# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1055 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.016 0.087 0.028 0.042 0.098 0.010 0.635 2 T 0.049 0.019 0.045 0.027 0.046 0.172 0.006 0.637 3 Q 0.020 0.017 0.029 0.013 0.038 0.054 0.003 0.827 4 E 0.025 0.033 0.017 0.009 0.022 0.407 0.004 0.483 5 T 0.091 0.076 0.010 0.005 0.010 0.546 0.008 0.253 6 A 0.069 0.724 0.007 0.007 0.007 0.026 0.003 0.156 7 L 0.034 0.614 0.018 0.008 0.019 0.076 0.010 0.220 8 G 0.111 0.469 0.013 0.007 0.016 0.076 0.019 0.288 9 A 0.064 0.701 0.006 0.004 0.009 0.035 0.007 0.174 10 A 0.040 0.783 0.003 0.003 0.006 0.029 0.008 0.129 11 L 0.048 0.852 0.005 0.002 0.005 0.016 0.008 0.064 12 K 0.043 0.868 0.004 0.003 0.004 0.012 0.010 0.056 13 S 0.086 0.796 0.007 0.003 0.003 0.010 0.020 0.075 14 A 0.164 0.637 0.021 0.006 0.006 0.013 0.031 0.122 15 V 0.110 0.516 0.033 0.011 0.016 0.044 0.021 0.249 16 Q 0.087 0.407 0.088 0.025 0.035 0.088 0.022 0.248 17 T 0.046 0.526 0.038 0.021 0.021 0.047 0.012 0.291 18 M 0.068 0.268 0.050 0.014 0.021 0.044 0.014 0.522 19 S 0.061 0.172 0.023 0.011 0.015 0.253 0.013 0.452 20 K 0.133 0.165 0.014 0.006 0.015 0.116 0.013 0.538 21 K 0.050 0.266 0.008 0.004 0.007 0.228 0.008 0.430 22 K 0.062 0.385 0.004 0.003 0.004 0.238 0.009 0.296 23 Q 0.029 0.885 0.004 0.002 0.003 0.013 0.003 0.061 24 T 0.009 0.913 0.004 0.003 0.006 0.008 0.003 0.054 25 E 0.008 0.915 0.006 0.004 0.008 0.006 0.002 0.050 26 M 0.009 0.958 0.002 0.003 0.004 0.004 0.002 0.017 27 I 0.020 0.945 0.003 0.003 0.006 0.003 0.005 0.016 28 A 0.023 0.929 0.003 0.003 0.004 0.004 0.007 0.027 29 D 0.082 0.805 0.008 0.005 0.004 0.007 0.028 0.061 30 H 0.275 0.495 0.017 0.008 0.006 0.010 0.078 0.111 31 I 0.193 0.377 0.077 0.016 0.020 0.028 0.054 0.235 32 Y 0.052 0.203 0.107 0.024 0.039 0.060 0.023 0.492 33 G 0.070 0.107 0.050 0.017 0.027 0.093 0.023 0.614 34 K 0.146 0.075 0.071 0.017 0.023 0.089 0.019 0.562 35 Y 0.077 0.073 0.072 0.024 0.023 0.078 0.013 0.639 36 D 0.074 0.069 0.088 0.047 0.061 0.139 0.015 0.506 37 V 0.061 0.081 0.048 0.042 0.068 0.090 0.008 0.603 38 F 0.062 0.086 0.035 0.027 0.073 0.241 0.011 0.466 39 K 0.145 0.089 0.021 0.019 0.024 0.191 0.023 0.488 40 R 0.191 0.160 0.019 0.012 0.014 0.121 0.029 0.453 41 F 0.263 0.164 0.042 0.018 0.030 0.064 0.058 0.362 42 K 0.148 0.091 0.103 0.127 0.093 0.067 0.014 0.357 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 L 0.013 0.020 0.104 0.085 0.286 0.149 0.005 0.339 45 A 0.226 0.090 0.096 0.032 0.029 0.081 0.014 0.432 46 L 0.216 0.163 0.191 0.051 0.067 0.065 0.015 0.232 47 G 0.310 0.079 0.154 0.042 0.032 0.057 0.011 0.315 48 I 0.062 0.110 0.319 0.033 0.048 0.093 0.008 0.328 49 D 0.041 0.108 0.081 0.020 0.106 0.229 0.012 0.403 50 Q 0.071 0.172 0.046 0.010 0.033 0.135 0.011 0.521 51 D 0.052 0.244 0.009 0.004 0.009 0.240 0.009 0.433 52 L 0.060 0.612 0.006 0.002 0.009 0.062 0.008 0.241 53 I 0.014 0.907 0.002 0.001 0.004 0.009 0.002 0.062 54 A 0.084 0.808 0.002 0.001 0.002 0.010 0.018 0.075 55 A 0.555 0.301 0.004 0.001 0.001 0.002 0.086 0.051 56 L 0.269 0.537 0.052 0.004 0.006 0.004 0.024 0.104 57 P 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.988 58 Q 0.067 0.069 0.017 0.008 0.008 0.101 0.022 0.708 59 Y 0.537 0.076 0.056 0.002 0.002 0.044 0.017 0.266 60 D 0.089 0.182 0.094 0.005 0.007 0.155 0.009 0.461 61 A 0.011 0.101 0.022 0.001 0.006 0.032 0.002 0.825 62 A 0.010 0.083 0.003 0.001 0.001 0.230 0.001 0.671 63 L 0.012 0.160 0.001 0.001 0.001 0.741 0.002 0.084 64 I 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 65 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 66 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 67 V 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 68 L 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 69 A 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 70 N 0.030 0.921 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 71 H 0.165 0.677 0.018 0.005 0.003 0.004 0.063 0.065 72 C 0.074 0.465 0.090 0.016 0.016 0.026 0.023 0.289 73 R 0.042 0.290 0.063 0.029 0.028 0.067 0.035 0.447 74 R 0.071 0.109 0.035 0.013 0.012 0.063 0.010 0.686 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 R 0.009 0.051 0.009 0.012 0.020 0.293 0.002 0.605 77 Y 0.091 0.411 0.010 0.010 0.013 0.094 0.006 0.365 78 L 0.020 0.868 0.004 0.008 0.016 0.015 0.001 0.068 79 K 0.012 0.937 0.003 0.005 0.008 0.007 0.001 0.027 80 A 0.009 0.967 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.013 81 L 0.017 0.957 0.001 0.003 0.005 0.001 0.005 0.010 82 A 0.019 0.950 0.003 0.005 0.005 0.001 0.007 0.010 83 R 0.033 0.852 0.009 0.011 0.009 0.004 0.039 0.043 84 G 0.529 0.105 0.009 0.009 0.007 0.007 0.235 0.100 85 G 0.216 0.095 0.205 0.029 0.019 0.037 0.059 0.340 86 K 0.025 0.030 0.220 0.122 0.090 0.100 0.019 0.393 87 R 0.017 0.006 0.076 0.067 0.094 0.043 0.002 0.696 88 F 0.016 0.007 0.191 0.187 0.255 0.061 0.002 0.280 89 D 0.007 0.015 0.151 0.276 0.249 0.045 0.003 0.254 90 L 0.023 0.021 0.153 0.152 0.218 0.063 0.007 0.364 91 N 0.018 0.004 0.015 0.027 0.056 0.750 0.010 0.119 92 N 0.521 0.009 0.016 0.024 0.022 0.057 0.077 0.274 93 R 0.200 0.009 0.075 0.021 0.029 0.479 0.013 0.174 94 F 0.004 0.002 0.016 0.017 0.016 0.057 0.004 0.884 95 K 0.036 0.016 0.058 0.105 0.298 0.098 0.005 0.385 96 G 0.095 0.009 0.044 0.098 0.195 0.112 0.012 0.435 97 E 0.137 0.006 0.033 0.057 0.105 0.083 0.008 0.571 98 V 0.060 0.021 0.081 0.104 0.137 0.076 0.006 0.515 99 T 0.018 0.010 0.011 0.040 0.079 0.186 0.002 0.656 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 E 0.002 0.004 0.001 0.002 0.011 0.384 0.001 0.595 102 E 0.080 0.020 0.001 0.001 0.001 0.671 0.003 0.223 103 Q 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 104 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 105 I 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 106 A 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 107 Q 0.014 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 108 N 0.058 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.012 109 H 0.234 0.658 0.019 0.002 0.001 0.002 0.027 0.057 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 111 F 0.006 0.065 0.010 0.006 0.016 0.107 0.002 0.787 112 V 0.161 0.290 0.018 0.002 0.003 0.094 0.009 0.424 113 Q 0.060 0.707 0.009 0.002 0.002 0.065 0.003 0.153 114 Q 0.043 0.858 0.007 0.001 0.001 0.018 0.002 0.070 115 A 0.018 0.894 0.003 0.001 0.001 0.015 0.003 0.066 116 L 0.026 0.869 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.073 117 Q 0.020 0.936 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.022 118 Q 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 119 Q 0.013 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.030 120 S 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.027 121 A 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 122 Q 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.032 123 A 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.033 124 A 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 125 A 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 126 E 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 127 T 0.058 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.015 128 L 0.098 0.839 0.007 0.001 0.001 0.003 0.016 0.035 129 S 0.098 0.609 0.014 0.002 0.003 0.031 0.024 0.220 130 V 0.040 0.343 0.030 0.002 0.004 0.028 0.008 0.545 131 E 0.030 0.265 0.007 0.001 0.004 0.332 0.007 0.353 132 A 0.072 0.429 0.007 0.001 0.003 0.158 0.007 0.323 133 E 0.023 0.774 0.002 0.001 0.001 0.027 0.003 0.169 134 A 0.028 0.857 0.002 0.001 0.001 0.022 0.005 0.084 135 A 0.050 0.877 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.056 136 E 0.124 0.718 0.007 0.003 0.005 0.015 0.020 0.109 137 S 0.168 0.604 0.021 0.006 0.007 0.028 0.026 0.141 138 S 0.219 0.452 0.011 0.004 0.007 0.041 0.028 0.237 139 A 0.149 0.467 0.038 0.008 0.016 0.052 0.016 0.254 140 A 0.098 0.368 0.025 0.012 0.021 0.128 0.021 0.327 141 E 0.140 0.395 0.029 0.014 0.021 0.074 0.021 0.306