# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 A 0.044 0.019 0.014 0.043 0.006 0.023 0.852 3 T 0.084 0.016 0.054 0.113 0.154 0.088 0.491 4 L 0.071 0.009 0.061 0.136 0.113 0.096 0.514 5 T 0.056 0.009 0.039 0.225 0.096 0.075 0.501 6 E 0.034 0.007 0.026 0.309 0.174 0.069 0.381 7 D 0.020 0.004 0.017 0.318 0.260 0.077 0.305 8 D 0.022 0.006 0.023 0.568 0.120 0.105 0.157 9 V 0.064 0.010 0.018 0.745 0.041 0.039 0.083 10 L 0.074 0.016 0.030 0.779 0.021 0.026 0.054 11 E 0.064 0.007 0.071 0.705 0.031 0.059 0.064 12 Q 0.056 0.007 0.078 0.603 0.030 0.129 0.096 13 L 0.023 0.008 0.103 0.400 0.092 0.126 0.248 14 D 0.010 0.007 0.086 0.305 0.092 0.262 0.238 15 A 0.009 0.006 0.078 0.241 0.220 0.249 0.198 16 Q 0.010 0.004 0.035 0.168 0.316 0.067 0.400 17 D 0.005 0.003 0.057 0.406 0.214 0.158 0.157 18 N 0.007 0.015 0.033 0.614 0.117 0.080 0.133 19 L 0.001 0.001 0.006 0.971 0.003 0.010 0.009 20 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 21 S 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.002 22 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.034 0.001 33 G 0.001 0.001 0.003 0.923 0.001 0.069 0.004 34 I 0.001 0.001 0.009 0.963 0.004 0.013 0.010 35 R 0.001 0.001 0.039 0.931 0.005 0.021 0.004 36 Q 0.001 0.001 0.017 0.889 0.002 0.090 0.002 37 F 0.002 0.002 0.027 0.790 0.007 0.153 0.018 38 L 0.008 0.003 0.074 0.800 0.029 0.045 0.042 39 P 0.018 0.001 0.148 0.627 0.053 0.087 0.067 40 S 0.023 0.002 0.130 0.663 0.030 0.124 0.028 41 L 0.089 0.011 0.072 0.486 0.053 0.220 0.069 42 F 0.209 0.031 0.044 0.231 0.109 0.204 0.172 43 V 0.222 0.030 0.023 0.087 0.106 0.086 0.446 44 D 0.059 0.007 0.014 0.043 0.111 0.136 0.631 45 N 0.028 0.015 0.018 0.100 0.217 0.229 0.393 46 D 0.012 0.006 0.028 0.315 0.110 0.113 0.415 47 E 0.002 0.001 0.019 0.822 0.038 0.096 0.024 48 E 0.004 0.001 0.007 0.951 0.005 0.024 0.010 49 I 0.013 0.002 0.006 0.956 0.003 0.006 0.013 50 V 0.012 0.001 0.003 0.971 0.002 0.005 0.006 51 E 0.022 0.001 0.007 0.945 0.003 0.019 0.002 52 Y 0.024 0.001 0.010 0.898 0.004 0.058 0.006 53 A 0.055 0.010 0.022 0.724 0.019 0.114 0.057 54 V 0.032 0.008 0.031 0.729 0.038 0.069 0.092 55 K 0.007 0.001 0.043 0.825 0.043 0.027 0.054 56 P 0.002 0.001 0.069 0.837 0.010 0.057 0.025 57 L 0.004 0.004 0.079 0.813 0.009 0.072 0.019 58 L 0.011 0.022 0.099 0.552 0.042 0.172 0.101 59 A 0.008 0.006 0.073 0.342 0.069 0.439 0.063 60 Q 0.003 0.002 0.014 0.069 0.103 0.761 0.049 61 S 0.004 0.005 0.011 0.013 0.281 0.507 0.179 62 G 0.009 0.022 0.003 0.002 0.461 0.015 0.489 63 P 0.023 0.054 0.021 0.006 0.130 0.109 0.657 64 L 0.007 0.009 0.343 0.153 0.040 0.371 0.077 65 D 0.007 0.002 0.349 0.294 0.041 0.256 0.051 66 D 0.007 0.002 0.160 0.649 0.016 0.121 0.045 67 I 0.060 0.006 0.006 0.769 0.022 0.009 0.129 68 D 0.052 0.002 0.002 0.876 0.006 0.010 0.053 69 V 0.055 0.001 0.001 0.933 0.002 0.005 0.003 70 A 0.027 0.001 0.001 0.969 0.001 0.001 0.003 71 L 0.054 0.001 0.001 0.939 0.001 0.002 0.004 72 R 0.020 0.001 0.001 0.971 0.002 0.003 0.003 73 L 0.016 0.001 0.002 0.972 0.001 0.006 0.003 74 I 0.021 0.001 0.002 0.959 0.003 0.013 0.002 75 Y 0.011 0.001 0.004 0.934 0.002 0.045 0.003 76 A 0.016 0.002 0.006 0.887 0.005 0.075 0.009 77 L 0.009 0.002 0.034 0.698 0.010 0.228 0.019 78 G 0.012 0.001 0.024 0.210 0.115 0.584 0.053 79 K 0.065 0.014 0.039 0.275 0.131 0.199 0.277 80 M 0.104 0.063 0.008 0.146 0.095 0.025 0.558 81 D 0.044 0.009 0.004 0.161 0.038 0.018 0.727 82 K 0.002 0.001 0.021 0.889 0.016 0.065 0.007 83 W 0.002 0.001 0.036 0.878 0.011 0.061 0.011 84 L 0.003 0.001 0.049 0.886 0.005 0.040 0.015 85 Y 0.003 0.002 0.020 0.926 0.011 0.028 0.011 86 A 0.003 0.003 0.027 0.891 0.010 0.050 0.016 87 D 0.001 0.001 0.020 0.899 0.009 0.042 0.027 88 I 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.007 0.003 89 T 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.009 0.001 90 H 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.011 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.004 95 W 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.006 0.002 96 H 0.001 0.001 0.010 0.950 0.003 0.032 0.003 97 Y 0.001 0.001 0.016 0.914 0.003 0.060 0.006 98 L 0.005 0.007 0.027 0.814 0.022 0.098 0.027 99 N 0.005 0.004 0.032 0.572 0.023 0.298 0.066 100 E 0.008 0.003 0.048 0.319 0.153 0.240 0.229 101 Q 0.014 0.007 0.063 0.122 0.266 0.180 0.348 102 D 0.012 0.006 0.075 0.041 0.203 0.399 0.263 103 E 0.030 0.015 0.081 0.030 0.341 0.221 0.283 104 T 0.043 0.030 0.049 0.018 0.358 0.060 0.443 105 P 0.046 0.025 0.090 0.030 0.150 0.258 0.401 106 G 0.072 0.027 0.095 0.021 0.168 0.337 0.279 107 F 0.066 0.054 0.081 0.024 0.162 0.152 0.460 108 A 0.063 0.050 0.035 0.040 0.171 0.110 0.530 109 D 0.037 0.013 0.023 0.090 0.307 0.045 0.485 110 D 0.004 0.001 0.092 0.730 0.031 0.110 0.031 111 I 0.006 0.003 0.094 0.775 0.015 0.088 0.018 112 T 0.010 0.004 0.066 0.847 0.008 0.044 0.021 113 W 0.018 0.006 0.041 0.854 0.017 0.037 0.026 114 D 0.021 0.005 0.055 0.789 0.023 0.072 0.035 115 F 0.019 0.002 0.079 0.770 0.021 0.082 0.026 116 I 0.017 0.004 0.077 0.826 0.015 0.041 0.021 117 S 0.020 0.002 0.079 0.701 0.030 0.143 0.024 118 N 0.018 0.001 0.047 0.725 0.020 0.168 0.020 119 V 0.052 0.007 0.016 0.759 0.026 0.057 0.083 120 N 0.060 0.006 0.024 0.669 0.033 0.081 0.128 121 S 0.140 0.006 0.034 0.624 0.048 0.047 0.101 122 I 0.158 0.009 0.039 0.677 0.029 0.040 0.047 123 T 0.131 0.010 0.056 0.589 0.035 0.079 0.099 124 R 0.069 0.007 0.062 0.497 0.073 0.152 0.139 125 N 0.043 0.003 0.033 0.366 0.160 0.130 0.264 126 A 0.026 0.004 0.043 0.456 0.123 0.147 0.201 127 T 0.034 0.011 0.044 0.550 0.077 0.108 0.174 128 L 0.031 0.007 0.034 0.705 0.028 0.062 0.133 129 Y 0.019 0.003 0.037 0.822 0.015 0.029 0.075 130 D 0.012 0.002 0.044 0.851 0.015 0.032 0.044 131 A 0.009 0.001 0.054 0.861 0.012 0.041 0.022 132 L 0.010 0.004 0.045 0.859 0.012 0.049 0.022 133 K 0.012 0.003 0.046 0.789 0.015 0.111 0.025 134 A 0.010 0.002 0.056 0.661 0.027 0.203 0.043 135 M 0.016 0.009 0.047 0.445 0.106 0.186 0.191 136 K 0.019 0.015 0.045 0.255 0.147 0.258 0.261 137 F 0.018 0.008 0.065 0.319 0.135 0.128 0.328 138 A 0.014 0.003 0.076 0.424 0.105 0.174 0.204 139 D 0.023 0.006 0.051 0.552 0.098 0.149 0.121 140 F 0.034 0.007 0.014 0.814 0.027 0.024 0.081 141 A 0.036 0.004 0.006 0.871 0.013 0.015 0.056 142 V 0.053 0.003 0.004 0.887 0.010 0.010 0.033 143 W 0.055 0.003 0.008 0.865 0.011 0.011 0.047 144 S 0.030 0.001 0.007 0.886 0.013 0.021 0.041 145 E 0.015 0.001 0.006 0.930 0.011 0.020 0.016 146 A 0.008 0.001 0.006 0.943 0.009 0.018 0.014 147 R 0.007 0.001 0.008 0.931 0.007 0.028 0.019 148 F 0.005 0.002 0.012 0.917 0.010 0.034 0.020 149 S 0.003 0.001 0.013 0.849 0.014 0.107 0.014 150 G 0.002 0.001 0.007 0.732 0.030 0.217 0.011 151 M 0.013 0.003 0.005 0.877 0.019 0.042 0.043 152 V 0.022 0.003 0.002 0.918 0.007 0.008 0.040 153 K 0.019 0.001 0.004 0.936 0.005 0.006 0.029 154 T 0.012 0.001 0.003 0.963 0.006 0.005 0.010 155 A 0.006 0.001 0.004 0.979 0.002 0.006 0.003 156 L 0.005 0.001 0.002 0.984 0.001 0.005 0.003 157 T 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.002 158 L 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.002 160 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 163 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 164 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 165 K 0.001 0.001 0.012 0.939 0.003 0.042 0.003 166 E 0.001 0.001 0.017 0.831 0.009 0.133 0.008 167 L 0.004 0.008 0.017 0.555 0.050 0.314 0.052 168 T 0.005 0.011 0.011 0.152 0.020 0.228 0.574 169 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.987