# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.653 0.197 0.079 0.046 0.019 0.006 0.001 2 A 0.578 0.228 0.111 0.056 0.021 0.005 0.001 3 T 0.652 0.219 0.077 0.037 0.011 0.003 0.001 4 L 0.328 0.245 0.182 0.142 0.075 0.027 0.003 5 T 0.388 0.282 0.179 0.100 0.040 0.010 0.001 6 E 0.280 0.264 0.236 0.153 0.058 0.009 0.001 7 D 0.514 0.274 0.133 0.057 0.018 0.004 0.001 8 D 0.295 0.354 0.218 0.093 0.031 0.008 0.001 9 V 0.074 0.065 0.118 0.290 0.332 0.116 0.005 10 L 0.120 0.172 0.209 0.231 0.165 0.091 0.013 11 E 0.110 0.133 0.135 0.214 0.229 0.160 0.020 12 Q 0.149 0.314 0.297 0.166 0.057 0.015 0.002 13 L 0.098 0.114 0.188 0.291 0.239 0.066 0.005 14 D 0.417 0.350 0.141 0.057 0.023 0.010 0.002 15 A 0.293 0.363 0.204 0.099 0.033 0.007 0.001 16 Q 0.311 0.215 0.206 0.180 0.074 0.013 0.001 17 D 0.465 0.334 0.129 0.052 0.016 0.004 0.001 18 N 0.120 0.279 0.300 0.201 0.076 0.023 0.002 19 L 0.021 0.036 0.066 0.178 0.351 0.309 0.039 20 F 0.016 0.081 0.204 0.337 0.265 0.089 0.007 21 S 0.035 0.115 0.234 0.312 0.210 0.087 0.008 22 F 0.008 0.015 0.029 0.069 0.238 0.534 0.106 23 M 0.005 0.009 0.014 0.062 0.224 0.518 0.167 24 K 0.009 0.086 0.279 0.357 0.196 0.066 0.007 25 T 0.003 0.009 0.061 0.289 0.454 0.177 0.009 26 A 0.003 0.004 0.003 0.009 0.069 0.624 0.288 27 H 0.004 0.020 0.061 0.236 0.395 0.268 0.016 28 S 0.035 0.191 0.355 0.289 0.109 0.019 0.002 29 I 0.020 0.049 0.104 0.244 0.330 0.228 0.024 30 L 0.010 0.014 0.017 0.070 0.261 0.543 0.084 31 L 0.045 0.180 0.296 0.293 0.144 0.039 0.002 32 Q 0.146 0.358 0.292 0.152 0.045 0.007 0.001 33 G 0.041 0.107 0.204 0.286 0.234 0.117 0.011 34 I 0.013 0.013 0.025 0.100 0.345 0.465 0.040 35 R 0.070 0.234 0.342 0.254 0.084 0.016 0.001 36 Q 0.071 0.205 0.286 0.282 0.128 0.027 0.001 37 F 0.015 0.020 0.046 0.145 0.363 0.369 0.041 38 L 0.011 0.029 0.078 0.227 0.354 0.275 0.026 39 P 0.111 0.339 0.285 0.179 0.069 0.015 0.002 40 S 0.058 0.127 0.237 0.329 0.195 0.050 0.004 41 L 0.016 0.028 0.045 0.116 0.280 0.445 0.070 42 F 0.029 0.078 0.119 0.218 0.301 0.229 0.027 43 V 0.086 0.170 0.202 0.260 0.209 0.067 0.007 44 D 0.170 0.299 0.230 0.176 0.088 0.030 0.006 45 N 0.081 0.195 0.252 0.294 0.138 0.038 0.002 46 D 0.208 0.346 0.247 0.131 0.054 0.013 0.002 47 E 0.177 0.299 0.267 0.164 0.075 0.016 0.001 48 E 0.039 0.159 0.321 0.294 0.147 0.037 0.002 49 I 0.004 0.010 0.026 0.106 0.375 0.438 0.040 50 V 0.002 0.017 0.057 0.222 0.375 0.296 0.031 51 E 0.011 0.123 0.243 0.296 0.209 0.107 0.011 52 Y 0.001 0.005 0.042 0.221 0.418 0.289 0.023 53 A 0.002 0.006 0.007 0.016 0.075 0.494 0.399 54 V 0.001 0.003 0.012 0.065 0.239 0.484 0.197 55 K 0.002 0.029 0.128 0.304 0.315 0.164 0.057 56 P 0.002 0.012 0.033 0.108 0.288 0.462 0.095 57 L 0.002 0.012 0.035 0.148 0.377 0.378 0.048 58 L 0.007 0.039 0.118 0.280 0.395 0.153 0.009 59 A 0.141 0.348 0.291 0.165 0.048 0.007 0.001 60 Q 0.274 0.395 0.207 0.095 0.024 0.005 0.001 61 S 0.472 0.297 0.145 0.063 0.019 0.004 0.001 62 G 0.234 0.191 0.203 0.202 0.122 0.045 0.004 63 P 0.209 0.202 0.184 0.176 0.133 0.084 0.011 64 L 0.086 0.108 0.149 0.204 0.248 0.169 0.036 65 D 0.186 0.264 0.227 0.161 0.095 0.052 0.016 66 D 0.125 0.260 0.272 0.190 0.106 0.038 0.009 67 I 0.025 0.052 0.103 0.227 0.348 0.218 0.026 68 D 0.051 0.211 0.314 0.261 0.118 0.038 0.007 69 V 0.014 0.029 0.069 0.188 0.317 0.329 0.054 70 A 0.027 0.079 0.158 0.263 0.255 0.170 0.048 71 L 0.007 0.015 0.030 0.094 0.225 0.458 0.170 72 R 0.011 0.039 0.103 0.248 0.258 0.219 0.122 73 L 0.011 0.017 0.026 0.055 0.137 0.422 0.332 74 I 0.019 0.060 0.083 0.137 0.150 0.300 0.251 75 Y 0.026 0.049 0.106 0.195 0.228 0.252 0.144 76 A 0.024 0.051 0.077 0.144 0.205 0.339 0.160 77 L 0.027 0.035 0.052 0.130 0.250 0.378 0.127 78 G 0.097 0.205 0.200 0.219 0.155 0.110 0.015 79 K 0.098 0.198 0.258 0.270 0.138 0.036 0.003 80 M 0.056 0.064 0.102 0.191 0.291 0.271 0.026 81 D 0.266 0.311 0.219 0.146 0.048 0.010 0.001 82 K 0.374 0.351 0.178 0.069 0.022 0.005 0.001 83 W 0.249 0.229 0.229 0.193 0.078 0.020 0.002 84 L 0.124 0.190 0.190 0.198 0.180 0.107 0.010 85 Y 0.116 0.105 0.156 0.266 0.247 0.103 0.007 86 A 0.222 0.321 0.234 0.139 0.059 0.022 0.003 87 D 0.107 0.108 0.164 0.232 0.232 0.140 0.017 88 I 0.077 0.088 0.133 0.235 0.270 0.182 0.015 89 T 0.274 0.342 0.222 0.106 0.042 0.013 0.002 90 H 0.091 0.152 0.242 0.293 0.166 0.052 0.004 91 F 0.051 0.045 0.054 0.133 0.331 0.351 0.034 92 S 0.084 0.179 0.262 0.302 0.135 0.037 0.002 93 Q 0.138 0.354 0.298 0.154 0.046 0.010 0.001 94 Y 0.044 0.040 0.075 0.221 0.391 0.215 0.014 95 W 0.063 0.119 0.216 0.348 0.204 0.048 0.002 96 H 0.339 0.440 0.155 0.048 0.014 0.003 0.001 97 Y 0.113 0.221 0.344 0.248 0.065 0.008 0.001 98 L 0.037 0.050 0.104 0.285 0.390 0.129 0.004 99 N 0.197 0.373 0.281 0.120 0.026 0.003 0.001 100 E 0.627 0.308 0.053 0.010 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.552 0.250 0.128 0.056 0.013 0.001 0.001 102 D 0.734 0.182 0.053 0.024 0.006 0.001 0.001 103 E 0.696 0.215 0.069 0.017 0.003 0.001 0.001 104 T 0.554 0.295 0.105 0.038 0.007 0.001 0.001 105 P 0.162 0.242 0.278 0.222 0.083 0.014 0.001 106 G 0.168 0.348 0.272 0.149 0.052 0.010 0.001 107 F 0.028 0.035 0.081 0.231 0.370 0.229 0.025 108 A 0.053 0.143 0.228 0.270 0.198 0.097 0.011 109 D 0.076 0.187 0.227 0.233 0.168 0.096 0.014 110 D 0.135 0.230 0.252 0.207 0.117 0.049 0.008 111 I 0.039 0.082 0.148 0.233 0.267 0.204 0.027 112 T 0.019 0.027 0.043 0.103 0.249 0.443 0.116 113 W 0.025 0.058 0.114 0.231 0.288 0.248 0.036 114 D 0.066 0.226 0.283 0.229 0.131 0.055 0.010 115 F 0.013 0.040 0.099 0.236 0.338 0.245 0.029 116 I 0.015 0.020 0.046 0.139 0.341 0.387 0.051 117 S 0.167 0.377 0.256 0.136 0.049 0.014 0.002 118 N 0.047 0.185 0.345 0.297 0.102 0.021 0.002 119 V 0.010 0.017 0.037 0.128 0.349 0.402 0.056 120 N 0.040 0.158 0.240 0.284 0.189 0.079 0.011 121 S 0.040 0.084 0.129 0.233 0.297 0.195 0.021 122 I 0.045 0.122 0.211 0.285 0.230 0.095 0.011 123 T 0.163 0.292 0.266 0.186 0.072 0.019 0.002 124 R 0.279 0.331 0.213 0.114 0.047 0.015 0.002 125 N 0.267 0.221 0.196 0.165 0.103 0.043 0.005 126 A 0.266 0.250 0.201 0.150 0.085 0.042 0.006 127 T 0.208 0.181 0.176 0.200 0.151 0.075 0.010 128 L 0.135 0.170 0.194 0.202 0.168 0.110 0.021 129 Y 0.126 0.151 0.201 0.239 0.183 0.089 0.012 130 D 0.327 0.316 0.186 0.105 0.047 0.017 0.003 131 A 0.175 0.179 0.207 0.226 0.156 0.053 0.005 132 L 0.161 0.159 0.200 0.242 0.177 0.057 0.004 133 K 0.548 0.315 0.100 0.030 0.006 0.001 0.001 134 A 0.570 0.250 0.108 0.053 0.016 0.003 0.001 135 M 0.270 0.256 0.217 0.163 0.073 0.020 0.001 136 K 0.434 0.314 0.150 0.070 0.024 0.007 0.001 137 F 0.332 0.244 0.185 0.145 0.070 0.022 0.002 138 A 0.361 0.246 0.165 0.115 0.075 0.035 0.004 139 D 0.270 0.258 0.201 0.154 0.076 0.036 0.005 140 F 0.170 0.107 0.128 0.201 0.212 0.154 0.029 141 A 0.272 0.236 0.205 0.161 0.086 0.036 0.004 142 V 0.373 0.269 0.181 0.114 0.047 0.015 0.002 143 W 0.321 0.129 0.135 0.167 0.170 0.073 0.005 144 S 0.364 0.181 0.162 0.144 0.098 0.046 0.005 145 E 0.449 0.333 0.143 0.056 0.015 0.004 0.001 146 A 0.513 0.257 0.132 0.071 0.023 0.004 0.001 147 R 0.255 0.212 0.172 0.188 0.121 0.047 0.005 148 F 0.148 0.160 0.164 0.247 0.201 0.075 0.005 149 S 0.285 0.342 0.243 0.102 0.024 0.004 0.001 150 G 0.341 0.257 0.190 0.140 0.057 0.014 0.001 151 M 0.108 0.197 0.229 0.183 0.167 0.102 0.013 152 V 0.015 0.021 0.046 0.161 0.355 0.353 0.049 153 K 0.027 0.146 0.282 0.340 0.162 0.037 0.006 154 T 0.051 0.120 0.164 0.269 0.233 0.147 0.016 155 A 0.027 0.103 0.184 0.241 0.235 0.162 0.048 156 L 0.018 0.028 0.050 0.155 0.280 0.363 0.107 157 T 0.044 0.125 0.244 0.332 0.187 0.055 0.012 158 L 0.083 0.115 0.097 0.138 0.191 0.299 0.076 159 A 0.052 0.112 0.193 0.284 0.203 0.134 0.022 160 V 0.079 0.076 0.092 0.175 0.258 0.276 0.044 161 T 0.215 0.259 0.247 0.194 0.066 0.017 0.002 162 T 0.294 0.306 0.203 0.125 0.052 0.018 0.001 163 T 0.321 0.174 0.168 0.167 0.120 0.047 0.003 164 L 0.343 0.158 0.155 0.180 0.126 0.037 0.001 165 K 0.599 0.278 0.089 0.028 0.006 0.001 0.001 166 E 0.521 0.276 0.130 0.059 0.013 0.002 0.001 167 L 0.328 0.162 0.162 0.192 0.128 0.027 0.001 168 T 0.661 0.221 0.080 0.030 0.007 0.001 0.001 169 P 0.815 0.138 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001