# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.017 0.002 0.025 0.022 0.024 0.121 0.006 0.001 0.061 0.619 2 A 0.032 0.009 0.001 0.024 0.030 0.036 0.151 0.005 0.001 0.049 0.663 3 T 0.036 0.010 0.001 0.022 0.024 0.037 0.146 0.003 0.001 0.043 0.679 4 L 0.019 0.036 0.002 0.058 0.022 0.035 0.170 0.005 0.001 0.042 0.610 5 T 0.157 0.481 0.002 0.013 0.009 0.009 0.060 0.008 0.001 0.026 0.236 6 E 0.059 0.653 0.002 0.008 0.002 0.004 0.029 0.014 0.001 0.013 0.216 7 D 0.028 0.644 0.001 0.007 0.003 0.004 0.031 0.004 0.001 0.048 0.229 8 D 0.029 0.745 0.010 0.008 0.004 0.005 0.022 0.006 0.002 0.093 0.076 9 V 0.046 0.789 0.004 0.004 0.004 0.004 0.018 0.013 0.001 0.035 0.081 10 L 0.123 0.494 0.014 0.010 0.012 0.015 0.031 0.014 0.005 0.103 0.180 11 E 0.047 0.573 0.003 0.012 0.005 0.009 0.049 0.005 0.001 0.041 0.255 12 Q 0.066 0.479 0.017 0.008 0.004 0.009 0.058 0.014 0.007 0.062 0.275 13 L 0.139 0.381 0.013 0.012 0.004 0.006 0.061 0.014 0.005 0.085 0.281 14 D 0.100 0.313 0.006 0.009 0.003 0.007 0.070 0.007 0.004 0.112 0.369 15 A 0.054 0.520 0.005 0.006 0.002 0.003 0.051 0.005 0.001 0.057 0.295 16 Q 0.034 0.763 0.003 0.004 0.002 0.003 0.022 0.007 0.001 0.017 0.146 17 D 0.041 0.633 0.001 0.008 0.003 0.005 0.029 0.003 0.001 0.108 0.170 18 N 0.007 0.796 0.003 0.005 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.104 0.065 19 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.014 20 F 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.013 21 S 0.007 0.310 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.638 0.030 22 F 0.002 0.659 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.300 0.026 23 M 0.010 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.054 0.014 24 K 0.007 0.487 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.457 0.034 25 T 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.026 26 A 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.009 27 H 0.008 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 0.009 28 S 0.012 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.046 0.039 29 I 0.016 0.675 0.014 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.003 0.221 0.043 30 L 0.013 0.790 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.135 0.034 31 L 0.008 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.038 0.044 32 Q 0.009 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.050 0.052 33 G 0.017 0.817 0.018 0.002 0.001 0.001 0.012 0.013 0.005 0.081 0.035 34 I 0.147 0.705 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.024 0.003 0.034 0.064 35 R 0.203 0.170 0.015 0.009 0.003 0.006 0.053 0.006 0.008 0.256 0.272 36 Q 0.097 0.035 0.010 0.013 0.003 0.007 0.168 0.002 0.005 0.092 0.568 37 F 0.062 0.043 0.019 0.068 0.006 0.011 0.206 0.012 0.006 0.100 0.467 38 L 0.197 0.043 0.007 0.048 0.013 0.018 0.206 0.019 0.003 0.092 0.354 39 P 0.026 0.020 0.002 0.087 0.022 0.060 0.176 0.005 0.001 0.052 0.548 40 S 0.008 0.008 0.001 0.061 0.035 0.120 0.101 0.003 0.001 0.068 0.595 41 L 0.011 0.010 0.002 0.238 0.085 0.126 0.085 0.002 0.001 0.078 0.363 42 F 0.015 0.005 0.001 0.302 0.117 0.184 0.066 0.003 0.001 0.071 0.235 43 V 0.025 0.004 0.001 0.235 0.080 0.095 0.064 0.001 0.001 0.065 0.429 44 D 0.013 0.007 0.001 0.187 0.053 0.067 0.109 0.001 0.001 0.038 0.522 45 N 0.052 0.179 0.003 0.038 0.009 0.019 0.099 0.014 0.002 0.029 0.555 46 D 0.143 0.559 0.005 0.008 0.003 0.003 0.026 0.010 0.002 0.070 0.171 47 E 0.032 0.793 0.007 0.003 0.002 0.002 0.014 0.003 0.002 0.031 0.112 48 E 0.094 0.678 0.002 0.003 0.008 0.014 0.023 0.008 0.001 0.032 0.138 49 I 0.069 0.642 0.009 0.009 0.015 0.018 0.025 0.010 0.003 0.076 0.124 50 V 0.175 0.425 0.006 0.014 0.022 0.033 0.067 0.013 0.002 0.061 0.183 51 E 0.084 0.351 0.005 0.036 0.034 0.097 0.057 0.009 0.001 0.091 0.234 52 Y 0.101 0.097 0.005 0.034 0.044 0.066 0.108 0.003 0.001 0.094 0.448 53 A 0.011 0.099 0.007 0.082 0.087 0.095 0.136 0.003 0.002 0.043 0.435 54 V 0.024 0.321 0.006 0.020 0.026 0.032 0.072 0.012 0.002 0.012 0.471 55 K 0.258 0.349 0.006 0.014 0.035 0.029 0.039 0.055 0.003 0.042 0.171 56 P 0.104 0.170 0.017 0.026 0.008 0.018 0.071 0.009 0.010 0.127 0.440 57 L 0.175 0.041 0.056 0.036 0.013 0.035 0.081 0.008 0.019 0.133 0.403 58 L 0.269 0.017 0.008 0.041 0.015 0.025 0.067 0.013 0.004 0.082 0.459 59 A 0.108 0.004 0.001 0.015 0.009 0.012 0.072 0.001 0.001 0.027 0.750 60 Q 0.004 0.001 0.001 0.018 0.012 0.023 0.097 0.001 0.001 0.013 0.830 61 S 0.011 0.002 0.001 0.007 0.014 0.021 0.114 0.002 0.001 0.019 0.810 62 G 0.059 0.005 0.002 0.019 0.058 0.064 0.161 0.015 0.001 0.085 0.531 63 P 0.147 0.035 0.002 0.022 0.011 0.024 0.104 0.004 0.001 0.052 0.598 64 L 0.086 0.048 0.003 0.035 0.019 0.047 0.113 0.004 0.001 0.052 0.592 65 D 0.018 0.115 0.001 0.046 0.054 0.091 0.109 0.004 0.001 0.056 0.506 66 D 0.010 0.289 0.001 0.039 0.060 0.100 0.073 0.002 0.001 0.070 0.355 67 I 0.005 0.481 0.001 0.038 0.120 0.100 0.029 0.001 0.001 0.071 0.153 68 D 0.004 0.773 0.001 0.019 0.035 0.051 0.011 0.001 0.001 0.046 0.059 69 V 0.002 0.857 0.001 0.012 0.037 0.027 0.005 0.001 0.001 0.034 0.025 70 A 0.002 0.942 0.001 0.005 0.011 0.015 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 71 L 0.006 0.846 0.001 0.008 0.017 0.014 0.003 0.001 0.001 0.088 0.015 72 R 0.010 0.654 0.007 0.021 0.026 0.024 0.009 0.003 0.001 0.218 0.026 73 L 0.061 0.631 0.010 0.027 0.017 0.018 0.020 0.009 0.002 0.139 0.066 74 I 0.071 0.167 0.112 0.067 0.027 0.024 0.058 0.012 0.044 0.241 0.179 75 Y 0.191 0.135 0.008 0.041 0.015 0.021 0.120 0.011 0.005 0.072 0.380 76 A 0.151 0.121 0.005 0.030 0.008 0.017 0.096 0.013 0.004 0.060 0.494 77 L 0.068 0.039 0.003 0.028 0.010 0.021 0.195 0.009 0.002 0.044 0.582 78 G 0.045 0.043 0.003 0.061 0.016 0.050 0.156 0.004 0.002 0.062 0.559 79 K 0.065 0.067 0.006 0.050 0.027 0.039 0.164 0.003 0.002 0.055 0.524 80 M 0.040 0.255 0.004 0.047 0.020 0.026 0.100 0.008 0.002 0.024 0.474 81 D 0.128 0.723 0.002 0.006 0.003 0.006 0.021 0.015 0.001 0.008 0.088 82 K 0.097 0.560 0.004 0.015 0.005 0.008 0.037 0.011 0.002 0.048 0.213 83 W 0.049 0.504 0.015 0.012 0.010 0.018 0.057 0.010 0.005 0.093 0.227 84 L 0.202 0.420 0.006 0.011 0.008 0.011 0.048 0.014 0.002 0.081 0.197 85 Y 0.127 0.128 0.009 0.018 0.012 0.013 0.069 0.006 0.003 0.347 0.267 86 A 0.013 0.323 0.003 0.013 0.007 0.013 0.081 0.003 0.001 0.103 0.440 87 D 0.025 0.868 0.002 0.002 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.017 0.068 88 I 0.033 0.505 0.008 0.005 0.002 0.003 0.022 0.005 0.001 0.316 0.098 89 T 0.009 0.829 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.001 0.069 0.070 90 H 0.017 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.016 0.040 91 F 0.015 0.868 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.055 0.037 92 S 0.022 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.022 0.052 93 Q 0.019 0.826 0.019 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 0.006 0.031 0.070 94 Y 0.086 0.742 0.019 0.003 0.001 0.001 0.021 0.033 0.008 0.023 0.062 95 W 0.194 0.339 0.011 0.007 0.003 0.005 0.056 0.017 0.008 0.089 0.272 96 H 0.101 0.187 0.008 0.013 0.005 0.010 0.114 0.008 0.004 0.087 0.463 97 Y 0.079 0.064 0.019 0.027 0.007 0.021 0.153 0.007 0.008 0.097 0.517 98 L 0.072 0.037 0.011 0.035 0.015 0.028 0.124 0.005 0.005 0.058 0.610 99 N 0.106 0.028 0.003 0.015 0.012 0.024 0.115 0.005 0.002 0.053 0.636 100 E 0.104 0.008 0.004 0.012 0.005 0.013 0.088 0.007 0.002 0.061 0.697 101 Q 0.118 0.006 0.001 0.011 0.005 0.012 0.084 0.004 0.001 0.060 0.698 102 D 0.048 0.006 0.001 0.020 0.006 0.014 0.105 0.002 0.001 0.042 0.755 103 E 0.036 0.011 0.001 0.018 0.010 0.013 0.099 0.003 0.001 0.033 0.777 104 T 0.064 0.007 0.001 0.012 0.035 0.021 0.135 0.008 0.001 0.043 0.674 105 P 0.016 0.003 0.001 0.019 0.021 0.025 0.174 0.004 0.001 0.024 0.713 106 G 0.056 0.020 0.002 0.056 0.017 0.038 0.153 0.003 0.001 0.043 0.613 107 F 0.144 0.044 0.004 0.050 0.016 0.026 0.127 0.007 0.002 0.061 0.520 108 A 0.096 0.060 0.003 0.039 0.011 0.018 0.131 0.005 0.001 0.086 0.549 109 D 0.066 0.133 0.003 0.048 0.024 0.037 0.116 0.008 0.001 0.090 0.474 110 D 0.061 0.143 0.003 0.060 0.036 0.053 0.135 0.008 0.001 0.057 0.443 111 I 0.029 0.190 0.003 0.051 0.084 0.084 0.097 0.005 0.001 0.031 0.426 112 T 0.051 0.339 0.002 0.032 0.050 0.084 0.075 0.015 0.001 0.021 0.330 113 W 0.062 0.137 0.003 0.048 0.031 0.036 0.070 0.007 0.001 0.211 0.394 114 D 0.025 0.234 0.021 0.026 0.018 0.025 0.078 0.007 0.009 0.355 0.203 115 F 0.165 0.482 0.009 0.011 0.006 0.012 0.043 0.012 0.003 0.082 0.175 116 I 0.094 0.321 0.015 0.022 0.013 0.018 0.049 0.010 0.006 0.193 0.260 117 S 0.034 0.278 0.002 0.014 0.019 0.031 0.096 0.004 0.001 0.131 0.390 118 N 0.026 0.661 0.004 0.011 0.005 0.016 0.031 0.013 0.001 0.030 0.201 119 V 0.058 0.195 0.006 0.015 0.016 0.019 0.050 0.007 0.001 0.442 0.191 120 N 0.022 0.391 0.011 0.024 0.009 0.020 0.057 0.007 0.005 0.248 0.207 121 S 0.190 0.256 0.016 0.021 0.009 0.019 0.058 0.028 0.004 0.156 0.242 122 I 0.104 0.157 0.033 0.059 0.016 0.025 0.081 0.016 0.017 0.124 0.367 123 T 0.128 0.032 0.003 0.015 0.013 0.024 0.123 0.003 0.002 0.084 0.573 124 R 0.019 0.063 0.005 0.025 0.007 0.016 0.112 0.009 0.003 0.061 0.679 125 N 0.270 0.184 0.008 0.009 0.006 0.009 0.095 0.018 0.005 0.037 0.359 126 A 0.169 0.116 0.008 0.016 0.008 0.014 0.094 0.011 0.004 0.053 0.507 127 T 0.058 0.153 0.002 0.007 0.010 0.016 0.098 0.004 0.001 0.023 0.628 128 L 0.104 0.458 0.010 0.011 0.007 0.012 0.053 0.016 0.004 0.027 0.296 129 Y 0.157 0.571 0.004 0.004 0.006 0.006 0.033 0.017 0.002 0.016 0.184 130 D 0.119 0.564 0.003 0.003 0.012 0.021 0.034 0.008 0.001 0.015 0.219 131 A 0.024 0.681 0.006 0.005 0.010 0.018 0.032 0.003 0.002 0.010 0.208 132 L 0.125 0.533 0.023 0.004 0.018 0.020 0.034 0.016 0.009 0.023 0.196 133 K 0.267 0.376 0.003 0.003 0.017 0.019 0.038 0.029 0.002 0.026 0.220 134 A 0.120 0.109 0.002 0.005 0.009 0.021 0.050 0.004 0.001 0.022 0.656 135 M 0.040 0.120 0.012 0.017 0.014 0.025 0.068 0.001 0.002 0.031 0.670 136 K 0.015 0.197 0.003 0.008 0.021 0.023 0.067 0.003 0.001 0.025 0.636 137 F 0.078 0.689 0.002 0.002 0.006 0.005 0.024 0.007 0.001 0.019 0.167 138 A 0.035 0.724 0.001 0.006 0.006 0.005 0.028 0.005 0.001 0.029 0.159 139 D 0.024 0.774 0.001 0.005 0.002 0.006 0.026 0.003 0.001 0.033 0.127 140 F 0.028 0.388 0.002 0.015 0.013 0.012 0.038 0.004 0.001 0.389 0.111 141 A 0.009 0.793 0.003 0.009 0.008 0.009 0.019 0.004 0.001 0.075 0.071 142 V 0.020 0.895 0.002 0.004 0.003 0.004 0.007 0.006 0.001 0.010 0.047 143 W 0.017 0.809 0.006 0.009 0.005 0.007 0.011 0.009 0.002 0.040 0.085 144 S 0.053 0.744 0.005 0.003 0.003 0.006 0.021 0.011 0.002 0.053 0.100 145 E 0.107 0.317 0.048 0.008 0.004 0.007 0.032 0.017 0.024 0.250 0.187 146 A 0.139 0.133 0.049 0.008 0.003 0.005 0.088 0.011 0.035 0.162 0.368 147 R 0.165 0.172 0.005 0.006 0.003 0.005 0.081 0.008 0.004 0.056 0.496 148 F 0.065 0.348 0.004 0.006 0.001 0.003 0.066 0.006 0.001 0.047 0.453 149 S 0.039 0.356 0.002 0.009 0.002 0.007 0.088 0.007 0.001 0.077 0.411 150 G 0.020 0.226 0.004 0.020 0.006 0.017 0.062 0.003 0.001 0.337 0.305 151 M 0.021 0.486 0.005 0.015 0.011 0.019 0.045 0.005 0.001 0.161 0.231 152 V 0.017 0.789 0.002 0.011 0.005 0.008 0.015 0.002 0.001 0.052 0.098 153 K 0.009 0.719 0.002 0.011 0.005 0.010 0.013 0.001 0.001 0.172 0.057 154 T 0.002 0.939 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.024 0.022 155 A 0.001 0.955 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.015 156 L 0.003 0.963 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.008 157 T 0.002 0.150 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.824 0.012 158 L 0.001 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.904 0.008 159 A 0.003 0.217 0.002 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.744 0.018 160 V 0.003 0.953 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.022 161 T 0.023 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.045 162 T 0.023 0.737 0.025 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.030 0.056 0.100 163 T 0.232 0.405 0.035 0.001 0.001 0.001 0.034 0.035 0.042 0.066 0.148 164 L 0.259 0.095 0.067 0.004 0.001 0.001 0.066 0.037 0.064 0.099 0.307 165 K 0.192 0.016 0.004 0.008 0.002 0.002 0.155 0.003 0.002 0.049 0.568 166 E 0.010 0.004 0.001 0.025 0.001 0.004 0.171 0.001 0.001 0.030 0.750 167 L 0.016 0.003 0.002 0.024 0.006 0.009 0.178 0.005 0.001 0.048 0.707 168 T 0.182 0.008 0.002 0.018 0.008 0.012 0.139 0.012 0.001 0.072 0.547 169 P 0.044 0.002 0.001 0.008 0.003 0.009 0.100 0.008 0.001 0.024 0.801