# TARGET T0360 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.020 0.861 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.003 0.069 0.006 0.009 0.015 2 T 0.001 0.011 0.954 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.008 3 Q 0.001 0.003 0.121 0.001 0.080 0.597 0.001 0.001 0.001 0.050 0.144 0.001 0.001 4 E 0.001 0.002 0.121 0.001 0.112 0.477 0.001 0.001 0.001 0.071 0.213 0.001 0.001 5 T 0.001 0.003 0.267 0.001 0.093 0.469 0.001 0.001 0.003 0.100 0.058 0.003 0.003 6 A 0.001 0.007 0.219 0.001 0.048 0.589 0.001 0.001 0.002 0.032 0.093 0.001 0.008 7 L 0.001 0.007 0.199 0.001 0.051 0.592 0.001 0.001 0.002 0.056 0.084 0.005 0.003 8 G 0.001 0.004 0.138 0.001 0.071 0.676 0.001 0.001 0.001 0.053 0.051 0.002 0.004 9 A 0.001 0.004 0.090 0.001 0.084 0.729 0.001 0.001 0.001 0.027 0.060 0.001 0.003 10 A 0.001 0.003 0.058 0.001 0.105 0.730 0.001 0.001 0.001 0.024 0.075 0.001 0.002 11 L 0.001 0.002 0.067 0.001 0.132 0.657 0.001 0.001 0.001 0.029 0.105 0.002 0.003 12 K 0.001 0.003 0.092 0.001 0.084 0.525 0.001 0.001 0.002 0.059 0.224 0.003 0.004 13 S 0.001 0.006 0.191 0.001 0.040 0.430 0.001 0.001 0.002 0.092 0.229 0.003 0.006 14 A 0.001 0.008 0.328 0.001 0.031 0.369 0.001 0.001 0.003 0.145 0.095 0.010 0.009 15 V 0.001 0.013 0.577 0.001 0.032 0.217 0.001 0.001 0.006 0.058 0.068 0.006 0.020 16 Q 0.001 0.024 0.482 0.001 0.033 0.265 0.001 0.001 0.011 0.093 0.066 0.009 0.014 17 T 0.001 0.009 0.594 0.001 0.016 0.199 0.001 0.001 0.006 0.124 0.039 0.003 0.009 18 M 0.001 0.002 0.208 0.001 0.025 0.546 0.001 0.001 0.002 0.075 0.138 0.001 0.002 19 S 0.001 0.004 0.190 0.001 0.019 0.611 0.001 0.001 0.001 0.073 0.097 0.001 0.002 20 K 0.001 0.002 0.086 0.001 0.017 0.838 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 0.001 0.002 21 K 0.001 0.001 0.021 0.001 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 24 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.871 0.001 0.001 0.001 0.007 0.095 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.027 0.001 0.015 0.648 0.001 0.001 0.001 0.029 0.277 0.001 0.001 30 H 0.001 0.003 0.173 0.001 0.019 0.342 0.001 0.001 0.001 0.098 0.358 0.001 0.003 31 I 0.001 0.010 0.467 0.001 0.037 0.199 0.001 0.001 0.002 0.161 0.114 0.004 0.006 32 Y 0.001 0.013 0.436 0.002 0.114 0.173 0.001 0.001 0.003 0.138 0.107 0.004 0.011 33 G 0.001 0.010 0.230 0.003 0.272 0.208 0.001 0.001 0.003 0.108 0.155 0.004 0.007 34 K 0.001 0.010 0.236 0.004 0.281 0.184 0.001 0.001 0.004 0.117 0.146 0.005 0.012 35 Y 0.002 0.015 0.377 0.002 0.169 0.135 0.001 0.001 0.011 0.114 0.139 0.011 0.023 36 D 0.004 0.044 0.395 0.002 0.093 0.095 0.002 0.001 0.013 0.128 0.182 0.013 0.028 37 V 0.001 0.015 0.482 0.004 0.039 0.061 0.001 0.001 0.006 0.238 0.122 0.016 0.017 38 F 0.001 0.011 0.317 0.004 0.035 0.044 0.001 0.001 0.002 0.240 0.323 0.006 0.016 39 K 0.001 0.011 0.278 0.002 0.024 0.046 0.001 0.001 0.002 0.349 0.261 0.012 0.013 40 R 0.001 0.007 0.831 0.003 0.009 0.014 0.001 0.001 0.002 0.082 0.026 0.008 0.019 41 F 0.001 0.024 0.790 0.004 0.007 0.029 0.001 0.001 0.014 0.071 0.018 0.006 0.037 42 K 0.001 0.031 0.547 0.009 0.007 0.060 0.001 0.001 0.034 0.180 0.018 0.089 0.022 43 P 0.002 0.011 0.676 0.007 0.013 0.072 0.002 0.002 0.044 0.033 0.019 0.006 0.112 44 L 0.018 0.026 0.404 0.061 0.030 0.140 0.017 0.006 0.105 0.049 0.031 0.061 0.053 45 A 0.042 0.016 0.213 0.004 0.048 0.147 0.039 0.014 0.183 0.056 0.039 0.094 0.105 46 L 0.055 0.028 0.147 0.006 0.038 0.167 0.059 0.036 0.197 0.073 0.028 0.041 0.125 47 G 0.028 0.037 0.296 0.001 0.014 0.176 0.025 0.009 0.138 0.087 0.033 0.083 0.073 48 I 0.004 0.017 0.189 0.001 0.014 0.519 0.003 0.001 0.038 0.061 0.086 0.003 0.061 49 D 0.001 0.001 0.020 0.001 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 51 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.025 0.850 0.001 0.001 0.001 0.008 0.103 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.024 0.591 0.001 0.001 0.001 0.016 0.348 0.001 0.001 55 A 0.001 0.003 0.086 0.001 0.021 0.607 0.001 0.001 0.001 0.057 0.224 0.001 0.001 56 L 0.001 0.004 0.266 0.001 0.040 0.463 0.001 0.001 0.001 0.148 0.077 0.001 0.001 57 P 0.001 0.002 0.137 0.001 0.144 0.290 0.001 0.001 0.001 0.096 0.329 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.004 0.089 0.001 0.150 0.237 0.001 0.001 0.001 0.193 0.324 0.001 0.002 59 Y 0.001 0.031 0.400 0.001 0.029 0.213 0.001 0.001 0.005 0.281 0.033 0.005 0.003 60 D 0.001 0.021 0.684 0.001 0.006 0.206 0.001 0.001 0.006 0.060 0.007 0.001 0.010 61 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 70 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.866 0.001 0.001 0.001 0.009 0.106 0.001 0.001 71 H 0.001 0.002 0.028 0.001 0.011 0.736 0.001 0.001 0.001 0.025 0.196 0.001 0.001 72 C 0.001 0.012 0.263 0.001 0.005 0.447 0.001 0.001 0.003 0.126 0.130 0.002 0.010 73 R 0.001 0.015 0.367 0.001 0.005 0.305 0.001 0.001 0.002 0.213 0.084 0.005 0.004 74 R 0.001 0.006 0.326 0.001 0.005 0.216 0.001 0.001 0.001 0.413 0.024 0.001 0.005 75 P 0.001 0.002 0.042 0.001 0.074 0.782 0.001 0.001 0.001 0.018 0.079 0.001 0.002 76 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.046 0.875 0.001 0.001 0.001 0.016 0.047 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 0.928 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.001 0.002 78 L 0.002 0.002 0.009 0.001 0.009 0.957 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.001 0.003 79 K 0.003 0.001 0.006 0.001 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.002 0.001 80 A 0.003 0.001 0.008 0.001 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.001 0.002 81 L 0.003 0.003 0.017 0.001 0.029 0.876 0.002 0.004 0.003 0.010 0.049 0.001 0.004 82 A 0.001 0.007 0.048 0.001 0.102 0.601 0.004 0.007 0.013 0.039 0.158 0.014 0.005 83 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.069 0.001 0.001 0.001 0.014 0.874 0.001 0.001 84 G 0.001 0.001 0.023 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 0.913 0.001 0.001 85 G 0.001 0.009 0.813 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.126 0.017 0.009 0.005 86 K 0.002 0.010 0.411 0.032 0.010 0.002 0.004 0.003 0.133 0.251 0.033 0.005 0.106 87 R 0.020 0.023 0.102 0.002 0.006 0.001 0.063 0.113 0.422 0.020 0.010 0.188 0.029 88 F 0.020 0.119 0.042 0.002 0.003 0.001 0.184 0.181 0.329 0.006 0.002 0.006 0.105 89 D 0.007 0.017 0.486 0.004 0.002 0.001 0.031 0.020 0.322 0.021 0.006 0.048 0.036 90 L 0.001 0.006 0.127 0.006 0.020 0.009 0.002 0.003 0.032 0.081 0.704 0.003 0.007 91 N 0.001 0.002 0.026 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.862 0.001 0.001 92 N 0.001 0.002 0.143 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.536 0.297 0.001 0.001 93 R 0.001 0.031 0.678 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.006 0.241 0.018 0.005 0.008 94 F 0.001 0.194 0.485 0.002 0.033 0.017 0.006 0.002 0.013 0.062 0.042 0.005 0.138 95 K 0.005 0.058 0.334 0.094 0.112 0.043 0.003 0.001 0.005 0.154 0.150 0.013 0.027 96 G 0.004 0.030 0.207 0.007 0.144 0.059 0.001 0.001 0.004 0.235 0.247 0.037 0.026 97 E 0.003 0.035 0.337 0.010 0.091 0.048 0.002 0.001 0.002 0.280 0.112 0.008 0.071 98 V 0.001 0.033 0.567 0.001 0.012 0.033 0.001 0.001 0.005 0.244 0.015 0.077 0.014 99 T 0.001 0.012 0.839 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.075 0.003 0.001 0.040 100 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.001 0.001 110 P 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.001 0.001 111 F 0.001 0.001 0.045 0.001 0.013 0.861 0.001 0.001 0.001 0.018 0.062 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.029 0.001 0.027 0.852 0.001 0.001 0.001 0.019 0.072 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.058 0.001 0.021 0.814 0.001 0.001 0.001 0.026 0.080 0.001 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.052 0.001 0.026 0.810 0.001 0.001 0.001 0.027 0.083 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.066 0.001 0.022 0.818 0.001 0.001 0.001 0.022 0.070 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.057 0.001 0.031 0.837 0.001 0.001 0.001 0.025 0.047 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.055 0.001 0.023 0.859 0.001 0.001 0.001 0.020 0.040 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.037 0.001 0.024 0.876 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.042 0.001 0.015 0.870 0.001 0.001 0.001 0.017 0.054 0.001 0.001 120 S 0.001 0.001 0.052 0.001 0.017 0.853 0.001 0.001 0.001 0.019 0.056 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.047 0.001 0.013 0.878 0.001 0.001 0.002 0.017 0.042 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.041 0.001 0.013 0.894 0.001 0.001 0.001 0.016 0.035 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.040 0.001 0.022 0.878 0.001 0.001 0.002 0.012 0.045 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.040 0.001 0.025 0.871 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.046 0.001 0.027 0.841 0.001 0.001 0.001 0.020 0.064 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.055 0.001 0.019 0.790 0.001 0.001 0.001 0.024 0.109 0.001 0.001 127 T 0.001 0.001 0.072 0.001 0.021 0.751 0.001 0.001 0.001 0.031 0.123 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.193 0.001 0.020 0.649 0.001 0.001 0.002 0.067 0.065 0.001 0.001 129 S 0.001 0.002 0.197 0.001 0.040 0.654 0.001 0.001 0.002 0.037 0.066 0.001 0.001 130 V 0.001 0.002 0.105 0.001 0.042 0.752 0.001 0.001 0.002 0.031 0.065 0.001 0.001 131 E 0.001 0.002 0.099 0.001 0.036 0.767 0.001 0.001 0.002 0.033 0.060 0.001 0.001 132 A 0.001 0.002 0.094 0.001 0.031 0.784 0.001 0.001 0.003 0.029 0.057 0.001 0.001 133 E 0.001 0.002 0.078 0.001 0.019 0.793 0.001 0.001 0.002 0.030 0.073 0.001 0.001 134 A 0.001 0.002 0.111 0.001 0.027 0.739 0.001 0.001 0.002 0.038 0.080 0.001 0.001 135 A 0.001 0.004 0.183 0.001 0.044 0.588 0.001 0.001 0.002 0.058 0.118 0.001 0.002 136 E 0.001 0.003 0.168 0.001 0.060 0.595 0.001 0.001 0.002 0.060 0.107 0.002 0.002 137 S 0.001 0.005 0.149 0.001 0.073 0.585 0.001 0.001 0.002 0.104 0.073 0.003 0.003 138 S 0.001 0.006 0.122 0.001 0.051 0.654 0.001 0.001 0.002 0.074 0.082 0.004 0.004 139 A 0.001 0.008 0.178 0.001 0.036 0.553 0.001 0.001 0.003 0.068 0.145 0.002 0.006 140 A 0.001 0.006 0.509 0.001 0.015 0.305 0.001 0.001 0.007 0.019 0.129 0.004 0.005 141 E 0.001 0.001 0.931 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.002