# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.200 0.084 0.050 0.098 0.080 0.079 0.096 0.087 0.094 0.076 0.056 2 A 0.293 0.155 0.083 0.116 0.087 0.071 0.081 0.046 0.035 0.022 0.011 3 T 0.267 0.195 0.126 0.205 0.099 0.049 0.033 0.014 0.008 0.003 0.002 4 L 0.125 0.072 0.032 0.070 0.085 0.095 0.147 0.132 0.115 0.081 0.046 5 T 0.078 0.208 0.118 0.183 0.135 0.104 0.083 0.040 0.028 0.016 0.009 6 E 0.064 0.046 0.048 0.088 0.112 0.138 0.196 0.124 0.096 0.058 0.029 7 D 0.249 0.151 0.111 0.178 0.117 0.082 0.067 0.025 0.012 0.005 0.002 8 D 0.077 0.153 0.114 0.307 0.182 0.093 0.048 0.016 0.007 0.002 0.001 9 V 0.020 0.019 0.026 0.038 0.034 0.039 0.106 0.140 0.204 0.206 0.169 10 L 0.004 0.005 0.044 0.055 0.091 0.148 0.249 0.153 0.125 0.079 0.047 11 E 0.006 0.020 0.431 0.162 0.121 0.087 0.100 0.040 0.020 0.009 0.004 12 Q 0.003 0.016 0.103 0.173 0.195 0.209 0.183 0.067 0.028 0.016 0.007 13 L 0.003 0.005 0.019 0.011 0.014 0.025 0.104 0.142 0.231 0.252 0.196 14 D 0.129 0.115 0.210 0.196 0.149 0.084 0.071 0.024 0.013 0.006 0.004 15 A 0.104 0.182 0.350 0.150 0.078 0.055 0.053 0.015 0.007 0.004 0.002 16 Q 0.038 0.060 0.068 0.126 0.155 0.173 0.197 0.080 0.052 0.032 0.018 17 D 0.496 0.139 0.106 0.102 0.057 0.037 0.032 0.013 0.009 0.005 0.004 18 N 0.027 0.123 0.122 0.170 0.156 0.141 0.139 0.057 0.037 0.019 0.010 19 L 0.003 0.005 0.010 0.015 0.022 0.045 0.151 0.184 0.240 0.195 0.132 20 F 0.030 0.027 0.053 0.138 0.211 0.253 0.184 0.056 0.030 0.012 0.005 21 S 0.013 0.048 0.248 0.284 0.180 0.113 0.074 0.024 0.010 0.003 0.002 22 F 0.001 0.001 0.011 0.009 0.009 0.014 0.067 0.138 0.241 0.272 0.238 23 M 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.022 0.124 0.181 0.234 0.236 0.183 24 K 0.003 0.011 0.319 0.238 0.224 0.122 0.052 0.016 0.009 0.004 0.001 25 T 0.001 0.003 0.021 0.038 0.079 0.192 0.375 0.154 0.079 0.040 0.020 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.066 0.213 0.340 0.359 27 H 0.001 0.001 0.011 0.017 0.037 0.125 0.380 0.185 0.119 0.077 0.047 28 S 0.005 0.020 0.459 0.269 0.145 0.062 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.048 0.233 0.208 0.203 0.160 0.121 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.068 0.200 0.330 0.376 31 L 0.001 0.002 0.060 0.085 0.197 0.298 0.259 0.061 0.026 0.009 0.004 32 Q 0.018 0.035 0.411 0.247 0.137 0.096 0.046 0.008 0.002 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.039 0.236 0.225 0.223 0.167 0.086 34 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.051 0.113 0.213 0.290 0.324 35 R 0.001 0.007 0.361 0.268 0.220 0.102 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 36 Q 0.010 0.036 0.519 0.173 0.122 0.092 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.034 0.220 0.221 0.244 0.167 0.089 38 L 0.001 0.002 0.009 0.011 0.019 0.043 0.208 0.209 0.204 0.172 0.123 39 P 0.029 0.066 0.656 0.154 0.063 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 40 S 0.062 0.081 0.210 0.208 0.171 0.151 0.089 0.019 0.007 0.003 0.001 41 L 0.009 0.011 0.016 0.019 0.026 0.039 0.159 0.200 0.253 0.179 0.090 42 F 0.024 0.035 0.065 0.091 0.096 0.148 0.239 0.115 0.090 0.062 0.036 43 V 0.026 0.048 0.173 0.130 0.128 0.122 0.165 0.088 0.064 0.040 0.017 44 D 0.181 0.160 0.111 0.182 0.128 0.086 0.075 0.041 0.021 0.011 0.004 45 N 0.073 0.163 0.056 0.114 0.127 0.122 0.149 0.086 0.055 0.036 0.020 46 D 0.045 0.102 0.053 0.159 0.181 0.156 0.148 0.070 0.048 0.026 0.013 47 E 0.428 0.167 0.094 0.135 0.083 0.045 0.032 0.008 0.005 0.002 0.001 48 E 0.128 0.140 0.127 0.358 0.142 0.061 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 49 I 0.010 0.008 0.022 0.022 0.022 0.033 0.111 0.167 0.243 0.232 0.132 50 V 0.002 0.005 0.032 0.071 0.100 0.162 0.269 0.162 0.107 0.058 0.032 51 E 0.001 0.018 0.304 0.231 0.169 0.126 0.080 0.037 0.020 0.009 0.003 52 Y 0.003 0.009 0.031 0.065 0.115 0.201 0.306 0.149 0.071 0.035 0.014 53 A 0.003 0.007 0.014 0.019 0.018 0.025 0.104 0.162 0.248 0.246 0.154 54 V 0.001 0.004 0.009 0.018 0.027 0.040 0.134 0.158 0.205 0.210 0.193 55 K 0.046 0.111 0.238 0.298 0.167 0.079 0.037 0.013 0.007 0.003 0.001 56 P 0.021 0.043 0.046 0.082 0.109 0.157 0.249 0.136 0.092 0.046 0.018 57 L 0.010 0.013 0.013 0.035 0.041 0.050 0.120 0.156 0.212 0.189 0.160 58 L 0.005 0.011 0.009 0.030 0.050 0.077 0.178 0.156 0.178 0.149 0.157 59 A 0.064 0.104 0.157 0.249 0.187 0.110 0.076 0.029 0.015 0.006 0.003 60 Q 0.361 0.145 0.084 0.152 0.092 0.073 0.055 0.020 0.010 0.005 0.003 61 S 0.222 0.148 0.046 0.148 0.118 0.085 0.090 0.056 0.041 0.028 0.018 62 G 0.226 0.147 0.029 0.082 0.078 0.081 0.101 0.074 0.075 0.061 0.045 63 P 0.139 0.150 0.034 0.158 0.146 0.125 0.121 0.053 0.037 0.022 0.014 64 L 0.037 0.017 0.008 0.028 0.041 0.058 0.119 0.136 0.191 0.179 0.186 65 D 0.192 0.168 0.068 0.226 0.148 0.088 0.059 0.024 0.014 0.007 0.005 66 D 0.131 0.149 0.057 0.209 0.171 0.131 0.087 0.033 0.018 0.009 0.004 67 I 0.029 0.013 0.007 0.025 0.031 0.052 0.148 0.166 0.212 0.189 0.127 68 D 0.074 0.119 0.095 0.282 0.217 0.123 0.068 0.013 0.006 0.003 0.001 69 V 0.008 0.007 0.012 0.025 0.024 0.031 0.146 0.155 0.220 0.217 0.154 70 A 0.011 0.013 0.030 0.090 0.123 0.170 0.241 0.117 0.104 0.065 0.036 71 L 0.004 0.007 0.025 0.032 0.031 0.045 0.196 0.186 0.210 0.178 0.085 72 R 0.003 0.007 0.062 0.063 0.078 0.121 0.198 0.170 0.141 0.103 0.055 73 L 0.003 0.005 0.059 0.011 0.007 0.010 0.065 0.135 0.238 0.291 0.177 74 I 0.002 0.005 0.062 0.040 0.029 0.029 0.087 0.164 0.207 0.222 0.151 75 Y 0.002 0.005 0.066 0.016 0.016 0.030 0.122 0.158 0.244 0.214 0.127 76 A 0.004 0.008 0.092 0.056 0.050 0.053 0.160 0.170 0.218 0.129 0.060 77 L 0.004 0.010 0.032 0.028 0.022 0.038 0.141 0.154 0.233 0.206 0.134 78 G 0.023 0.027 0.046 0.081 0.100 0.131 0.229 0.142 0.128 0.065 0.030 79 K 0.049 0.102 0.087 0.166 0.182 0.163 0.154 0.058 0.026 0.009 0.003 80 M 0.011 0.013 0.017 0.027 0.027 0.028 0.073 0.119 0.234 0.243 0.207 81 D 0.045 0.132 0.073 0.220 0.186 0.139 0.123 0.044 0.025 0.009 0.005 82 K 0.221 0.147 0.103 0.216 0.134 0.079 0.056 0.023 0.013 0.006 0.002 83 W 0.148 0.138 0.083 0.148 0.127 0.126 0.112 0.053 0.034 0.019 0.012 84 L 0.003 0.012 0.010 0.041 0.063 0.113 0.253 0.186 0.166 0.100 0.053 85 Y 0.014 0.019 0.033 0.074 0.116 0.148 0.240 0.143 0.114 0.066 0.034 86 A 0.124 0.131 0.272 0.246 0.121 0.058 0.031 0.009 0.004 0.002 0.002 87 D 0.001 0.014 0.036 0.059 0.060 0.086 0.200 0.185 0.180 0.122 0.055 88 I 0.002 0.002 0.007 0.011 0.018 0.035 0.119 0.157 0.231 0.224 0.194 89 T 0.114 0.075 0.391 0.217 0.112 0.053 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 90 H 0.001 0.010 0.056 0.097 0.131 0.229 0.300 0.105 0.047 0.019 0.005 91 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.049 0.105 0.222 0.302 0.306 92 S 0.016 0.015 0.085 0.120 0.122 0.180 0.248 0.107 0.059 0.033 0.015 93 Q 0.005 0.028 0.365 0.246 0.190 0.093 0.049 0.015 0.006 0.002 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.014 0.092 0.141 0.241 0.278 0.216 95 W 0.001 0.002 0.012 0.037 0.082 0.150 0.323 0.173 0.126 0.066 0.028 96 H 0.020 0.039 0.650 0.129 0.071 0.043 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 97 Y 0.001 0.007 0.028 0.079 0.154 0.266 0.309 0.096 0.037 0.017 0.005 98 L 0.001 0.002 0.006 0.004 0.005 0.010 0.060 0.121 0.247 0.312 0.231 99 N 0.023 0.066 0.142 0.242 0.242 0.140 0.096 0.030 0.013 0.005 0.002 100 E 0.139 0.158 0.423 0.151 0.074 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.036 0.082 0.050 0.128 0.141 0.147 0.211 0.098 0.052 0.035 0.018 102 D 0.474 0.151 0.060 0.086 0.062 0.050 0.058 0.025 0.018 0.009 0.006 103 E 0.505 0.153 0.088 0.100 0.062 0.040 0.027 0.011 0.007 0.004 0.003 104 T 0.204 0.282 0.089 0.158 0.092 0.059 0.058 0.027 0.017 0.010 0.005 105 P 0.144 0.060 0.022 0.073 0.092 0.129 0.168 0.109 0.093 0.066 0.043 106 G 0.281 0.210 0.072 0.149 0.093 0.066 0.058 0.027 0.021 0.013 0.010 107 F 0.034 0.026 0.021 0.058 0.064 0.082 0.156 0.149 0.158 0.137 0.113 108 A 0.086 0.106 0.065 0.158 0.135 0.120 0.128 0.078 0.063 0.038 0.022 109 D 0.064 0.078 0.054 0.137 0.152 0.151 0.158 0.091 0.064 0.033 0.018 110 D 0.245 0.138 0.096 0.183 0.126 0.091 0.062 0.030 0.016 0.009 0.005 111 I 0.018 0.038 0.024 0.095 0.134 0.170 0.224 0.126 0.088 0.056 0.028 112 T 0.009 0.016 0.016 0.034 0.032 0.040 0.113 0.141 0.201 0.208 0.192 113 W 0.007 0.010 0.019 0.058 0.097 0.143 0.222 0.152 0.143 0.093 0.057 114 D 0.052 0.108 0.236 0.275 0.153 0.083 0.052 0.021 0.011 0.005 0.004 115 F 0.003 0.009 0.017 0.042 0.054 0.087 0.211 0.193 0.178 0.133 0.074 116 I 0.003 0.002 0.004 0.010 0.017 0.029 0.098 0.154 0.231 0.232 0.219 117 S 0.078 0.115 0.240 0.268 0.149 0.079 0.045 0.015 0.007 0.003 0.002 118 N 0.026 0.087 0.122 0.223 0.184 0.175 0.122 0.034 0.016 0.007 0.002 119 V 0.003 0.003 0.004 0.006 0.006 0.011 0.045 0.096 0.204 0.293 0.330 120 N 0.090 0.136 0.105 0.233 0.173 0.118 0.090 0.028 0.016 0.007 0.005 121 S 0.036 0.064 0.098 0.097 0.083 0.076 0.126 0.114 0.128 0.099 0.077 122 I 0.023 0.023 0.031 0.073 0.085 0.140 0.214 0.138 0.117 0.088 0.068 123 T 0.057 0.060 0.060 0.124 0.140 0.129 0.180 0.107 0.077 0.043 0.023 124 R 0.084 0.108 0.198 0.185 0.128 0.102 0.083 0.043 0.034 0.022 0.013 125 N 0.173 0.101 0.091 0.136 0.111 0.107 0.118 0.061 0.049 0.034 0.018 126 A 0.236 0.117 0.088 0.107 0.078 0.071 0.100 0.066 0.062 0.047 0.030 127 T 0.199 0.193 0.111 0.126 0.098 0.077 0.074 0.042 0.036 0.026 0.018 128 L 0.074 0.084 0.046 0.104 0.094 0.105 0.146 0.106 0.104 0.083 0.053 129 Y 0.109 0.065 0.065 0.115 0.135 0.138 0.160 0.084 0.075 0.037 0.018 130 D 0.237 0.157 0.242 0.174 0.086 0.044 0.030 0.013 0.009 0.005 0.004 131 A 0.051 0.054 0.063 0.105 0.103 0.129 0.173 0.113 0.096 0.070 0.043 132 L 0.035 0.025 0.037 0.045 0.064 0.104 0.187 0.162 0.163 0.114 0.064 133 K 0.184 0.169 0.332 0.169 0.076 0.036 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 134 A 0.138 0.137 0.194 0.201 0.122 0.085 0.067 0.026 0.016 0.009 0.005 135 M 0.106 0.056 0.044 0.073 0.081 0.099 0.163 0.120 0.117 0.088 0.054 136 K 0.236 0.215 0.171 0.170 0.087 0.056 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 137 F 0.057 0.079 0.109 0.130 0.119 0.123 0.153 0.090 0.071 0.045 0.023 138 A 0.240 0.101 0.080 0.108 0.096 0.099 0.116 0.064 0.050 0.030 0.016 139 D 0.105 0.148 0.125 0.190 0.122 0.102 0.106 0.046 0.033 0.016 0.008 140 F 0.015 0.018 0.039 0.059 0.063 0.095 0.172 0.150 0.173 0.134 0.082 141 A 0.059 0.054 0.162 0.185 0.136 0.124 0.125 0.065 0.051 0.026 0.012 142 V 0.029 0.057 0.226 0.209 0.144 0.117 0.116 0.053 0.032 0.013 0.005 143 W 0.011 0.016 0.097 0.058 0.059 0.096 0.186 0.162 0.158 0.103 0.053 144 S 0.018 0.026 0.143 0.141 0.127 0.143 0.192 0.099 0.066 0.034 0.011 145 E 0.020 0.042 0.435 0.194 0.115 0.077 0.070 0.024 0.014 0.006 0.002 146 A 0.049 0.057 0.320 0.158 0.111 0.098 0.106 0.048 0.032 0.014 0.006 147 R 0.046 0.043 0.132 0.105 0.097 0.137 0.211 0.102 0.067 0.041 0.018 148 F 0.014 0.036 0.159 0.121 0.121 0.138 0.193 0.102 0.065 0.037 0.015 149 S 0.052 0.071 0.272 0.163 0.169 0.122 0.096 0.031 0.016 0.006 0.002 150 G 0.194 0.116 0.225 0.212 0.117 0.069 0.044 0.013 0.006 0.003 0.001 151 M 0.050 0.057 0.118 0.096 0.101 0.119 0.185 0.102 0.088 0.057 0.027 152 V 0.029 0.038 0.139 0.089 0.060 0.061 0.145 0.128 0.131 0.109 0.070 153 K 0.011 0.050 0.185 0.172 0.216 0.161 0.117 0.046 0.026 0.011 0.005 154 T 0.066 0.066 0.258 0.135 0.089 0.085 0.135 0.071 0.051 0.029 0.015 155 A 0.027 0.034 0.109 0.121 0.150 0.153 0.194 0.094 0.065 0.036 0.017 156 L 0.010 0.011 0.041 0.024 0.018 0.025 0.139 0.159 0.211 0.215 0.147 157 T 0.013 0.028 0.142 0.182 0.191 0.182 0.126 0.058 0.041 0.025 0.012 158 L 0.019 0.029 0.244 0.045 0.032 0.040 0.133 0.117 0.141 0.121 0.079 159 A 0.007 0.021 0.084 0.091 0.095 0.103 0.178 0.153 0.126 0.089 0.052 160 V 0.007 0.030 0.124 0.034 0.023 0.029 0.119 0.117 0.185 0.191 0.143 161 T 0.050 0.057 0.271 0.239 0.181 0.095 0.064 0.023 0.013 0.005 0.002 162 T 0.208 0.127 0.372 0.136 0.068 0.044 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 163 T 0.017 0.019 0.132 0.072 0.054 0.065 0.176 0.143 0.155 0.113 0.054 164 L 0.005 0.009 0.055 0.050 0.061 0.132 0.287 0.159 0.125 0.079 0.038 165 K 0.029 0.048 0.592 0.162 0.086 0.042 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 166 E 0.032 0.058 0.260 0.186 0.177 0.151 0.094 0.026 0.010 0.004 0.001 167 L 0.015 0.016 0.081 0.032 0.028 0.035 0.105 0.124 0.199 0.216 0.149 168 T 0.053 0.121 0.162 0.204 0.187 0.113 0.093 0.036 0.019 0.009 0.004 169 P 0.205 0.154 0.275 0.136 0.091 0.051 0.040 0.021 0.014 0.008 0.004