# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1055 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.048 0.017 0.032 0.027 0.037 0.052 0.006 0.001 0.005 0.637 2 T 0.071 0.023 0.010 0.025 0.027 0.036 0.198 0.004 0.001 0.006 0.600 3 Q 0.032 0.009 0.012 0.017 0.011 0.018 0.053 0.001 0.001 0.004 0.843 4 E 0.034 0.021 0.002 0.034 0.020 0.039 0.359 0.002 0.001 0.008 0.482 5 T 0.178 0.033 0.003 0.012 0.006 0.009 0.338 0.002 0.001 0.019 0.400 6 A 0.075 0.106 0.008 0.012 0.004 0.005 0.097 0.001 0.001 0.005 0.688 7 L 0.054 0.108 0.003 0.014 0.012 0.029 0.497 0.004 0.001 0.019 0.260 8 G 0.193 0.319 0.004 0.015 0.009 0.016 0.131 0.010 0.001 0.014 0.290 9 A 0.041 0.600 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.330 10 A 0.040 0.662 0.002 0.002 0.003 0.004 0.062 0.008 0.001 0.002 0.214 11 L 0.128 0.707 0.003 0.004 0.004 0.013 0.034 0.023 0.001 0.005 0.079 12 K 0.045 0.884 0.004 0.002 0.002 0.005 0.009 0.014 0.001 0.001 0.034 13 S 0.045 0.844 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.090 14 A 0.089 0.734 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.147 15 V 0.093 0.682 0.017 0.003 0.003 0.005 0.029 0.035 0.001 0.003 0.130 16 Q 0.098 0.592 0.037 0.007 0.006 0.015 0.076 0.032 0.001 0.003 0.135 17 T 0.208 0.564 0.008 0.006 0.002 0.004 0.021 0.022 0.001 0.001 0.163 18 M 0.134 0.353 0.015 0.006 0.003 0.002 0.014 0.011 0.001 0.001 0.461 19 S 0.069 0.191 0.015 0.005 0.004 0.005 0.192 0.008 0.001 0.005 0.506 20 K 0.087 0.222 0.020 0.007 0.002 0.005 0.154 0.010 0.001 0.006 0.487 21 K 0.050 0.475 0.005 0.007 0.002 0.004 0.088 0.006 0.001 0.005 0.359 22 K 0.064 0.474 0.003 0.003 0.003 0.005 0.219 0.008 0.001 0.011 0.209 23 Q 0.033 0.868 0.002 0.002 0.002 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.069 24 T 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 25 E 0.011 0.943 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.028 26 M 0.039 0.916 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.022 27 I 0.032 0.927 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.015 28 A 0.029 0.889 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.048 29 D 0.090 0.629 0.008 0.003 0.004 0.005 0.010 0.068 0.001 0.001 0.181 30 H 0.372 0.396 0.033 0.005 0.003 0.004 0.010 0.054 0.001 0.002 0.120 31 I 0.279 0.261 0.068 0.013 0.008 0.010 0.038 0.039 0.001 0.003 0.279 32 Y 0.039 0.041 0.050 0.018 0.007 0.012 0.026 0.005 0.001 0.002 0.801 33 G 0.028 0.018 0.005 0.021 0.009 0.017 0.041 0.002 0.001 0.001 0.858 34 K 0.173 0.027 0.004 0.024 0.010 0.017 0.062 0.003 0.001 0.004 0.676 35 Y 0.121 0.056 0.005 0.033 0.012 0.025 0.071 0.002 0.001 0.003 0.672 36 D 0.085 0.045 0.002 0.037 0.024 0.033 0.088 0.002 0.001 0.002 0.681 37 V 0.106 0.061 0.002 0.020 0.013 0.023 0.065 0.001 0.001 0.003 0.706 38 F 0.073 0.092 0.003 0.026 0.024 0.045 0.085 0.002 0.001 0.003 0.648 39 K 0.116 0.093 0.003 0.012 0.015 0.027 0.087 0.003 0.001 0.003 0.640 40 R 0.242 0.115 0.003 0.014 0.011 0.022 0.049 0.009 0.001 0.005 0.530 41 F 0.307 0.161 0.022 0.022 0.014 0.031 0.050 0.006 0.001 0.006 0.381 42 K 0.099 0.079 0.008 0.033 0.030 0.032 0.095 0.005 0.001 0.001 0.618 43 P 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 44 L 0.012 0.024 0.001 0.035 0.021 0.089 0.194 0.001 0.001 0.003 0.620 45 A 0.243 0.107 0.001 0.011 0.006 0.023 0.089 0.002 0.001 0.005 0.513 46 L 0.178 0.581 0.001 0.022 0.005 0.006 0.009 0.006 0.001 0.001 0.191 47 G 0.221 0.470 0.006 0.009 0.003 0.003 0.026 0.002 0.001 0.002 0.257 48 I 0.110 0.474 0.035 0.009 0.004 0.010 0.083 0.002 0.001 0.003 0.269 49 D 0.012 0.574 0.007 0.026 0.005 0.026 0.098 0.005 0.001 0.001 0.246 50 Q 0.016 0.547 0.001 0.007 0.003 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.397 51 D 0.022 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.001 0.001 0.002 0.134 52 L 0.005 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 0.001 0.001 0.082 53 I 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 54 A 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.007 55 A 0.072 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.018 56 L 0.429 0.509 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.024 57 P 0.006 0.025 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.908 58 Q 0.029 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.926 59 Y 0.941 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.031 60 D 0.116 0.100 0.004 0.014 0.001 0.001 0.252 0.006 0.001 0.001 0.505 61 A 0.006 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.956 62 A 0.012 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.431 0.001 0.001 0.004 0.505 63 L 0.028 0.098 0.001 0.002 0.001 0.002 0.782 0.002 0.001 0.010 0.076 64 I 0.021 0.942 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.025 65 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 66 R 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 67 V 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 68 L 0.008 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 69 A 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.013 70 N 0.054 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.021 71 H 0.179 0.704 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.068 72 C 0.115 0.609 0.093 0.007 0.002 0.003 0.006 0.033 0.001 0.001 0.131 73 R 0.092 0.292 0.060 0.037 0.007 0.018 0.061 0.049 0.001 0.001 0.382 74 R 0.189 0.115 0.029 0.016 0.002 0.005 0.049 0.006 0.001 0.001 0.588 75 P 0.005 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.971 76 R 0.010 0.023 0.001 0.012 0.003 0.007 0.316 0.001 0.001 0.004 0.623 77 Y 0.221 0.229 0.001 0.011 0.004 0.008 0.117 0.003 0.001 0.004 0.402 78 L 0.021 0.918 0.001 0.005 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.046 79 K 0.015 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.066 80 A 0.037 0.909 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.039 81 L 0.032 0.939 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 82 A 0.053 0.869 0.007 0.001 0.002 0.005 0.003 0.013 0.001 0.001 0.046 83 R 0.070 0.600 0.012 0.005 0.011 0.018 0.010 0.102 0.001 0.001 0.171 84 G 0.494 0.107 0.012 0.008 0.007 0.005 0.008 0.163 0.001 0.002 0.194 85 G 0.087 0.017 0.690 0.015 0.007 0.007 0.012 0.004 0.001 0.003 0.157 86 K 0.005 0.003 0.036 0.144 0.095 0.088 0.097 0.002 0.001 0.001 0.527 87 R 0.024 0.001 0.007 0.125 0.041 0.066 0.042 0.001 0.001 0.003 0.690 88 F 0.015 0.002 0.001 0.426 0.139 0.209 0.060 0.001 0.001 0.003 0.144 89 D 0.011 0.003 0.001 0.324 0.108 0.117 0.132 0.001 0.001 0.004 0.300 90 L 0.016 0.004 0.001 0.344 0.085 0.115 0.094 0.001 0.001 0.009 0.330 91 N 0.023 0.004 0.001 0.101 0.045 0.075 0.505 0.001 0.001 0.019 0.227 92 N 0.243 0.007 0.003 0.050 0.021 0.023 0.255 0.002 0.001 0.090 0.307 93 R 0.135 0.020 0.016 0.037 0.029 0.041 0.487 0.001 0.001 0.035 0.197 94 F 0.023 0.016 0.009 0.024 0.052 0.085 0.226 0.001 0.001 0.013 0.551 95 K 0.024 0.031 0.003 0.065 0.107 0.228 0.108 0.001 0.001 0.006 0.427 96 G 0.078 0.022 0.001 0.015 0.046 0.073 0.086 0.003 0.001 0.006 0.669 97 E 0.281 0.041 0.012 0.023 0.028 0.066 0.062 0.004 0.001 0.008 0.476 98 V 0.092 0.032 0.017 0.068 0.055 0.119 0.148 0.005 0.001 0.007 0.457 99 T 0.038 0.026 0.005 0.068 0.013 0.038 0.358 0.002 0.001 0.003 0.449 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.994 101 E 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.002 0.535 0.001 0.001 0.003 0.442 102 E 0.020 0.053 0.001 0.001 0.001 0.004 0.803 0.001 0.001 0.010 0.108 103 Q 0.031 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 104 A 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 I 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 106 A 0.020 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 107 Q 0.020 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 108 N 0.109 0.780 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.027 109 H 0.195 0.667 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.077 110 P 0.006 0.104 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.874 111 F 0.018 0.153 0.005 0.003 0.001 0.001 0.046 0.005 0.001 0.001 0.768 112 V 0.166 0.517 0.002 0.002 0.001 0.001 0.062 0.005 0.001 0.001 0.243 113 Q 0.044 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.055 114 Q 0.031 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.069 115 A 0.010 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.054 116 L 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.046 117 Q 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.023 118 Q 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 119 Q 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 120 S 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 121 A 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 122 Q 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 123 A 0.007 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.008 124 A 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 125 A 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 126 E 0.012 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.012 127 T 0.061 0.830 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.020 128 L 0.101 0.813 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.027 129 S 0.068 0.626 0.022 0.002 0.001 0.001 0.014 0.054 0.001 0.001 0.213 130 V 0.040 0.524 0.031 0.002 0.001 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.376 131 E 0.037 0.536 0.002 0.003 0.001 0.001 0.055 0.018 0.001 0.001 0.346 132 A 0.085 0.751 0.003 0.002 0.001 0.002 0.017 0.013 0.001 0.002 0.123 133 E 0.066 0.825 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.089 134 A 0.079 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.062 135 A 0.078 0.821 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.080 136 E 0.076 0.796 0.006 0.002 0.001 0.002 0.010 0.032 0.001 0.001 0.072 137 S 0.106 0.669 0.020 0.003 0.002 0.003 0.021 0.036 0.001 0.002 0.139 138 S 0.131 0.533 0.011 0.004 0.003 0.002 0.032 0.028 0.001 0.001 0.256 139 A 0.141 0.505 0.018 0.009 0.006 0.007 0.074 0.020 0.001 0.006 0.215 140 A 0.078 0.528 0.026 0.018 0.016 0.027 0.059 0.012 0.001 0.004 0.231 141 E 0.067 0.512 0.008 0.016 0.014 0.030 0.061 0.012 0.001 0.003 0.278