# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.120 0.044 0.023 0.157 0.016 0.028 0.160 0.107 0.152 0.072 2 A 0.093 0.192 0.053 0.013 0.199 0.020 0.039 0.174 0.117 0.065 0.037 3 T 0.082 0.198 0.075 0.008 0.200 0.010 0.045 0.151 0.110 0.089 0.032 4 L 0.158 0.154 0.035 0.007 0.253 0.014 0.042 0.145 0.073 0.065 0.055 5 T 0.080 0.249 0.166 0.032 0.124 0.020 0.032 0.142 0.054 0.062 0.038 6 E 0.053 0.075 0.037 0.040 0.074 0.041 0.062 0.297 0.139 0.141 0.041 7 D 0.036 0.277 0.141 0.037 0.138 0.021 0.020 0.219 0.062 0.033 0.015 8 D 0.040 0.019 0.007 0.005 0.041 0.005 0.017 0.503 0.142 0.184 0.036 9 V 0.058 0.081 0.013 0.005 0.129 0.008 0.025 0.568 0.067 0.038 0.009 10 L 0.090 0.047 0.006 0.005 0.198 0.008 0.019 0.510 0.073 0.022 0.021 11 E 0.078 0.068 0.018 0.006 0.164 0.011 0.034 0.539 0.052 0.014 0.016 12 Q 0.076 0.069 0.020 0.006 0.135 0.007 0.033 0.490 0.055 0.079 0.031 13 L 0.046 0.232 0.040 0.010 0.145 0.026 0.054 0.261 0.073 0.076 0.037 14 D 0.071 0.072 0.037 0.010 0.075 0.010 0.051 0.255 0.131 0.193 0.095 15 A 0.034 0.067 0.029 0.005 0.040 0.007 0.023 0.316 0.245 0.201 0.034 16 Q 0.035 0.216 0.062 0.018 0.116 0.016 0.023 0.238 0.186 0.064 0.026 17 D 0.008 0.039 0.030 0.032 0.017 0.111 0.179 0.427 0.108 0.038 0.012 18 N 0.019 0.067 0.048 0.008 0.024 0.002 0.009 0.361 0.102 0.335 0.026 19 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.801 0.167 0.017 0.003 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.944 0.048 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.002 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.051 0.003 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.013 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.020 0.007 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.882 0.109 0.006 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.881 0.111 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.888 0.065 0.006 0.001 37 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.056 0.675 0.168 0.090 0.001 38 L 0.009 0.013 0.002 0.001 0.011 0.001 0.005 0.698 0.231 0.022 0.007 39 P 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.011 0.045 0.830 0.099 0.003 0.001 40 S 0.013 0.016 0.006 0.005 0.026 0.007 0.088 0.597 0.169 0.067 0.005 41 L 0.120 0.060 0.008 0.004 0.135 0.013 0.047 0.405 0.126 0.054 0.029 42 F 0.085 0.100 0.011 0.004 0.158 0.008 0.035 0.304 0.118 0.130 0.048 43 V 0.057 0.227 0.076 0.015 0.164 0.025 0.048 0.159 0.052 0.144 0.032 44 D 0.064 0.231 0.223 0.038 0.152 0.023 0.077 0.102 0.034 0.036 0.021 45 N 0.038 0.054 0.044 0.022 0.044 0.048 0.097 0.176 0.137 0.267 0.073 46 D 0.088 0.221 0.070 0.014 0.377 0.006 0.012 0.050 0.050 0.059 0.052 47 E 0.011 0.012 0.005 0.003 0.013 0.008 0.019 0.439 0.278 0.189 0.024 48 E 0.010 0.024 0.008 0.002 0.030 0.002 0.027 0.541 0.190 0.158 0.007 49 I 0.045 0.015 0.004 0.002 0.038 0.003 0.008 0.727 0.118 0.027 0.014 50 V 0.007 0.020 0.006 0.004 0.027 0.007 0.016 0.796 0.100 0.013 0.004 51 E 0.011 0.005 0.002 0.002 0.013 0.008 0.037 0.866 0.049 0.004 0.004 52 Y 0.004 0.010 0.009 0.006 0.010 0.022 0.068 0.741 0.098 0.028 0.005 53 A 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.797 0.134 0.032 0.005 54 V 0.008 0.028 0.006 0.003 0.013 0.004 0.013 0.543 0.282 0.092 0.008 55 K 0.003 0.011 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 0.868 0.097 0.001 0.001 56 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.926 0.057 0.001 0.001 57 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.840 0.120 0.017 0.001 58 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.699 0.235 0.038 0.002 59 A 0.002 0.059 0.013 0.002 0.009 0.007 0.066 0.665 0.160 0.014 0.002 60 Q 0.013 0.008 0.003 0.003 0.013 0.009 0.159 0.229 0.102 0.442 0.020 61 S 0.045 0.359 0.293 0.029 0.132 0.007 0.024 0.009 0.010 0.054 0.039 62 G 0.012 0.084 0.258 0.471 0.019 0.050 0.012 0.018 0.014 0.040 0.023 63 P 0.023 0.478 0.225 0.042 0.098 0.011 0.012 0.049 0.033 0.018 0.010 64 L 0.073 0.070 0.018 0.015 0.089 0.031 0.043 0.201 0.310 0.077 0.074 65 D 0.011 0.016 0.009 0.014 0.020 0.043 0.094 0.379 0.295 0.105 0.014 66 D 0.158 0.077 0.020 0.002 0.258 0.003 0.018 0.170 0.143 0.124 0.027 67 I 0.313 0.121 0.020 0.003 0.346 0.004 0.004 0.054 0.035 0.040 0.060 68 D 0.266 0.042 0.009 0.007 0.404 0.017 0.057 0.078 0.016 0.013 0.091 69 V 0.227 0.127 0.010 0.002 0.418 0.003 0.005 0.122 0.040 0.019 0.028 70 A 0.119 0.077 0.006 0.005 0.282 0.008 0.031 0.364 0.061 0.027 0.019 71 L 0.118 0.042 0.005 0.004 0.202 0.008 0.019 0.522 0.048 0.008 0.021 72 R 0.066 0.044 0.005 0.004 0.153 0.006 0.030 0.595 0.058 0.015 0.023 73 L 0.091 0.060 0.007 0.004 0.150 0.006 0.020 0.585 0.055 0.009 0.013 74 I 0.050 0.019 0.002 0.003 0.057 0.006 0.023 0.733 0.077 0.013 0.016 75 Y 0.043 0.052 0.010 0.006 0.048 0.014 0.073 0.594 0.119 0.024 0.015 76 A 0.027 0.024 0.012 0.013 0.025 0.023 0.099 0.640 0.084 0.045 0.009 77 L 0.024 0.103 0.027 0.036 0.042 0.041 0.121 0.298 0.173 0.119 0.017 78 G 0.014 0.089 0.078 0.142 0.033 0.103 0.063 0.216 0.119 0.121 0.023 79 K 0.117 0.091 0.021 0.003 0.149 0.006 0.061 0.281 0.112 0.104 0.054 80 M 0.057 0.228 0.099 0.030 0.128 0.028 0.039 0.188 0.087 0.069 0.048 81 D 0.051 0.350 0.100 0.021 0.205 0.012 0.025 0.142 0.056 0.021 0.017 82 K 0.008 0.012 0.006 0.002 0.009 0.011 0.025 0.433 0.437 0.049 0.009 83 W 0.009 0.031 0.013 0.006 0.022 0.004 0.036 0.586 0.198 0.085 0.009 84 L 0.020 0.030 0.005 0.003 0.022 0.005 0.022 0.602 0.163 0.119 0.011 85 Y 0.013 0.019 0.005 0.003 0.030 0.008 0.016 0.693 0.169 0.026 0.018 86 A 0.005 0.023 0.014 0.004 0.012 0.009 0.024 0.807 0.081 0.016 0.004 87 D 0.018 0.030 0.013 0.001 0.019 0.001 0.005 0.716 0.069 0.121 0.007 88 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.148 0.007 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.047 0.001 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.041 0.006 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.069 0.007 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.050 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.031 0.005 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.917 0.053 0.021 0.001 95 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.851 0.136 0.005 0.001 96 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.917 0.059 0.002 0.001 97 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.847 0.067 0.039 0.001 98 L 0.028 0.056 0.009 0.002 0.056 0.007 0.034 0.648 0.091 0.058 0.011 99 N 0.037 0.082 0.037 0.009 0.064 0.015 0.040 0.374 0.145 0.168 0.029 100 E 0.025 0.057 0.048 0.008 0.051 0.009 0.046 0.479 0.156 0.105 0.016 101 Q 0.030 0.196 0.085 0.023 0.098 0.018 0.056 0.249 0.143 0.080 0.021 102 D 0.051 0.120 0.059 0.045 0.080 0.024 0.064 0.144 0.117 0.221 0.075 103 E 0.041 0.063 0.055 0.025 0.052 0.021 0.041 0.105 0.137 0.380 0.080 104 T 0.044 0.401 0.228 0.016 0.194 0.006 0.011 0.036 0.025 0.025 0.015 105 P 0.078 0.231 0.101 0.026 0.150 0.038 0.081 0.108 0.104 0.048 0.034 106 G 0.062 0.106 0.078 0.041 0.103 0.029 0.050 0.084 0.114 0.252 0.081 107 F 0.134 0.162 0.062 0.012 0.174 0.012 0.030 0.089 0.108 0.144 0.072 108 A 0.037 0.194 0.217 0.093 0.076 0.045 0.040 0.078 0.072 0.109 0.039 109 D 0.038 0.246 0.118 0.046 0.121 0.020 0.042 0.222 0.100 0.029 0.017 110 D 0.014 0.025 0.014 0.004 0.021 0.015 0.032 0.339 0.371 0.136 0.029 111 I 0.029 0.046 0.013 0.003 0.049 0.002 0.020 0.455 0.237 0.122 0.023 112 T 0.060 0.048 0.010 0.003 0.070 0.004 0.013 0.488 0.179 0.101 0.023 113 W 0.011 0.046 0.012 0.008 0.037 0.009 0.022 0.630 0.180 0.032 0.013 114 D 0.015 0.030 0.022 0.004 0.027 0.005 0.026 0.773 0.084 0.008 0.006 115 F 0.006 0.010 0.009 0.006 0.006 0.006 0.026 0.777 0.110 0.039 0.006 116 I 0.017 0.021 0.004 0.005 0.024 0.009 0.030 0.644 0.193 0.039 0.014 117 S 0.003 0.029 0.011 0.008 0.008 0.038 0.083 0.702 0.104 0.010 0.003 118 N 0.026 0.015 0.008 0.003 0.020 0.003 0.019 0.472 0.104 0.306 0.025 119 V 0.138 0.044 0.009 0.003 0.112 0.006 0.013 0.422 0.113 0.078 0.062 120 N 0.026 0.031 0.008 0.011 0.045 0.020 0.043 0.602 0.156 0.039 0.018 121 S 0.063 0.036 0.014 0.004 0.089 0.003 0.016 0.591 0.130 0.036 0.016 122 I 0.035 0.039 0.013 0.008 0.067 0.020 0.063 0.552 0.142 0.050 0.011 123 T 0.034 0.062 0.019 0.010 0.069 0.017 0.061 0.538 0.109 0.061 0.018 124 R 0.036 0.068 0.031 0.018 0.062 0.043 0.122 0.308 0.103 0.170 0.040 125 N 0.103 0.164 0.077 0.019 0.170 0.009 0.018 0.098 0.060 0.192 0.089 126 A 0.035 0.148 0.058 0.009 0.094 0.010 0.018 0.398 0.170 0.041 0.019 127 T 0.026 0.103 0.034 0.006 0.056 0.006 0.036 0.528 0.130 0.060 0.014 128 L 0.025 0.055 0.020 0.006 0.042 0.007 0.026 0.633 0.109 0.065 0.011 129 Y 0.018 0.042 0.013 0.005 0.039 0.006 0.012 0.692 0.126 0.036 0.011 130 D 0.017 0.022 0.012 0.004 0.025 0.006 0.020 0.768 0.098 0.021 0.008 131 A 0.006 0.013 0.006 0.003 0.011 0.004 0.018 0.818 0.086 0.033 0.003 132 L 0.016 0.031 0.013 0.006 0.024 0.008 0.025 0.655 0.154 0.060 0.009 133 K 0.010 0.034 0.022 0.014 0.021 0.014 0.035 0.647 0.149 0.047 0.008 134 A 0.015 0.038 0.016 0.007 0.029 0.016 0.068 0.530 0.175 0.093 0.013 135 M 0.055 0.101 0.038 0.009 0.086 0.008 0.031 0.331 0.162 0.138 0.040 136 K 0.031 0.080 0.033 0.013 0.047 0.027 0.088 0.344 0.173 0.139 0.026 137 F 0.111 0.135 0.046 0.007 0.193 0.004 0.012 0.172 0.118 0.129 0.073 138 A 0.019 0.072 0.024 0.004 0.050 0.013 0.031 0.494 0.229 0.050 0.011 139 D 0.056 0.096 0.027 0.004 0.101 0.003 0.019 0.362 0.110 0.196 0.027 140 F 0.073 0.033 0.006 0.001 0.072 0.002 0.005 0.571 0.145 0.068 0.024 141 A 0.014 0.028 0.006 0.002 0.045 0.005 0.013 0.786 0.085 0.012 0.005 142 V 0.043 0.031 0.007 0.002 0.062 0.002 0.012 0.761 0.051 0.020 0.010 143 W 0.021 0.018 0.008 0.004 0.035 0.005 0.015 0.791 0.069 0.026 0.007 144 S 0.019 0.031 0.009 0.004 0.030 0.007 0.020 0.764 0.081 0.027 0.008 145 E 0.022 0.038 0.011 0.003 0.035 0.005 0.023 0.664 0.111 0.074 0.013 146 A 0.024 0.123 0.042 0.010 0.095 0.016 0.042 0.513 0.085 0.039 0.011 147 R 0.062 0.060 0.043 0.015 0.039 0.015 0.063 0.534 0.094 0.047 0.027 148 F 0.036 0.021 0.015 0.025 0.031 0.041 0.083 0.531 0.126 0.065 0.025 149 S 0.009 0.200 0.054 0.103 0.040 0.084 0.104 0.281 0.076 0.040 0.009 150 G 0.039 0.035 0.042 0.058 0.033 0.033 0.032 0.203 0.120 0.320 0.085 151 M 0.025 0.077 0.025 0.012 0.070 0.016 0.048 0.585 0.109 0.026 0.006 152 V 0.130 0.064 0.017 0.006 0.172 0.013 0.025 0.387 0.087 0.041 0.057 153 K 0.011 0.009 0.003 0.008 0.016 0.020 0.056 0.802 0.064 0.005 0.004 154 T 0.012 0.022 0.010 0.005 0.027 0.008 0.016 0.791 0.086 0.017 0.006 155 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.934 0.047 0.002 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.033 0.001 0.001 157 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.025 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.016 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 160 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.042 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.012 0.001 0.001 163 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.041 0.004 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.808 0.173 0.007 0.001 165 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.039 0.759 0.180 0.008 0.001 166 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.115 0.442 0.146 0.282 0.005 167 L 0.079 0.164 0.072 0.009 0.143 0.014 0.067 0.179 0.086 0.124 0.063 168 T 0.042 0.333 0.163 0.029 0.144 0.016 0.024 0.128 0.068 0.036 0.019 169 P 0.016 0.060 0.042 0.009 0.038 0.013 0.050 0.407 0.300 0.056 0.009