# TARGET T0360 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.020 0.003 0.060 0.198 0.692 2 T 0.037 0.049 0.008 0.143 0.311 0.452 3 Q 0.020 0.016 0.020 0.298 0.371 0.275 4 E 0.007 0.004 0.034 0.326 0.380 0.248 5 T 0.008 0.008 0.032 0.305 0.367 0.279 6 A 0.005 0.012 0.032 0.471 0.241 0.239 7 L 0.003 0.006 0.027 0.659 0.157 0.149 8 G 0.002 0.002 0.030 0.612 0.212 0.142 9 A 0.002 0.002 0.036 0.690 0.165 0.106 10 A 0.002 0.003 0.041 0.677 0.182 0.095 11 L 0.003 0.002 0.029 0.764 0.139 0.064 12 K 0.004 0.003 0.027 0.767 0.119 0.080 13 S 0.005 0.003 0.022 0.579 0.180 0.211 14 A 0.007 0.003 0.027 0.476 0.211 0.276 15 V 0.010 0.009 0.031 0.367 0.245 0.337 16 Q 0.010 0.006 0.031 0.395 0.254 0.303 17 T 0.010 0.005 0.023 0.444 0.228 0.290 18 M 0.007 0.003 0.017 0.537 0.188 0.248 19 S 0.008 0.005 0.016 0.642 0.120 0.208 20 K 0.007 0.003 0.015 0.852 0.059 0.065 21 K 0.005 0.001 0.011 0.934 0.023 0.027 22 K 0.007 0.001 0.011 0.948 0.015 0.018 23 Q 0.007 0.001 0.007 0.961 0.010 0.014 24 T 0.007 0.001 0.005 0.962 0.010 0.014 25 E 0.008 0.001 0.006 0.962 0.012 0.011 26 M 0.005 0.001 0.007 0.957 0.017 0.013 27 I 0.004 0.001 0.009 0.936 0.026 0.025 28 A 0.003 0.001 0.022 0.883 0.047 0.044 29 D 0.003 0.001 0.022 0.811 0.080 0.084 30 H 0.005 0.002 0.020 0.470 0.154 0.349 31 I 0.008 0.007 0.026 0.140 0.249 0.569 32 Y 0.017 0.010 0.070 0.135 0.328 0.440 33 G 0.024 0.009 0.118 0.146 0.363 0.340 34 K 0.036 0.013 0.117 0.134 0.372 0.329 35 Y 0.066 0.021 0.068 0.105 0.342 0.397 36 D 0.057 0.017 0.055 0.080 0.404 0.387 37 V 0.039 0.014 0.041 0.057 0.519 0.330 38 F 0.022 0.006 0.063 0.054 0.539 0.316 39 K 0.031 0.013 0.030 0.029 0.503 0.393 40 R 0.043 0.019 0.014 0.018 0.280 0.626 41 F 0.063 0.040 0.009 0.025 0.165 0.699 42 K 0.044 0.015 0.017 0.034 0.209 0.680 43 P 0.065 0.016 0.087 0.107 0.339 0.386 44 L 0.060 0.005 0.148 0.186 0.316 0.285 45 A 0.155 0.014 0.086 0.428 0.165 0.151 46 L 0.247 0.007 0.022 0.563 0.066 0.094 47 G 0.222 0.008 0.010 0.596 0.054 0.109 48 I 0.099 0.012 0.011 0.820 0.021 0.036 49 D 0.047 0.002 0.015 0.881 0.022 0.034 50 Q 0.017 0.001 0.014 0.919 0.024 0.026 51 D 0.013 0.001 0.014 0.938 0.020 0.014 52 L 0.014 0.002 0.010 0.939 0.023 0.013 53 I 0.008 0.001 0.015 0.921 0.037 0.018 54 A 0.006 0.002 0.018 0.890 0.052 0.032 55 A 0.004 0.003 0.019 0.682 0.149 0.143 56 L 0.002 0.007 0.070 0.556 0.273 0.092 57 P 0.001 0.001 0.089 0.124 0.568 0.217 58 Q 0.001 0.001 0.131 0.108 0.549 0.210 59 Y 0.007 0.026 0.026 0.068 0.486 0.387 60 D 0.003 0.007 0.005 0.055 0.153 0.777 61 A 0.001 0.001 0.016 0.943 0.019 0.021 62 A 0.001 0.001 0.008 0.963 0.019 0.009 63 L 0.001 0.001 0.008 0.972 0.013 0.006 64 I 0.001 0.001 0.002 0.980 0.006 0.011 65 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 67 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.008 0.987 0.004 0.001 69 A 0.001 0.001 0.019 0.967 0.011 0.003 70 N 0.001 0.001 0.035 0.909 0.040 0.017 71 H 0.001 0.001 0.029 0.773 0.127 0.070 72 C 0.003 0.023 0.036 0.585 0.203 0.151 73 R 0.007 0.015 0.032 0.241 0.359 0.346 74 R 0.008 0.002 0.030 0.325 0.182 0.453 75 P 0.008 0.002 0.036 0.835 0.059 0.060 76 R 0.013 0.002 0.027 0.868 0.051 0.039 77 Y 0.022 0.003 0.019 0.904 0.031 0.021 78 L 0.013 0.001 0.012 0.947 0.017 0.010 79 K 0.013 0.001 0.007 0.954 0.014 0.011 80 A 0.013 0.001 0.008 0.940 0.019 0.020 81 L 0.015 0.001 0.007 0.920 0.023 0.034 82 A 0.042 0.007 0.016 0.812 0.091 0.031 83 R 0.041 0.002 0.020 0.499 0.294 0.144 84 G 0.020 0.002 0.004 0.015 0.464 0.494 85 G 0.100 0.024 0.005 0.005 0.379 0.487 86 K 0.271 0.042 0.005 0.006 0.164 0.513 87 R 0.384 0.061 0.014 0.010 0.115 0.417 88 F 0.520 0.112 0.007 0.007 0.075 0.280 89 D 0.234 0.113 0.008 0.009 0.573 0.063 90 L 0.032 0.008 0.006 0.009 0.922 0.024 91 N 0.010 0.002 0.002 0.003 0.956 0.027 92 N 0.020 0.028 0.001 0.002 0.905 0.044 93 R 0.088 0.086 0.001 0.004 0.427 0.393 94 F 0.178 0.132 0.006 0.008 0.332 0.343 95 K 0.108 0.023 0.021 0.013 0.492 0.344 96 G 0.130 0.045 0.022 0.015 0.439 0.349 97 E 0.089 0.086 0.015 0.027 0.211 0.572 98 V 0.051 0.042 0.008 0.036 0.149 0.714 99 T 0.020 0.008 0.003 0.054 0.094 0.820 100 P 0.001 0.001 0.014 0.926 0.026 0.032 101 E 0.001 0.001 0.011 0.954 0.023 0.012 102 E 0.001 0.001 0.008 0.967 0.015 0.009 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 104 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 105 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 106 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.004 108 N 0.001 0.001 0.001 0.982 0.008 0.009 109 H 0.001 0.001 0.001 0.967 0.011 0.021 110 P 0.001 0.001 0.001 0.933 0.023 0.042 111 F 0.001 0.001 0.001 0.911 0.035 0.053 112 V 0.001 0.001 0.001 0.865 0.039 0.094 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.869 0.035 0.094 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.858 0.040 0.099 115 A 0.001 0.001 0.002 0.825 0.059 0.114 116 L 0.001 0.001 0.002 0.869 0.050 0.078 117 Q 0.001 0.001 0.002 0.857 0.054 0.087 118 Q 0.001 0.001 0.002 0.878 0.058 0.062 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.862 0.059 0.077 120 S 0.001 0.001 0.001 0.848 0.055 0.095 121 A 0.001 0.001 0.001 0.864 0.054 0.080 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.839 0.071 0.087 123 A 0.001 0.001 0.001 0.862 0.065 0.071 124 A 0.001 0.001 0.001 0.783 0.083 0.133 125 A 0.001 0.001 0.001 0.826 0.080 0.093 126 E 0.001 0.001 0.001 0.811 0.091 0.096 127 T 0.001 0.001 0.001 0.726 0.120 0.153 128 L 0.001 0.001 0.001 0.742 0.110 0.146 129 S 0.001 0.001 0.002 0.680 0.146 0.172 130 V 0.001 0.001 0.004 0.734 0.159 0.103 131 E 0.001 0.001 0.005 0.695 0.158 0.141 132 A 0.001 0.001 0.007 0.583 0.225 0.184 133 E 0.001 0.001 0.011 0.541 0.212 0.235 134 A 0.001 0.001 0.018 0.602 0.198 0.180 135 A 0.001 0.002 0.022 0.707 0.148 0.120 136 E 0.002 0.003 0.028 0.638 0.196 0.134 137 S 0.003 0.001 0.030 0.687 0.165 0.115 138 S 0.009 0.004 0.053 0.563 0.174 0.197 139 A 0.012 0.015 0.050 0.520 0.144 0.260 140 A 0.011 0.009 0.034 0.367 0.093 0.485 141 E 0.002 0.002 0.005 0.075 0.052 0.864