# TARGET T0360 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.026 0.034 0.002 0.025 0.003 0.009 0.902 3 Q 0.029 0.010 0.016 0.100 0.168 0.084 0.593 4 E 0.025 0.008 0.027 0.140 0.134 0.084 0.582 5 T 0.028 0.015 0.034 0.203 0.158 0.056 0.507 6 A 0.022 0.009 0.058 0.374 0.111 0.107 0.318 7 L 0.015 0.008 0.060 0.328 0.071 0.099 0.419 8 G 0.010 0.007 0.063 0.460 0.083 0.081 0.296 9 A 0.008 0.005 0.071 0.596 0.067 0.085 0.168 10 A 0.008 0.005 0.080 0.624 0.057 0.098 0.127 11 L 0.008 0.007 0.091 0.547 0.064 0.123 0.161 12 K 0.007 0.007 0.092 0.496 0.052 0.206 0.141 13 S 0.006 0.005 0.070 0.457 0.069 0.277 0.116 14 A 0.007 0.006 0.056 0.325 0.148 0.225 0.232 15 V 0.010 0.007 0.049 0.171 0.123 0.210 0.430 16 Q 0.016 0.019 0.063 0.217 0.162 0.096 0.428 17 T 0.014 0.017 0.036 0.193 0.191 0.059 0.489 18 M 0.005 0.003 0.051 0.351 0.121 0.169 0.299 19 S 0.005 0.004 0.030 0.463 0.092 0.131 0.276 20 K 0.003 0.002 0.021 0.764 0.035 0.039 0.136 21 K 0.003 0.001 0.011 0.916 0.009 0.030 0.031 22 K 0.003 0.001 0.010 0.926 0.011 0.026 0.023 23 Q 0.004 0.002 0.006 0.954 0.009 0.012 0.012 24 T 0.007 0.001 0.004 0.964 0.005 0.009 0.009 25 E 0.006 0.001 0.006 0.960 0.005 0.015 0.008 26 M 0.004 0.001 0.009 0.952 0.006 0.019 0.010 27 I 0.003 0.001 0.020 0.929 0.006 0.032 0.009 28 A 0.003 0.001 0.028 0.856 0.011 0.089 0.012 29 D 0.002 0.001 0.030 0.671 0.029 0.239 0.028 30 H 0.006 0.004 0.030 0.416 0.148 0.238 0.158 31 I 0.011 0.012 0.034 0.174 0.188 0.101 0.478 32 Y 0.015 0.014 0.078 0.140 0.138 0.164 0.451 33 G 0.020 0.012 0.138 0.147 0.122 0.253 0.309 34 K 0.024 0.015 0.161 0.141 0.134 0.199 0.327 35 Y 0.035 0.022 0.128 0.141 0.182 0.157 0.335 36 D 0.033 0.021 0.101 0.125 0.155 0.182 0.383 37 V 0.021 0.013 0.092 0.104 0.178 0.251 0.341 38 F 0.016 0.009 0.099 0.087 0.155 0.349 0.285 39 K 0.018 0.009 0.090 0.068 0.216 0.230 0.370 40 R 0.033 0.015 0.068 0.056 0.220 0.127 0.481 41 F 0.073 0.032 0.026 0.056 0.213 0.038 0.563 42 K 0.075 0.026 0.017 0.058 0.130 0.024 0.670 43 P 0.094 0.018 0.029 0.098 0.085 0.041 0.635 44 L 0.129 0.017 0.083 0.133 0.105 0.063 0.471 45 A 0.216 0.014 0.100 0.254 0.103 0.070 0.243 46 L 0.290 0.013 0.050 0.246 0.050 0.082 0.269 47 G 0.234 0.031 0.023 0.223 0.125 0.059 0.304 48 I 0.140 0.020 0.010 0.326 0.111 0.024 0.370 49 D 0.007 0.001 0.007 0.924 0.021 0.009 0.031 50 Q 0.002 0.001 0.004 0.975 0.007 0.005 0.006 51 D 0.001 0.001 0.007 0.976 0.003 0.009 0.004 52 L 0.001 0.001 0.007 0.976 0.003 0.010 0.004 53 I 0.001 0.001 0.010 0.961 0.004 0.020 0.005 54 A 0.001 0.001 0.014 0.768 0.007 0.206 0.005 55 A 0.001 0.001 0.032 0.515 0.013 0.414 0.025 56 L 0.001 0.006 0.141 0.139 0.096 0.121 0.497 57 P 0.001 0.001 0.386 0.120 0.032 0.378 0.082 58 Q 0.001 0.002 0.344 0.054 0.048 0.464 0.087 59 Y 0.004 0.031 0.047 0.030 0.455 0.065 0.369 60 D 0.007 0.014 0.003 0.023 0.117 0.019 0.817 61 A 0.001 0.001 0.015 0.932 0.017 0.017 0.017 62 A 0.001 0.001 0.007 0.972 0.004 0.011 0.005 63 L 0.001 0.001 0.006 0.981 0.002 0.008 0.003 64 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 68 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 69 A 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.012 0.001 70 N 0.001 0.001 0.010 0.941 0.003 0.045 0.001 71 H 0.001 0.001 0.014 0.904 0.005 0.073 0.003 72 C 0.004 0.010 0.011 0.627 0.102 0.192 0.055 73 R 0.010 0.005 0.005 0.120 0.228 0.257 0.375 74 R 0.023 0.008 0.004 0.073 0.278 0.049 0.565 75 P 0.034 0.007 0.096 0.364 0.147 0.154 0.198 76 R 0.057 0.009 0.160 0.489 0.091 0.122 0.072 77 Y 0.143 0.011 0.157 0.561 0.032 0.038 0.057 78 L 0.315 0.008 0.090 0.467 0.021 0.041 0.057 79 K 0.403 0.005 0.057 0.413 0.023 0.047 0.052 80 A 0.422 0.010 0.080 0.306 0.049 0.063 0.070 81 L 0.365 0.017 0.059 0.283 0.089 0.084 0.103 82 A 0.213 0.017 0.094 0.209 0.082 0.150 0.234 83 R 0.028 0.003 0.035 0.046 0.132 0.692 0.065 84 G 0.016 0.001 0.011 0.004 0.084 0.824 0.060 85 G 0.067 0.007 0.003 0.002 0.221 0.021 0.679 86 K 0.232 0.029 0.004 0.002 0.151 0.014 0.568 87 R 0.648 0.014 0.005 0.002 0.065 0.014 0.251 88 F 0.734 0.073 0.003 0.003 0.022 0.004 0.161 89 D 0.381 0.031 0.005 0.003 0.011 0.007 0.561 90 L 0.171 0.005 0.019 0.003 0.083 0.514 0.206 91 N 0.013 0.002 0.007 0.002 0.121 0.837 0.018 92 N 0.017 0.004 0.005 0.001 0.507 0.366 0.101 93 R 0.053 0.011 0.001 0.001 0.123 0.008 0.803 94 F 0.239 0.142 0.006 0.002 0.123 0.047 0.441 95 K 0.418 0.035 0.011 0.004 0.151 0.073 0.308 96 G 0.438 0.007 0.009 0.008 0.169 0.050 0.318 97 E 0.509 0.050 0.005 0.010 0.058 0.011 0.358 98 V 0.416 0.077 0.002 0.007 0.041 0.003 0.455 99 T 0.100 0.005 0.001 0.014 0.037 0.001 0.842 100 P 0.001 0.001 0.010 0.976 0.004 0.005 0.004 101 E 0.001 0.001 0.008 0.976 0.003 0.010 0.002 102 E 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.009 0.002 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.002 105 I 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.002 106 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.009 0.005 107 Q 0.001 0.001 0.002 0.968 0.004 0.022 0.004 108 N 0.001 0.001 0.001 0.917 0.007 0.070 0.006 109 H 0.001 0.001 0.001 0.884 0.013 0.071 0.030 110 P 0.001 0.001 0.002 0.870 0.033 0.045 0.049 111 F 0.001 0.001 0.007 0.823 0.035 0.081 0.053 112 V 0.001 0.001 0.008 0.806 0.035 0.095 0.054 113 Q 0.001 0.001 0.007 0.776 0.043 0.084 0.089 114 Q 0.001 0.001 0.005 0.827 0.033 0.080 0.053 115 A 0.001 0.001 0.005 0.802 0.045 0.065 0.081 116 L 0.001 0.001 0.005 0.861 0.025 0.047 0.060 117 Q 0.001 0.001 0.003 0.883 0.023 0.040 0.049 118 Q 0.001 0.001 0.002 0.915 0.020 0.031 0.031 119 Q 0.001 0.001 0.002 0.933 0.014 0.027 0.024 120 S 0.001 0.001 0.001 0.926 0.014 0.032 0.026 121 A 0.001 0.001 0.001 0.928 0.014 0.031 0.025 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.923 0.015 0.037 0.024 123 A 0.001 0.001 0.002 0.917 0.013 0.042 0.026 124 A 0.001 0.001 0.002 0.897 0.019 0.039 0.043 125 A 0.001 0.001 0.003 0.890 0.021 0.051 0.034 126 E 0.001 0.001 0.005 0.826 0.026 0.099 0.043 127 T 0.001 0.002 0.008 0.795 0.022 0.122 0.051 128 L 0.001 0.001 0.008 0.772 0.048 0.084 0.087 129 S 0.001 0.002 0.021 0.746 0.043 0.111 0.076 130 V 0.001 0.002 0.043 0.719 0.043 0.102 0.090 131 E 0.001 0.003 0.071 0.682 0.034 0.122 0.087 132 A 0.001 0.001 0.066 0.662 0.043 0.153 0.074 133 E 0.001 0.001 0.051 0.666 0.031 0.190 0.061 134 A 0.001 0.004 0.047 0.606 0.054 0.114 0.174 135 A 0.003 0.004 0.070 0.424 0.077 0.190 0.232 136 E 0.009 0.005 0.109 0.370 0.081 0.274 0.152 137 S 0.010 0.009 0.130 0.420 0.110 0.105 0.217 138 S 0.013 0.006 0.090 0.461 0.118 0.121 0.192 139 A 0.026 0.005 0.067 0.360 0.083 0.279 0.179 140 A 0.013 0.011 0.060 0.256 0.005 0.213 0.442 141 E 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.994