.001 61 S 0.001 0.006 0.259 0.001 0.024 0.033 0.001 0.001 0.001 0.303 0.371 0.001 0.002 62 G 0.001 0.010 0.519 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.444 0.017 0.002 0.001 63 P 0.001 0.026 0.734 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.003 0.129 0.081 0.001 0.007 64 L 0.001 0.017 0.298 0.003 0.185 0.046 0.001 0.001 0.003 0.104 0.338 0.001 0.006 65 D 0.001 0.007 0.123 0.004 0.274 0.111 0.001 0.001 0.003 0.265 0.201 0.007 0.004 66 D 0.002 0.009 0.204 0.004 0.157 0.413 0.001 0.001 0.008 0.071 0.081 0.004 0.045 67 I 0.009 0.013 0.153 0.003 0.011 0.699 0.003 0.004 0.010 0.035 0.015 0.034 0.013 68 D 0.016 0.007 0.079 0.001 0.001 0.801 0.003 0.004 0.008 0.016 0.004 0.015 0.047 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 I 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 75 Y 0.006 0.001 0.007 0.001 0.015 0.872 0.001 0.001 0.001 0.007 0.083 0.003 0.004 76 A 0.002 0.002 0.020 0.001 0.021 0.725 0.001 0.001 0.001 0.015 0.207 0.002 0.003 77 L 0.002 0.004 0.150 0.002 0.021 0.438 0.001 0.001 0.004 0.086 0.281 0.003 0.008 78 G 0.007 0.008 0.193 0.004 0.039 0.194 0.002 0.001 0.009 0.159 0.341 0.025 0.019 79 K 0.013 0.020 0.335 0.001 0.035 0.259 0.005 0.002 0.021 0.057 0.124 0.019 0.109 80 M 0.013 0.048 0.458 0.003 0.016 0.178 0.007 0.003 0.039 0.081 0.054 0.059 0.043 81 D 0.002 0.007 0.594 0.002 0.008 0.200 0.001 0.001 0.012 0.070 0.026 0.006 0.070 82 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 83 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.057 0.903 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.055 0.904 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.001 0.002 85 Y 0.001 0.002 0.013 0.001 0.020 0.935 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.001 0.002 86 A 0.001 0.003 0.024 0.001 0.019 0.888 0.001 0.001 0.003 0.012 0.047 0.002 0.002 87 D 0.001 0.001 0.041 0.001 0.012 0.892 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.001 0.002 88 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 89 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 95 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 96 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.010 0.940 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 99 N 0.001 0.004 0.020 0.001 0.032 0.798 0.001 0.001 0.001 0.011 0.131 0.001 0.001 100 E 0.001 0.002 0.045 0.001 0.043 0.556 0.001 0.001 0.001 0.026 0.324 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.008 0.279 0.001 0.077 0.235 0.001 0.001 0.001 0.155 0.240 0.001 0.002 102 D 0.001 0.007 0.240 0.001 0.070 0.067 0.001 0.001 0.001 0.176 0.435 0.001 0.002 103 E 0.001 0.024 0.281 0.001 0.056 0.047 0.001 0.001 0.005 0.376 0.201 0.003 0.006 104 T 0.001 0.029 0.501 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.007 0.402 0.019 0.007 0.006 105 P 0.001 0.021 0.346 0.006 0.048 0.046 0.001 0.001 0.004 0.140 0.377 0.002 0.009 106 G 0.002 0.041 0.262 0.005 0.061 0.027 0.001 0.003 0.010 0.172 0.396 0.011 0.008 107 F 0.004 0.080 0.410 0.002 0.059 0.031 0.002 0.002 0.022 0.247 0.101 0.012 0.027 108 A 0.003 0.022 0.467 0.005 0.040 0.082 0.002 0.002 0.011 0.207 0.130 0.009 0.020 109 D 0.003 0.010 0.241 0.003 0.036 0.244 0.001 0.004 0.011 0.319 0.106 0.012 0.010 110 D 0.003 0.007 0.191 0.003 0.044 0.569 0.001 0.002 0.005 0.076 0.083 0.004 0.012 111 I 0.013 0.020 0.080 0.001 0.027 0.765 0.006 0.003 0.009 0.019 0.032 0.013 0.012 112 T 0.017 0.005 0.031 0.001 0.020 0.847 0.004 0.004 0.008 0.009 0.031 0.005 0.017 113 W 0.018 0.002 0.024 0.004 0.022 0.871 0.002 0.002 0.004 0.012 0.026 0.008 0.006 114 D 0.006 0.001 0.025 0.001 0.024 0.876 0.001 0.001 0.002 0.011 0.037 0.007 0.008 115 F 0.004 0.002 0.022 0.001 0.028 0.889 0.001 0.001 0.002 0.006 0.037 0.002 0.007 116 I 0.001 0.002 0.038 0.001 0.036 0.877 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.002 0.003 117 S 0.001 0.002 0.022 0.001 0.052 0.818 0.001 0.001 0.001 0.014 0.084 0.002 0.003 118 N 0.002 0.001 0.022 0.001 0.057 0.774 0.001 0.001 0.001 0.012 0.125 0.001 0.004 119 V 0.001 0.002 0.104 0.001 0.035 0.780 0.001 0.001 0.004 0.033 0.032 0.002 0.005 120 N 0.001 0.004 0.074 0.004 0.049 0.730 0.001 0.002 0.014 0.051 0.057 0.006 0.007 121 S 0.003 0.003 0.035 0.001 0.048 0.781 0.004 0.013 0.030 0.017 0.041 0.008 0.016 122 I 0.012 0.005 0.030 0.002 0.034 0.742 0.007 0.033 0.044 0.019 0.049 0.012 0.012 123 T 0.015 0.009 0.082 0.005 0.034 0.624 0.008 0.015 0.031 0.039 0.092 0.016 0.031 124 R 0.007 0.008 0.118 0.004 0.033 0.478 0.002 0.004 0.015 0.092 0.205 0.016 0.017 125 N 0.001 0.005 0.426 0.004 0.020 0.253 0.001 0.001 0.010 0.142 0.125 0.004 0.009 126 A 0.001 0.007 0.319 0.002 0.077 0.293 0.001 0.001 0.003 0.103 0.185 0.005 0.006 127 T 0.003 0.021 0.255 0.001 0.084 0.360 0.001 0.001 0.007 0.086 0.155 0.008 0.018 128 L 0.004 0.019 0.189 0.003 0.069 0.511 0.002 0.003 0.015 0.069 0.086 0.013 0.016 129 Y 0.004 0.007 0.115 0.002 0.058 0.672 0.001 0.001 0.007 0.055 0.051 0.010 0.018 130 D 0.005 0.004 0.124 0.002 0.049 0.685 0.001 0.001 0.006 0.039 0.051 0.016 0.017 131 A 0.004 0.006 0.067 0.001 0.053 0.781 0.001 0.001 0.005 0.015 0.045 0.004 0.017 132 L 0.003 0.008 0.070 0.002 0.055 0.729 0.001 0.001 0.003 0.039 0.074 0.006 0.011 133 K 0.002 0.004 0.118 0.002 0.058 0.598 0.001 0.001 0.002 0.063 0.132 0.013 0.007 134 A 0.001 0.005 0.124 0.001 0.074 0.551 0.001 0.001 0.003 0.065 0.162 0.003 0.010 135 M 0.001 0.007 0.167 0.001 0.086 0.435 0.001 0.001 0.002 0.058 0.233 0.005 0.006 136 K 0.001 0.010 0.142 0.001 0.062 0.398 0.001 0.001 0.002 0.077 0.298 0.003 0.006 137 F 0.001 0.007 0.383 0.002 0.049 0.261 0.001 0.001 0.003 0.150 0.136 0.003 0.006 138 A 0.001 0.004 0.151 0.001 0.070 0.336 0.001 0.001 0.001 0.124 0.305 0.004 0.003 139 D 0.002 0.007 0.157 0.001 0.058 0.371 0.001 0.001 0.004 0.080 0.302 0.005 0.011 140 F 0.007 0.009 0.135 0.002 0.044 0.646 0.002 0.002 0.017 0.048 0.050 0.007 0.032 141 A 0.008 0.005 0.053 0.002 0.011 0.813 0.004 0.003 0.015 0.026 0.028 0.024 0.009 142 V 0.012 0.004 0.026 0.001 0.008 0.868 0.004 0.003 0.010 0.011 0.017 0.008 0.026 143 W 0.020 0.002 0.027 0.002 0.007 0.883 0.003 0.002 0.006 0.008 0.016 0.010 0.015 144 S 0.011 0.001 0.019 0.001 0.008 0.914 0.001 0.001 0.002 0.008 0.018 0.008 0.009 145 E 0.012 0.001 0.016 0.001 0.012 0.904 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 0.006 0.016 146 A 0.012 0.002 0.026 0.001 0.019 0.852 0.001 0.001 0.002 0.012 0.044 0.019 0.010 147 R 0.014 0.005 0.037 0.002 0.021 0.790 0.002 0.001 0.002 0.014 0.087 0.006 0.021 148 F 0.004 0.003 0.035 0.002 0.022 0.778 0.001 0.001 0.001 0.014 0.127 0.006 0.007 149 S 0.001 0.001 0.030 0.003 0.020 0.607 0.001 0.001 0.001 0.039 0.291 0.003 0.003 150 G 0.001 0.001 0.059 0.001 0.018 0.452 0.001 0.001 0.001 0.066 0.391 0.005 0.005 151 M 0.008 0.013 0.190 0.001 0.014 0.541 0.003 0.001 0.010 0.052 0.067 0.009 0.092 152 V 0.013 0.010 0.067 0.003 0.006 0.776 0.004 0.001 0.011 0.026 0.024 0.034 0.024 153 K 0.003 0.001 0.018 0.001 0.002 0.939 0.001 0.001 0.003 0.008 0.007 0.004 0.011 154 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 155 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 163 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 165 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 166 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.854 0.001 0.001 0.001 0.004 0.110 0.001 0.001 167 L 0.001 0.007 0.194 0.001 0.011 0.421 0.001 0.001 0.001 0.109 0.254 0.001 0.001 168 T 0.001 0.003 0.811 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.069 0.100 0.001 0.001 169 P 0.001 0.003 0.942 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.040 0.006 0.001 0.001