# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.023 0.043 0.027 0.056 0.086 0.009 0.688 2 A 0.065 0.024 0.046 0.035 0.062 0.140 0.012 0.616 3 T 0.091 0.028 0.028 0.028 0.040 0.109 0.012 0.663 4 L 0.107 0.035 0.039 0.020 0.039 0.082 0.007 0.671 5 T 0.087 0.062 0.043 0.050 0.065 0.176 0.009 0.508 6 E 0.057 0.046 0.045 0.022 0.038 0.119 0.009 0.664 7 D 0.060 0.102 0.042 0.023 0.048 0.137 0.011 0.577 8 D 0.083 0.076 0.024 0.011 0.020 0.127 0.012 0.646 9 V 0.065 0.196 0.030 0.013 0.025 0.345 0.010 0.317 10 L 0.092 0.388 0.029 0.015 0.050 0.234 0.013 0.179 11 E 0.059 0.764 0.018 0.012 0.023 0.033 0.005 0.085 12 Q 0.062 0.726 0.011 0.010 0.014 0.014 0.013 0.149 13 L 0.170 0.497 0.062 0.014 0.034 0.021 0.034 0.167 14 D 0.093 0.521 0.018 0.019 0.032 0.043 0.025 0.250 15 A 0.123 0.263 0.037 0.010 0.025 0.046 0.037 0.458 16 Q 0.231 0.193 0.029 0.006 0.011 0.153 0.035 0.342 17 D 0.128 0.132 0.027 0.004 0.004 0.102 0.021 0.581 18 N 0.071 0.159 0.026 0.005 0.005 0.188 0.014 0.533 19 L 0.071 0.460 0.052 0.006 0.012 0.059 0.008 0.333 20 F 0.026 0.373 0.025 0.004 0.010 0.247 0.006 0.309 21 S 0.047 0.416 0.005 0.002 0.004 0.322 0.005 0.198 22 F 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 23 M 0.003 0.966 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 24 K 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 25 T 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 26 A 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 27 H 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 28 S 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 29 I 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 30 L 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 31 L 0.005 0.978 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 32 Q 0.017 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.024 33 G 0.072 0.865 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 0.044 34 I 0.037 0.891 0.005 0.001 0.002 0.004 0.006 0.053 35 R 0.007 0.933 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.047 36 Q 0.070 0.794 0.005 0.002 0.001 0.004 0.029 0.095 37 F 0.161 0.661 0.026 0.003 0.003 0.007 0.060 0.078 38 L 0.054 0.637 0.097 0.015 0.023 0.015 0.019 0.140 39 P 0.001 0.023 0.008 0.002 0.002 0.010 0.002 0.952 40 S 0.085 0.135 0.088 0.041 0.027 0.079 0.041 0.503 41 L 0.263 0.180 0.175 0.037 0.021 0.026 0.034 0.263 42 F 0.036 0.047 0.539 0.082 0.077 0.050 0.013 0.157 43 V 0.035 0.034 0.201 0.131 0.123 0.060 0.005 0.411 44 D 0.030 0.041 0.164 0.138 0.197 0.083 0.008 0.339 45 N 0.033 0.021 0.049 0.025 0.045 0.224 0.011 0.593 46 D 0.077 0.021 0.031 0.014 0.032 0.201 0.021 0.603 47 E 0.064 0.021 0.013 0.010 0.014 0.193 0.013 0.672 48 E 0.041 0.025 0.005 0.007 0.009 0.523 0.010 0.379 49 I 0.146 0.129 0.015 0.023 0.046 0.224 0.016 0.402 50 V 0.039 0.443 0.019 0.051 0.098 0.091 0.004 0.255 51 E 0.016 0.482 0.025 0.105 0.147 0.038 0.004 0.182 52 Y 0.020 0.403 0.024 0.152 0.158 0.022 0.007 0.214 53 A 0.026 0.405 0.019 0.187 0.219 0.012 0.010 0.120 54 V 0.035 0.245 0.060 0.174 0.296 0.022 0.017 0.151 55 K 0.025 0.140 0.049 0.212 0.213 0.025 0.006 0.329 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 57 L 0.034 0.154 0.045 0.108 0.215 0.077 0.014 0.353 58 L 0.241 0.282 0.038 0.039 0.047 0.040 0.025 0.288 59 A 0.220 0.325 0.042 0.052 0.078 0.036 0.031 0.217 60 Q 0.364 0.143 0.041 0.022 0.031 0.052 0.050 0.297 61 S 0.341 0.079 0.031 0.012 0.012 0.035 0.103 0.386 62 G 0.326 0.032 0.084 0.030 0.021 0.052 0.054 0.401 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 64 L 0.017 0.007 0.030 0.024 0.088 0.124 0.004 0.706 65 D 0.062 0.012 0.016 0.011 0.020 0.113 0.004 0.762 66 D 0.062 0.024 0.014 0.016 0.020 0.136 0.005 0.724 67 I 0.271 0.138 0.032 0.038 0.044 0.088 0.006 0.385 68 D 0.058 0.126 0.026 0.039 0.068 0.163 0.006 0.514 69 V 0.027 0.409 0.015 0.067 0.073 0.073 0.004 0.332 70 A 0.024 0.709 0.017 0.032 0.059 0.064 0.005 0.088 71 L 0.027 0.763 0.009 0.018 0.027 0.046 0.007 0.104 72 R 0.003 0.965 0.006 0.005 0.004 0.002 0.001 0.014 73 L 0.006 0.928 0.010 0.008 0.011 0.007 0.004 0.026 74 I 0.006 0.967 0.005 0.004 0.006 0.002 0.002 0.008 75 Y 0.005 0.962 0.007 0.004 0.006 0.002 0.003 0.011 76 A 0.016 0.933 0.007 0.004 0.004 0.004 0.008 0.025 77 L 0.021 0.907 0.018 0.005 0.005 0.003 0.014 0.027 78 G 0.205 0.520 0.026 0.014 0.011 0.019 0.073 0.131 79 K 0.079 0.415 0.147 0.018 0.014 0.028 0.023 0.276 80 M 0.067 0.483 0.054 0.024 0.040 0.074 0.017 0.241 81 D 0.068 0.403 0.052 0.014 0.029 0.071 0.018 0.343 82 K 0.051 0.410 0.034 0.007 0.015 0.060 0.013 0.410 83 W 0.065 0.344 0.019 0.005 0.005 0.233 0.018 0.311 84 L 0.156 0.445 0.008 0.003 0.006 0.134 0.024 0.223 85 Y 0.032 0.844 0.015 0.005 0.007 0.011 0.004 0.081 86 A 0.027 0.520 0.016 0.006 0.010 0.081 0.010 0.330 87 D 0.081 0.561 0.010 0.004 0.006 0.050 0.016 0.272 88 I 0.046 0.812 0.007 0.002 0.007 0.008 0.005 0.113 89 T 0.013 0.608 0.008 0.003 0.005 0.154 0.006 0.203 90 H 0.052 0.661 0.002 0.001 0.002 0.133 0.007 0.143 91 F 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 92 S 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 93 Q 0.006 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 94 Y 0.039 0.914 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.031 95 W 0.011 0.951 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.025 96 H 0.009 0.941 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.036 97 Y 0.021 0.935 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.028 98 L 0.036 0.909 0.004 0.003 0.003 0.003 0.010 0.032 99 N 0.074 0.764 0.020 0.011 0.011 0.015 0.024 0.082 100 E 0.183 0.444 0.037 0.014 0.015 0.023 0.049 0.235 101 Q 0.164 0.251 0.041 0.013 0.016 0.083 0.044 0.388 102 D 0.072 0.078 0.021 0.010 0.011 0.064 0.036 0.708 103 E 0.082 0.073 0.062 0.014 0.016 0.136 0.058 0.559 104 T 0.145 0.019 0.054 0.018 0.024 0.206 0.013 0.522 105 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 106 G 0.032 0.006 0.034 0.040 0.106 0.174 0.005 0.602 107 F 0.212 0.018 0.110 0.059 0.069 0.084 0.007 0.441 108 A 0.090 0.031 0.059 0.072 0.140 0.136 0.005 0.467 109 D 0.087 0.022 0.044 0.032 0.091 0.119 0.006 0.598 110 D 0.062 0.024 0.023 0.010 0.021 0.076 0.005 0.780 111 I 0.077 0.025 0.016 0.008 0.013 0.551 0.010 0.300 112 T 0.122 0.065 0.015 0.008 0.019 0.566 0.016 0.189 113 W 0.050 0.617 0.037 0.016 0.036 0.045 0.004 0.195 114 D 0.018 0.431 0.020 0.012 0.028 0.133 0.007 0.352 115 F 0.109 0.368 0.011 0.005 0.015 0.096 0.017 0.378 116 I 0.066 0.821 0.007 0.004 0.011 0.016 0.006 0.069 117 S 0.026 0.822 0.008 0.005 0.008 0.024 0.012 0.096 118 N 0.235 0.467 0.008 0.003 0.004 0.019 0.062 0.203 119 V 0.397 0.409 0.050 0.007 0.006 0.011 0.038 0.083 120 N 0.064 0.437 0.191 0.032 0.027 0.070 0.033 0.146 121 S 0.037 0.367 0.123 0.022 0.041 0.046 0.012 0.351 122 I 0.079 0.374 0.153 0.027 0.061 0.087 0.015 0.205 123 T 0.087 0.449 0.090 0.025 0.025 0.130 0.019 0.174 124 R 0.102 0.450 0.111 0.013 0.019 0.046 0.025 0.234 125 N 0.134 0.286 0.064 0.015 0.020 0.055 0.039 0.387 126 A 0.144 0.089 0.044 0.010 0.012 0.049 0.031 0.621 127 T 0.084 0.094 0.051 0.013 0.018 0.185 0.020 0.536 128 L 0.129 0.093 0.043 0.011 0.030 0.193 0.014 0.487 129 Y 0.074 0.234 0.043 0.015 0.026 0.128 0.007 0.473 130 D 0.044 0.234 0.025 0.012 0.019 0.244 0.010 0.413 131 A 0.084 0.492 0.019 0.009 0.015 0.063 0.008 0.310 132 L 0.064 0.726 0.013 0.010 0.025 0.037 0.007 0.118 133 K 0.088 0.633 0.013 0.013 0.021 0.069 0.020 0.142 134 A 0.080 0.732 0.010 0.006 0.010 0.021 0.015 0.127 135 M 0.181 0.588 0.010 0.007 0.010 0.018 0.030 0.155 136 K 0.242 0.337 0.022 0.009 0.009 0.075 0.060 0.247 137 F 0.177 0.304 0.041 0.010 0.014 0.050 0.043 0.360 138 A 0.155 0.161 0.034 0.012 0.017 0.068 0.023 0.531 139 D 0.052 0.109 0.041 0.015 0.016 0.112 0.015 0.640 140 F 0.122 0.185 0.058 0.025 0.044 0.100 0.012 0.455 141 A 0.092 0.270 0.058 0.044 0.079 0.173 0.007 0.277 142 V 0.032 0.467 0.022 0.045 0.057 0.063 0.005 0.308 143 W 0.044 0.644 0.023 0.032 0.070 0.038 0.006 0.144 144 S 0.036 0.686 0.009 0.029 0.035 0.035 0.010 0.161 145 E 0.035 0.731 0.011 0.015 0.028 0.020 0.009 0.151 146 A 0.032 0.838 0.005 0.011 0.016 0.017 0.007 0.074 147 R 0.042 0.832 0.004 0.009 0.012 0.017 0.013 0.071 148 F 0.033 0.868 0.008 0.006 0.010 0.007 0.010 0.057 149 S 0.043 0.788 0.009 0.007 0.007 0.017 0.022 0.106 150 G 0.212 0.448 0.012 0.009 0.005 0.017 0.053 0.245 151 M 0.166 0.329 0.044 0.011 0.012 0.058 0.026 0.355 152 V 0.046 0.436 0.069 0.048 0.046 0.063 0.015 0.278 153 K 0.021 0.411 0.068 0.043 0.059 0.062 0.008 0.328 154 T 0.011 0.465 0.027 0.025 0.035 0.067 0.005 0.365 155 A 0.019 0.699 0.024 0.017 0.023 0.045 0.006 0.167 156 L 0.012 0.864 0.008 0.011 0.010 0.025 0.004 0.067 157 T 0.018 0.897 0.006 0.007 0.010 0.019 0.004 0.039 158 L 0.009 0.964 0.002 0.005 0.005 0.004 0.001 0.010 159 A 0.004 0.973 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.010 160 V 0.010 0.942 0.003 0.006 0.008 0.004 0.005 0.022 161 T 0.004 0.977 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 162 T 0.005 0.959 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.022 163 T 0.007 0.968 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.015 164 L 0.006 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 165 K 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 166 E 0.090 0.827 0.003 0.002 0.001 0.004 0.034 0.040 167 L 0.078 0.847 0.011 0.003 0.003 0.002 0.029 0.028 168 T 0.070 0.523 0.038 0.022 0.026 0.029 0.030 0.262 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998