# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1055 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.031 0.025 0.045 0.045 0.099 0.176 0.564 2 T 0.110 0.411 0.012 0.021 0.018 0.036 0.297 0.095 3 Q 0.127 0.600 0.007 0.006 0.009 0.031 0.052 0.167 4 E 0.048 0.446 0.015 0.013 0.016 0.049 0.047 0.364 5 T 0.075 0.676 0.008 0.005 0.007 0.034 0.041 0.154 6 A 0.050 0.734 0.007 0.004 0.004 0.034 0.024 0.143 7 L 0.032 0.867 0.005 0.002 0.002 0.010 0.016 0.067 8 G 0.073 0.847 0.004 0.001 0.001 0.007 0.023 0.045 9 A 0.069 0.476 0.028 0.006 0.005 0.029 0.238 0.149 10 A 0.075 0.487 0.023 0.004 0.004 0.038 0.191 0.177 11 L 0.151 0.434 0.018 0.003 0.004 0.039 0.076 0.274 12 K 0.131 0.239 0.009 0.004 0.006 0.055 0.042 0.513 13 S 0.057 0.082 0.010 0.004 0.005 0.058 0.232 0.551 14 A 0.067 0.177 0.013 0.009 0.010 0.118 0.110 0.496 15 V 0.086 0.063 0.025 0.013 0.017 0.101 0.107 0.588 16 Q 0.045 0.082 0.017 0.011 0.009 0.113 0.058 0.666 17 T 0.089 0.256 0.014 0.004 0.007 0.075 0.032 0.522 18 M 0.054 0.314 0.014 0.006 0.005 0.079 0.027 0.500 19 S 0.067 0.597 0.007 0.003 0.004 0.034 0.060 0.229 20 K 0.043 0.311 0.005 0.003 0.003 0.025 0.514 0.096 21 K 0.007 0.748 0.006 0.005 0.006 0.019 0.137 0.072 22 K 0.008 0.883 0.004 0.004 0.007 0.011 0.022 0.061 23 Q 0.008 0.897 0.006 0.006 0.009 0.011 0.024 0.040 24 T 0.011 0.926 0.004 0.003 0.005 0.005 0.031 0.015 25 E 0.026 0.798 0.014 0.008 0.006 0.011 0.091 0.046 26 M 0.046 0.611 0.036 0.017 0.015 0.029 0.160 0.086 27 I 0.231 0.355 0.034 0.011 0.013 0.035 0.183 0.138 28 A 0.190 0.189 0.027 0.011 0.013 0.056 0.120 0.395 29 D 0.035 0.061 0.017 0.007 0.010 0.061 0.046 0.763 30 H 0.045 0.047 0.017 0.009 0.010 0.102 0.038 0.732 31 I 0.154 0.060 0.020 0.012 0.011 0.107 0.046 0.590 32 Y 0.190 0.040 0.021 0.007 0.008 0.085 0.044 0.605 33 G 0.093 0.060 0.021 0.009 0.013 0.099 0.037 0.668 34 K 0.037 0.042 0.037 0.010 0.016 0.094 0.051 0.713 35 Y 0.058 0.064 0.058 0.025 0.027 0.114 0.058 0.596 36 D 0.133 0.057 0.063 0.030 0.028 0.092 0.096 0.501 37 V 0.118 0.054 0.048 0.024 0.026 0.080 0.085 0.565 38 F 0.177 0.032 0.030 0.013 0.027 0.068 0.057 0.596 39 K 0.098 0.013 0.022 0.025 0.023 0.097 0.053 0.669 40 R 0.014 0.018 0.016 0.015 0.026 0.121 0.027 0.762 41 F 0.024 0.024 0.031 0.012 0.023 0.095 0.027 0.764 42 K 0.122 0.122 0.071 0.079 0.062 0.131 0.080 0.334 43 P 0.037 0.085 0.110 0.022 0.038 0.083 0.082 0.543 44 L 0.082 0.132 0.117 0.050 0.066 0.124 0.102 0.327 45 A 0.053 0.136 0.204 0.035 0.049 0.059 0.217 0.247 46 L 0.031 0.260 0.134 0.018 0.031 0.074 0.104 0.348 47 G 0.022 0.327 0.276 0.038 0.040 0.051 0.090 0.156 48 I 0.020 0.731 0.049 0.009 0.012 0.026 0.056 0.097 49 D 0.031 0.920 0.010 0.001 0.001 0.003 0.022 0.012 50 Q 0.025 0.773 0.021 0.002 0.002 0.013 0.121 0.043 51 D 0.066 0.722 0.048 0.002 0.001 0.013 0.084 0.064 52 L 0.491 0.316 0.023 0.001 0.001 0.011 0.112 0.046 53 I 0.663 0.066 0.017 0.001 0.001 0.018 0.089 0.145 54 A 0.020 0.013 0.008 0.001 0.001 0.035 0.080 0.843 55 A 0.028 0.019 0.002 0.001 0.001 0.037 0.007 0.907 56 L 0.446 0.040 0.010 0.002 0.002 0.077 0.096 0.328 57 P 0.092 0.072 0.004 0.001 0.001 0.087 0.022 0.722 58 Q 0.049 0.160 0.004 0.001 0.001 0.060 0.014 0.713 59 Y 0.017 0.430 0.010 0.001 0.001 0.063 0.038 0.441 60 D 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 61 A 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 62 A 0.001 0.948 0.005 0.001 0.001 0.002 0.037 0.007 63 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 64 I 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 65 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 66 R 0.014 0.449 0.011 0.001 0.001 0.007 0.485 0.032 67 V 0.023 0.540 0.016 0.002 0.001 0.013 0.385 0.021 68 L 0.160 0.516 0.022 0.002 0.003 0.029 0.130 0.137 69 A 0.072 0.156 0.017 0.004 0.004 0.062 0.090 0.594 70 N 0.070 0.105 0.033 0.005 0.011 0.107 0.105 0.565 71 H 0.118 0.082 0.044 0.010 0.011 0.149 0.103 0.484 72 C 0.020 0.041 0.040 0.009 0.011 0.160 0.051 0.669 73 R 0.016 0.125 0.022 0.005 0.006 0.104 0.029 0.693 74 R 0.031 0.784 0.006 0.002 0.002 0.023 0.040 0.112 75 P 0.017 0.946 0.003 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 76 R 0.012 0.852 0.008 0.006 0.007 0.012 0.052 0.052 77 Y 0.006 0.918 0.004 0.002 0.002 0.005 0.051 0.013 78 L 0.010 0.959 0.003 0.001 0.002 0.002 0.016 0.007 79 K 0.029 0.796 0.015 0.016 0.017 0.011 0.057 0.059 80 A 0.036 0.128 0.050 0.021 0.025 0.033 0.587 0.120 81 L 0.354 0.078 0.038 0.024 0.018 0.054 0.242 0.191 82 A 0.320 0.013 0.012 0.010 0.012 0.051 0.063 0.519 83 R 0.007 0.002 0.003 0.002 0.005 0.065 0.008 0.908 84 G 0.036 0.003 0.016 0.013 0.040 0.130 0.033 0.729 85 G 0.017 0.002 0.026 0.057 0.055 0.124 0.038 0.682 86 K 0.006 0.001 0.166 0.104 0.130 0.112 0.028 0.452 87 R 0.004 0.001 0.123 0.098 0.147 0.077 0.054 0.496 88 F 0.006 0.001 0.268 0.169 0.099 0.062 0.048 0.348 89 D 0.270 0.004 0.183 0.062 0.066 0.060 0.082 0.271 90 L 0.316 0.005 0.043 0.052 0.041 0.081 0.060 0.402 91 N 0.015 0.002 0.030 0.010 0.036 0.095 0.011 0.800 92 N 0.017 0.002 0.034 0.014 0.058 0.106 0.023 0.745 93 R 0.056 0.004 0.046 0.167 0.125 0.141 0.087 0.375 94 F 0.109 0.004 0.025 0.047 0.057 0.077 0.031 0.652 95 K 0.041 0.002 0.033 0.068 0.163 0.081 0.037 0.577 96 G 0.009 0.004 0.042 0.062 0.136 0.091 0.028 0.629 97 E 0.004 0.010 0.026 0.091 0.141 0.111 0.012 0.606 98 V 0.004 0.032 0.024 0.043 0.029 0.069 0.012 0.786 99 T 0.056 0.893 0.002 0.004 0.002 0.004 0.023 0.015 100 P 0.030 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 101 E 0.015 0.941 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.020 102 E 0.013 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 103 Q 0.032 0.916 0.002 0.001 0.001 0.004 0.027 0.017 104 A 0.037 0.483 0.029 0.008 0.005 0.014 0.331 0.093 105 I 0.161 0.337 0.017 0.004 0.004 0.030 0.275 0.172 106 A 0.565 0.098 0.014 0.002 0.002 0.035 0.097 0.187 107 Q 0.052 0.070 0.005 0.003 0.002 0.049 0.042 0.776 108 N 0.015 0.094 0.001 0.001 0.001 0.033 0.009 0.847 109 H 0.066 0.536 0.005 0.002 0.002 0.065 0.046 0.279 110 P 0.057 0.744 0.009 0.003 0.002 0.029 0.047 0.110 111 F 0.033 0.899 0.004 0.001 0.001 0.007 0.011 0.044 112 V 0.014 0.952 0.005 0.001 0.001 0.003 0.005 0.021 113 Q 0.018 0.916 0.018 0.001 0.001 0.004 0.022 0.021 114 Q 0.009 0.966 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 115 A 0.056 0.895 0.006 0.001 0.001 0.003 0.021 0.019 116 L 0.031 0.383 0.016 0.001 0.001 0.009 0.511 0.050 117 Q 0.017 0.840 0.002 0.001 0.001 0.006 0.075 0.060 118 Q 0.021 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.032 119 Q 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 120 S 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 121 A 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 122 Q 0.036 0.939 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 123 A 0.033 0.281 0.027 0.001 0.001 0.008 0.613 0.038 124 A 0.034 0.789 0.008 0.001 0.001 0.008 0.099 0.062 125 A 0.157 0.315 0.046 0.001 0.001 0.021 0.270 0.190 126 E 0.053 0.347 0.009 0.001 0.001 0.051 0.109 0.428 127 T 0.080 0.351 0.007 0.001 0.001 0.038 0.047 0.476 128 L 0.035 0.645 0.003 0.001 0.001 0.034 0.014 0.268 129 S 0.055 0.761 0.010 0.001 0.001 0.023 0.031 0.119 130 V 0.030 0.874 0.005 0.001 0.001 0.012 0.011 0.068 131 E 0.051 0.887 0.014 0.001 0.001 0.006 0.011 0.031 132 A 0.137 0.710 0.028 0.001 0.001 0.013 0.036 0.075 133 E 0.114 0.255 0.036 0.002 0.002 0.041 0.248 0.303 134 A 0.054 0.110 0.026 0.002 0.002 0.054 0.422 0.331 135 A 0.050 0.253 0.011 0.002 0.002 0.070 0.097 0.513 136 E 0.102 0.243 0.008 0.003 0.004 0.056 0.038 0.546 137 S 0.094 0.200 0.008 0.005 0.006 0.081 0.046 0.560 138 S 0.084 0.120 0.020 0.012 0.016 0.113 0.092 0.542 139 A 0.095 0.067 0.020 0.015 0.019 0.133 0.113 0.538 140 A 0.070 0.061 0.024 0.020 0.026 0.125 0.119 0.556 141 E 0.049 0.037 0.024 0.018 0.034 0.105 0.065 0.668