# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.002 0.069 0.047 0.877 2 T 0.016 0.007 0.005 0.136 0.077 0.758 3 Q 0.015 0.003 0.023 0.326 0.144 0.489 4 E 0.032 0.009 0.085 0.374 0.172 0.328 5 T 0.050 0.004 0.096 0.409 0.182 0.259 6 A 0.054 0.007 0.063 0.470 0.135 0.271 7 L 0.029 0.005 0.020 0.626 0.091 0.228 8 G 0.024 0.005 0.015 0.443 0.106 0.408 9 A 0.019 0.002 0.021 0.629 0.095 0.236 10 A 0.042 0.008 0.033 0.651 0.084 0.182 11 L 0.029 0.005 0.038 0.700 0.079 0.149 12 K 0.036 0.004 0.039 0.599 0.104 0.218 13 S 0.031 0.004 0.035 0.610 0.118 0.202 14 A 0.040 0.004 0.042 0.604 0.130 0.181 15 V 0.047 0.005 0.066 0.557 0.142 0.182 16 Q 0.055 0.012 0.061 0.500 0.160 0.212 17 T 0.039 0.009 0.029 0.418 0.142 0.363 18 M 0.021 0.007 0.018 0.276 0.177 0.502 19 S 0.012 0.007 0.010 0.221 0.163 0.588 20 K 0.001 0.001 0.015 0.918 0.029 0.036 21 K 0.001 0.001 0.013 0.937 0.025 0.024 22 K 0.001 0.001 0.012 0.963 0.016 0.008 23 Q 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.004 24 T 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 25 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 26 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 27 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.008 0.986 0.005 0.001 29 D 0.001 0.001 0.010 0.975 0.010 0.004 30 H 0.001 0.001 0.017 0.914 0.032 0.036 31 I 0.001 0.005 0.066 0.673 0.127 0.128 32 Y 0.002 0.001 0.369 0.365 0.219 0.044 33 G 0.003 0.001 0.377 0.324 0.238 0.057 34 K 0.010 0.009 0.251 0.386 0.220 0.124 35 Y 0.025 0.035 0.056 0.208 0.295 0.380 36 D 0.037 0.016 0.031 0.110 0.407 0.399 37 V 0.030 0.011 0.082 0.199 0.454 0.224 38 F 0.030 0.014 0.108 0.192 0.449 0.207 39 K 0.038 0.010 0.178 0.146 0.415 0.212 40 R 0.038 0.013 0.096 0.137 0.319 0.397 41 F 0.061 0.040 0.043 0.086 0.256 0.513 42 K 0.070 0.021 0.021 0.043 0.256 0.589 43 P 0.074 0.013 0.049 0.054 0.272 0.538 44 L 0.092 0.022 0.123 0.086 0.282 0.395 45 A 0.127 0.022 0.147 0.118 0.270 0.316 46 L 0.092 0.015 0.075 0.252 0.185 0.382 47 G 0.050 0.028 0.019 0.153 0.131 0.618 48 I 0.038 0.027 0.011 0.548 0.070 0.306 49 D 0.009 0.006 0.011 0.765 0.056 0.152 50 Q 0.001 0.001 0.010 0.959 0.015 0.014 51 D 0.001 0.001 0.013 0.976 0.007 0.003 52 L 0.001 0.001 0.034 0.958 0.006 0.002 53 I 0.001 0.001 0.091 0.891 0.015 0.003 54 A 0.001 0.001 0.059 0.891 0.035 0.013 55 A 0.001 0.005 0.067 0.727 0.073 0.128 56 L 0.001 0.003 0.021 0.014 0.513 0.448 57 P 0.001 0.001 0.196 0.023 0.595 0.184 58 Q 0.005 0.004 0.209 0.011 0.624 0.147 59 Y 0.006 0.022 0.100 0.034 0.625 0.214 60 D 0.002 0.003 0.005 0.063 0.095 0.831 61 A 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 62 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 63 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 64 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 65 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 68 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.001 69 A 0.001 0.001 0.009 0.971 0.015 0.003 70 N 0.002 0.001 0.014 0.910 0.039 0.035 71 H 0.004 0.006 0.024 0.722 0.102 0.141 72 C 0.005 0.014 0.015 0.502 0.201 0.262 73 R 0.004 0.006 0.007 0.325 0.214 0.444 74 R 0.003 0.002 0.007 0.353 0.182 0.454 75 P 0.001 0.001 0.016 0.937 0.031 0.016 76 R 0.003 0.002 0.022 0.943 0.024 0.007 77 Y 0.009 0.002 0.027 0.937 0.018 0.006 78 L 0.016 0.001 0.019 0.932 0.025 0.008 79 K 0.024 0.001 0.023 0.906 0.032 0.014 80 A 0.051 0.001 0.020 0.886 0.023 0.019 81 L 0.064 0.004 0.009 0.871 0.019 0.032 82 A 0.088 0.013 0.008 0.703 0.175 0.013 83 R 0.045 0.003 0.005 0.417 0.463 0.067 84 G 0.011 0.001 0.003 0.022 0.681 0.283 85 G 0.185 0.018 0.006 0.006 0.610 0.175 86 K 0.569 0.021 0.004 0.003 0.078 0.324 87 R 0.903 0.012 0.005 0.002 0.020 0.058 88 F 0.883 0.010 0.003 0.002 0.017 0.085 89 D 0.740 0.017 0.004 0.002 0.183 0.054 90 L 0.066 0.005 0.024 0.005 0.862 0.038 91 N 0.011 0.001 0.016 0.004 0.936 0.032 92 N 0.014 0.006 0.010 0.002 0.927 0.041 93 R 0.089 0.055 0.009 0.006 0.450 0.390 94 F 0.187 0.186 0.013 0.011 0.186 0.418 95 K 0.209 0.033 0.049 0.019 0.367 0.323 96 G 0.213 0.009 0.027 0.013 0.370 0.368 97 E 0.386 0.029 0.013 0.012 0.190 0.372 98 V 0.187 0.071 0.002 0.022 0.116 0.602 99 T 0.032 0.007 0.001 0.019 0.046 0.896 100 P 0.001 0.001 0.010 0.984 0.003 0.002 101 E 0.001 0.001 0.013 0.981 0.004 0.001 102 E 0.001 0.001 0.015 0.981 0.003 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 104 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 105 I 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.003 106 A 0.001 0.001 0.008 0.973 0.013 0.006 107 Q 0.001 0.001 0.009 0.959 0.020 0.011 108 N 0.001 0.001 0.010 0.869 0.041 0.079 109 H 0.001 0.001 0.009 0.397 0.146 0.447 110 P 0.001 0.001 0.024 0.687 0.116 0.172 111 F 0.003 0.002 0.042 0.784 0.103 0.066 112 V 0.002 0.001 0.026 0.900 0.050 0.021 113 Q 0.003 0.001 0.012 0.938 0.028 0.019 114 Q 0.002 0.001 0.006 0.968 0.015 0.009 115 A 0.002 0.001 0.005 0.967 0.015 0.011 116 L 0.001 0.001 0.004 0.973 0.011 0.011 117 Q 0.001 0.001 0.002 0.976 0.009 0.012 118 Q 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.009 119 Q 0.001 0.001 0.003 0.973 0.011 0.013 120 S 0.001 0.001 0.003 0.966 0.014 0.016 121 A 0.001 0.001 0.004 0.959 0.016 0.020 122 Q 0.001 0.001 0.004 0.953 0.018 0.024 123 A 0.001 0.001 0.006 0.932 0.025 0.036 124 A 0.001 0.001 0.007 0.918 0.033 0.040 125 A 0.002 0.001 0.013 0.889 0.046 0.050 126 E 0.002 0.001 0.016 0.834 0.060 0.087 127 T 0.003 0.001 0.014 0.709 0.063 0.210 128 L 0.004 0.002 0.011 0.526 0.085 0.372 129 S 0.005 0.003 0.011 0.475 0.093 0.413 130 V 0.003 0.001 0.021 0.751 0.064 0.160 131 E 0.005 0.002 0.028 0.821 0.053 0.091 132 A 0.005 0.001 0.042 0.824 0.056 0.072 133 E 0.007 0.002 0.045 0.775 0.071 0.100 134 A 0.011 0.003 0.052 0.722 0.092 0.122 135 A 0.018 0.005 0.042 0.620 0.110 0.206 136 E 0.012 0.004 0.031 0.574 0.083 0.297 137 S 0.011 0.004 0.027 0.450 0.097 0.410 138 S 0.006 0.004 0.016 0.311 0.076 0.587 139 A 0.005 0.003 0.014 0.173 0.067 0.737 140 A 0.003 0.002 0.004 0.057 0.039 0.896 141 E 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.979